ニンジャラ·TV Tokyo
すべてのエピソード
1シーズン · 248話
S1 · E1
23分
忍者の末裔が噛むと、潜在能力を強力に引き出すことができる「ニンジャガム」。その開発を極秘でおこなう研究員のバートン、ベレッカ、ロンの3人は、実験を始めて丸３年、失敗記録を更新し続けていた。そんなある日、いつものように失敗に思われた実験だったが…
S1 · E2
23分
ニンジャガムによって子供の姿になってしまったバートンとベレッカ。２人はそれまでWNA（世界忍者協会）で「ニンジャガム」の開発をしていたが、その研究所も封鎖されてしまった。為す術なく、それぞれの自宅へと帰っていくが、彼らの家はすでに何者かによって解約され、スマホも使えない状態になっていた…
S1 · E3
23分
運動神経バツグンな少年バーンは、大好きなバスケットボールで今日も大活躍。 ある日、離れて暮らす父親の夢を見るが、夢の中で父は何者かに襲われてしまう。胸騒ぎをおぼえたバーンは意を決し、父の家へ。そこでバーンは、父と忍者が戦う場面に遭遇し…
S1 · E4
23分
明るい性格で友達思いの少女ルーシーは仲良しのサツキ、サリーと一緒に、アイスを食べながら歩いていた。すると、サツキが誤って、二人組の不良の一人にアイスをつけてしまい、トラブルに。友達を助けようと「やめろ！」と叫ぶルーシー。その時、ルーシーの右眼は赤い閃光を発し…
S1 · E5
23分
倉庫街では、マフィアたちによる闇取引が行われていた。そこへ颯爽と現れる、天才ダンス少女のエマ。彼女は踊るようなアクションでマフィアを撃退。その様子を目撃者がスマホで撮影し、ニュースとして拡散した。これを見たWNAの職員ウォーレンは、エマに接触を試みることに…
S1 · E6
23分
子供の姿になったバートンとベレッカは、入学式が行われるWNAアカデミーへ行き、新入生としてまぎれこもうとする。そこには、バーン、カッペイ、ルーシー、エマらの姿もあった。そして校長が、ニンジャとしての素質があるかどうかを見極めるため、バートンとベレッカの瞳を覗き込む…
S1 · E7
23分
ついに始まったアカデミーでの生活。バートンら6人の担当になったのはマッチョなブルースと、セクシーなエイミー。各々がアカデミーでのルールなどについてブルースに質問をする中、ルーシーは「ここ、やめたくなったら、やめてもいい？」と、みんなが驚くようなことを言い出す…
S1 · E8
23分
WNA本部にあるサーバー室への潜入を企てたバートンとベレッカ。どうにかこうにか本部の屋上へとたどり着き、通風ダクトからの侵入を試みる。点検作業の10秒間だけ回転が止まる排気ファンの隙間を通って先へ行こうとするのだが、バートンはリュックが挟まり、身動きが取れなくってしまう…
S1 · E9
23分
WNAアカデミーが休みの日。街の一角でストリートダンスをしていたエマの耳に、犯罪を企てる男たちの声が聞こえてくる。一方その頃、ビルの屋上から町を見下ろしていたルーシーは、まさに今、トラックを盗もうとしている２人の男の姿を目撃する。正義感の強いエマと好奇心旺盛なルーシー、それぞれの奇妙な尾行が始まる！
S1 · E10
23分
ある日アカデミーに途中入学してきた2人の子供は、ロンとジェーンと名乗る。かつて、ニンジャガムの開発を共にしていたロンなのか？と驚きを隠せないバートンとベレッカ。アカデミーのデータを改ざんして入学したロンとジェーンには何か企みがあるようで、２人は時折、不穏な空気を放ちながら言葉を交わす…
S1 · E11
23分
初めての屋外訓練に挑戦することになったアカデミーの生徒たち。バートン、ベレッカ、ロン、エマはヘリから密林に降下し、バーン、カッペイ、ルーシー、ジェーンは砂漠に降り立つ。それぞれのチームは、ニンジャガムに頼らずに、自力でアカデミーを目指すことになった…
S1 · E12
23分
バートンたちがやって来たのは、寂れた建物が並ぶゴーストタウン。そこでニンジャの基本中の基本、隠れることを学ぶため「かくれんぼ」をすることに。すると、ルーシーが、このゴーストタウンでは得体の知れない怪物が出ると言い出す。町を囲む森の茂みでは何者かの眼が光っていた…
S1 · E13
23分
野外訓練でジャングルにやってきたバートンたちは、ポリスとギャングに分かれて、追いかけっこバトルをすることに。そんな生徒たちの訓練を、藪の中から何者かが見ていた…
S1 · E14
23分
一緒に講演会へ行く約束をしていたバートンとベレッカ。しかし当日、バートンの姿はどこにも無かった。ロンの姿も無かったことから、ベレッカはよからぬ想像を巡らす…
S1 · E15
23分
ＷＮＡ本部のラボでは未確認生命体がカプセルの中に囚われていた。深夜、そこに侵入した何者かが機材のスイッチを触ると、未確認生命体がいるカプセルのふたが開く…
S1 · E16
23分
地球外生命体の出現により、ＷＮＡでは討伐隊が結成された。そして、生徒たちは初忍務として、謎の浮遊する光が目撃された洞窟に行き、その正体を確かめることになる…
S1 · E17
23分
WNAで起こるさまざまなことに不信感を募らせていたロンとジェーン。仮病を使って授業を欠席した2人は、協力してWNA本部への侵入を試みようとしていた…
S1 · E18
23分
一向に減らないスペースニンジャに頭を悩ませるWNAの幹部たち。バートンたちには、スペースニンジャを尾行してすみかを突き止めるという忍務が下された…
S1 · E19
23分
バートンたちは、未確認生物が目撃された場所を調査することに。現地へ向かうバスには、デイジーという見知らぬ先生が乗っていた。やがて一行は、不穏な雰囲気を放つ村に到着する…
S1 · E20
23分
ベレッカは、父の同僚で親友だったレナードと遭遇した。何者かに命を狙われているレナードと話をするため、ベレッカたちは、追っ手から彼を守りながらアジトまで連れてくることに…
S1 · E21
23分
父がシャドーニンジャに襲われて命を落とした場所を確かめるため、ベレッカはジェーン、カッペイとともにオエドへ。オエドに到着するとカッペイの祖父・源雲斎が待っていた…
S1 · E22
23分
忍務を終え、WNAアカデミーへと歩くバートンたち。エマが振り返るとそこには、一体のスペースニンジャの姿が！ルーシーに倒されたスペースニンジャを見て、バートンはある考えを話し出す…
S1 · E23
23分
とあるビルの巨大看板の前に集まったスペースニンジャたちは、何かを企む表情を浮かべていた。一方WNAでは諜報部長官であるアレンが、大量のニンジャガムを使ってスペースニンジャをおびき出し、一気にせん滅するという作戦を提案。作戦には討伐隊だけでなくアカデミーの生徒も参加することに…
S1 · E24
23分
スペースニンジャを倒したことを祝って、WNA本部で演説を行うアレン。そんな様子を、ロンは苦々しく見ていた。演説を終えたアレンはツキカゲに、ある命令を下す…
S1 · E25
23分
オエドの採掘場に潜入しようと様子をうかがうベレッカたち。この大規模な採掘場では、シャドーニンジャが周囲を監視していた。資材を搬入するトラックに隠れて採掘場の中に入ることに成功するが、目的の場所へ行くエレベーターの前にはさらに見張りが立っていた…
S1 · E26
23分
オエドの隕石採掘場で、橋の爆発に遭遇したアカデミーの生徒たち。無事だったジェーンたちはマキフォンでルーシーに安否を確認すると「エマが全然起きない」との返事が…
S1 · E27
23分
ＷＮＡアカデミー・ナンバーワンを決めるニンジャラチャンピオンシップの開催が発表された。やる気をみなぎらせる生徒たち。ベレッカは「どうしても優勝したい」とバートンに強い決意を伝えるのだった。そんな様子を二つの人影が見ていた…
