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Dopo aver eliminato la minaccia di Jones, Liz decide di dedicarsi all'insegnamento, con l'intento di voler condurre una vita tranquilla a Roswell. Max, sceriffo ad interim, viene chiamato da Cameron, la sua ex partner passata all'FBI, per indagare su una rapina in banca: lei è convinta che sia opera degli alieni. Tutto sembra procedere nella più completa normalità, quando all'improvviso una strana tempesta fa pensare al peggio.

La dottoressa Shivani, moglie della professoressa di Liz ai tempi del college, arriva a Roswell per proporle una collaborazione nella ricerca sugli alieni. Anatsa inizia ad indagare sulla strana rapina in banca mettendo Isobel in una posizione imbarazzante. Il piano di emergenza di Jones inizia ad attuarsi.

Michael conosce per caso in Bonnie, l'aliena che ha fatto la rapina insieme al suo complice Clyde; insieme a Liz, Max, e Cameron cerca di instaurare un rapporto come infiltrato con i due. Maria nasconde a tutti il fatto di aver perso i suoi poteri, e di non poter avere più visioni. Anatsa non desiste e continua a cercare la verità. La situazione peggiora durante una festa, dove Isobel e Anatsa incontrano Kyle e Kira, la sua nuova ragazza: in quella circostanza Anatsa capisce che Isobel le sta nascondendo qualcosa.

Mimì muore tra le braccia di Maria, lasciandola in stato di shock e con un messaggio difficile da decifrare. Intanto mentre Michael cerca di conquistare la fiducia di Bonnie e Clyde, Max e Cameron sono sulle tracce di Tezca, la terza aliena che deve attuare il piano di Jones. In laboratorio, Liz, anche lei scossa dalla morte di Mimì, prova a studiare il tessuto alieno di cui è in possesso.

Con le fattezze di Cameron, Tezca tenta di insegnare a Max come controllare la fiamma blu e poi brucia il corpo di Jones. Liz cerca di liberare la vera Cameron dal DNA alieno, e capisce che Max le sta nascondendo qualcosa su Tezca. Isobel raggiunge Kyle a Careyes, e lì scoprono molte cose sullo schianto del '47 e sugli oggetti alieni. Dallas ricorda che da bambino si trovava già sulla Terra, e che insieme al padre piantò un albero i cui frutti sono in realtà un tipo di carburante. Michael si fa sempre più coinvolgere da Clyde, finché non perde i suoi poteri.

Liz collabora con Shivani, e tra le due si crea una grande empatia in nome della scienza; Bonnie è detenuta nell'ufficio dello sceriffo e chiede di parlare con Max dal quale vuole protezione. Max ha paura di fare del male a Liz e chiede a Bonnie di togliergli i poteri: basterà un suo bacio perché Max li perda tutti. Questa sua decisione non sarà affatto gradita a Liz.

Michael, Bonnie e Max si convincono del fatto che il tassello che manca a Tezca sia la navicella costruita da Nora, e credono di poterla trovare all'interno di una proprietà acquistata da Bronson nel '47. Intanto, Isobel aiuta Dallas a recuperare i suoi ricordi. Grazie a lei, riesce finalmente a trovare gli occhiali di suo padre, con cui può decifrare la Bibbia. Alla proprietà di Bronson, Isobel, Max e Michael si battono con Tezca e riescono a rinchiuderla, ma della navicella non c'è traccia. In realtà era una trappola di Clyde, e il tassello mancante è un altro. Clyde minaccia di uccidere Bonnie se Dallas non gli darà gli occhiali del padre e la Bibbia.

Liz mette a punto un composto alieno capace di far recuperare i poteri ai suoi amici, ma al contrario di Michael, Max non vuole assumerlo: preferisce non avere più la fiamma blu che interessa a Tezca. Mentre Maria, Rosa e Michael individuano la voragine in cui Alex è precipitato, Isobel aiuta Tezca a recuperare le memorie di Oasis, da cui viene fuori che su Oasis Tecza aveva sempre protetto Isobel insegnandole a combattere. Shivani vuole a tutti i costi salvare sua figlia, e arriva a compiere un gesto estremo che avrà delle conseguenze anche su Liz.

Dopo aver inalato il composto creato per Michael, Liz entra in coma e finisce nel suo personale spazio mentale in stile Far West, creato da una versione oscura di se stessa. Max e Isobel cercano di entrarle nella mente per salvarla, ma Isobel viene espulsa e Max rimane intrappolato. Al fine di risvegliarsi, Liz deve capire cosa ha paura di affrontare e risolvere la questione. Nel frattempo, nel mondo reale, i suoi amici, con l'aiuto di Heath cercano di tenerla in vita. Alla fine, Liz capisce che la sua più grande paura è quella di non riuscire a salvare Max e le persone che ama all'infinito. Decide quindi di lasciare il controllo alla sua metà oscura, che invece ha le idee chiare su come affrontare la situazione.

Decisa a trovare una cura universale per gli esseri umani, Liz continua ad inalare il composto alieno che ha creato finché, stanca dell'ossessione di Shivani nei riguardi di sua figlia Nicole, decide di proseguire le ricerche per conto suo. Nel frattempo, Michael, Maria e Kyle trovano il modo per comunicare con Bonnie e Dallas, imprigionati in una dimensione "tascabile" creata da Theo.

Liz continua a prendere il composto sperando di riuscire a riprodurre in laboratorio la fiamma blu. Max e i suoi amici cercano di farla disintossicare, ma Clyde la rapisce. L'alieno ha infatti bisogno di Liz per contrastare la tecnologia del suo tatuaggio, che gli impedisce di attraversare i portali di Theo. Nel frattempo, Michael, Dallas e Bonnie ritrovano Alex nella "dimensione tascabile". Mentre Dallas e Bonnie vanno alla ricerca di altri frutti alieni, Alex confessa a Michael che sta morendo a causa delle radiazioni presenti in quella dimensione, e gli chiede di sposarlo. Liz riesce a fuggire da Clyde e a iniettargli un siero che lo priva dei poteri. Alla fine, Clyde, ferito, chiederà aiuto a Shivani, promettendole in cambio di riportare in vita sua figlia.

Mentre Liz, nel mondo reale, deve fare i conti con gli effetti collaterali del composto inalato, Max e Isobel si gettano nella dimensione tascabile per soccorrere Dallas, Bonnie, Michael e Alex. Ad attenderli però, c'è anche Clyde diventato ancora più forte grazie al composto.

Max e Isobel cercano di battere Clyde, ma questi è troppo forte e porta via Rosa. Con l'aiuto di Allie Meyers, Liz e Kyle modificano il composto alieno per fare in modo che ripristini il tatuaggio di Clyde. Shivani crede che Clyde voglia usare le proteine di Rosa per salvare Nicole, ma in realtà la tramortisce e le usa per riparare la sua mappa stellare. Grazie alle nuove abilità di Maria, i ragazzi riescono a trovare Rosa, ma Clyde fugge verso il portale. Qui, Liz riesce a iniettargli il composto e Clyde si disintegra mentre cerca di tornare su Oasis.