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学園の入学試験を受けるため、セシルや再会したクレナ、ドゴラと共にラターシュ王国学園都市へやって来たアレン。4人は入学試験に先立ち、「鑑定の儀」を受けることに。以前は才能無しと鑑定されたアレン。果たして今回は……。鑑定後、アレンたちの前に「勇者」ヘルミオスが現れる。彼はアレンの能力に興味津々な様子で！？

担任から夏休みの課題はダンジョン攻略だと予告された新入生たち。課題に備え、アレンは新たなパーティーメンバーを募集。その結果「僧侶」の才能を持つキールが仲間に加わる。しかし、キールは何やら訳ありな様子で！？後日、特別授業の講師として「剣聖」の才能を持つドベルグが学園にやって来る。授業中、クレナがドベルグにスキルの使い方を質問すると……。

キールが正式に仲間に加わったパーティー「廃ゲーマー」は、B級ダンジョンの攻略へ乗り出す。出現する魔獣たちを順調に討伐しながらダンジョン最下層を目指す一同。2か月後、ついに……。それから迎えた夏休み。キールが王家の使いと交わした約束について、グランヴェル卿に報告をするアレン。会話の最中、2人は約束の裏に潜んだとある謀り事に気が付く。

ダンジョンの罠で転移したドゴラとセシルを発見したアレンたち。合流を果たし、危機的状況を乗り越えた一同はダンジョンの最下層に到達。そこでA級ダンジョン初攻略をかけて、ボス魔獣と戦闘を開始する。それから夏休み明け、学長に呼び出されたアレンとクレナ。2人は1週間後に開催が迫った学園武術大会への参加を提案される。

2年生に進級したアレンたち。進級と同時にクラスにはエルフの国「ローゼンへイム」の王女・ソフィアローネ（ソフィー）、彼女の護衛・フォルマール、そしてドワーフのメルルが転入してくる。「廃ゲーマー」に加入した３人はレベルアップをするべく、アレンたちとＢ級ダンジョンに挑戦することになる。そしてあっという間に月日が流れ夏休み前。アレンとクレナは再び学長に呼び出されて……。

学園武術大会最後の試合として、アレンとヘルミオスの試合が開始。試合序盤、圧倒的な速さと重さを誇るヘルミオスの剣技の前にアレンは防戦を強いられる。しかし、新たに手に入れたBランク召喚獣を召喚すると反撃を開始し、徐々に押し返していく。そんな彼に手加減無しの一撃を放つヘルミオス。一方、アレンは対勇者用のとっておきの秘策を用意していた。

大陸間の協力関係を崩すため、侵攻を開始した魔王軍。そのことに気が付いたアレンたちは、敵の目論見を断つための要となるローゼンヘイムへ向かう。避難所となっている町・ネストを訪れた一同は負傷者や避難民たちの救護と情報収集を開始。するとソフィーの母親にしてローゼンヘイムの女王が魔王軍との戦闘の最前線・ティアモにいることが判明して！？

一晩で4万体以上の魔獣を撃退したアレンたち。さらにアレンは休む間もなく、ティアモ以外の3つの町に回復アイテムの配布と召喚獣の配置を完了させる。それらの働きの見返りとして、アレンは自身のことを予言した精霊王・ローゼンと対面を果たす。アレンはローゼンに「廃ゲーマー」全員を「ヘルモード」にしてくれるように頼んで……。

100万もの魔王軍をティアモで迎え撃つ覚悟を決めた一同。まずは「廃ゲーマー」迎撃準備の時間を稼ぐため、遅滞戦術を仕掛けていく。その甲斐あって敵のティアモへの到着を遅らせつつ、戦力を削ぐことに成功する。しかし、敵の侵攻は止まらず、戦い続きの「廃ゲーマー」は疲労困憊。さらにアレンの手持ちの魔石は残り少なくなってしまい！？

ティアモの防衛に成功した一同は続いて、陥落したラポルカ要塞の奪還作戦を開始。要塞の中に潜入したアレンら先行部隊はそのまま戦闘を開始する。後続部隊のサポートもあり、数的には圧倒的不利な状況をものともせず戦いを優位に進めたアレンたちは、ついに勝利が目前に。だがその時、ローゼンヘイムへの侵攻を指揮していた3人の魔族たちが戦場に姿を現す。

アレンを除く「廃ゲーマー」のメンバーは奪還したラポルカ要塞の防衛戦に臨むことに。一方、アレンは召喚獣を介して、ギアムート帝国にいるヘルミオスに今後に関するとある相談をして……。その後、ネストへ侵攻する魔王軍の殲滅を引き受けたアレンは戦闘を開始。しかし、休む間もなく攻撃を仕掛けてくる敵に思わぬ苦戦を強いられてしまう。

アレンの根回しの甲斐があり、ローゼンヘイムにやって来た勇者・ヘルミオス。「廃ゲーマー」に頼もしい助っ人が加わったかと思いきや、ヘルミオスは自身とアレン以外がレーゼルと戦うことに否定的な様子。そこでドゴラやクレナが彼と手合わせをして実力を証明することになるが……。翌日、アレンたちは首都・フォルテニアの奪還作戦を開始する。

エクストラスキルを発動し、全身全霊の一撃でレーゼルの2つめの心臓を破壊したドゴラ。しかし、それでもレーゼルに致命傷を与えることは出来ず、反撃を受けたドゴラは力尽きてしまう。打つ手が無くなり勝利は絶望的、そのうえ撤退さえも困難な状況に追い込まれた「廃ゲーマー」。その時、戦場に降臨したのは！？