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Lord Sandrak organizza un sospetto concorso di bellezza ("Miss Inter Beauty") che incuriosisce sia l'Interpol (che manda ad indagare due suoi agenti: Reika Sanjo e Toda), sia il grande Haran Banjo (che infiltra fra le partecipanti la sua assistente Beauty Tachibana). Tutti i sospetti si rivelano fondati: Lord Sandrak è un comandante meganoide ed il concorso è solo una copertura che i malvagi robots utilizzano per trasformare in soldati tutte le bellissime ragazze.

Il comandante Nero riesce a mettere a punto una speciale macchina anti-gravità e decide di collaudarla sulla città di Hellinton. Lo scopo primo del piano è quello di isolare gli esseri umani e ridurli allo stato di animali in gabbia in modo da trasformarli in meganoidi. Ma Banjo interviene prontamente per sconfiggere il comandante meganoide e ricollocare la città al suo posto.

Da qualche tempo navi, aerei ed altri mezzi di trasporto svaniscono senza lasciare nessuna traccia. Per capire la causa di queste misteriose sparizioni Banjo colloca Beauty fra l'equipaggio dell'Eagle, un moderno aereo di linea. Ben presto il mistero viene svelato: il comandante Benmer ha la singolare passione (forse sarebbe meglio parlare di "fissazione") di collezionare i mezzi di trasporto dopo averli ridotti di dimensione ed il Daitarn 3 costituirebbe il pezzo più prezioso della collezione.

Tutto ha inizio quando un'intera area industriale scompare nel nulla. Toppy e il suo amico Pino scoprono che dietro la vicenda sospetta si nasconde il direttore dell'Istituto di Energia Solare, che il caso vuole sia il padre dello stesso Pino. Lo scienziato tenterà di distruggere il Daitarn 3 usando proprio l'arma principale del suo avversario: l'energia solare.

Il comandante Brandol cattura tutti gli abitanti di un villaggio per trasformarli in meganoidi. Banjo e Beauty vanno in soccorso delle sfortunate vittime, ma quasta avventura viene resa più divertente dalla presenza di un piccolo bambino che Beauty e Banjo trovano nel villaggio e decidono di portare con loro, facendo ingelosire terribilmente Reika.

Il dottor Animad, un folle scienziato passato dalla parte dei meganoidi, sostiene che il corpo perfetto di Banjo sia l'ideale per realizzare la sua ultima idea: dare vita ad un centauro. Ma Banjo è troppo furbo ed intelligente e riuscirà a sfuggire anche a questo nuovo pericolo.

Mentre il famoso trio tenta di contrastare il piano del comandate Daston, Toppy rimane solo nella villa di Banjo e decide quindi di scendere nei sotterranei per visitare indisturbato la cabina di comando del Daitarn 3. Premendo tutti i pulsanti all'impazzata attiva l'accensione ed il Daitarn 3 decolla. Banjo però lo toglierà dai guai.

Una telefonata sveglia Reika nella notte: è Tony, un suo vecchio amico, che le chiede di incontrarlo. La giovane, recatasi all'appuntamento, si rende conto di essere caduta nella trappola tesale da Jira, una vendicativa donna meganoide che in passato era stata sua amica e innamorata di Tony.

La giovane soldatessa meganoide Maria è costretta a fuggire da Marte perché il capo della commissione di disciplina Franken scopre che è segretamente innamorata; ignorando però che è lui la persona che Maria ama con tutta se stessa, la insegue sulla Terra per ucciderla. Le leggi della Costituzione meganoide puniscono infatti con la morte chi si lascia influenzare da sentimenti come l'amore. Banjo fraintende la situazione e si convince che Maria abbia perso la testa per lui; decide quindi di impegnarsi al massimo per difenderla.

Il divo del cinema Fan Loo accetta di diventare meganoide per riuscire a finanziare il capolavoro della sua vita: la realizzazione di un film sulla morte del grande Haran Banjo. Ma uccidere il pilota del Daitarn 3 non è un'impresa affatto facile. Su Fan Loo, più che la passione per il grande schermo ha trionfato la vanità e l'amore per se stesso.

Investigando su alcuni carri armati che, muovendosi dai musei, scompaiono gettandosi in mare, Banjo ed i suoi amici conoscono Heslar, un vecchio soldato che è stato ibernato per parecchi decenni. Egli ha raccolto e nascosto ben 500 carri armati ed ora vuole arricchire la sua collezione con un pezzo unico: il Daitarn Carro Armato, ma per riuscire in ciò deve sconfiggere Banjo.

Fuggendo da Marte, Banjo porta con sé il Daitarn 3 ed anche un'enorme quantità d'oro estratto dalle miniere del pianeta. A causa di ciò il comandante Venner ha perso il suo potere alla corte di Don Zaucker e l'unico mezzo per rientrare nelle sue grazie è quello di trovare quell'oro e riportarlo su Marte. Ma lui è ormai un meganoide della vecchia generazione ed il desiderio di riscatto forse non basta a sconfiggere un nemico potente come il Daitarn 3.