S1 · E28
23分
ニンジャラチャンピオンシップで優勝するため、源柳斎に特訓を申し込むベレッカ。源柳斎の助言で、ベレッカは自分の能力を最も引き出せるガムウェポンをイメージすることに。その時、ネコのゴローがすり寄るとベレッカの両手に、ネコのような素早いフットワークができるガムウェポンが出現する！
S1 · E29
23分
ニンジャラチャンピオンシップが開幕し、予選を勝ち進んだバートンをたたえる仲間たち。別の教室ではダンがクラスメイトに、バートンたちの忍者らしからぬ行動の数々を嘆いていた。そんな中、キースはカモ料理を食べに行こうと教室を出ると、行く手を遮るバーンとカッペイから大食い対決を申し込まれる…
S1 · E30
23分
ニンジャラチャンピオンシップの予選を前にしたタイラーに、熱い言葉を掛けるダン。タイラーはダンに微笑を向けると、スマホの待ち受けの写真を見て、過去を懐かしむ。そこには、つり橋の前でポーズをとる幼い頃のダンとタイラーたちの姿があった…
予選突破に向けて特訓中のカッペイは、トレーニングをするメイを目撃する。一見、鈍い動きに見えたメイだが、体に着けていた重りを外すと、たちまち丸太を木っ端みじんにしてしまうのだった。そしてカッペイの成長を一目見ようと、源雲斎がオエドからやって来る。双子の弟・源柳斎の大好物を手土産に持参するが、目を離したすきにゴローに持ち逃げされてしまう…。
ニンジャラチャンピオンシップに出場するバーンを応援するためにバーンの母親がＷＮＡアカデミーを訪れる。母から、ケガを負った父が順調に回復してると聞かされ、やる気をみなぎらせるバーンだったが、いったい父はあの時誰に襲われたのか、その真相を解き明かそうと仲間とともに調べ始める。
ルーシーはＷＮＡアカデミーの寮へ戻ってくると、自分の部屋に手紙が挟まっていることに気付く。差出人はルーシーの両親からだった。両親が試合を見に来ることをルーシーがエマたちに話していると、封筒から一枚の写真が落ちる。写真にはＷＮＡアカデミーに来る前の、眼帯をせず、今とは雰囲気の違うルーシーの姿があった…
ニンジャラチャンピオンシップ予選が終わり、決勝へ進出する10名が決まった。バートンは、決勝進出者それぞれの予選での戦いを思い返しながら、決勝戦での作戦を練っていた。バートンはあることを思いつく。そのころダンはＷＮＡアカデミーに入ってからのことを思い出していた…。そして、ニンジャラチャンピオンシップ決勝戦が始まる！
ニンジャラチャンピオンシップ決勝戦は４人に絞られた。競技場ではロンとタイラー、ルーシーとメイがそれぞれ激戦を繰り広げている。ルーシーとメイは互いに激しい打ち合いをしながら勝負を楽しんでいた。一方、間合いを詰めながら、隙を探り合って戦うロンとタイラー。その時ロンは、タイラーの構えを見て、あることを思い出す…
ＷＮＡアカデミー所有のプライベートビーチにビーチキャンプにやって来た生徒たち。早速バーンとカッペイは海へ駆け込み、猛スピードで泳ぎを競っていると、同じく海に来ていたキースとタイラーに遭遇する。さらに、ダンの声も聞こえ、バーンとカッペイが振り向くと、そこには浮き輪にシュノーケル、水中ゴーグルなど、フル装備のダンがいた…
寮内で「今日ハ休日デス」と知らせて回る黒子。その横を、大量のリンゴを持った食堂のおばちゃんが通ると、リンゴが一つ、黒子の頭に落下。すると黒子は倒れ、手をバタバタさせて回りだす。そこへナオミが現れ、黒子をバシっと叩いて直してしまう。助けてもらった黒子は恩返しをしようと、ナオミに困っていることが無いか尋ねる…
夜のＷＮＡアカデミーの寮。生徒たちは見回りをサボって参加したブルース先生も交えて怪談話に興じていた。そしてルーシーの番。最近アカデミー内でもちきりになっている、生徒たちの身に起きた身の毛もよだつ“噂”があると言う…。バートンたちはその真相を確かめようと、夜のアカデミーに足を踏み入れる。
河原で、捨てられていた竹刀を拾ったカッペイ。足音がして振り返ると、そこには困った顔の少年ジミーが立っていた。カッペイが竹刀を捨てた理由を聞くと、ジミーは、道場に何年も通っているが上達せず、今度の進級試験で１勝もできなければ道場をやめなくてはいけないと打ち明ける。すると、カッペイが指導を買って出る…
アカデミーの食堂では、エイミー先生が畑で育てたカボチャを使った特製パイが振る舞われた。するとバーンが、幼い頃に好きだった絵本について話し出す。それは、カボチャを食い荒らすデビルアントを、ヒーローのカボチャ大魔王が退治する「カボチャ大魔王」という絵本。バーンたちがその絵本について話すのを、ブルース先生は寂しそうに聞いていた…
いつものようにダジャレを連発して生徒たちを困惑させているブルース。そのダジャレの一つに、ロンは既視感を覚える。だが、それをいつ、どこで聞いたのかまでは思い出せなかった。休み時間、宿直室のカギをなくして焦るブルースの前にロンが現れる。ブルースを落ち着かせようと、その両肩をロンが両手でガシッと押さえた瞬間、二人は同じことを思い出す…
エントランスに座る、やる気なく、たるんだ態度のアカデミーの生徒たち。そこへあくびをしながら現れたバートンにダンは、生徒がたるんでいる元凶はお前だと、難癖をつける。生徒たちの態度にニンジャの未来を案じ、教師には呆れ返るダン。ため息を漏らすと、ふと、あることを思いつく。そこでダンは、校長に「生徒会を作りたい」と申し出る…
ＷＮＡ本部では幹部たちが集まり、会議が開かれていた。その時、突然室内の明かりが消えると警告音が鳴り、緊急用の赤い非常灯がつく。ＷＮＡのシステムが外部からのハッキングを受けたことが分かり、ざわつく幹部たち。一方、ジェーンは街のバーガーショップで会計をしようとＷＮＡカードを店員に出すのだが、そのカードは使えなくなっていた…
バートンたち８人は訓練場に集まり、自主練でサバイバルバトルをすることに。それぞれガムウェポンを出す中、バーンとカッペイが競い合うようにニンジャガムを大きく膨らませると超巨大ガムウェポンが出現。そして２人の超巨大ガムウェポンの攻撃がぶつかりあう時、突然光に包まれ、全員がうんちの姿に！
アジトにこもって、とある発明のために作業をしているバートン。しかしその傍ではダンスをしているエマや、スケボーで競り合うバーンとカッペイの姿。発明の完成を急ぐバートンだが、ゴローやガムッチまで現れ、さらにベレッカに声を掛けられ、集中できない。そこへ来たルーシーが実験中のフラスコを割ってしまうと液体が爆発し、とうとうバートンの堪忍袋の緒が切れる…
バーン、カッペイ、ルーシーとモノレールに乗るエマの耳に、突然、どこからか「怪我人は出さない。我が輩はヒーローであるが故に」という声が聞こえる。程なくして、ガガっと車内に衝撃が！ なんと、レールが切れ、高架から飛び出したモノレールは今にも落ちそうな状態で停車していた。その時、黒いマントに身を包んだニンジャのような大男が現れた…
バートンとエマは、謎の大男ニンジャマンと激しい戦いを繰り広げていた。その時、ニンジャマンの右手から猛烈な火炎が噴き出され、バートンたちは行く手を阻まれて絶体絶命に！ そこへバーンとカッペイ、ルーシーがやって来て、バートンたちを助け出す。ニンジャマンと戦えることに興奮したルーシーは攻撃を仕掛けるが返り討ちにされて、眼帯を外す。その瞳が怪しく輝くと…
オエドの採掘場で隕石の掘り出しが完了し、ＷＮＡの研究者は隕石のコアを取り出す作業を開始する。その時、辺り一帯を埋め尽くすほどのスペースニンジャがうごめいていた。ＷＮＡ本部にも掘り出し完了の報告が入り、アレンは隕石のコアをＷＮＡ本部に急ぎ持ち帰るよう指示を出す。そんな動きに不審を抱く源柳斎はバートンたちに内密でオエドに向かう指示を与える…
