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La cantante Sarah Fitzgerald prende una misteriosa ragazza di nome Rouge come sua aiutante. Dopo una delle sue esibizioni, Sarah e il suo amante vengono attaccati e una donna di nome Naomi si avvicina a Rouge con informazioni su Sarah.

Rouge e Naomi prendono un autobus su Marte, alla ricerca del prossimo membro degli Immortal Nine. All'improvviso un convoglio di veicoli armati li attacca. Si rivelano essere un gruppo di mercenari che prende di mira Rouge. L'autobus fugge in una foresta, ma si rompe...

Uno degli Immortal Nine si trova in un certo insediamento Nean, ma solo il personale autorizzato può entrare. Mentre cammina per la città, Rouge incontra un medico che lavora nell'insediamento e con il suo aiuto riesce ad entrare.

Rouge viene tenuta prigioniera perché sospettata dell'omicidio di Juval. Naomi vuole farla scappare, ma Rouge sospetta che la persona che cercano sia coinvolta e sceglie di restare.

Rouge viene imprigionata ed è persa in un'illusione che non può essere definita né un sogno né un ricordo: la sua vita subito dopo la sua nascita, i suoi giorni con il suo gentile fratello maggiore Gene e suo padre Roy...

Naomi e Rouge sono una nave di ritorno da Marte, nella quale vengono commessi una serie di omicidi misteriosi.

Naomi incontra Gene Junghardt mentre vengono rivelati altri pezzi del puzzle. Nel frattempo, Rouge ha un incontro inaspettato.

Rouge si riunisce con Gene e i due visitano la Biblioteca della memoria del dottor Junghardt. Rouge ripercorre i suoi ricordi per conoscere se stessa, Code Eve e gli obiettivi del dottor Jung.

Mentre Rouge lotta contro Aerkos, Silvia e Graupon, Eden arriva per salvarla, ma si scopre che anche lui fa parte degli Immortal Nine.

Sulla strada per Venere, Rouge e Naomi scoprono che Cyan si è nascosta sulla loro nave. È convinta che Rouge sia sua sorella maggiore e insiste per viaggiare con lei, nonostante le proteste di Naomi.

Dopo aver effettuato un atterraggio di emergenza su Venere, il gruppo di Rouge entra nella Cloud Plant per trovare Gene, ma Silvia rileva i loro movimenti. Mentre Gene guarda, il burattinaio inizia a parlare di sua madre, Eva Kristella, e della sua creazione, Code Eve.

Rouge e Naomi trovano Gene, ma il suo comportamento sembra strano. Eden incontra Graupon, ed entrambi combattono per le proprie convinzioni e per le persone che amano.

La vera identità del Burattinaio viene rivelata. Rouge, Silvia e tutti gli altri ascoltano scioccati mentre spiega i suoi piani e il mondo che desidera.