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舞台は第4次忍界大戦に戻る。尾獣を抜かれ、瀕死のナルトを必死に医療忍術で助けようとするサクラだが、ついにナルトの心臓が止まってしまう。一方、マダラに刀で胸を貫かれたサスケのチャクラも消えてしまった。

4代目火影・ミナトの九尾も黒ゼツに奪われナルトに死が迫るなか、さらに十尾の人柱力と化したマダラがカカシたちの前に現れる。カカシたちは総力を挙げてマダラに攻撃を仕掛けるが、全く歯が立たない。

オビトはマダラと対峙しながら、カカシと出会った幼い頃のことを思い出す。「仲間は絶対に助ける。それが俺の流儀だ」と言っていたカカシは、いつの頃からか冷酷に任務を優先するようになっていた。

「仲間を見捨てない」ことが流儀のオビトと、「任務優先」が流儀のカカシ。意見が合わないまま出撃した先で敵がオビトたちを襲う。だが、こんな状態でチームワークなど発揮できず、ミナト班は窮地に立たされる。

瀕死のサスケのもとにたどり着いた香燐たち。だが、サスケのそばには謎の人物がいた。一方、マダラと戦うカカシたちのもとへガイが駆けつける。六道の力を得たマダラには、仙術か体術によるダメージしか通用しない。

八門遁甲「死門」を開く決意をしたガイは、万年下忍で里の者たちからばかにされていた父親、マイト・ダイを思い出す。ある日、父親を侮辱にした中忍に怒った少年のガイは立ち向かうのだが、全く歯が立たない。

リミッターを外し極限まで力を引き出す究極の技、八門遁甲の陣。一時的に五影をも上回る何10倍もの力を出すことができるが、発動した者は必ず死ぬ。その八門遁甲の陣を発動したガイが六道マダラに攻撃を仕掛ける。

気がつくと精神世界にいたナルト。自分は死んだのかと不安になるなか、伝説の忍といわれている六道仙人と出会う。そこで自分が六道仙人の息子・アシュラの、そしてサスケがその兄・インドラの転生者だと聞かされる。

ナルトは師匠・自来也との修行の旅から3年ぶりに木ノ葉隠れの里に帰ってきた。帰りを待ちわびていた木ノ葉丸は、「新しい術を教えてくれ」とナルトに頼み込む。早速2人は、新術の修行を始める。

ナルトがどんどん強くなっていくなか、木ノ葉丸は「自分はナルトのライバルだ」と言い、闘志を燃やすナルトに勝つことを諦めず新術の修行に励む。ナルトが形態変化の修行に励めば、木ノ葉丸も己の修行に打ち込む。

ガイの命を懸けた八門遁甲の陣で、マダラは大きなダメージを負う。そこに、六道の力を手に入れて復活したナルトがやってきてマダラと戦闘を開始。戦いの最中、ナルトは新しい螺旋丸で神樹を切り倒すのだが…。

オビトの異空間からサクラが戻り、マダラと戦う戦場にはカカシが率いる第7班のメンバーが揃った。3人は昔と変わらず戦闘中だというのに口論を始め、その光景を見たカカシは第7班が初めて集まった時を思い出す。

無限月読とは、全人類に幻術をかけ、永遠に幸せな夢を見せ続ける最強の幻術だ。ついにマダラの手により無限月読が発動され、夜空に浮かぶ満月は妖しく輝き、不気味な写輪眼の紋様を浮かび上がらせた。

無限月読の発動で眠りに落ちたテンテン。目が覚めるとそこは木ノ葉隠れの里だった。里まで飛ばされ戸惑うテンテンだが、木ノ葉の仲間たちが現れた。そこにはなぜか死んだはずのネジもおり、みんなの様子がおかしい。

仲間たちの性格が正反対になっている世界に来たテンテン。おかしいのはみんななのに、自分が変だと言われてしまう。テンテンは幻術に長けた忍に会うため、抜け忍になる覚悟で木ノ葉の里を出ようと試みるが…。

無限月読にかかったキラービーが見る夢。そこは、尾獣の力を使って世界を変えようと目論む「暁」が暗躍する世界。その「暁」により尾獣の力を奪われ、ナルトたち人柱力は各地でとらわれの身となっていた。

