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Clara, la prima moglie di Carlo, scompare il giorno in cui esce dal carcere per passare agli arresti domiciliari a casa della figlia Alba. Ben presto si scopre che si è allontanata su un'auto. Alba pensa a un rapimento, Carlo è invece convinto che sia fuggita volontariamente. Nel frattempo, Bruno e Alice, la seconda famiglia di Clara, arrivano a Roma da Ginevra e Alice riconosce l'uomo che ha portato via Clara: lo ha visto parlare con la madre due anni prima.

Il caso della scomparsa di Clara si rivela sempre più intricato e misterioso e Carlo non riesce a trovare risposte. Anche quando Bragadin trova sul computer di Clara le foto di una donna con una valigia, scattate di nascosto da lei alla stazione Termini, tutto si risolve in un buco nell'acqua.

Un prete, don Fabio, viene ucciso in strada da un colpo di pistola. Il sacerdote non era amato nel quartiere a causa del centro per ex detenuti di cui era responsabile, ma il movente non appare sufficiente e la dinamica della morte non è chiara. Parallelamente, le indagini sulla scomparsa di Clara continuano e dal cadavere senza nome di una ballerina che sembra avesse contatti con lei Carlo e Malik risalgono al Nite Owl, un locale che sembra essere l'epicentro dello spaccio di coca rosa.

In una strada di campagna viene trovato il cadavere di una ragazza che si scoprirà essere ossessionata dalle diete. Mentre si cerca la reale causa del decesso, la Polizia sospetta dell'ex fidanzato per poi dover rivolgere attenzione al business di prodotti per perdere peso. La Scientifica scopre che il sangue nel casale appartiene a Nika e trova impronte di Clara e Pugliani dappertutto. Per portare avanti le indagini Carlo decide di permettere a Cantabella di continuare l'operazione al Nite Owl, anche se teme per la sua vita.

I ragazzi di un liceo denunciano la scomparsa della loro professoressa. Le immagini di una telecamera di sorveglianza sembrano raccontare una storia di amore e gelosia ma grazie all'approfondimento di Bragadin si arriva a un'altra verità. Durante l'autopsia si scopre che il ladro che ha rubato la borsa di Clara ha tatuata sul petto una misteriosa sequenza di numeri, mentre sotto le sue scarpe ci sono tracce di alluminio e di droga.

In una strada di periferia viene trovato il cadavere di un notaio. L'uomo sembra essere stato vittima di un pirata, mentre l'autopsia rivela che la causa del decesso è una pugnalata al petto. Nel frattempo, l'agente Mattei, infiltrato della Narcotici, rivela a Carlo che il ladro ucciso si chiamava Suleyman ed era un suo informatore. Carlo chiede a Ottavia di pedinare il poliziotto, perché sospetta che possa portare avanti da solo l'indagine e non tenerlo aggiornato.

Un'avvocatessa muore aprendo un pacco bomba a lei indirizzato e subito dopo un uomo avvisa la Polizia che altre due persone pagheranno per quello che hanno fatto in passato. Il video del deposito bagagli mostra Clara che ritira la valigia e che dimentica gli occhiali da sole sul bancone: Carlo e Malik pensano che lo abbia fatto volontariamente per indicare una pista a chi si fosse messo sulle sue tracce, ma l'indizio sembra non portare a nulla

Cantabella e Pugliani, accompagnato dall'uomo ancora senza nome che ha aspettato Clara all'uscita dal carcere, arrivano in un deposito abbandonato per recuperare il carico di droga. Carlo, Malik e la Trevi credono di stare sulle loro tracce, ma scoprono ben presto di essere caduti in un tranello

Alba, sua sorella Alice e Federico arrivano sul luogo del ritrovamento del corpo senza vita di Clara; Malik, che inizia a sospettare del ragazzo, decide di indagare su di lui. Nel frattempo un giovane con evidenti segni di pestaggio si presenta in commissariato ma muore tra le braccia di Bragadin prima di poter sporgere denuncia. Le indagini sul cadavere del complice di Pugliani, Calzola, portano a una misteriosa cassetta di sicurezza.

Intanto Carlo, che ora sa che Suleyman aveva una figlia, ha messo Ottavia sulle sue tracce: dopo una serie di buchi nell'acqua, un ragazzino le lascia uno strano oggetto appoggiato sullo scooter. Spartaco e Ottavia scoprono che Pugliani usa i bambini come "muli" per trasportare droga.

Un giovane giornalista viene trovato morto sotto casa sua, proprio mentre stava indagando su un giro di risse organizzate clandestinamente e che aveva ridotto un coma un ragazzo. Mentre Spartaco individua il capannone in cui gli uomini di Pugliani smistano la coca rosa e preparano le dosi per lo spaccio, Carlo riesce finalmente a mettersi in contatto con Maryam, la figlia di Suleyman, e la porta in salvo in una casa famiglia. Ma resta da scoprire dove tengono nascosti tutti gli altri bambini.

Federico è scomparso dopo che i sospetti di complicità tra lui e Pugliani si sono intensificati, ma Carlo teme che Alba sia in pericolo, le chiede quindi di rimanere in casa, piantonata da Lisi. Non basterà e quando le cose precipitano, Malik fatica a rimanere lucido sul destino di Alba. Mentre Carlo è impegnato a cercare di rintracciare la madre di Maryam, la bambina fugge dalla casa famiglia una volta saputo che il padre è morto. Carlo si impegna a ritrovare lei e gli altri ragazzini prima che i criminali della droga li nascondino o sposino altrove.