スペースニンジャとシャドーニンジャから狙われた隕石を守るため、バートン、ベレッカ、エマ、バーンはレナードと一緒に、隕石のある採掘場を目指していた。前夜に戦ったシャドーニンジャのヘビマルの話になるとレナードは、「ヘビマルは必ず戻ってくる」と一同に告げる。その頃、ヘビマルは殺気を帯びた表情を浮かべ、他のシャドーニンジャとは離れて単独行動を開始する…
シャドーニンジャとスペースニンジャを撃退して隕石を守ったバートン、ベレッカ、バーン、エマたちだったが、なぜか御庭番衆たちに取り囲まれてしまう。「隕石は預かろう」と御庭番衆はバートンたちに提案するが、その言葉を信用できないバートンは自分たちが持ち帰ると断るのだった。そして隕石の到着を待つＷＮＡ本部では、アレンが幹部たちを前に…
オエドからシノビの力が秘められた隕石を持ち帰ったバートンたち。しかし、ＷＮＡ本部内では、シャドーニンジャが大統領を誘拐して、その身柄と引き替えに隕石を要求してきたため、大騒動となっていた。ジェーンが大統領の居場所を突き止め、御庭番衆が救出に向かうことを知ったバートンは源柳斎に、自分たちも大統領の救出に行かせて欲しいと頼み込む…
シャドーニンジャにとらわれたハロルド大統領の身柄と隕石の取引にオペラ座へやって来るアレン。しかしアレンは隕石の引き渡しを拒みシャドーニンジャとの大乱戦に突入する。そこへスペースニンジャも現れて、大統領と隕石を守りながら戦うバートンたちは大パニックに！大統領を安全な場所へ逃がそうと誘導するアレンだったが…
解放されたルーシーの力により崩れていくオペラ座で、ロンとアレンは互いの武器をぶつけ合う。多くの犠牲を生み出してきたアレンの野望を終わらせるため戦うロン。徐々にアレンの力が弱まっていき、ついにロンの一撃でアレンは倒される。ハロルドは保護され、事件は無事収束するが、バートンはあることに気付く。隕石が無くなっていたのだ！ また、そこからルーシーの姿も消えていた…
ある夜、車を走らせていた2人組の女性たちは、道に佇む少女に声を掛けた。すると少女は眼帯を外し、不敵に笑う。そして瞳が光ると、女性たちが乗る車はガタガタと揺れ始めた！ 一方エマは、忽然と姿を消したルーシーを見つけようと、戦いの爪痕が残るオペラ座の前で、行き交う人に写真を見せて手がかりを探していた。しかし、なかなか手がかりは得られず…
エマは、ルーシーがアカデミーに戻る意思が無いことをバートンたちに告げると、話題を変えるかのようにカボチャ畑の手入れをしようと提案。その頃、ＷＮＡ本部の会議室にいたブルースは、呼び出されたのにほったらかしにされたことに怒り、部屋を飛び出す。すると御庭番衆に遭遇するが、本来こんなところに御庭番衆がいることはないはずとブルースが考えていると…
ＷＮＡ本部はシャドーニンジャに占拠され、幹部や大勢の職員たちは監禁される。マスターシャドーはＷＮＡが手中に収まったことに満足し、ダンはそんな彼の考えに心酔していた。一方、アカデミーでは源柳斎の号令のもと、本部から逃れて来た御庭番衆や生徒らが集められる。するとそこへ、忍者装束を着た男が！ マスクを外した男はなんと、バーンの父・マックスであった…
ＷＮＡアカデミーでは、シャドーニンジャの襲撃を防ぐため生徒たちがバリケードを作っていた。一方、イーグルシティの一角、古い工場街にある廃ビルの屋上にロンとジェーンの姿があった。ジェーンはＰＣでＷＮＡ本部の様子をうかがい、ロンは街並みを眺めている。すると、ロンの目に何かが留まる。それは、周囲に気を配るように移動するチョコミン…
服部ハンゾウの血を引くバートンは、無意識のうちに鬼のハンゾウの力を使いダンに攻撃を仕掛けたことに思い悩んでいた。そんなバートンに源柳斎は、自分の運命を受け入れ、その力を今回起きている騒動を治めるために生かすべきだと声を掛ける。その時、エマがやって来てタブレットを見せると、そこにはイーグルシティ各地で暴れるスペースニンジャたちの姿が映っていた…
シャドーニンジャの警備をかいくぐり、市議会議事堂に忍び込んだマックス。市長と市議たちが集まり、マスターシャドーによるイーグルシティ統治を受け入れようとしている。その報告を受けた源柳斎の前で、カッペイは「マスターシャドーを倒せばいい」と言うが、バートンは「ちゃんと話し合った方がいい」と訴える。しかし源柳斎もバートンの意見に懐疑的な反応を示し…
隕石保管室に隕石を奪いに来た２体のスペースニンジャが外からその扉を開けようとしていた。そこへ、スクラップサーベルを振りかぶったルーシーが現れ、２体は隕石保管室の中へと吹っ飛ばされる。その時、スペースニンジャの１体が誤って、隕石保管室にいたヘビマルを丸のみすると彼らは光に包まれ、謎の生命体ダークニンジャが誕生する…
イーグルシティの市長に新しいリーダーとして紹介されるマスターシャドー。着々と支配を進めるマスターシャドーは、ニンジャによる統治でイーグルシティを理想の都市にしようと、さらなる計画を実行する。そして彼の理念に賛同するボトルコレクターズの面々は、それぞれの思いを胸に再びＷＮＡアカデミー生徒たちと対峙するのだった。
コメリカ大統領ハロルドは、イーグルシティにミサイル攻撃をすると発表する。その発表を受け、バートンたちが動揺する中、源柳斎はあることに気付く。それは、コメリカ大統領はマスターシャドーによる傀儡の術で操られているというものだった。マスターシャドーは大統領を悪者にして民衆を味方に引き込もうとしていたのだ…
ＷＮＡ本部でシャドーニンジャやスペースニンジャと戦うバーン、カッペイ、エマ、ナオミ。そこへロンとジェーンも駆けつけるが、次々と現れる敵に悪戦苦闘する。更に、一体のスペースニンジャがシャドーニンジャを呑み込み、ダークニンジャに！ すると、疾風のごとく現れた源柳斎が、ダークニンジャたちを弾き飛ばした。そのころ地下倉庫で目を覚ましたバートンとベレッカは…
ある夜、イーグルシティ上空に現れた一筋の流れ星をＷＮＡアカデミーの生徒たちは目撃する。翌日、バートンとベレッカがブルース先生と街で備品の買い出しをしていると、前を通り過ぎる謎の人影が。その人物は自動販売機のことを知らず、お金を入れずにいじっていると、警官にとがめられる。が、次の瞬間、その姿は消えていた…
火事現場でバートンたちを助けたエゼットを見て、ニンジャの子孫に違いないと思ったブルースはＷＮＡアカデミーにスカウトしようとする。ブルースはあれこれと誘い文句を繰り出すが、そのどれにもエゼットは冷めた反応を示す。しかし、「ニンジャガムも食べ放題！」とブルースが言った瞬間、エゼットは内心で動揺する…
ＷＮＡアカデミーでは、「ニンジャラバトルフェスティバル」が開催されることに。その前日、エゼットは、バートンとベレッカが話しているのを目撃する。その内容が自分に関する良からぬことだと悟ったエゼットは、アカデミーから逃げ出すことを考える。しかし、ある使命のため、ニンジャラバトルフェスティバルへの参加を決意するのだった。そして翌日、生徒らは予選のおこなわれるゴーストタウンに集められた…
ニンジャラバトルフェスティバルに優勝してニンジャガムを手に入れようとしていたエゼットだが、盗んだ方が早いと思い直す。そんなエゼットのことをベレッカは怪しいと、バートンたちに訴える。バートンたちはブルースと食事をするエゼットを見つけ聞き耳をたてると、エゼットはブルースからニンジャガムの在りかを聞き出そうとしていた…
バトルフェスティバルに参加できて張り切るガムッチはエゼットを朝練に誘いに来る。だが、ガムッチがスペースニンジャに違いないと考えるエゼットは逃げ出してしまう。そのエゼットのことをシャドーニンジャの一味だと疑うベレッカは、このまま彼を放っておいていいのかと、バートンに詰め寄る。その頃、火球の目撃された地点では、御庭番衆が調査をしていた…
