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Dopo che lo studente delle superiori Ren Amamiya si mette nei guai con la polizia, viene etichettato come un delinquente giovanile. Come parte della sua libertà vigilata, è costretto a iniziare a vivere con Sojiro Sakura, uno sconosciuto che ha accettato di accoglierlo. Mentre cammina verso la sua nuova scuola, l'Accademia Shujin, Ren si perde in un altro mondo...

Ren inizia la sua nuova vita scolastica, ma è difficile essere uno studente trasferito, soprattutto quando arriva con un bagaglio apparentemente losco. Incontra Ryuji, un compagno di classe che è altrettanto isolato, e usano un'app misteriosa per entrare in un mondo in cui il loro insegnante di ginnastica, Kamoshida, è un re sadico.

I membri della squadra di pallavolo sono terrorizzati dalla violenza irrazionale del tirannico Kamoshida. Nel frattempo, la compagna di classe di Ren, Ann Takamaki, ha protetto la sua migliore amica dall'essere tagliata come giocatrice regolare della squadra di pallavolo, ma non sa cosa fare riguardo agli approcci persistenti di Kamoshida, che la brama con i suoi desideri contorti.

La prima rapina dei Phantom Thieves of Hearts è in corso, mentre il gruppo invia a Kamoshida un biglietto da visita, minacciando di rubare i suoi desideri contorti. Ren e la banda iniziano a prepararsi per la loro pericolosa immersione nel mondo cognitivo e incontrano un paio di potenziali alleati nel processo. Riusciranno a prendere il prezioso tesoro del terribile re Kamoshida?

Dopo aver cambiato in sicurezza il cuore di Kamoshida, Ren e i suoi amici decidono di continuare a cambiare i cuori di adulti egoisti e incapaci. E non appena i "Phantom Thieves of Hearts" vengono fondati, spunta un sito web di fan, che sollecita le richieste di adolescenti problematici che vogliono cambiare il cuore di un adulto nella loro vita.

Yusuke Kitagawa, uno studente d'arte che studia con il pittore Ichiryusai Madarame, chiede ad Ann di essere la modella per la sua prossima opera d'arte. Nel frattempo, il presidente del consiglio studentesco Makoto Niijima inizia a sospettare del gruppo di amici di Ren. Notando i commenti sul fatto che Madarame plagi le opere d'arte dei suoi allievi, la banda si reca nello studio di Madarame per parlare con Yusuke, che non mostra altro che ammirazione per lui. Inizialmente supponendo di essersi sbagliati, la banda scopre che Madarame ha il suo Palazzo, dove scoprono che intende plagiare il lavoro di Yusuke proprio come gli altri suoi allievi. Mentre Yusuke afferma che sta permettendo a Madarame di usare il suo lavoro volontariamente, la banda apprende l'intera portata dei crimini di Madarame da uno dei suoi ex discepoli, insieme ai veri sentimenti di Yusuke.

Avendo bisogno di cambiare la cognizione di Madarame per accedere ulteriormente al suo Palazzo, Ann distrae Yusuke mentre Morgana accede alla stanza segreta di Madarame, esponendo il suo plagio del suo pezzo più noto, Sayuri. Dopo aver inavvertitamente seguito gli altri nel Palazzo, Yusuke scopre che Madarame è stato responsabile della morte di sua madre, portandolo a risvegliare il suo Persona, Goemon.

I Fantasmi irrompono nel palazzo di Madarame per rubare il suo tesoro, solo per scoprire che si tratta di una trappola. A rivelare il tesoro è l'originale "Sayuri" dipinto dalla madre di Yusuke, Madarame viene sconfitto dai Fantasmi e ammette i suoi crimini nel mondo reale, aumentando la reputazione dei ladri.

