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Waterfall City è in pericolo perché le Pietre del Sole perdono potere sui Tirannosauri, che attaccano la città. Il sindaco Waldo deve evacuare gli abitanti. Karl, David e Cyrus cercano una soluzione per salvare l'isola e le Pietre del Sole in pericolo.

È in corso la votazione per scegliere il nuovo sindaco di Waterfall City, la capitale dell'isola. I candidati: L'attuale sindaco Waldo vuole restare in carica, ma affronta una forte concorrenza da parte di Frank Scott. Il conflitto: Frank inventò l'automobile, un mezzo di trasporto rivoluzionario che minaccia di sconvolgere il traffico e lo stile di vita pacifico e tradizionale di Dinotopia.

David ha il compito di addestrare un nuovo gruppo di piloti di pterosauri, inclusa una recluta di nome Portia. Romana scopre che Portia ha barato al test d'ingresso della vista. David, dopo aver inizialmente dubitato della scoperta, affronta la situazione e licenzia Portia, suscitando una reazione negativa da parte del padre. La trama esplora anche i temi dell'armonia e i segreti di questo mondo fantastico in cui umani e dinosauri convivono.

Karl trova un relitto sulla spiaggia e usa una radio. Parla con i sopravvissuti alla deriva. Zippo il dinosauro incontra un cane sulla spiaggia. Karl e David cercano il cane e oggetti vecchi del mondo esterno, come hamburger e cola. L'episodio esplora il dilemma se aprirsi o meno al mondo esterno.

Un virus mortale minaccia gli abitanti di Dinotopia e dell'area di Earthfarm. Il virus viene rilasciato dal personaggio di LeSage. I protagonisti Karl e Marion rimangono intrappolati in un loop temporale durante la notte.

La malattia di Karl: Karl si ammala gravemente e la sua vita è in pericolo. Il segreto di Marion: Marion rivela l'esistenza di un portale segreto che collega l'isola al mondo esterno. La missione: David, Rosemary e Le Sage devono attraversare il portale per trovare una medicina che possa salvare Karl. Il viaggio: La spedizione affronta colpi di scena inaspettati lungo il percorso.