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Sette anni dopo essere stato salvato con gli amici dalla misteriosa Milo, Daisuke continua a prepararsi per il disastro annunciato che, infine, si compie.

Pur non conoscendolo, Milo arruola Daisuke perché combatta il revision che ha attaccato la scuola. I funzionari di Shibuya cercano di capire cosa sta accadendo.

Nell'anno 2388 il mondo è vittima di una pandemia. Milo racconta a Daisuke e ai suoi amici quello che sa del passato. Poi cominciano i guai.

Muta dichiara che i revisions invieranno alcune persone nel 2017 in cambio degli String Puppet. Un infelice Daisuke incontra un revision.

Con Muta in carcere e la polizia al comando, l'SDS continua l'addestramento. Daisuke pensa di essere il capo, ma Kuroiwa vuole che Gai assuma il suo ruolo.

Marimari affronta Milo in mezzo a ciò che resta della festa di compleanno, chiedendo la verità sui revisions. Lo zio di Daisuke elude la sorveglianza.

Mentre Daisuke è in cella, Kuroiwa e gli altri scoprono maggiori informazioni sui revisions e su ciò che sa l'ARVS. Milo giura che possono ritornare a casa.

Daisuke e la squadra partono in missione per salvare gli ostaggi e distruggere il cervello quantico artificiale, ma i revisions li aspettano.

Sulla scia delle azioni di Keisaku, i revisions sopravvissuti rivedono il loro piano. Mentre l'SDS è nel caos, i sostenitori di Muta ne approfittano per agire.

Milo informa tutti che sta arrivando il momento per lei di andare nel 2010, non prima però di aver partecipato alla battaglia contro Mukyu alla stazione di Shibuya.

La squadra ascolta un messaggio di Milo che rivela la verità sull'ARVS. Gli String Puppet sono senza energia e Shibuya sta perdendo la speranza.

I residenti di Shibuya sono felici per la ritrovata normalità, ma ogni cosa ha il suo prezzo. Nicholas torna indietro nel tempo e Daisuke lo affronta con Milo nel 2010.