「暁」が召喚した巨大兵器「十尾」。現在、この十尾を落風城の姫が封じているのだが、満月の夜にはその封印が解けてしまう。次の満月の夜までに人柱力全員を集め、姫を守ろうとするキラービーだったが…。

無限月読にかかった香燐が見る夢。うずまき一族として生まれた香燐は、かんだ相手を回復させるその特殊な能力故に辛い過去を生きてきた。里を追われ、草隠れの里でよそ者扱いを受けている香燐だったが…。

無限月読は、スサノオで守られているナルトたち第7班以外の忍たち全員を夢の世界にいざなう。火影である綱手もその術にはあらがえず、夢の世界へ落ちていった。そして、気がつくとそこは木ノ葉隠れの里だった。

自来也の書いた小説を読みふける綱手。小説はナルトの少年時代が描かれており、ミナトやクシナ、イタチなどが生きているもうひとつの木ノ葉の里の物語だった。そんな時、突然、手練れの中忍や上忍が行方不明になる。

姿を消した上忍を捜すナルトたちの前に飛段が現れた。そしてシカマルたちの前には弥彦、小南、長門が現れる。弥彦たちは「暁」の衣をまとっているが、なぜか「チーム・ジライヤ」と名乗りシカマルたちを襲う。

謎の集落へと誘導され、チーム・ジライヤと戦うシカマルたちだが、集落の子供たちを戦いに巻き込んでしまう。戦闘で崩れた地面から地下のトンネルへ落下してしまった子供たちを、弥彦たちは助けに向かうが…。

ナルトとネジの前に現れた謎の仮面の男が、「仲間の命よりも掟を優先する木ノ葉隠れの里の真実を知りたければついてこい」と言う。そして男は、過去に木ノ葉で起こったある事件の映像を2人に見せる。

仮面の男にチーム・ジライヤが「彼らは一度は任務を優先して立ち去ったが、子供たちのために戻ってきた」と報告。木ノ葉隠れ下忍たちの行動に仮面の男は満足するかと思われたが、引き続き監視を続けろと命じる。

サスケとサクラのもとに、ナルトとネジを除いたシカマルたち下忍が合流する。しかし、彼らの前に傀儡使いのヒルコが立ちふさがった。ヒルコは、100体もの傀儡で木ノ葉の里への道を封鎖してしまう。

異空間に来た自来也のおかげでナルトは動けるようになった。自来也はサスケたちを危機から救うため、ナルトに九尾の力をコントロールさせようと九尾の封印を弱めるが、かつて大ガマ仙人から受けた予言を思い出す。

ナルトも合流し、下忍たちは傀儡に襲われた危機を脱した。下忍たちを見た仮面の男は、若い忍たちにも未来があると感じてその結果に満足し、上忍たちの解放を約束。男と共に一部始終を見ていたネジも解放された。

任務を終えたナルトたちは木ノ葉の里に戻ってきた。今回の活躍で下忍の仲間たちから力を認められ始めたナルトだが、サスケだけは認めようとはしない。ナルトと違い、父親に期待されていないサスケは発奮する。

常にイタチと比べられ、一向にフガクに認められないことにいら立ちを募らせるサスケ。そして、そんなフラストレーションをサスケはナルトにぶつけてしまい、ふたりは新術を撃ちあう喧嘩を始めてしまう。

3年後。サスケは木ノ葉警務部隊の副隊長となった。だが、警務部隊の乱暴な取り締まりに里の人々は不満を募らせ、うちは一族の印象は悪くなっていく。そこへ、自来也と共に修行の旅に出ていたナルトが帰ってきた。

大蛇丸から力を得るため里を抜けるサスケだが、それはサスケの肉体を乗っ取ろうとする大蛇丸のわなだった。サスケの危険を知り、ナルトとシカマルが追いかけるが、面を被った暗部の者たちが2人に襲いかかる。

大蛇丸にサスケの体を届けると約束したダンゾウが、それを邪魔するナルトを抹殺すべく刺客を送り込んだ。その危機にネジ、リー、テンテンが駆けつけ、ナルトをサスケのもとへ送り届けるため暗部たちに戦いを挑む。