ＷＮＡアカデミーの道場で、いつものように小競り合いをしているバーンとカッペイ。2人が競って放ったクナイは、近くで練習をしていたエゼットの横をかすめていく。周りを見回し、クナイを放ったのはロンが自分の正体を知り襲ってきたのだと勘違いするエゼット。「ヤられる前にヤらなければ」と、エゼットは自分を狙ったロンを、倒す決意をする…
エゼットが朝早くどこに出かけるのか探る約束をバートンにすっぽかされ、ベレッカは不機嫌になっていた。そんなベレッカがニンジャラバトルフェスティバルで次に対戦するのはバートンのチーム。闘志をむき出しにトレーニングに打ち込むのだが、同じチームのナオミとうまく連携が取れない。そこでナオミと仲良くなろうとベレッカはビリーを巻き込み…
ニンジャラバトルフェスティバルの勝利に向けて、同じチームの勝利に向けて、同じチームメイトのダミアン、シーラとコミュニケーションを取る努力をするバーン。一方、バーンチームの対戦相手であるロンもチームワークを高めるため、同じチームのメイに、一緒に練習をやらないかと話を持ち掛けるが断られてしまう。その頃、宇宙船に乗る謎の二人組が、宇宙から地球へと近づいていた…
相変わらず怪しい行動を見せるエゼットに不信感を抱くベレッカは、カッペイを引き連れ尾行をすることに、しかし、森に入ったエゼットは忽然と姿を消してしまい、不信感をますます募らせるベレッカ。一方、ニンジャラバトルフェスティバルはいよいよ準決勝。チームとしてまとまりを見せるダンチームに対し、バートンたちのチームワークはいまだバラバラで…
バートンとベレッカに宇宙船が見つかってしまったエゼットは、その場から逃げてしまう。ニンジャラバトルフェスティバル決勝戦当日になってもエゼットがアカデミーに戻ることはなく、バートンは最初にエゼットと会った場所、ベレッカはWNA本部へ探しに行くことに。WNA本部についたベレッカは、ニンジャガムの保管場所を聞き出そうと、受付で揉めている2人組を発見する。
バートンたちはＷＮＡ本部でベレッカが何者かに連れら去られたと連絡を受ける。その瞬間を捉えた監視映像を確認すると、ベレッカを連れ去ったのはエゼットと同じくメルウス星から来たマレットとバケットだった。その頃、マレットとバケットはベレッカのことを連れ、宇宙船へ向かう。しかし隠していたはずの宇宙船は姿が露わになっており、さらに一部が壊され、燃料も抜かれていた…
燃料が抜き取られていた、エゼットたちの宇宙船。メルウス星を一刻も早く救いたいと思うエゼットたちは、メルウス星へ帰ることすらできなくなったことにひどく落胆する。宇宙船の燃料は、メルウス星にある鉱石と知ったバートンたちは、なんとか宇宙船を動かす方法を考えることに、その間マレットとバケットをWNAアカデミーで匿うことになったのだが…
エゼットたちが乗って来た宇宙船の燃料が、オエドで発見された隕石と同じ物だと分かり、バートンたちはそれを奪ったスペースニンジャを探す班と、宇宙船修理班に分かれて行動をすることに。ロン、エマ、ルーシー、マレット、バケット、ガムッチがイーグルシティ内を回ってスペースニンジャを探す中、ベレッカは隕石を手に入れるため、レナードとオエドの採掘場に向け、小型飛行機で飛び立った…
奪われた隕石を取り戻したバートンたち。バートンとエゼットの計算によると、手元の隕石でメルウス星まではなんとか行けることが分かる。ただ、一つ問題が！なんと宇宙船には定員があるらしい。宇宙に行くメンバーを決めなければいけなくなったバートンたちは、釣りで選抜メンバーを決めることに、そこにダンたちボトルコレクターズのメンバーも加わり…
ジェーンが発射ボタンを押してしまったせいで、ブルースを乗せたまま飛び立ってしまった宇宙船は、そのままエゼットたちの故郷、メルウス星を目指すことに。初めての宇宙に和気あいあいとする中、エマは船内で何かがぶつかるような音を耳にする。乗り込んだ１０人以外に何かいるのか！？その気配は次第に色濃くなり、ついには…
メルウス星から地球に帰還したベレッカたちは、WNAアカデミーの校長先生を名乗る謎の男性に迎えられる。なんとその男性は５０代になったボトルコレクターズのダンだった！さらにボトルコレクターズの他のメンバーも現れ、バートンたちは自分たちが宇宙へ出発してから、地球では４０年もの月日が流れていたことを知る。そして源柳斎は…
バートンたちを乗せ、エゼットたちの故郷メルウス星を目指して宇宙空間を進む宇宙船。その船内で授業をおこなおうとするブルースだが、宇宙に来てまで受けたくないルーシーたちは思い思いの宇宙旅行を満喫する。そしていよいよメルウス星へ向けて、サクットチケットドライブ（ワープ）を起動！しかしワープを抜けた先はメルウス星ではなく、なぜか小惑星帯で…
バートンたちを乗せた宇宙船は、ついにエゼット達の故郷、メルウス星へたどり着く！そこは一面に砂漠が広がる星だった。メルウス星唯一の都市へ向かうため、砂嵐の中を突き進むフンドルケットル。砂嵐を抜け到着した都市は、なんと何者かに破壊されていた。破壊された都市を見て、唖然とするバートンたちの前に現れたのは…
バートンたちを乗せ、エゼットたちの故郷メルウス星を目指して宇宙空間を進む宇宙船。その船内で授業をおこなおうとするブルースだが、宇宙に来てまで受けたくないルーシーたちは思い思いの宇宙旅行を満喫する。そしていよいよメルウス星へ向けて、サクットチケットドライブ（ワープ）を起動！しかしワープを抜けた先はメルウス星ではなく、なぜか小惑星帯で…
スペースニンジャの数と配置を掴むための偵察をバーン、カッペイと一緒に成功させたロビット。その結果を受け、スペースニンジャの殲滅作戦が行われることになった。そこでエゼットはバートンたちの協力を提言し、ガボット将軍はバートンたちの作戦への同行を許可する。作戦はオデット隊、ジャーケット隊、ロビット隊、ジベット隊の４チームに分かれて行うことに…
スペースニンジャ殲滅作戦のため部隊を４チームに分け、それぞれシティ周辺の拠点へと向かうこととなった。バートン、ベレッカ、エゼット、ガムッチはジベット部隊に同行することに。スペースニンジャに注意しながら目的地へ向かう途中、バートンたちは何者かの視線を感じる。さらに怪しい行動をとるジベットを目撃して…
スペースニンジャに占領されたシティを取り戻すため、四つの部隊に分かれた、バートンたちとメルウス軍。ジェーンとロンはオデット部隊に同行することに。ジェーンが場を和ませようと話しかけても無視をするオデット。さらに部下であるキャロットが話しかけても冷たい態度を取る。不満を募らせるジェーンだったが、実はオデットには秘密があって…
オデット率いる部隊が大聖堂の封鎖に成功したことで外にいるスペースニンジャの数は全体の半分になった。そのことを機に他の三部隊もシティに突入し、街を取り戻すための戦いが始まる！バートンたちと共に各地区で戦闘をする部隊は次々にスペースニンジャを倒し、戦況は有利に傾く。しかし、大聖堂に閉じ込められたスペースニンジャのボスがついに動き出して…
エマたちが地下の水源を解放したことでスペースニンジャは街の外に追い出され、街には水が行き渡った。皆はその美しい光景が広がる街の姿に感動をし、スペースニンジャの脅威から街を取り戻したかに思えたが、水中から突然、ガムゴゼンが襲撃してくる。そしてメルウス星を取り戻す最後の戦いが始まる…
メルウス星に平和を取り戻し地球に向かうバートンたち。一方、アカデミーではダンを筆頭に、再び生徒会選挙が行われようとしていた。どうしても生徒会長になりたいダンは、バートンたちが地球に帰ってくる前に選挙を終わらせようと画策するが、予想外に早くバートンたちが帰還することを知りあの手この手でバートンたちを足止めする。さらにダンには秘策があり…
