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Aprile. Studente del liceo, Arato aveva una vita normale con i suoi amici Ryo e Kengo. Fino a quella notte. Di ritorno a casa dal fare compere, Arato viene attaccato da una corrotta hlE, ma una bellissima hlE, di nome Lacia gli soccorre in aiuto.

Dopo aver concluso un contratto di proprietà con Arato, Lacia va a vivere con Endo. La sorella di Arato Yuka accetta Lacia, e la inserisce persino in un concorso di modelle hlE. Intanto, Arato non riesce a nascondere la sua apprensione nel vivere con una ragazza talmente bella e della sua stessa età.

Pur conscio della hackeraggio analogico, Arata non riesce a trattenere la sua attrazione per Lacia. A dispetto di tutto ciò, Lacia viene "rapita" proprio di fronte a Yuka. Arato è infastidito con la polizia e la loro riluttanza nel trattare la questione se non come furto di proprietà, quindi chiede a Ryo e Kengo di aiutarlo a scoprire la verità.

Kouka, la hlE violenta che sostiene di essere la sorella di Lacia. Grazie al suo controllo sul network anti-corporale, pianifica un orrendo atto di terrorismo. Quando Arato scopre che il suo piano sta mettendo in pericolo Kengo, si prodiga insieme a Lacia per metterlo in salvo.

Arato arriva al centro di promozione industriale che è il bersaglio dell'attacco terrorista del network anticorpo. Arato sale le scale e vede l'androide politico Mikoto che suo padre ha sviluppato, il che lo fa sentire a disagio. Subito dopo, l'unità terrorista guidata da Kouka e da un altro hlE giunge sulla scena. Sta per cominciare una grande battaglia.

Arato riesce a salvare Kengo dalla calamità del centro di promozione industriale. Tuttavia, anche dopo essere tornato ad una vita normale, si sente divorato da misteri anche più profondi. Nel frattempo alla Memeframe Corporation, cresce uno scontro tra fazioni. Nel trambusto, la hlE Lacia sta per fare la sua prossima mossa.

Lacia ed il suo nuovo lavoro da modella. Lacia è l'immagine usata per promuovere un nuovo tipo di relazione tra hlE e esseri umani, dove gli umani vedono gli hlE di sesso opposto come soci alla pari. Arato viene preso alla sprovvista da questa pubblicità chiamata "Ragazzo incontra Ragazza" che sfida la società stessa.

Dopo aver concluso un contratto con Shiori, Methode attacca improvvisamente Lacia mentre gira una pubblicità. Quando le circostanze riguardanti Arato e Lacia stanno per cambiare drammaticamente, un nuovo studente giunge alla scuola di Arato, Erica Burrows - la Principessa Addormentata nata nel 21º secolo appena svegliatasi dall'animazione sospesa, ed Arato avverte animosità da parte sua.

Shiori mette in pratica il suo piano. Di questo passo, Arato rischia di perdere la proprietà di Lacia. "Signor Arato, ti prego, lasciami restare con te". Questa inattesa preghiera di Lacia emoziona Arato, e questi si reca all'aeroporto internazionale di Chubu per fermare Shiori.

Ad Arato vengono date due settimane di sospensione dopo la lotta tra Methode e Lacia, con una multa di 4.5 milioni di yen per danni provocati. Con l'intenzione di scusarsi con suo padre Kozo, che si offre di pagare la metà dei danni, Arato porta Lacia, Yuka e Ryo a Tsubaka dove si sta svolgendo un grosso esperimento di hlE.

Methode rapisce Yuka proprio di fronte a Lacia. Arato e Ryo vanno a salvarla, ma devono vedersela con tutti gli hlE della città sperimentale che sono stati infettati da Ginga Watarai per comportarsi come zombie. Per provare a riprendere il controllo degli hlE, Arato e Ryo si recano al centro amministrativo.