ネジやリー、テンテンが懸命に「根」の者たちの足止めをしたおかげで、ナルトはサスケの目的地である塔にたどり着いた。だが、時すでに遅く、サスケは自身の体を次の器として狙う大蛇丸と対面していた。

大蛇丸と共に去ってしまったサスケ。しかしナルトは諦めず、絶対に連れ戻すと決意してシカマルたちと共に里へ戻る。一方、里では死んだはずの弥彦が、木ノ葉に裏切られた復讐のため「ペイン」と名乗って現れた。

ヒナタが殺されかけたことで怒り狂うナルトは、尾が6本生えた状態で九尾化して暴走を始める。その力は凄まじいものだが、ペインの放った地爆天星により封印されてしまった。ナルトは何とか封印を破ろうとするが…。

ペインの襲来から数カ月が過ぎ、木ノ葉隠れの里の復興は終わろうとしていた。そんな時、自来也は、「暁」が忍里を襲って影や上忍たちをさらい、さらにサスケが「暁」と行動を共にしているという情報をもたらす。

ナルトとサスケの最後の対決。サスケを連れ戻したいナルトだが、サスケはナルトへ殺気を露わにする。サスケはナルトを敵対視する理由、ナルトに対する思いがなぜ生まれたのかなどを、ナルトを攻撃しながら振り返る。

マダラの無限月読により幸せな夢を見続ける忍たち。ヒナタやシカマル、サイや我愛羅たちは目覚めることなく時間が過ぎていく。一方ナルトたちは、サスケの輪廻眼で作られた須佐能乎の中で無限月読から逃れていた。

幼い頃に忍界大戦を経験したイタチは、他者を寄せつけない不思議な雰囲気を持つ子供だった。常に「命とは何か」を考える大人のような思考も兼備するイタチは、アカデミーに入学するや類いまれな才能を発揮し始める。

アカデミーを卒業したイタチは下忍となり、チームを組むことになった。チームの仲間は出雲テンマと稲荷シンコ。担当上忍は水無月ユウキで、このメンバーで猫バアから依頼された任務に出撃することになる。

親友のシスイからの依頼で、共に演習へ行くことになったイタチ。演習の内容は3つ。まずひとつ目は逃亡者の行方を探ることで、ふたつ目は夜営。この演習で、イタチはシスイから色々なことを学んで絆を深めていく。

暗部に入隊したイタチは、実力で暗部の分隊長に就く。だがそれは、ヒルゼンではなくダンゾウが直接指示を出す部隊で、イタチはクーデターを企てるうちは一族を監視する二重スパイを強いられる。

木ノ葉のため、弟のため全ての汚名を背負って抜け忍となったイタチは、犯罪者集団「暁」に入る。出迎えたのはペインや大蛇丸で、「元木ノ葉の暗部」「一族殺しのイタチ」と各地でその名を馳せたイタチは歓迎される。

鬼鮫とコンビを組むことになったイタチは「暁」のメンバーとして行動し、デイダラを仲間にすることに成功。リーダーのペインは仲間になったばかりのデイダラとサソリに、「暁」を抜けた大蛇丸を殺すよう命じるが…。

大蛇丸が起こした「木ノ葉崩し」によって里は崩壊し、3代目火影・ヒルゼンが命を落とした。一方、ペインの命令によってイタチと鬼鮫は、里の状況と九尾の人柱力を調査するため木ノ葉隠れの里に来た。

突然マダラの体を黒ゼツが貫き、マダラから大筒木カグヤが出現。ナルトとサスケに自分の力を分け与えた六道仙人・ハゴロモの母であるカグヤのその力は絶大で、ナルトたちを溶岩地帯へと瞬間移動させる。

チャクラという概念すらなかった遠い昔。出現した神樹に人々が困惑するなか、大筒木カグヤが天から舞い降りた。そんなカグヤを怪しむ祖の国の者たちだったが、皇であるテンジは、美貌に魅了されカグヤを大事にする。

毎日ただ空を見上げ、何も語らないカグヤ。母であるカグヤの心の内を知るすべもなく戸惑う息子のハゴロモとハムラだったが、そんな2人の前に後の大ガマ仙人・ガマ丸が姿を現し、ある言葉を伝える。