バートンたちとエイミー、デイジーは無人島へバカンスに行くことに。バーンとカッペイが釣りを楽しんでいると、古びた宝の地図が飛んできた。それはなんと宝の地図で…
ＷＮＡ諜報部に所属するロジャーに連れられ、ＷＮＡアカデミーに転入してきた息子のアレク。ロジャーはバーンの父マックスの幼馴染でありライバルであった。そのことから、アレクはバーンを意識していた。授業の一環でアレクとバーンはニンジャラバトルで戦うことに。初めてのニンジャラバトルなのに、余裕の表情を見せるアレクに、バーンは闘争心を燃やす…
ある日カッペイは、オエドに住む祖父の源雲斎が覆面ニンジャたちに攫われ、カッペイに助けを求めるという夢を見た。それは本当に源雲斎の身に何かが起きているのかもしれないとエゼットに言われ、源雲斎に電話を掛けるも繋がらない。心配になったカッペイはフンドルケットルでオエドに向かうが、そこに源雲斎の姿はなく、謎の書置きだけが残っていた…
とある会社ではエドモンドという男が社長からクビを言い渡された。意気消沈のエドモンドがハンバーガーショップに立ち寄ると、手に可愛いテディベアを持った３人のギャングが現れた！偶然そこに立ち寄ったルーシー。楽しそうなスポーツをしていると勘違いしたルーシーは、なんとギャング団に加入してしまう！？さらにエドモンドもギャング団に加入することになってしまい…
街中でジェーンに声をかけてきた男、その男は「昔、よく組んで仕事をしたハリー」だと名乗る。なんとかその場を切り抜けたジェーンは、バートン、ロン、ベレッカに、「正体がバレてしまった、ハリーが自分に復讐をしに来たのかもしれない」と相談する。ジェーンの代わりにハリーの目的を探るため、ハリーがいるホテルへ潜入しようとするが…
釣りをするために、エゼットの宇宙船で湖にやってきたバーン、カッペイ、エゼット。一緒に楽しんでいたガムッチとゴローだったが、釣りを終えたエゼットが宇宙船を発進しようとした拍子にハッチから外へ放り出されてしまった！見知らぬ土地に投げ出されてしまったガムッチとゴロー。果たしてガムッチとゴローは無事ＷＮＡアカデミーに帰ることができるのか…
ＷＮＡの総務本部長であるウォーレンはさまざまな業務こなし、忙しい日々を送っていた。しかし、ウォーレンは同じくＷＮＡ幹部のマックスとレナードと比べると自分が役に立てていないのではないかと悩みを抱えていた。さらに幹部会議では、マックスとレナードどちらの意見を採用すべきかウォーレンに決定権を託される始末。そんな状況を悟ったエマは、ウォーレンを街に連れ出すことに…
バートンの発明品で迷惑を被ったとベレッカ・ジェーン・ロンが怒ってバートンのもとへ、しかしバートンは苦情を言われても「どんな失敗も、新たな一歩」と意に介さない。そんななか、バートンのもとに新たなカラクリロボ発明依頼が入る。その内容は「狙った獲物は逃さず捕え、身体はどんな攻撃にも耐え、その場の状況に応じて臨機応変に行動できる」という怪しいものだった…
食堂で、他のクラスの生徒が「バーンとカッペイはどちらが強いか」と話していた。それを聞いていたバーンとカッペイは互いに対抗意識を燃やす。そんな中、ブルース考案の「風林火山」にちなんだ大運動会が開かれることに。２チームに分かれて対決することになり、バーンとカッペイはそれぞれ大将に就く。しかし大将になった２人の対応はあまりにひどく…
ミステリー小説を読み、謎解きに目覚めたベレッカ。そんなベレッカとバートン、エゼットが歩いていると、仰向けで倒れているカッペイが！それを見るや「事件ね」とベレッカはワクワクし始め、捜査を開始。そこにエマとジェーンもやって来て、みんなで盛り上がり始める。倒れているカッペイの傍には、はんぺんとニンニクが落ちていた…そしてベレッカの名推理が始まる！？
食堂から漏れ聞こえてきたブルース、エイミー、食堂のおばちゃんの会話を聞き、デイジー先生が辞めると思ったバーンとカッペイは、すぐさまバートンたちと、デイジーが受け持つクラスのボトルコレクターズに報告。メイやキースには思い当たる節があった。生徒らの不安や心配を解消するためにベレッカとバートンはデイジー先生を尾行することに、そこで目撃したものは…
夜、アカデミーの食糧庫でカッペイは恐ろしい目と鋭い牙を持つ“何か”に遭遇。食堂のおばちゃんに聞いた話によれば、最近、食材が無くなっているという。食糧庫に現れる“怪物”退治をすることにしたカッペイ達。悪戦苦闘の末に“怪物”を捕まえようとすると、なんとその正体は子供のワニだった。カッペイとバーンはワニをもとの飼い主のもとへ送り届けることになるが…
お忍びでコメリカへやってきたドコナ王国のダレデス国王とその家族。彼らはなんと、秘密結社ドコドコ団に命を狙われていたのだ。そのため、ロンとジェーンはウォーレン、マレット、バケットと彼らの護衛の任務に就くことに。国王たちを守るため、さらに娘のダレダ王女の希望を叶えるため、ロンとジェーンは奔走するが、ダレダ王女の希望はなかなか一筋縄ではいかず…
ブルースの提案により、生徒たちは変装術を身につけるべく他の誰かに変装をし、その人になりきって一日を過ごすという特別授業を受けることに。ロンに変装したエマは、メイからニンジャラバトルを申し込まれたり、ベレッカになったバートンと、バートンになったベレッカが出会って大混乱！さらにはルーシーが三つ子になったりと授業はしっちゃかめっちゃかに！
早朝、バーンは浮かない表情でバスケの練習をしていた。ダンに言われた「ニンジャの修行一本に絞れば、もっと強くなれるんじゃないか」という言葉が引っ掛かっていたのだ。そんな時、ランニングをしていた少女パティと出会う。2人が会話をしていると、どこからか神秘的な歌声が聞こえてきた。2人が声の主を探しに川辺を歩いていると、なんと人魚のような影を見つけて…
ウォーレンが作った、渾身の「ＷＮＡ」ＰＲ動画。動画の試写をするバートンたちであったが、あまりにもインパクトが薄い動画に、生徒たちはあくびを連発。そんな生徒らの様子を見てショックを受けるウォーレン。そこで校長は、「生徒たちにＰＲ動画を作らせてみては？」と提案し、アカデミーでの動画バズらせ対決が始まったが、次第に動画の内容はＷＮＡと関係ないものになっていき…
バートンたちにおもちゃを与えられ、大喜びのゴローとガムッチだったが、そのおもちゃが引き金で二人の仲に亀裂が入ってしまう。そんな様子を心配するエゼット。そのころアカデミーの畑が荒らされる事件が発生。そこに猫の足跡があったことからゴローがその犯人でないかと疑われていた。一方、ガムッチは自分が悪かったことに気づき仲直りをするためにゴローを探すが…
連休にルーシーの地元へ帰ることになったルーシーとエマ。二人が駅に到着すると、そこでルーシーは友達のクロエの姿を見かける。母親からクロエがピアノのコンクールに出場することを知ったルーシーは、影ながらクロエを応援することに。しかし聞こえてきたクロエのピアノの演奏には元気がなかった。ルーシーとエマはその原因を探ることに…
密輸団の犯行現場に現れたスカルニンジャと名乗る怪しい男。ニュースでスカルニンジャを見たロンは何か思い当たる節があるようで、授業を欠席し、行方をくらます。心配になったバートンたちは、御庭番衆時代のロンの情報をハッキングして調べることに。一方ロンは情報屋でスカルニンジャの情報を仕入れ、彼と接触を試みるが…
ランチメニューに特製ビーフシチューが出ると大はしゃぎのバーンとカッペイ。興奮してそのことをキースに話すも、反応はイマイチ。その様子をみんなに話すと、ベレッカたちもここ数日のキースのおかしな様子を目撃していて、その様子から何か事件に巻き込まれているのではないかと推察したバートンたちは、キースの尾行を決行する！しかしキースの行先は意外な場所で…