La morte di Ginga Watarai pone fine all'incidente nella città sperimentale. Durante tutto questo caos, Arato aveva rivelato i propri sentimenti a Lacia che li aveva accettati. Yuka è combattuta sentimentalmente rispetto a questo improvviso nuovo rapporto all'interno della sua famiglia. Nel frattempo, la sicurezza e i maestri di Lacia cominciano a rispondere alla sempre mutevole situazione.

Dopo essere stata convocata da Erica alla tenuta dei Burrows, la lotta delle hlE classe Lacia entrava in una nuova fase. Mentre ognuna di loro contemplava la prossima mossa, Kouka sentiva chiudere le sue possibilità, ricercata dalla polizia in relazione all'esplosione nell'aeroporto di Chubu.

Kouka conduce da sola un attacco terroristico di rete articorpale contro la Società di Ricerca Next-Gen. L'incredibile potere distruttivo di Kouka è diffuso nel mondo, ispirando paura e fervore nelle masse. Era questa la strada verso il futuro di Kouka.

Kengo viene arrestato dalla polizia di sicurezza in connessione alle attività terroristiche di Kouka. Arato decide di salvare Kengo e dà a Lacia l'ordine. Seguendo il piano da lei escogitato, Arato si ritrova faccia a faccia con il PMC "HOO", il gruppo militare responsabile della distruzione di Kouka.

Condizionata dalla distruzione di Kouka, Snowdrop accelera i propri piani, prendendo controllo della sub stazione transformer Mitaka per assicurarsi un continuo rifornimento di energia e per portare disastri nei dintorni. Arato e Lacia provano a fermarla, ma Methode e Ryo si frappongono.

Il segreto di Lacia è rivelato. Arato non è in grado di gestirlo e si fa da parte. Senza difese, viene catturato da Ryo e Methode mentre, inerme dinanzi al monitor, osserva Snowdrop disseminare distruzione.

Spinta da Shiori e Yuka, Arato decide di confrontarsi ancora una volta con Lacia. Qualora il suo ultimo ordine fosse ancora valido, Lacia dovrebbe provare a fermare Snowdrop. Con questo pensiero, Arato si dirige verso Mitaka, un posto ormai reso irriconoscibile dal potere di Snowdrop.

Sono passati due mesi dai tragici eventi di Mitaka. Il mondo sembra essere tornato alla normalità, e Arato e Lacia mantengono un profilo basso in attesa di quanto avverrà. Tuttavia il loro breve periodo di felicità è disturbato quando vengono contattati dalla super intelligenza IA Astraia.

La super intelligenza IA ha spronato la società a cambiare. Mentre la lotta intorno a Lacia ed Arato cresce, i leader della vecchia guardia discutono sul come massimizzare i propri guadagni. Tra i partecipanti, la sola Erika Burrows esprime sdegno verso la loro stupidità.

La super intelligenza IA Higgins. Il cuore di Memeframe, una delle chiavi del futuro dell'umanità, e il creatore di Lacia. Arato e Lacia passano attraverso un enorme struttura sottoterra per contattare Higgins. Lì troveranno un futuro ben oltre l'immaginazione umana.

Ancora una volta, Methode sembra frapporsi ad Arato e Lacia nella struttura sotterranea contenente Higgins. Devono anche fare attenzione a Snowdrop inviata da una super intelligenza rivale IA. Mentre cresce il conflitto, Arato e Ryo fanno del loro meglio per adempiere al loro ruolo di rappresentanti dell'umanità.

Snowdrop si manifesta come una creatura ibrida metà uomo metà uccello, una nuova strana creatura ideata da una super intelligenza IA alla quale non serviva più l'umanità per esistere. Lacia cerca di hackerare il sistema che controlla i comportamenti delle hlE per fermare Snowdrop. Il suo tentativo potrebbe determinare il futuro dell'intera razza.

Arato e Lacia camminano verso il cuore del deposito degli Higgins per scegliere un futuro. I due agiscono come una sola persona supportandosi a vicenda. Tuttavia, danneggiata dall'intensa battaglia, a Lacia non resta molto tempo.