掟を破ったハゴロモに激怒するカグヤ。母がかつてこの大地にした恐るべき事を知り、カグヤと戦う覚悟をするハゴロモ。カグヤは何者でどこから来たのか――母の事を何一つ知らないままでいたハゴロモはカグヤの事を信じる事ができず、そしてカグヤは怒りでハゴロモに襲いかかる。カグヤの怒りの理由、それは全てカグヤの愛とカグヤが味わった絶望によるものなのだが、二人ともお互いを分かり合えぬままに母と息子の悲しくも長き戦いが始まってしまう。

アシュラとインドラの時代から、現在にいたる第四次忍界大戦勃発と無限月読（むげんつくよみ）の発動は全て黒ゼツが暗躍して描いた筋書きだった。忍の物語は全て母・カグヤが復活するための物語だと語る黒ゼツ。しかしナルトは「お前らだけが忍の歴史じゃねーんだよ！！」とそれを否定する。カグヤを封印するため協力し合うナルトとサスケだがカグヤに対抗する手段が見つからない。そんな時ナルトは“あの術”で攻める作戦をサスケに提案する。

穢土転生体であるためか無限月読にかからずに済んだ柱間（ハシラマ）、扉間（トビラマ）、ヒルゼン、ミナトら四人。その四人の前に突如、チャクラの思念体の姿で六道仙人（りくどうせんにん）・ハゴロモが現れ、柱間とマダラの事を息子・アシュラとインドラの転生者の前任だと言う。今カグヤと戦っているナルトとサスケを助けるためには柱間達にも全てを知ってもらう必要があり、ハゴロモは忍宗の起源とアシュラとインドラの生い立ちを語り始めるのだった。果たしてハゴロモの語る過去とは！？

ハゴロモに二人の息子、アシュラとインドラが生まれた。幼い二人は共に学び共に遊び仲睦まじく過ごし、その中でインドラは天才的な才能を発揮して幼いながらも“忍宗（にんしゅう）の天才”と称されるようになる。一方のアシュラは忍宗の才能が無く、落ちこぼれだった。それでも二人は仲がよく共に修業に励み平和に過ごしていくのだが、ハゴロモすら気づかないその影で闇の力が蠢いているのだった。

優しい心を持つインドラであったが天才的な才能が故、力が重要だと考え“世界を束ねるのは力であり力による規律こそ理想”と言い、人々に厳しく接するようになる。アシュラは優しい心の持ち主だが才能がなく落ちこぼれ。人々は誰もが忍宗の後継者にはインドラが選ばれると思っていたのだが、ハゴロモは十尾（じゅうび）の残骸が残る地へと二人を向かわせ、そこで起きている問題を解決しその結果を見て後継者を決めると言い出す。

アシュラは元々後継者になるつもりはなかった。優秀な兄・インドラが当然後継者になると思っていたアシュラは、自分さえ居なければ兄が選ばれると考え戻らないつもりで旅に出る。しかし、たどり着いた先は謎の病気で苦しむ人たちが住む村。そこでアシュラは人々を助けようと病気の原因を探ろうとするのだが、村人から猛反発を受けてしまう。しかしアシュラはハゴロモの“問題を解決しろ”という言葉を思い出しある決意をする。

インドラは、ハゴロモの出した課題をすぐに解決し時経たずして戻ってきた。一方のアシュラは村がかかえる問題の解決に時間がかかり、旅立ってから一年が経とうとしているにも関わらずなかなか戻って来ない。誰もがインドラが後継者に相応しいと思う中、なかなか後継者を決めないハゴロモに弟子たちの動揺が広がるのだが、ついにアシュラが旅を終えて帰ってくる。そしてハゴロモは満を持して後継者の名を口にするのだった。

ある特別任務に挑むことになったナルト、サスケ、サクラ。初めはチームワークもバラバラでうまくいかない3人だったが、任務をこなすうちに意気投合するようになり、力を合わせ全力で任務の完遂を目指す。

異空間でのカグヤとの戦い。カグヤを封印するにはナルトとサスケが力を合わせる必要があるのだが、サスケだけが別の空間へと飛ばされてしまう。しかしカグヤの時空間を移動する能力が、カカシやオビトの瞳術“神威（かむい）”に似ていることを突き止めたオビトの作戦により、ナルト、サクラ、オビトの三人は他の五つの空間に繋がる始球空間（しきゅう　くうかん）へ入る事に成功する。そしてサクラとオビトは力を合わせ、サスケが飛ばされた空間を探し始める。

