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Mari Hayase è una studentessa delle scuole medie senza particolari doti per l'apprendimento o lo studio, che spende le sue giornate divisa tra la scuola e gli amici, in particolare la coetanea Waka. Di contro suo padre, il professor Hayase, è un illustre scienziato di fama internazionale, che tuttavia manca da casa da tre anni e di cui Mari sente molto la mancanza.

Nel presente, Waka e suo fratello Shun, alla ricerca di una spiegazione per quanto accaduto a Mari, si recano nel vecchio laboratorio del professor Hayase. Intanto, nel XVII secolo, Mari è testimone degli studi condotti da William Gilbert nel campo della fisica e della magnetostatica.

Avventuratisi nuovamente nel laboratorio del professor Hayase, Mari, Waka e Shun scoprono una stanza segreta, all'interno della quale trovano un gigantesco orologio a pendolo e un misterioso supercomputer, tutti e due in qualche modo collegati al ciondolo di Mari e ai viaggi nel tempo.

Questa volta il nuovo viaggio nel tempo di Mari la conduce nella Pavia del 1800, nel pieno di una Campagna d'Italia inspiegabilmente ancora in atto, e la città aspramente contesa tra le truppe di occupazione austriache e l'esercito francese guidato da Napoleone.

Dal momento che Waka ha trovato casualmente un secondo giroscopio dotato del potere di viaggiare nel tempo, stavolta lei e Mari compiono un viaggio insieme, ritrovandosi nella Londra del 1821, agli albori della Rivoluzione Industriale.

Waka, rimasta nel passato, si fa per un attimo prendere dallo sconforto, venendo confortata da Faraday, e dopo una notte di riposo lei e Mari riescono finalmente a parlarsi, grazie ad una comunicazione telepatica generata dai medaglioni.

Grazie alle informazioni ottenute dal dottor Eiji Mari, Shun e Waka hanno ora il controllo assoluto sulla macchina e i viaggi del tempo, e decidono di servirsene per cercare di scoprire il motivo che starebbe dietro alla sua creazione. Mari compie così un nuovo viaggio nel passato, questa volta sulle tracce di Samuel Morse.

Boston, 1876. Il professor Hayase è sulle tracce di Alexander Graham Bell, il futuro inventore del telefono, che tuttavia in quest'epoca lavora ancora come semplice insegnante di fonetica e oralistica nella scuola di famiglia.

Date le circostanze, Waka e Shun non hanno altra scelta che parlare dell'esistenza del libro e della macchina del tempo alla madre di Mari, quindi il gruppo, disfatosi con un pretesto di Mikage, fa velocemente ritorno al laboratorio nell'attesa che Mari torni indietro.

Mari defies her mother and travels back in time once again. Meanwhile, trouble is brewing back at Hayase's lab.

After being caught red-handed at Hayase's lab, Mari is forced to make a difficult decision that could greatly impact her father's future.

Poiché il pendente usato da Mikage è lo stesso utilizzato da Eiji, l'esistenza dello stesso oggetto in due diverse forme ha generato un paradosso temporale che ha avuto come risultato una spaccatura nello spaziotempo e determinato un crash della macchina, che comincia a bruciare provocando un incendio che investe tutto il laboratorio.