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長い戦いの末、再会を果たしたハイデン王太后トアラとその息子ルナ。クレンたち一行はトアラからルナを保護していたことへの褒美を与えられ、クレンは希望通りルナ専属の魔術教師に任命された。しかし、ルナの教育が始まるのは３歳から。それまでの約２年間、クレンはアリシアと共に神学校ソルセインに通うことにする。

神学校ソルセインに潜入したクレンと、アリッサと名を変えたアリシア。５年の生徒として最初に受ける授業は魔術の実習だった。その内容は杖を使って詠唱でランプを点火させることで、アリシアは一番に手を上げて挑戦するが……。学年トップ３のレイ、メリーメリー、アンドリューが次々と成功するなか、アリシアに話しかけてくる気弱な生徒がいた。

学生寮の裏に出現した魔獣の正体はネイサンだった。それからというものネイサンは教室に姿を見せず、学校を去ることになったという。この学校に何か秘密があることは間違いない。アリシアはしばらくの間、利害の一致した双子と手を組むことにする。一方のクレンはサラサ、エディソンと３人で下校することが多くなっていた。

植物園に足を踏み入れたアリシアは、気づいたときには不思議な世界へと迷い込んでいた。アリシアの目には周りのすべてが巨大に見えるが、外の世界からすればアリシアはネズミのような姿に見えており、小さな瓶に入れられてアンドリューに連れ去られてしまった。

ソルセインの学長ローメインと、その背後にいる北の魔獣王ヴォーデインは勇者伝承の復活を目論んでいた。彼らの狙いは、クレンの持つトアの書。それを察したクレンは巨大な影の塔を作り出し、「欲しくば、取りに来い！」と挑発する。ローメインは一般の生徒たちを眠らせ、残った才能ある者たちに書の奪取を命じる。

ネズミのアリシアを捕まえたアンドリューは、鋏でネズミの首を切り落とそうとする。絶体絶命かと思われたその時、アンドリューはある人物の気配を感じて手を止めた。その人物とは、教師としてソルセインに潜入しているエスリン軍のロッド。消えた生徒を探しているというロッドはそのまま引き返そうとするが、アンドリューが制止する。

ティゲルとリオンの双子は学生寮に侵入してきた不審者のデスマスクを作り、変装して本校舎の地下へと潜入する。地下広場には大勢の者たちが集まっており、その中にはエスリン、ボーレート両国の大物もいた。そこで双子の後を追って潜入していたエディソンと合流。不審者の正体は『ユニオン』と呼ばれる結社だった。

教師として生徒たちを守りながら、クレンの放つ尖兵と戦うナイエ。幼い頃に抱いていた勇者への憧れを思い出し戦うナイエだが、倒しきれずに絶体絶命のピンチに陥る。その時、気を失っていたメリーメリーが目を覚ます。

元の姿へ戻ったアリシアだったが、彼女は鏡の迷宮の奥深くにいた。ガルトからザフティエへの報告でそのことを聞いたクレンは、すぐにアリシアのもとへと向かう。その頃、アリシアは落下して最初に入った拷問部屋を出ようとしたが、部屋を何度出ても元の場所に戻ってきてしまう。そこでアリシアが出会ったのは意外な人物で……。

ミレアと共に拷問部屋を出たアリシアは双子と再会し、ミレアを双子に託してまたもや奈落へと落ちていく。そこでアリシアが見たのは巨大な魔獣・キメラクイーン。その腹部には、勇者伝承復活のための実験で犠牲となった赤子たちの無残な姿が浮かんでいた。怒りに震えるアリシアのもとに、トアの書を持ったもうひとりのミレアが現れる。

迷宮の中でアリシアが見たのは、最愛の父マルゴの若かりし日の姿だった。裏のミレアによると、マルゴを倒すまでアリシアはこの空間から出られない。これが鏡の迷宮、第二の試練だった。一方、ルナの力を借りて秘密の部屋へと入っていったクレンはヴォーデインと対峙する。

安楽な道に流されることもなく、偽物の父親を斬り捨てることもしない。ありのままの自分をすべて肯定して前に進むという、たったひとつの“正解”に辿り着いたアリシアは無事に第二の試練をクリアする。逆上した裏のミレアはアリシアに襲いかかるが――!?　また、秘密の部屋ではクレンとヴォーデインの激しい戦いが続いていた。

第二の試練をクリアしたアリシアの顔に浮かび上がる第二の紋章。その力でアリシアは裏のミレアを追い詰めていく。残された敵は、魔獣王ヴォーデイン。アリシアは決着をつけるため、クレンのもとへと向かう。だが、クレンの体はヴォーデインに踏みにじられ、炎で焼かれていた。アリシアはヴォーデインめがけ剣を振るうが……!?