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Gli uomini di Bin-Khalid, alla ricerca di un "forziere" rubato durante un'operazione militare, cercano anche Eric Carter e Ben Grimes. Nel frattempo, Rebecca Ingram arriva al CTU a Washington per discutere una questione banale con Mullins, il capo del CTU. La moglie di Eric, Nicole, lo aiuta a uccidere gli aggressori e lui chiama Ingram, che ha sostenuto l'operazione. Credendo che Mullins è una talpa, Nicole dice a Eric di non fidarsi della polizia e dell'FBI. Eric convince Isaac, ex fidanzato di Nicole e capo di una gang locale, a proteggerla fino alla conclusione delle indagini sull'accaduto. Ingram parla a Shalowitz di Mullins e ottiene il suo aiuto per aiutare Eric a trovare Grimes. Stiles lo scopre e ne parla con Mullins, che affronta Ingram. Lei lo rende incosciente con un taser e continua ad aiutare Eric, che trova finalmente Grimes con la cassaforte, che contiene un drive USB con una lista di cellule dormienti di Bin-Khalid. A quel punto vengono attaccati dai terroristi, che Eric uccide. Grimes scappa con il drive USB e poi chiama Eric chiedendo dei soldi per restituirlo. Nel frattempo, Drew Phelps parla al suo insegnante, il signor Harris, delle affiliazioni terroristiche di Amira Dudaev...

Grimes dà Eric un'ora per arrivare con due milioni di dollari per poter prendere la chiavetta USB. Isac dice ad Eric dei quattro milioni in contanti sequestrati di recente dalla MPD. Ingram blocca Mullins in una stanza e lo convince ad aiutare Eric nel dimostrare la sua innocenza. Nel frattempo, Shalowitz apprende che Mizrani è la persona che ha violato la rete del direttore e ha fatto trapelare informazioni utili ai terroristi.

Dopo essere fuggito dal distretto di polizia, Carter decide di fidarsi della CTU mentre prepara l'incontro con Grimes per effettuare lo scambio. Nel frattempo, Rebecca e Donovan cercano di individuare la fonte della fuga di informazioni, mentre Amira e Harris devono affrontare un imprevisto nel loro piano.

Grimes va da Carter con le informazioni che li potrebbero condurre dai terroristi. Nel frattempo, presso il complesso Donovan, Nilaa viene sequestrata e interrogata da Rebecca.

Grimes e Carter cercano di individuare la posizione dei terroristi che stanno cercando. Ad Amira e Khasan fa visita un ospite inatteso...

Seguendo una nuova pista, Carter e la CTU riescono a restringere il campo e ad avvicinarsi alla posizione di un nemico. Intanto Amira si trova davanti a una scelta decisiva proprio mentre il suo piano sta per essere portato a termine.

Carter chiede aiuto ad Andy per recuperare una prova fondamentale. Nel frattempo Rebecca, dopo che le normali tecniche di interrogatorio della CTU non portano ad alcun risultato, decide di rivolgersi a qualcuno esterno all'agenzia.

Mullins e la CTU cercano di rintracciare Carter, mentre Andy viene costretto a fare qualcosa contro la propria volontà. I metodi di interrogatorio utilizzati da Rebecca spingono Donovan a mettere in dubbio il suo giudizio, mentre Isaac chiede aiuto ai suoi amici.

Una minaccia costringe la CTU a entrare in isolamento totale. Nel frattempo Carter si ritrova coinvolto in una situazione estremamente tesa, mentre Donovan si rivolge a Rebecca quando deve prendere una decisione importante per la propria campagna politica.

La vita privata e quella professionale di Rebecca si scontrano quando riceve una telefonata che la costringe a prendere una decisione importante. Nel frattempo Nicole affronta Carter riguardo al suo impegno nella loro relazione e al futuro che lui immagina all'interno della CTU.

Andy scopre importanti informazioni riguardanti un alto funzionario governativo, portando Carter e Donovan a collaborare per approfondire la questione. Nel frattempo viene inviato un rinforzo alla CTU per assumere il controllo delle operazioni.

Il piano di Rebecca per salvare Donovan non va come previsto. Nel frattempo la CTU deve affidarsi a Carter, che torna sul campo per organizzare e portare a termine un importante scambio.