ベレッカが街を歩いていると、大人の姿のバートンを目撃する。大人のバートンはベレッカに気付くと驚いた表情を見せ、その場から一目散に逃げてしまった。バートンが大人の姿に戻るためのスムージーを完成させたのではないかと考えたベレッカたちは、バートンを探しにアジトへ向かうが、バートンの姿は無く、飲みかけのスムージーだけがあり、残りをベレッカが飲んでみるが…
アカデミーに野菜畑を作るため、土づくりのスペシャリストとして呼ばれた農家のベン。源柳斎がベンがかつてＷＮＡに所属していた優秀な元・御庭番衆だと明かすと、生徒たちは色めき立つ。さらにベンはタイラーの父親でもあった。「ニンジャは冷徹であれ、忍務のためなら仲間も見捨てろ」という父の教えを受け入れられないタイラーは複雑な思いを抱えていて…
バートンは眠りの機械を完成させ、大人の姿に戻る。しかし、バートンが見ていない間にガムチが機械で遊んでいたため、機械は急速に振動し始め、やがて故障して火花を散らす。ガムチは慌ててその場から逃げる。その後、校長の孫の世話をしていたブルースと他の生徒たちは屋上に上がり、眠りの機械に遭遇するが、そこで目にしたのは…
バートンとベレッカは、大江戸の忍市で開催される世界忍者サミットに向かう元柳斎に同行。到着後、彼らは忍者博物館を訪れ、妖怪と戦った古代の忍者、妖怪を封印した神社、500年前に雷に打たれた大杉について学ぶ。2人が実際の大杉と神社を見に行くと、突然風が吹き荒れ、さらに大杉に雷が落ちて…
千年杉の落雷で５００年前のシノビの里にやって来てしまったバートンとベレッカ。そこにはなんと、カッペイそっくりな吉平の他に、バーン、ルーシー、エマ、ジェーン、ロンにそっくりなニンジャたちもいた。彼らはそれぞれ伊賀、甲賀、戸隠、鉢屋、雑賀、風魔の代表として、頻発する妖怪の対処を話し合うため集まっていた。そんな中、以前バートンとベレッカを襲った大蝦蟇が再び現れて…
甲賀、蜂屋、戸隠、風魔、雑賀の忍者たちは、力を合わせて蛙獣に勝利したものの、妖怪たちの恐るべき強さに遭遇し、伊賀の里を去ることを決意。妖怪退治の英雄であるヴァンジ、オエマ、オル、ロンザブロー、ジエンも、複雑な思いを抱きながらそれぞれの一族へと戻る。バートンは、倒した蛙獣が残した石像を調べ、ある仮説を立て始める。一方、近くの渓谷では新たな妖怪が誕生しようとしていた…。
バートンたちは、あやかし山で木の枝を集めていた若者が、木々の間を飛び回る巨大な影に襲われたという知らせを受ける。彼らは、怪しい妖怪を倒すためにそこへ向かい、迫りくる妖怪捜索に備えて近くの山小屋に避難することにする。しかし、ヴァンジに何度も嘲笑されるのを嫌ったオエマが、持参した皿を壊してしまうと、事態は急展開する。オエマは自分の行動を後悔しながら、割れた皿を取りに山小屋に戻るが、皿は跡形もなく消えていた…
バートンは科学的なデモンストレーションで飛行機の概念を説明しようとしたが、オルは彼の説明を信じず、実際に飛行機を飛ばすよう要求した。バートンは科学の力を証明しようと、ハンググライダーを作ろうとしたが、失敗に終わった。一方、一行は妖怪の襲撃に見舞われた村を訪れ、天狗に遭遇した。ロン三郎の忍術で、彼らは天狗を撃退することに成功した。彼の強さを目の当たりにしたオルは、ロン三郎に戦いを挑むが…
夜の山道を歩いていたバートンたちは、木々の間に隠れていた武装した男たちに襲われる。なんと彼らは、バートンが持っていた提灯を、夜な夜な村を襲う提灯型の妖怪と間違えていたのだ。村人たちはバートンたちに妖怪退治の協力を依頼するが、村の一人である治作は猛反対。どうやら治作にはお夏という婚約者がいたらしいのだが、そのお夏は……。
竹林の里の人々が竹の子を掘っていると、突然、刃物が猛スピードで飛んできて、一瞬にして竹を全て切り倒した！竹林の奥には、目を光らせた謎の生物が潜んでいた…。一方、バートンとベレッカは、ジエンに村に残る理由を問いただすが、ジエンは曖昧な答えでその場から逃げ去ってしまう。村に着いたロン三郎は、人を騙すのがくノ一の得意技だからジエンには気をつけろと警告する…。
旅の途中、桔平は月下美人の紋様が描かれた古い櫛を地面に見つけ、近くの古い神社に預ける。しかし、櫛はどこへ行っても現れ、一行はその異変に疑問を抱く。一行は休息の場を求めて遠くのかすかな明かりに向かって歩くが、そこは戦火の跡で廃墟となった村だった。しかし、村の奥には災難を免れた一軒の屋敷があり、かすかな明かりを放ち、一行を村へと導いていた…。
突然現れた巨大妖怪にバートンたちは不意を突かれる！ 全員で戦うも、効果的な攻撃はできず、反撃を受けて崖から転落してしまう。 なんとか一命を取り留めたバートンたちは、幻舟斎に戻ったら巨大妖怪に対抗する作戦を立てる。 危険な脅威と戦うため、ヴァンジとキッペイは小猿に助けを求め、弟子入りを懇願する。 しかし、事態は思ったほど簡単ではなかった…。
帰り道、バートンたちは近くの村に続く道に「大蛇を倒せた者には褒美を」と書かれた看板を見つける。村に向かい、大蛇退治を手伝う。村長によると、大蛇は底なし沼に棲んでいるというが、村人たちが沼を隠そうとしたところ、村に怪奇現象が起き始め、大蛇の姿はどこにも見当たらない。この現象に頭を悩ませる中、バートンたちはカンタという謎の少年と出会うが……。
修行の旅の途中、伊賀の里に松左衛門という男が迷い込む。村で一番強い者と勝負をしたいという松左衛門に、オルが対戦相手として名乗り出る。オルに敗れた松左衛門は「まだまだ修行が必要だ」と里を去る。決闘に満足できなかったオルは、松左衛門についていくことに。一方、村人たちは、こんにゃく山の中で「遊ぼう」と呼びかける謎の声が聞こえ続けるのを耳にしていた。偶然にも、オルが向かった方向にはこんにゃく山があり……。
山でこっそり修行をしていたおえまは、枝葉を空中で凍らせる呪文を唱える。おえまはこの呪文を妖怪との戦いに役立てようと考えていたが、蜂屋一族から他の一族の前で呪文を使うなと言われていることを気にしていた。突然土砂降りになったので、おえまは洞窟に避難する。しかし、槌型の妖怪に遭遇し、襲われる！突然、おえまの体が急激に小さくなり始めた！
伊賀の里の広場では、伊賀と甲賀のどちらが強いかでまたもや言い争うヴァンジとキッペイ。二人の言い争いにうんざりしたオルは「今ここで勝負しよう」と提案する。すると突然、幻舟斎が現れ、木刀だけで「模擬戦」をしようと提案。同じくその話を聞いていたバートンは、新発明の「棒つき玉」を使うことを提案。バートン、ベレッカを含む8人の忍者による戦国ニンジャラバトルが今始まる！
500年前の歴史ある大江戸の地でバートンとベレッカが妖怪と戦っている一方、現代では、学院中が食堂のおばさんが辞めたというニュースで大騒ぎ！ しかし、ロン、ジェーン、エマは、それぞれ違う理由で食堂のおばさんが辞めたという噂を耳に。それをきっかけに、忍者たちは、食堂のおばさんが伝説の女忍者スパイ「ジュリエッタ」ではないかと疑い始めるが……。
夜露をしのぐため、洞窟に避難していた旅人は、恐ろしい唸り声と、洞窟の奥に光る一対の目を見た。慌てた旅人は、命からがらオエマたちのいる村へと逃げた。一方、バートンとベレッカは、500年前の過去へとタイムスリップするきっかけとなった大杉の調査中だった。しかし、ベレッカがつけていた鈴のチリチリという音が、妖怪のボスの目に留まり……。
バートンは、グムチの力を借りればボス妖怪を倒せるかもしれないと気づく。バートンがゲンシュサイに計画を説明すると、ゲンシュサイは、昔、グムチに似た生き物が大江戸にやってきたという、先祖から受け継がれた物語をグループに話す。その生き物は「ダンゴチ」と名付けられ、現在はゲンシュサイの双子の兄弟であるゲンクサイと一緒に暮らしている。伝説の民話を聞いた後、バートンと他の忍者は、伝説の生き物を探すためにゲンクサイを訪ねることに決める...