Preparandosi per una missione su Marte, Banjo osserva divertito i pasticci dui Beauty e Reika che vogliono imparare a pilotare il Daitarn 3. Nel frattempo il comandante Donoval si convince che per sconfiggere il nemico non basta la forza dei Megaborgs, ma bisogna giocare d'astuzia.

Per sciogliere vaste aree ghiacciate nelle quali sono imprigionati tre uccelli preistorici (che secondo le teorie del dottor Gildon causarono l'era glaciale) viene richiesto ad Haran Banjo l'utilizzo del Daitarn 3. Ma quel laboratorio di ricerca ha qualcosa di misterioso e ed il dottore ha poco di umano...

Zenoya è un comandante meganoide che spera di poter, un giorno, prendere il posto Koros vicino a Don Zauker. Per conquistare onore e gloria niente sarebbe più efficace della sconfitta di Banjo.

Questa volta, per sconfiggere il loro temutissimo nemico, i meganoidi sfruttano il corpo dei berretti blu, un gruppo di giovani e coraggiosi umani schierati dalla parte dei meganoidi. Ma i valori della dell'amore, dell'amicizia e della famiglia si rivelano molto più importanti della fama e del successo.

Si narra che molto tempo fa Atlantis si trovasse nell'Oceano Atlantico e Mur nell'Oceano Pacifico; inoltre, l'antica leggenda racconta che i due imperi scomparvero in mare in una sola notte. Ma nessuno sa che in quella notte ci fu anche un'altra terribile catastrofe che sconvolse un terzo impero.

Minamoto era un assistente del professor Haran e dopo anni di ricerca è riuscito a creare il primo cyborg privo della propria volontà. Ricercato dai Meganoidi che lo vogliono costringere a creare un esercito di soldati perfetti, fugge sulla Terra per chiedere aiuto a Banjo.

Mentre Banjo, Reika, Beauty e Toppy si trovano al comando del Rabbit (il prototipo di un veicolo per il turismo spaziale della Beauty Company) durante il viaggio di collaudo, il veicolo viene misteriosamente attratto dalla Luna sulla cui superficie, Banjo ed i suoi amici notano enormi colline costituite da una lunghissima catena di dischi taglienti. A cosa potrà mai servire una simile attrezzatura?

Koros ha sentito tanto parlare del grande Haran Banjo, ma lo ricorda solo come un pauroso ragazzo fuggito da Marte. Per capire chi è realmente, non puo fare altro che affrontarlo personalmente.

Oltre tremila persone vengono soggiogate da una invitante melodia proveniente da una bianca arca e scompaiono fra i boschi. Talvolta il bello nasce dal maligno e afferra la mente con una voce che sembra musica.

Un produttore cinematografico, per rendere più spettacolare il suo ultimo film, ha deciso di puntare su un cast di attori famosi. Il compito di Haran Banjo e dei suoi amici dovrebbe essere solo quello di proteggere i divi del cinema durante il viaggio spaziale organizzato per reclamizzare il film, ma forse non è un caso che fra quelle stelle ne brilli una meganoide.

Il comandante Genoya è convinta che il fuoco possieda quella forza purificatrice che libererà la Terra da ogni orrore, per questo si impegna a riattivare i vulcani spenti usando la tecnologia meganoide.

Al luna park accadono strani fenomeni. Molti bambini spariscono nelle gallerie delle montagne russe e la polizia non riesce a spiegarsi come questo possa succedere. Anche Banjo non riesce a capire come mai i meganoidi rapiscono tanti bambini...

L'ultima creazione della marina militare è il Magellano, una nave ammiraglia capace di affrontare ed abbattere i robot meganoidi senza alcuna difficoltà, poiché custodisce al suo interno il cervello del'ammiraglio Magellano. Alla sua inaugurazione, la marina giapponese invita il famoso Haran Banjo, ma chi ha invitato il comandante meganoide Katrof?

Il comandante Milena vuole togliere agli esseri umani la loro volontà controllandoli tramite l'ipnosi. Riuscirà la determinazione di Banjo a salvarlo anche da questa situazione?

Edwin, il nuovo comandante meganoide, è un vecchio mago dal quale Banjo, da bambino, ha imparato molti giochi di magia. Il folle illusionista ha pensato di sfruttare le sue capacità per fare della morte di Banjo un grande show da dedicare a Koros. Ha forse dimenticato di essere stato il beniamino di di quel ragazzo molti anni prima?

Per riuscire a distruggere il Daitarn 3, i meganoidi pensano a delle truppe di insetti meccanici che riducono in polvere, corrodendola, ogni tipo di materia. Sarà facile impedire a Banjo di controllare il Daitarn 3 dopo aver distrutto i meccanismi di comando. Forse il comandante Betory ha trovato il modo per eliminare il più potente avversario dei Meganoidi.