サクラと力を合わせ、異空間に飛ばされたサスケを見つけることに成功したオビト。必ずサスケを届けるとナルトと約束したオビトだったが、リンとの約束を守れなかった自分の生き様を思い出し、また同じことを繰り返してしまうという後悔の念を抱きながら力尽き気を失ってしまう。 一方、カグヤと壮絶な戦いを繰り広げるナルト。その戦いを見ながらカカシは、つけ入るスキすら見いだせずただただ自分の無力さに立ち尽くす。

ナルトをかばい、そしてカカシを守るためカグヤの「共殺の灰骨（ともごろし　の　はいこつ）」を受けるオビト。オビトを救おうとするナルトだが、六道（りくどう）の力を持ってしてもオビトに迫る死を止めることができない。無様に死ぬだけだとオビトをバカにする黒ゼツに怒りを露わにするナルトだが、罪人の自分には相応しい最期だとオビトは今までの過ちを思い出す。その中でオビトはかつて火影（ほかげ）を目指していた自分とナルトを重ね、ナルトに自分の思いを語り始める。

チャクラは二つの世界を繋げる力。そうリンに語るオビトは死してもなお、カカシのためにチャクラの思念体となってカカシの精神世界に現れる。かつて上忍（じょうにん）祝いのプレゼントとして自分の左目の写輪眼（しゃりんがん）をカカシに託したオビト。そして今度はカカシが“六代目火影”になることを願ってオビトは、就任前のプレゼントとして万華鏡写輪眼（まんげきょうしゃりんがん）をカカシに託す。 かつて他国にその名を轟かせた“写輪眼のカカシ”ここに復活！！

第七班は力を合わせ、ついにカグヤの封印に成功する。カグヤに吸収されていた尾獣（びじゅう）たちも全員解放され、これで戦いは終わり世界を救うことができた。かに思われたが…黒ゼツだけは封印を逃れ、またも母を復活させるため逃げようとする。しかしナルトは黒ゼツの存在を見逃してはいなかった。黒ゼツは「お前など、オレの創った忍の歴史の一部」とナルトに言うのだが、ナルトは「忍の歴史はいろんな忍者の生き様と死に様だ！」と黒ゼツに怒りをぶつける。

カグヤとの戦いも終わり、残るは無限月読（むげんつくよみ）の術を解除することのみ。無限月読はナルトとサスケが力を合わせれば解除できる。のだが…サスケはその前に「この無限月読の中、今の五影（ごかげ）共を処刑する」と言い出す。サスケの目的は忍世界を一新する“革命”。そしてその目的を遂げるためにサスケはまずナルトを殺そうとするのだった。 かつて二人が激突した場所で、ついにナルトとサスケの最終決戦が始まる…！！

犯罪者として全ての罪と憎しみを背負った忍・うちはイタチ。そして、里を影から守ろうとしたイタチこそが本当の火影だと言うサスケ。一方、穢土転生体のイタチに、全てを1人で背負わないよう言われたナルトだが…。

もはや一流の忍と呼べるまでの実力を得たナルトとサスケは、拳を交えただけで互いの想いを理解できるようになった。だがサスケは、ナルトの想いを理解してもなお、ナルトを斬らなければならないと言い切った。

互いの渾身の術をぶつけ合い、激しい巨大な光のエネルギーに包まれるナルトとサスケ。そして二人が気が付くと目の前には、子供の頃過ごした光景が広がっていた。ここは精神世界なのか、それとも死後の世界なのか――。 ナルトは九尾を封印されたことにより、そしてサスケはうちは一族惨殺事件によって木ノ葉隠れの里の者たちから忌み嫌われていた。似たような過去を持つ二人の意識が次第に交錯し、ナルトとサスケは互いの想いを語り始める。

「火影を超す！んでもって、里の奴ら全員にオレの存在を認めさせてやるんだ！」その言葉の通り自分の忍道を貫き続けたナルトは今や、誰からも認められる忍へと成長し、世界を救い英雄となった。そんなナルトがこれから歩む道とは…？　さらに忍世界の行く末はどうなるのか!? 皆の心の中を、まさに疾風のごとく駆け抜けていったうずまきナルトの物語。