In attesa del loro prossimo obiettivo, Ren prova un servizio di cameriera dall'aspetto dubbio, scoprendo che il suo insegnante di classe Sadayo Kawakami lavora segretamente come cameriera. Notando che Ryuji è infastidito dai suoi ex compagni di squadra, Ren chiede a Kawakami i dettagli su ciò che è successo tra lui e Kamoshida. Venendo a sapere che il nuovo consulente della squadra di atletica, Yamauchi, ha manipolato i giocatori facendo trapelare loro delle voci, Ryuji impara a controllare il suo temperamento e a fare pace con la squadra.

Durante un'escursione scolastica in una stazione televisiva, la banda assiste a un'intervista con il detective della polizia Goro Akechi, che afferma che l'abilità dei Phantom Thieves di cambiare i cuori potrebbe essere usata per il male. Più tardi, Makoto viene a conoscenza dell'identità dei Phantom Thieves e li ricatta con una registrazione, affermando che la cancellerà solo se riusciranno a cambiare il cuore di un boss del crimine che ha coinvolto gli studenti. Incontrando la giornalista Ichika Ohya, Ren scopre il nome del capo, Junya Kaneshiro, che guida la banda al suo Palazzo; una banca che vola sopra Shibuya.

Mentre i ladri scoprono di non poter entrare nel Palazzo mentre è a mezz'aria, Makoto, volendo dimostrarsi utile, usa se stessa come esca per condurre la banda da Kaneshiro, che li ricatta con una foto incriminante. Ora considerato un cliente della banca di Kaneshiro, Makoto accompagna gli altri al Palazzo di Kaneshiro dove risveglia la sua Persona, Johanna.

Mentre avanza costantemente attraverso il Palazzo di Kaneshiro, Makoto riesce ad avvicinarsi al resto della squadra. Con la strada per il Tesoro assicurata, i Fantasmi affrontano l'Ombra di Kaneshiro, approfittando della sua mancanza di denaro per sconfiggerlo. Prima che il Palazzo venga distrutto, Kaneshiro informa i Fantasmi di un uomo con una maschera nera che è in grado di entrare nei Palazzi.

Trovandosi in una crisi artistica, Yusuke chiede a Ren di essere la sua guardia del corpo mentre trae ispirazione da Mementos, solo per ricevere dure critiche sul suo pezzo. Nel frattempo, Akechi chiede aiuto a Ren per trovare prove contro un mercante d'arte di nome Akio Kawanabe, che crede sia coinvolto in alcune pratiche losche. Mentre Yusuke riesce a uscire dalla sua crisi grazie all'incoraggiamento dei suoi amici, Ren scopre che è stato l'assistente di Kawanabe a commettere crimini, permettendo ad Akechi di arrestarlo. Ricevendo elogi per il suo nuovo pezzo, Yusuke rifiuta il finanziamento di Kawanabe per perseguire la propria speranza.

Mentre si guarda intorno a Shinjuku con Ren, Makoto vede una compagna di studi di nome Eiko che lavora in un caffè dall'aspetto dubbio, diventando sua amica a causa del loro gusto simile per i prodotti. Preoccupata che Eiko venga truffata dal suo fidanzato ospitante Tsukasa, Makoto racconta a Ren del suo defunto padre, che era un agente di polizia, e chiede il suo aiuto. Riuscendo a smascherare le bugie di Tsukasa a Eiko, i Fantasmi sconfiggono la sua Ombra nel Metaverso, mentre Makoto aspira a diventare un agente di polizia come suo padre.

Mentre un misterioso gruppo di hacker noto come Medjed emette un avvertimento pubblico ai Fantasmi, Ren viene contattato da qualcuno noto come Alibaba, che minaccia di rivelare l'identità dei Fantasmi a meno che non riescano a cambiare il cuore di qualcuno di nome Futaba Sakura. Quando gli viene chiesto di incontrarsi di persona, Alibaba annulla improvvisamente la richiesta e chiede ai Phantom di non esaminare ulteriormente Futaba. Scoprendo che Futaba è un parente di Sojiro, che è sotto pressione da Sae riguardo alla sua autorità genitoriale, la banda, riceve una minaccia da Medjed che attaccheranno il Giappone se le loro identità non saranno rivelate entro il 31 luglio, vanno a casa di Sojiro e si trovano faccia a faccia con Futaba.