鎧を着た妖怪が再び村を襲うかもしれないと心配したロン三郎は、村の見回りを強化すべきだと玄秀斎に提案する。しかし、ロン三郎の行動に疑問を抱く慈円は、村外れで風魔一族から聞いた言葉を思い出し、彼を呼び出してみることにする。険しい表情のロン三郎は、「なぜ見張りをしていないのか」と慈円に尋ねる。慈円は「今は見張りをしている」と答える。そして二人の忍者の間に緊張が高まり……。
鎧妖怪は再び戻ってくる可能性があるため、里の周辺の見回りを強化すべきではと、源舟斎に進言する論三郎。その姿を慈艶は怪しむように見ていた。
ついに大杉に雷が落ちる運命の日がやってきた…。大杉の麓にはボス妖怪を封印する祠が建てられている。人々が対決に備える中、おえまは禁断の封印術を使うことを決意する。一方、バートンは壊れたメガネの代わりになるものを探しているうちに、あるものに出会う。そしてついにボス妖怪が妖怪大蛇の姿をとって大杉を襲撃！妖怪と忍者の最終決戦が始まった…。
TBA
Ezet is on his way to start his morning training, when he suddenly feels somebody watching him. He continues to notice the same feeling at the academy and finds a mysterious letter slipped inside his locker. Realizing this may lead to the culprit behind the mysterious stares, Ezet decides to open the letter. As he begins to read its contents, a kuroko accidentally knocks over a water bucket, causing the letter to get drenched! After deciphering the barely readable message, Ezet discovers it is a love letter addressed to him!?
Dan reminisces over the various memories he made at the Academy. However, his trip down memory lane is interrupted by Burton’s uncontrollable laughter caused by one of his latest inventions. Unable to stand looking at Burton, Dan advises Burton about his childish actions. Burton replies that “It is important to experience many different things” and that he has “Experienced more of the world” than Dan ever has. After having Burton’s words stuck in his head, Dan decides to get work experience under Mallet & Bucket, who were looking around for extra help…
Dan rants about “What True Ninjas should do…” like usual. But things were slightly different. Tyler was not seen next to Dan, despite the two always being together. Later, Dan finds Tyler in the cafeteria and approaches him, but Tyler leaves immediately with a cold attitude. Even the other members of the Bottle Collectors were actively avoiding Dan whenever he tried to talk to them. Not knowing what to do, Dan asks Burton and the others for advice. After hearing about the problem, Lucy makes a crazy suggestion…
Van and Kappei are taken to a deserted antique shop by Keith. Once they arrive, Keith joyfully talks to them about a specific stone in the store. According to the owner, there is one other person interested in the stone aside from Keith. He is ecstatic to hear about someone else with similar interests as him and begged the owner to introduce the said person. Keith couldn’t wait to meet a like-minded individual with the same taste as himself. But his excitement is cut short as the stone gets stolen from the shop…!
Naomi receives a letter from her mother in Oedo, informing her about a strange creature roaming within the mountains of Oedo. When Burton and Berecca hear about the news, the two immediately thinks about the Yokai they sealed 500 years ago in Old Oedo… As a result, Burton and Berecca decide to accompany Naomi on her trip home. On top of this, Emma and Lucy also join them! Upon arriving at Oedo, the entire village is peaceful to the point the crew forgets about the existence of the mysterious being… Until the group suddenly hears the screams of villagers, and the creature emerges from the shadows!
Ron is enjoying his day, relaxing at the Base, when Van and Kappei suddenly challenge him to a battle! The cafeteria lady tells the two if they can get one IPPON on Ron, she will treat them with food off of a special menu. What’s more, Genryusai tells other students that they would inherit the “Ninpo Tiger Scroll” if they get an IPPON on Ron! The rumors rapidly spread throughout the academy, becoming an environment of chaos involving all the students!
ガムッチを連れてフードフェスにやって来たバーンとカッペイ。食べることに夢中になった二人は、ガムッチの入ったリュックを置き去りにして、お目当ての屋台へ。程なくしてミリーという女の子が、ガムッチに気付く。ガムッチをぬいぐるみだと勘違いしたミリーはガムッチを連れて行ってしまった。一方その頃、怪しげな男たちによる、ある取引が行われようとしていて…
ウォーレンの頼みで「ニンジャvsゾンビ」という映画の撮影に、エキストラで子供のニンジャ役として参加することになったバートンとルーシー。二人の引率でゾンビ大好きなエイミーが付いて行くことに。ゾンビ愛に溢れるエイミーはルーシーのアドリブ演技にダメ出しをする始末。やがてこのエイミーの行き過ぎたゾンビ愛のせいで、撮影現場が大混乱に！？