かつて木ノ葉隠れの里を襲った九尾が体に封印されているナルトは、里の者たちから忌み嫌われていた。そのため、ひとりぼっちのナルトはよく森の中で修行に励んでいたが、そこにある人物が現れる。

幼少時代のサスケは、兄のイタチに構ってほしくて仕方がなかった。そんなある日、父のフガクと母のミコトが一日家を留守にすることとなった。サスケとイタチはふたりきりで過ごすことになるが…。

誕生と同時に母を失い、体の中に尾獣を宿した我愛羅は、里の者たちから気味悪がられていた。そんな我愛羅を夜叉丸が世話をする。一方、何でもかんでも「めんどくせー」で片付けるシカマルはチョウジと親友だった。

子供の頃からスケベだった自来也。そんな彼の風呂場覗きや、綱手の気を引く作戦に大蛇丸は振り回されてしまう。一方、忍としての実力がずば抜けているカカシは、父・サクモが死んでから1人で暮らしていた。

ナルトとサスケが終末の谷で激突し、その後、第4次忍界大戦は終結。サスケは過去に犯した罪を償うため木ノ葉隠れの里に帰ることなくひとり旅を続けている。そんななか、木ノ葉隠れの里である事件が勃発する。

突然、木ノ葉隠れの里を襲った謎の起爆人間。里から遠い地である、サスケが訪れた村にも起爆人間が現れ、罪のない村の人々が次々と爆発してしまう。この事件の真相を暴くため、サスケは里には戻らず調査を始める。

大蛇丸の導きで闘技場にやってきたサスケは、事件の手掛かりを知るという御屋城エンをおびき出すため、御屋城の手札と対決を迫られる。しかし、そこにも起爆人間が現れサスケを襲い、試合は中断となるが…。

ついに風心（フウシン）の正体を突き止めたサスケは、事件の全貌を聞き出すため風心と戦い、追い詰めていく。風心の記憶を写輪眼で覗き見ようとしたその瞬間、またもや巨大な赤眼（せきがん）の幻術トラップが襲いかかりサスケは気を失ってしまう。目が覚めるとそこには誰もおらず、命からがら逃げたと思われる風心の足跡が雪の上に残っていた。それを辿ってゆき真っ赤な池が煮立ち湯気を上げる、到底人が住めるとは思えない“地獄谷（じごくだに）”へとサスケは辿り着く。

起爆人間から始まったこの事件。調査を始めたサスケは数々の難局を乗り越え、ついに真実にたどり着く。「起爆人間」、「血龍眼」、「地獄谷」、「血之池一族」、うちは一族がひとつとなり、全ての謎が明らかになる。

第四次忍界大戦から二年。「めんどくせー」が口癖であるシカマルは今や、木ノ葉隠れの里、そして忍連合においても責任ある立場となり重要な仕事を任せられていた。仕事に忙殺される日々が続き、いつしか雲を見ることすら忘れ自分らしさを失っていくシカマル。そしてある日、忍が大量失踪する事件が勃発し、シカマルは自分らしさからは程遠い“暗殺任務”へと赴くことになる。

大戦での失踪者や抜け忍が大量に流れ込んでいる黙(しじま)の国。そこに潜入したサイから不穏な報せが届き、シカマルは現状を探るため暗部である鏃(ソク)と朧(ロウ)と共に、黙の国を目指す。しかし三人の前には厳重な警備下に置かれた関所が立ちはだかり、容易に入ることができない。黙の国の内情と、サイの消息を探るためには関所を突破するしかなく、三人は力を合わせ潜入を試みるのだが…？

ゲンゴという男がいる俘囚城(ふしゅうじょう)はもう目の前だった。だが、ゲンゴは用心深く、シカマルたちは何一つ情報を得られていない。俘囚城の周辺を探ると、町は貧しいながらも色々な国の人間が集まっており、中でもとりわけ目立つのがゲンゴの意志に賛同した“革者(かくしゃ)”という者達。ゲンゴには人を惹きつける何かがあるのか…？そんな折、ゲンゴが演説をするということでシカマル達が会場に潜入してみると、そこには囚われたサイの姿があった。