Dopo che Sojiro sorprende il gruppo a intrufolarsi in casa sua, spiega come l'attuale situazione di Futuba derivi dall'aver assistito al suicidio di sua madre Wakaba e come pochi mesi prima abbia iniziato a immaginare allucinazioni. Sebbene li implori di non coinvolgersi ulteriormente in Futaba, la banda decide di aiutarla e cambiare il suo cuore dopo aver scoperto che ha un palazzo. Visitando Futaba all'inizio delle vacanze scolastiche, scoprono che vede la sua casa come una tomba e che morirà. Il gruppo si infiltra nel Palazzo di Futaba e si rende conto del suo stato mentale in deterioramento. Dopo aver trovato la strada bloccata dalla stessa porta della stanza di Futaba, il gruppo torna alla realtà e la convince a invitarli a entrare. Dopo un po' di persuasione, Futaba si apre e chiede direttamente alla banda di cambiare idea.

Ottenendo l'accesso al nucleo del Palazzo di Futaba, i Fantasmi si confrontano con una mostruosa cognizione di Wakaba. Mentre Futaba riesce ad entrare nel Palazzo da sola, la sua Ombra la incoraggia a ricordare l'amore di Wakaba per lei, portando Futaba a rendersi conto che la lettera di suicidio di Wakaba è stata falsificata dalle persone dopo la sua ricerca sulla psicologia cognitiva. Di conseguenza, ottenendo il Necronomicon Persona, Futaba usa le sue abilità di supporto per aiutare i Fantasmi a sconfiggere il mostro. Dopo aver fermato Medjed come promesso, Futaba chiede l'aiuto di Ren per scoprire chi ha ucciso Wakaba e ha rubato le sue ricerche.

Con Futaba ora parte della loro squadra, la banda cerca di aiutarla a migliorare le sue abilità sociali portandola in spiaggia. Futaba spiega quindi ciò che ha appreso sulla ricerca di Wakaba sulla psienza cognitiva, portando la banda a credere che sia correlata ai Palazzi, ai casi di arresto mentale e all'uomo con la maschera nera. Mentre Mementos si espande con la crescente popolarità dei Fantasmi, Morgana diventa incerta sul fatto che lui sia davvero umano, mentre Ann è turbata da problemi con il suo lavoro di modella.

Avendo bisogno di informazioni per aiutare a cercare il colpevole dietro gli arresti mentali, la banda chiede a Makoto di estrarre i dati dal laptop di Sae. Il giorno dopo, tutti vanno in gita scolastica alle Hawaii, dove Ren viene in aiuto del giocatore di Shogi Hifumi Togo. Nel frattempo, il preside della Shujin High School, Kobayakawa, viene ucciso dopo aver subito un arresto mentale e aver camminato davanti al traffico. I dati dell'indagine di Sae portano la banda verso Kunikazu Okumura, la cui azienda presumibilmente traeva profitto da coloro che morivano a causa delle chiusure mentali. Nonostante Kunikazu abbia un palazzo, il gruppo si divide sull'opportunità di affrettarsi a inseguirlo. Decidendo di infiltrarsi nel Palazzo da solo solo per finire nei guai, Morgana viene salvata da una certa ragazza.

La banda si infiltra nel palazzo di Kunikazu e scopre che Morgana si è unita a una ragazza che si fa chiamare Ladra di Bellezza, che Makoto identifica come la figlia di Kunikazu, Haru Okumura. Haru spiega di essere diventata una ladra fantasma e di aver collaborato con Morgana per scoprire la verità dietro suo padre. Mentre Morgana rimane intenzionata a ricongiungersi con gli altri, viene ferito mentre cerca di proteggere Haru dal suo fidanzato violento, Sugimura, spingendo gli altri a venire in loro aiuto. Mentre Morgana diventa onesta riguardo ai suoi sentimenti di voler stare con tutti, Haru scopre che Kunikazu ha deciso di accelerare il suo fidanzamento con Sugimura.

