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È l'anno 2017 e l'Europia è stata invasa dall'Impero Britanniano. Nel tentativo di contrastare l'enorme numero di vittime, l'esercito forma un'unità speciale chiamata Wyvern, composta da ex cittadini giapponesi, gli Eleven, reclutati per pilotare i Knightmare Frame in operazioni estremamente pericolose. Tra i membri selezionati c'è il tenente Akito Hyuuga, conosciuto sul campo di battaglia come «il Fantasma di Annibale» per la sua straordinaria abilità e letale efficacia in combattimento.

I nuovi membri dell'unità W-0 tentano di disertare, ma vengono fermati da Akito e Leila. La squadra, con Leila che si unisce a loro, viene quindi inviata dietro le linee nemiche, nella città di Slonim, dove cade in un'imboscata delle forze dell'Euro-Britannia, guidate da Shin, il fratello di Akito. Akito, Leila e le tre reclute giapponesi riescono a sopravvivere grazie al fenomeno di sincronizzazione BRS. Nel frattempo, Suzaku Kururugi e Julius Kingsley sono arrivati a San Pietroburgo dalla Britannia continentale.

Dopo aver scoperto il volto del loro vero nemico, una persona legata ad Akito e responsabile del Geass che gli è stato imposto, l'unità W-0 tenta di tornare alla propria base, il Castello Weisswolf. Tuttavia, a causa di un problema con i loro documenti d'identificazione militare, rimangono bloccati a Varsavia e sono costretti ad accettare l'aiuto di alcuni zingari locali. Questa situazione offre alla squadra l'occasione di trascorrere del tempo insieme e rafforzare i legami tra i suoi membri. Nel frattempo, il consigliere britanniano Julius Kingsley e la sua guardia del corpo Suzaku Kururugi iniziano a collaborare con i Cavalieri di San Michele, con l'obiettivo di schiacciare una volta per tutte la resistenza europea. A loro disposizione c'è il devastante potere di un'enorme arma conosciuta come Ark Fleet.

Mentre l'unità W-0 è lontana dalla base, Leila e il personale rimasto si ritrovano circondati dai Knightmare britanniani. Alla guida del Vercingetorix, Shin Hyuuga conduce l'assalto nemico dopo aver usurpato la posizione di Gran Maestro dei Cavalieri di San Michele. Con i membri principali della squadra assenti, spetta a Leila proteggere i suoi compagni, ma la situazione si rivela molto più difficile del previsto: una spia infiltrata nella base è finalmente pronta a smascherarsi. Costretta ad arrendersi, Leila organizza un incontro con Shin per garantire la sicurezza della sua squadra. Ma quando le trattative iniziano a precipitare, Akito e un alleato inaspettato fanno ritorno proprio all'ultimo momento, ribaltando le sorti dello scontro.

L'Ark Fleet è stata distrutta e un numero significativo di truppe nemiche è stato spazzato via in seguito al suo schianto. Mentre le forze rimaste del Sacro Ordine di San Michele si riorganizzano per lanciare un assalto finale al Castello Weisswolf, l'unità wZERO, insieme al loro nuovo alleato Ashley Ashra, si prepara a intercettarle. Nel frattempo, con il suo Geass ormai fuori controllo, Shin decide di cancellare definitivamente l'esistenza del fratello minore. Ma Akito, dopo aver promesso a Leila che sarebbe tornato vivo, rifiuta di accettare un simile destino. I due si affrontano così nella loro battaglia finale.