ゲンゴの暗殺とサイの救出を試みたシカマルだが、失敗し囚われの身となってしまう。牢屋に閉じ込められた上、アスマのライターから何まで全て奪われ、まさに絶体絶命…。しかしシカマルは諦めず、持ち前の頭脳と知略を駆使し起死回生のチャンスをうかがう。そしてその機会がようやく訪れた、と思われたその時――信頼していたはずの鏃と朧が、ゲンゴに志を植えつけられシカマルの前に立ちはだかる！

シカマルの絶体絶命のピンチに、いの、チョウジ、そしてテマリが援軍として駆けつける！心を奪われてしまった朧をチョウジが。鏃をテマリが。そしてサイの心を取り戻すためいのが、それぞれ激闘を繰り広げる。 一方、シカマルはゲンゴを追う。忍が生きやすい世界を作るという大儀の名のもとに、忍を集め、操り、戦争を起こす野望を持つゲンゴ。シカマルはゲンゴの野望を打ち砕き、平和を取り戻す事ができるのか!?最終決戦がついに始まる!!

ナルトとヒナタの結婚式が間近に迫るなか、6代目火影のカカシは悩んでいた。今は平和になったとはいえ、ナルトの友人たちは里の第一線で活躍している多忙の忍ばかり。結婚式に出席できない者が必ず出てしまうのだ。

ナルトとヒナタの結婚祝いを用意するという極秘任務。何を用意すれば2人が喜ぶのかとキバやチョウジら仲間たちが悩むなか、リーは「ナルトの気持ちになれば答えが見つかるはず」となぜか一楽に向かう。

ナルトとヒナタの結婚祝いを探すという極秘任務の魔の手はシカマルにも襲いかかる。頭の回転が早いシカマルだが、結婚祝いは何が良いか中々答えを出せない。そんな中、チョウジはすでにシカマルが納得する程の最高のお祝いを用意していた。シカマルは焦る。焦るあまり「現金がいいのでは…？」と間違った答えを出す始末。しかし、チョウジから“旅行”というヒントを得たシカマルは、女性の意見を聞くためテマリに相談をする。

影会談のため、木ノ葉隠れの里に集結する五影たち。オオノキや雷影（らいかげ）はナルトが結婚することを聞きつけており、すでに祝いの品を用意していた。しかしまだ用意をしていない我愛羅（ガアラ）は、結婚祝いなど選んだことがなく何が良いのかわからない。風影として盛大に祝えばいいと周りがアドバイスをしてくれるが、ビーの情報によれば雷影は“雲隠れの舞”を踊るらしい。これは我愛羅も踊りで対抗するしかないとカンクロウが言い出すのだが、果たして我愛羅は…？

シノとキバはまだ何を贈ればよいか決めていなかった。二人はヒナタと同じ第八班のメンバー。ヒナタは結婚という道を選び、キバは火影になるという目標に向かって突き進んでいる。しかしシノはまだ、これから先の事を何も決めていない。ヒナタが結婚するとなれば、これから一緒に行動することも少なくなり、この極秘任務が“第八班最後の任務”になる。前へ向かって進んで行く二人とは違い、何も決まらないままシノはこの最後の任務へと赴くが…。

ナルトの結婚式が間近に迫る中、仲間たちは着々と結婚祝いを用意しカカシから発令された極秘任務を達成していた。しかしまだ誰にも明かされていない極秘任務の真の目的は――祝いの品を見定めナルトとヒナタの結婚式に出席できる者を決める事。発令したものの、皆が一生懸命集めた品を見てカカシは「本当にこれでいいのだろうか…」と思い悩む。そんな中、極秘任務の真の目的を知ってしまったサクラやキバ達は怒り、カカシに詰め寄るのだった。

誰にも認められず孤独に過ごしていたナルト。しかし、イルカがナルトを認めた事で、ナルトの物語は始まった。イルカの言葉や存在が、今日までナルトを支えてきた。そんなナルトの結婚がもう間近に迫る中イルカは、自分がナルトにとってどういう存在なのかわからなくなり、結婚祝いの言葉に何と言っていいのか答えを出せずにいた。 果たしてイルカがナルトへ贈ったメッセージとは…？ 長きに渡り続いてきたNARUTO-ナルト-疾風伝、ここに完結!!