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All'inizio del nuovo anno scolastico Hiroshi ha problemi a integrarsi con la classe a causa degli inspiegabili scatti d'ira. L'amica Kyoko e il nuovo maestro, Nube, cercheranno di aiutarlo coi suoi problemi che si rivelano essere di natura sovrannaturale.

Hiroshi è stato rapito da Tamamo, che si scopre essere uno spirito volpe che vuole usare il suo cranio in un rituale per perfezionare la sua trasformazione in umano. Kyoko e Nube partono però all'inseguimento per salvarlo.

Per la scuola gira voce che ci sia uno studente misterioso che fa pulizie durante la notte. Nube e i suoi alunni decidono di indagare e scoprono che si tratta del modello anatomico dell'aula di scienze che è divenuto uno tsukumogami. Cercano perciò di fargli capire con tatto che non è un bambino vero, ma la reazione di quest'ultimo è estrema e Nube è costretto a sigillarlo.

Miki, seguendo tutorial online, riesce nell'intento di ottenere dei poteri psichici come quelli di Nube, però quella che crede essere chiaroveggenza si rivela averla trasformata nello yokai rokurokubi. I compagni di classe spaventati chiedono l'aiuto di Nube che si prepara a esorcizzarla.

Katsuya usa dei soldi trovati in un santuario per comprare una crêpe a sua sorella, ignaro del pericolo posto dalla spada posseduta da uno yokai lì sigillata. Quando strani fatti iniziano ad accadere attorno a lui, decide di restituire il denaro e scusarsi, ma solo l'intervento di Nube e degli amichetti potrà risolvere la situazione.

Makoto vede un video dove parlano del Teketeke, uno spirito che ruba le gambe a chi conosce la sua storia, e ne è terrorizzato. Nube cerca di convincerlo senza successo che si tratta di fandonie, dato che esiste realmente ed è attirato proprio da chi pensa a lui e ne ha paura. Quando Makoto viene aggredito però, Nube gli fa scoprire la vera storia del Teketeke e il bambino si ravvede.

Yukime, una giovane yokai va in visita a Nube per mantenere la promessa fattagli cinque anni prima. Poiché in sua presenza si sta scatenando una nevicata fuoris tagione, Nube fa di tutto per cercare di convincerla a tornare tra i monti ma, sopraffatta dall'amore, Yukime diventa ostile e cerca di portarlo con lei, arrivando anche ad aggredire gli allievi della classe 3.

Akira trova un tablet all'apparenza rotto, ma che gli fa ricevere progetti per creazioni fantastiche che mostra fiero alla classe. Quando cerca però di riportare in vita il coniglio della classe, l'invenzione va fuori controllo e spetterà a Nube salvare la scolaresca, insegnando così ad Akira un'importante lezione sull'accettare i fallimenti.

Nube incontra una zashiki warashi per strada che si affeziona a lui e inizia a seguirlo, portando fortuna ai suoi alunni. Quando però le dice che non va bene facilitarli troppo, questa si trasferisce a casa di Makoto. Nube e la sua scolaresca decidono così di seguirla per scoprire le sue origini.

Shuichi non vuole partecipare al mercatino dell'usato che si tiene a scuola perché è abituato a cambiare continuamente tutto grazie ai soldi dei genitori. Quando però un vecchio ombrello a cui teneva molto torna a trovarlo sotto forma di tsukumogami, capisce l'importanza di trattare gli oggetti con amore.

Tamamo torna durante la visita medica degli studenti di Nube, mettendo subito quest'ultimo in guardia verso di lui. Nonostante proponga inizialmente una tregua, subito dopo attacca la classe nel tentativo di far usare a Nube il massimo del proprio potere. Nel frattempo una creatura sovrannaturale chiamata Pesce nebbia arriva a scuola e la avvolge in una fitta nebbia spiritica.

Nube non riesce a sconfiggere la mostruosità che continua a rigenerarsi finché sta nella nebbia. Quando Tamamo gli conferma che al tramonto le uova si schiuderanno, uccidendo gli alunni, Nube decide di mettere in atto un piano disperato. Le preghiere degli studenti convincono però anche Tamamo ad aiutare Nube a sconfiggere il pesce nebbia.

Nube è assente da scuola per tre giorni, e quando i suoi alunni iniziano a preoccuparsi per lui, lo trovano nel vecchio edificio scolastico posseduto da uno yokai sul quale ha fallito un esorcismo. Non potendo liberarsene da solo, i suoi studenti si ingegnano e recuperano la spada di Hatamonba, che è in grado di falciare gli spiriti.

