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ルーデウスと結ばれたものの、己の未熟さを痛感したエリスは彼のもとを去った。ギレーヌと共に剣の聖地にたどり着いたエリスは、打倒・龍神オルステッドを宣言し、剣神ガル・ファリオンのもとで修業する。そこには剣聖として同じく修行に励む少女・ニナの姿もあり…。

ルーデウスに相応しい存在となるためにエリスが剣の聖地に来てから2年が経過。エリスからルーデウスの名を聞いたニナは、その実在を確かめようと街に向かう。一方、剣の聖地には水神レイダと弟子のイゾルテが来訪。エリス、ニナ、イゾルテの3人は合同で稽古を行うことになる。

ロキシーを第二の妻として迎え、シルフィエットと娘のルーシー、妹のノルン、アイシャたち家族と穏やかな日常を過ごし始め、ラノア魔法大学にも復帰したルーデウス。同大学でロキシーが教壇に立つことにもなり、妻として彼女を皆に紹介をする中、クリフは信教上それを許せず…。

ルーデウスはザノバとクリフの協力で新たな左手となる「ザリフの義手」を手に入れた。しかし、いつかまた迫るかもしれない家族への危険。「もう誰も失いたくない」という想いのもと研究を進めるルーデウスは、ついにロキシーへ水王級魔術を教えてほしいと頼み込む。

クリフとエリナリーゼの結婚式が聖ミリス教会で執り行われ、ルーデウスたちは二人を祝福する。そんな中、ノルンとアイシャの十歳のお祝いをしていないことに気づいたルーデウスは、二人へのプレゼントを買うためにシルフィエット、ロキシーと共に街に繰り出す。そして、ついにルーデウスの念願が……。

ラノア王女の護衛を依頼されたロキシーに、ルーデウスも同行することに。そして共に護衛を担当することになった冒険者パーティ「アマゾネスエース」に意外な人物の姿が。それは、かつてルーデウスが行動をともにしていた冒険者パーティー・カウンターアローのサラだった…！ルーデウスは彼女と言葉を交わすが…。

ラノア魔法大学の卒業式、リニアとプルセナが卒業生として出席。ナナホシは別世界からの物体召喚の研究に邁進し、ノルンはアリエルから生徒会に誘われるなど、ルーデウスの周囲の人たちも次第に次の道へと進んでいく。そんな中、ナナホシがルーデウスにある提案をする…。

ゼニスが回復する方法を知るために、ルーデウスはナナホシの紹介で空中城塞ケイオスブレイカーに住まう魔神殺しの三英雄のひとり、“甲龍王”ペルギウスに謁見することになった。圧倒的な存在感を放ち、ゼニスの話を聞いたペルギウスは意外な人物の名前を挙げる。

ケイオスブレイカーで突如吐血し、倒れたナナホシ。原因は7000年前に根絶したはずの病「ドライン病」だった。絶望するナナホシ。ルーデウスは彼女の力になりたいとペルギウスに申し出る。そして「ドライン病」を知っている可能性のある人物を探すことに…。

「ドライン病」の治療手段を知るべく魔大陸に飛んだルーデウスたちは、キシリカを見つけ出した。しかし、キシリカを狙う不死魔王アトーフェラトーフェの親衛隊にキシリカと共に連れて行かれてしまう。アトーフェラトーフェと対峙したルーデウスは彼女の親衛隊へと誘われるが…。

アトーフェラトーフェの追撃を振り切り、「ドライン病」に効果があるとされるソーカス草を手に入れたルーデウスたち。果たしてナナホシの病気を治せるのか…!? そしてルーデウスが久しぶりの我が家に帰宅した夜、ヒトガミが現れ助言を行う。ルーデウスがその助言に従おうとすると、謎の人物が現れる――。

「俺は、未来から来た」突如現れた老人はそうルーデウスに告げる。戸惑うルーデウスに対し、老人はこれからルーデウス自身に降りかかるという残酷で悲惨な出来事、そして、その全ての元凶について語る……。

「ナナホシに相談しろ。エリスに手紙を送れ。ヒトガミを疑い、敵対はするな」それが未来のルーデウスが遺した言葉だった。老ルーデウスの託した日記帳を開くルーデウス。そこに記されていたのは、ロキシーの死から始まる、未来の自分が歩む壮絶な半生だった。

老ルーデウスの日記を読み終えたルーデウスは、愛する家族を守るために、悲惨な未来を回避するために行動を開始する。シルフィエットとロキシーに老ルーデウスの存在や詳細を隠しながら、家族に危険が及ぶかもしれないということを伝える。そして「エリス」の存在についても…。