Volendo cambiare il cuore di Kunikazu prima che sia costretta a trasferirsi da Sugimaru, Haru decide di aiutare i Fantasmi a progredire ulteriormente nel suo Palazzo, risvegliando il pieno potere della sua Persona, Milady. Dopo aver localizzato il tesoro, la banda affronta l'ombra di Kunikazu e sconfigge il suo esercito di dipendenti robotici. Dopo che i Fantasmi sono stati costretti a lasciare il Palazzo prima che crolli, una figura misteriosa uccide l'Ombra di Kunikazu. Ignari di ciò, la banda rimane scioccata quando Kunikazu muore improvvisamente di arresto mentale durante una conferenza stampa.

Mentre l'opinione pubblica sui Fantasmi precipita dopo la morte di Kunikazu, Haru viene a conoscenza di un falso biglietto da visita collocato nell'ufficio di Kobayakawa, portando la banda a rendersi conto che qualcuno li ha incastrati. Quando Sae fu incaricato di indagare sui Fantasmi, Futaba dedusse che qualcuno aveva imitato Medjed e hackerato la Phansite per rendere i Phantom Thieves più popolari di proposito. Più tardi, Ann chiama Ren per incontrarsi con lei e Shiho, che li ringrazia per averle salvato la vita e ricorda loro il motivo per cui sono diventati Phantom Thieves in primo luogo. In seguito, la banda, dopo aver scoperto che Mishima è diventato troppo ossessionato dalla fama che ha ricevuto dal Phansite, trova la sua Ombra in Mementos, scegliendo di non distruggerlo ma invece di esortarlo a pensare alle cose da solo, aiutando il vero Mishima a trovare la strada giusta di conseguenza.

Gli studenti del liceo Shujin votano all'unanimità per Akechi come oratore ospite al festival della cultura. Nonostante il chiaro pericolo di questo, Makoto lo segue per ottenere ulteriori informazioni. Il giorno del festival, Akechi rivela di conoscere l'identità dei Phantom Thieves, spiegando di aver risvegliato la sua Persona mentre si trovava contro l'uomo con la maschera nera. Offrendosi di aiutare a riabilitare i loro nomi, Akechi chiede l'aiuto della banda per innescare un cambiamento nel cuore di Sae con il gruppo che si scioglierà in seguito.

Mentre la banda cerca di trovare un modo per raggiungere l'ultimo piano del palazzo del casinò di Sae, Soujiro, che scopre un biglietto da visita nella stanza di Futaba, è sotto pressione da parte dello zio di Futaba, che gli chiede di pagargli dei soldi o di rinunciare alla sua custodia. Ren ottiene l'aiuto di Akechi per scavare nella sporcizia dello zio, solo per accusarlo di averlo spinto. Quando i funzionari governativi vengono a interrogare Soujiro, Ren e Futaba riescono ad assicurarli che Soujiro è un buon guardiano, dopodiché dicono a Soujiro di essere dei Phantom Thieves.

Avendo bisogno di una quantità eccessiva di monete per accedere a un ponte per il tesoro, Ren vince i soldi in una battaglia al Colosseo. Sae aumenta la tariffa del ponte, ma Akechi riesce a sfruttare una scappatoia nel sistema di carte di credito del casinò per ottenere l'intero importo e accedere al ponte. Dopo che la banda riesce a sconfiggere l'Ombra di Sae, i nemici circondano il Palazzo, spingendo la banda a dividersi e a trovare la via d'uscita.

Dopo un incontro con Arsene, che lo esorta a ricordare tutto, Ren viene catturato dalla polizia, portando al suo interrogatorio da parte di Sae. Mentre l'interrogatorio volge al termine, Ren, ricordando un'importante discussione con Morgana e Futaba, chiede a Sae di mostrare il suo telefono ad Akechi mentre si dirige verso la stanza degli interrogatori. Dopo essersi imbattuto in Sae e gli è stato mostrato il telefono, Akechi rivela le sue vere intenzioni e spara a Ren, facendolo sembrare un suicidio.