Kyoko si sveglia una mattina, pronta per andare a scuola, ma scopre di avere 26 anni e di dovere invece andare al lavoro. In preda alla confusione, cerca di orientarsi in un mondo a lei sconosciuto, incontrando vecchie amicizie, ormai adulte come lei. Solo quando riesce a parlare con Miki, quest'ultima le svela dove si trova Nube, l'unica persona ancora in grado di aiutarla.

Nube incontra uno yokai che gli permette di tornare al passato per rimediare a un vecchio errore, e lì rivede Minako, la maestra esorcista che lo ha sostenuto durante le elementari e gli ha insegnato a diventare l'insegnante che è oggi. Nonostante il suo tentativo di salvarla, si rende conto di non poterlo fare, perché il passato è già avvenuto, e di doversi invece dedicare ai propri studenti.

Nube riceve un misterioso pacco refrigerato da cui esce Yukime, che ha deciso di andare a vivere con lui dopo essere stata scacciata dalla divinità dei monti su cui vive. Quando però vede Nube fare il cascamorto con Ritsuko, è presa dalla gelosia e scappa via, rimanendo però coinvolta in un incendio mentre cerca di salvare una bambina.

Gli adulti di Domori tengono nascosto un segreto ai bambini, e cercano di mandarli a casa di tutta fretta. Miki, Hiroshi e Kyoko, però, sono curiosi e latitano per strada, diventando così le vittime del Figuro A, un misterioso individuo che prendere di mira proprio i bambini. Saranno Nube e Ritsuko a fare il possibile per proteggere i loro studenti.

Le richieste di Miki sembrano avverarsi misteriosamente per mano di uno yokai chiamato Daidarabocchi, solo che lei è l'unica a rendersi conto dei cambiamenti che avvengono in città. Quando anche Nube e Kyoko si mostrano scettici di fronte ai suoi racconti, decide di provare che Daidarabocchi esiste veramente. Purtroppo fallisce e si mette in pericolo tentando di riportare un rondinino al nido.

Katsuya cerca un posto dove pescare, con l'aiuto del portafortuna regalatogli da Manami, quando però per errore uccide dei pesci e incontra una creatura misteriosa. Dopo essere fuggito, scopre che quella creatura è un kirin, e Nube lo avvisa che si tratta di una bestia divina. Decide perciò di andare a recuperare il portafortuna smarrito, temendo che il kirin decida di attaccare Manami.

Yukime torna all'attacco per conquistare il cuore di Nube e, quando i bambini propongono una gita al mare, decide di unirsi anche se è un luogo inospitale per il suo fisico da yukionna. Quando però Kyoko cadrà vittima di uno spirito maligno, sarà proprio la presenza di Yukime a permettere a Nube di salvarla.

Mamoru si confida con Nube riguardo un misterioso yokai che ha visto, ma essendo un alunno di Ritsuko, quest'ultima se la prende e cerca di tenerli a distanza. Quando però lo yokai attacca Mamoru, mandandolo in ospedale, Ritsuko deve scendere a patti col fatto che le creature sovrannaturali esistono realmente, e che Nube non è un cretino come dà a credere di solito.

La scuola deve chiudere presto perché un tifone sta per abbattersi su Domori ma, quando inizia a piovere, Hiroshi e Miki si trovano bloccati lì con Nube. Mentre discutono sul da farsi, un'auto sfonda il cancello e scende una coppia che inseguita da degli yokai che cercano di ucciderli. Nube cercherà di proteggere i due assieme ai propri allievi, ma la coppia ha qualcosa di strano.

Miki trova una lettera diretta a Nube, e pensa sia un invito da una sua vecchia fiamma. Lei e i compagni decidono così di seguirlo all'incontro, dove conoscono Megumi, una ex alunna di Nube di quando era ancora tirocinante. Megumi racconta loro come si sono conosciuti e come l'ha liberata da uno spirito maligno che la possedeva.

Noriko viene presa di mira da uno spirito di nome Mary, che minaccia di strapparle gli arti dopo una settimana se non riuscirà a ricomporre la sua bambola. L'intera scuola accorre in suo aiuto per cercare i pezzi della bambola nascosti dallo spirito, ma dopo una settimana manca ancora una gamba, e spetterà quindi a Nube proteggere Noriko da Mary.

La mano demoniaca di Nube gli si rivolta contro, facendolo svenire. Interverrà così Tamamo che, accompagnato dagli studenti di Nube, entrerà nei ricordi del maestro per scoprire come ristabilire il sigillo sulla mano.

All'interno del ricordo, Nube sta affrontando il demone, che si rivela contenere Minako che gli racconta cosa le è accaduto e gli chiede di sigillarla assieme al demone Baki, prima che possa portare distruzione nel mondo.