L'amore talvolta gioca strani scherzi. Un corpo meccanico, una sorella meganoide, una missione da compiere ad ogni costo: uccidere Haran Banjo! E il cuore comincia a battere per il nemico e non c'è destino, non c'è dovere, non c'è guerra che riesca ad imprigionarlo.

Banjo e Toppy perlustrano una zona nella quale sembra essere nascosta la macchina della morte. Improvvisamente vengono attaccati da un gruppo di amazzoni armate di giavellotti e decise a ucciderli. Cosa nasconde l'irruento comandante meganoide Mazoni? Perché combatte con tanta rabbia contro Banjo?

Zeta è voluta diventare una meganoide per poter manterenere in eterno la sua bellezza. Ma un giorno il suo specchio-robot le rivela che un'attrice di nome Rem è la più bella donna che esista. Pazza di rabbia, Zeta si mette subito alla ricerca della sua rivale per trasformarla in una bambola da museo, ma Banjo non rimane indifferente alla bellezza dell'attrice e la proteggerà a tutti i costi.

I Meganoidi concludono che l'unico modo per sconfiggere Banjo sia quello di scoprire dove si trovi la sua base segreta. Per poterla distruggere è necessario piazzare una bandiera che indichi ad un potente missile il bersaglio da colpire. Ma scoprire la base segreta di Banjo non risulta un'impresa troppo facile...

Il tesoro segreto del grande e potente guardiano Orialcon è protetto dall'impenetrabile giungla. Koros, non potendolo possedere, vuole distruggerlo ad ogni costo. Il comandante Doil, che conosce la giungla molto bene, è convinta invece di poterlo concquistare.

Ogni comandante meganoide ha seguito le proprie passioni per distruggere il Daitarn 3 ed in questo modo non ha sfruttato a pieno tutte le possibilità dei mezzi bellici meganoidi. Così il comandante Antony ha pensato di riunire in un'unica battaglia molti dei megabord utilizzati in passato.

Il Comandante Yuri, nuovo capo della commissione di disciplina meganoide, è inviato sulla Terra per ritrovare e riportare su Marte Maria e Franken, i due meganoidi che, innamoratisi, sono fuggiti insieme. Per evitere nuovi scandali Koros decide di farlo seguire da Sumika, che all'inizio sembra nutrire antipatia verso il comandante. Alla fine però si innamorerà di lui e deciderà di sacrificare la propria vita per salvare quella del suo compagno.

Il Comandante Preud è coinvinto che per conquistare la Terra è sufficiente distruggere Banjo facendogli rivivere un passato doloroso. Ma la tortura psicologica non farà altro che scatenare la rabbia di Banjo.

Kidogawa è diventato meganoide solo per poter sfidare apertamente e battere il grande Banjo del quale è sempre stato invidioso, fin dai tempi della scuola. Finale a sorpresa!

Una leggenda narra che lo spazio è attraversato da un grande uccello migratore che brilla come una stella ed ha il potere di donare la felicità. In molti hanno tentato di arrestare il suo volo, ma non c'è mai stato qualcuno che sia riuscito ad imprigionare la felicità

Il comandante Nendor decide di rapire il Rabbit , la prima nave spaziale da turismo della Beauty Company, per attirare Banjo e Beauty al museo preistorico dove gli animali sembrano essere spaventosamente vivi...

Nel momento in cui i Meganoidi decidono di distruggere la Terra scagliandole contro il pianeta Marte, Haran Banjo decide di partire per il pianeta rosso e affrontare una volta per tutte il potente Don Zauker. Nel lungo e pericoloso viaggio verso Marte, Banjo viene accompagnato da tutti i suoi quattro compagni ognuno al comando di uno dei missili spaziali situati sotto le profondità del mare, ma durante il tragitto verranno tutti colpiti dal nemico e saranno costretti a ritirarsi lasciando da solo il loro leader. Durante il combattimento finale contro il Megaborg di Don Zauker, in un momento in cui sembra tutto perduto, il pilota del Daitarn 3 sarà incoraggiato da una persona speciale, suo padre, che tenterà di farsi perdonare dal figlio per aver creato quelle terribili macchine. Ma Banjo non abbandona l'odio profondo che nutre per suo padre e riesce a vincere anche l'ultima battaglia solo con le proprie forze. Tornato vittorioso sulla Terra il nostro eroe si chiude misteriosamente nella sua stanza senza voler vedere nessuno, mentre i suoi assistenti abbandonano la villa in cui hanno coraggiosamente tenuto testa ai malvagi meganodi. La villa di Banjo sfuma sotto la pioggia, mentre Garrison sale su un autobus diretto chissà dove... Un finale un po' inquietante, commovente ed emozionante per una serie che è diventata leggenda.