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Il film si apre sull'ultimo giorno di vita del frate con le stimmate. Attraverso i racconti che fa al Visitatore, un cardinale arrivato da Roma, simbolo per la storia delle innumerevoli incursioni del Sant'Uffizio sull'attività di Padre Pio, scorre la storia della sua vita, con le tappe fondamentali del suo percorso umano e sacerdotale.

Padre Pio è di nuovo al cospetto del Visitatore, che preme per sapere la verità sulle stimmate. E Padre Pio prosegue col racconto della sua vita. Informata delle cattive condizioni di salute del figlio, al convento arriva Mamma Peppa, la madre di padre Pio, che però, già vecchia e malata, muore dopo una breve malattia. Intanto le persecuzioni continuano. Scoppia la seconda guerra mondiale. In questo periodo l'opera pastorale di Padre Pio si intensifica. I miracoli e le predizioni non si contano più. San Giovanni Rotondo è meta giornaliera di fedeli. I morti ed i feriti prodotti dalla guerra convincono Padre Pio che è tempo di muoversi concretamente. Nasce l'idea di costruire l'ospedale. Il Visitatore lo accusa allora di aver fondato una chiesa parallela e di aver sfruttato commercialmente la sua immagine. A tale accusa Padre Pio reagisce al punto da sentirsi male. Intanto muore il vecchio padre Grazio.