イーグルシティの発明コンテストが開かれることになり、参加することになったバートンとベレッカ。意気込む二人は発明対決をすることに。「暮らしに役立つ発明」というお題に窮した二人は、校長のもとへ。「物忘れがひどくて、傘を忘れたりする」という悩みにヒントを得て、それぞれが発明品製作を開始。しかし二人が作った発明品がとんでもない事態を招いてしまい…
TBA
マックスに頼まれ、ＷＮＡ本部の資料室で資料探しをすることになったバーン。そこで本棚の裏側に落ちていた「秘伝の書」なる冊子を発見する。ページをめくると、そこには禁断の忍術を会得するための修行が書かれていた。早速バーンは冊子に書かれた修行を始めるのだが、おかしな動きをするものばかり。そんなバーンを見た源柳斎が、なぜか焦り出して…
イーグルシティに雪が積もったある日。予定していた訓練が無くなり、雪だるまを作るなど思い思いに過ごす生徒たち。すると突然、ブルースの思いつきで生徒たちは、２チームに別れて雪合戦を行うことに。気合十分のカッペイだったが、同じチームのルーシーに後ろから雪玉をぶつけられたりと翻弄され、雪合戦に負けてしまった。そんなルーシーにカッペイはイライラして…
元気が無く、いつものギャグやダジャレを言わなくなってしまったブルースを心配するバートンたち。どうにか元気を取り戻そうと、バートンたちはあの手この手でブルースを笑わせようとするが、その顔に笑顔は戻らない。ついに、ロンまでがブルースを笑わせることになるのだが、ロンが放ったジョークに激しく動揺するブルース。その様子を見たバートンたちは原因を探ることに…
TBA
突如現れたＵＦＯから声がし、満月の夜に迎えに来る、と言われる夢を見たガムッチ。それが夢だと分かって安心するも、突然、耳鳴りのような音に襲われ、さらにはガムッチそっくりの地上絵まで発見される。それらが宇宙人からのメッセージだと不安になるガムッチ。そんな事情を知ったバートンたちは、地球に残りたいガムッチのために動き出す。そして、満月の夜がやって来た…
TBA
一人、剣術の修行に励むカッペイ。そこへ現れた男と、カッペイはひょんなことから勝負をすることに。しかし、相手の大人気ない手に引っかかり、カッペイは負けてしまう。悔しがるカッペイは強くなるため、エゼットと一緒に武者修行で、あるおんぼろ道場を訪れるが全く相手にされない。さらには別の道場破りも現れ、なぜかその戦いにカッペイが駆り出されることに…
機密情報を盗む悪人スパイシーがイーグルシティに潜入した。そんな報せを受け、源柳斎のもとにＷＮＡの諜報部員のユーリアと、その相棒猫のギミーがやって来る。ユーリアたちのサポートを命じられたバートンとベレッカ。ベレッカはゴローも協力できるかもと提案するが、ユーリアはこれを拒否。ユーリアの物言いにベレッカは怒り出すが、ユーリアの真意は別にあって…
アカデミーでチーム対抗のクッキングコンテストが開かれることに。同じチームになったバートン、ベレッカ、エゼットは、練習でカレーを作ってみるが、大失敗。そこで今まで食べた料理でおいしかったものを思い出すことにした３人。結果ベレッカの思い出の味を再現することに。本番では各チームが個性的な料理を披露。はたして、優勝するのはどのチームか！？
ＷＮＡアカデミーに教師見習いフローラがやって来た。しかし出欠確認では生徒全員の名前を間違えたり、食堂のおばちゃんを校長先生と間違えたりと、ものすごく天然。そんな中、街では原因不明の停電が発生。原因を突き止めるよう源柳斎からの忍務を受けたバートンたちだったが、調査中にまたしても停電にあってしまう。ついに原因が判明するが、その理由はとんでもないものだった！？
TBA
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街に現れた謎の生物たちがスペースニンジャであるなら、消滅させられるのはガムウェポンを使える自分たちだけだと気を引き締めるバートンたち。バートンとベレッカ、ロンとジェーンは二組に分かれ、ＳＮＳに書き込まれた「怪しい生き物を発見」という投稿を頼りにゴーストタウンを調査することに。そこで待ち受けていたものはまさかの！？
強風を巻き起こすモンスターと戦うバートンたちの前に、突如姿を現したマスターレディ。彼女は自らを「シャドーニンジャの新たなマスター」と名乗った。マスターレディやモンスターの強さに苦戦を強いられるも、全員で協力しなんとかその場を切り抜け、アカデミーに戻ったバートンたちであったが、アカデミーにはすでに新たな脅威が迫っていた…
変装の達人であるマスターレディの侵入に備えた「変装探知機」を発明したバートン。しかし目を離したすきに「変装探知機」が無くなってしまう。すでにアカデミーに潜入していたマスターレディが盗んだのではないかと考えたバートンたちは、不審な人物を探したり、お互い疑心暗鬼になったりする。さらにそこにボロボロになって倒れているバーンがあらわれて…
マスターレディを見つけた御庭番衆は、その後を追いかけるが、謎のガスを吸わされ敗れてしまう。翌日、エイミーから街で異変が起きていると伝えられたバートンたちは２班に分かれ調査へ向かう！しかしロン、ベレッカ、バーン、カッペイのチームが調査中に謎のガスにやられてしまう。次第に街の様子もおかしくなり、やがて街はとんでもない地獄絵図に…
空がキラキラと光り火柱が上がるという謎の現象が至る所で発生。それがマスターレディとモンスターの仕業かもしれないと、ダンたちボトルコレクターズが現地の調査に向かうことに。調査に向かった先で次々にキラキラ光る現象が発生。それはまるで、ボトルコレクターズをおびき寄せる罠のようだった。さらに何者かによる通信障害も起こり、孤立してしまうボトルコレクターズ…
バートンたちからルークの話を聞き、マスターレディの企みを止めるため、自分にできることでバートンたちに協力をしようと決意したエゼットは、何か手がかりを探すためイーグルシティのハンバーガーショップで調べ物していた。ふとドリンクに手を伸ばすと、一口も飲んでいないドリンクが減っていた。さらに他のお客のドリンクも無くなっており…
モンスターを倒した後にモンスターの「元」になったであろう物が残されていたことから、５００年前のオエドで封印したスペースニンジャに関係しているのではないかと考えたバートンとベレッカはオエドへ向かう。一方イーグルシティでは、人が看板に閉じ込められてしまう事件が発生。ジェーンが事件の原因のモンスターと遭遇するが、ジェーンを見たとたんモンスターが豹変して…
オエドへ妖怪について調べに来ていたバートンとベレッカは、怪しい霧の中に閉じ込められ、どう猛な猛獣やカウボーイ、しまいには恐竜に襲われひたすら逃げまわるしかなかった。一方コメリカでは、マスターレディに付けた発信機の信号を追って廃病院にやって来たロンたち。見張りのシャドーニンジャたちを倒しながらどんどん進むが、なぜか異常に静かで…
TBA
オエドに残って妖怪について調査をするベレッカだったが、いまだ妖怪の封印に関する情報はつかめていなかった。引き続き調査をするため、夜にニンジャ資料館に忍び込むことに。そこで鉢屋の里が残した妖怪に関する資料を発見し、読み進めていると、肝心な事が書いてあるはずの巻だけ抜けていることに気づく。一方イーグルシティでは、ニンジャガムの製造工場がマスターレディによって占拠されてしまった！
バートンのマキフォンに、オエドにいるベレッカから連絡が入る。ベレッカが見つけた資料によれば、ガムニュウドウ封印に役立ったものの一つはガムッチ。また、ガムニュウドウが不完全な状態で復活したのは、ガムッチの力が関係しているかもしれないということだった。ガムッチの身が危ないと、バートンらはガムッチを探すが、その姿はどこにも無く…
ガムッチを飲み込み完全復活を遂げたガムニュウドウとルークとの戦闘で、負傷したバートンらは撤退を余儀なくされる。すぐにでもガムッチを助けに行きたいという思いを抱えながらも、源柳斎からの指示を待たなければならないという状況にもどかしさを募らせていく一同。一方、オエドで調査を続けるベレッカは、まるで自分を呼ぶような鈴の音に導かれて…
ＷＮＡ本部に警告音が響き、猛吹雪を吐く今までにない超大型なモンスターが現れた。モンスターの攻撃でイーグルシティは、まるで氷河期のようにされてしまう。御庭番衆が立ち向かうも歯が立たず、バートンたちも加勢するが、強力な攻撃に蹴散らされてしまう。どんどんＷＮＡ本部へと進行するモンスターを前に追い詰められた源柳斎はある秘策を講じるが…
バーンたちはそれぞれ、ベレッカがオエドから持ち帰って来た秘伝の技が封印された巻物を受け取る。巻物には封印を解く条件のような文言が書かれていた。しかし、バーンは自分の巻物に書かれていた『己の根を示せ』という言葉の意味が読み解けず、頭を抱えてしまう。封印を解くには「自分のなりたい姿を示すことだ！」と考えたバーンは試行錯誤して…
ガムッチを助け出すためにも、早く秘伝の技が使えるようになりたいカッペイ。巻物には『水は己を映し、炎は天を貫く』と書かれ、その謎を解けずにいた。そんな中、フローラは前の戦いでケガを負ったカッペイとバーン、さらにブルースのことを治療すると言い出し、包帯でぐるぐる巻きに！このことで足りなくなった包帯を買いに街に向かった３人だったが、そこで謎の包帯男に襲撃されてしまい…
巻物の謎を解いて秘伝の技を習得すべく、ルーシーはエマと特訓をすることに。そんなルーシーの巻物には、『闇の中に光を見よ』とあった。その謎を解くため試行錯誤をするルーシーとエマだが、巻物の謎は解けず…。そんな中、新たな妖怪が複数出現！別れて討伐するバートンたち。なんとかその場を切り抜けたバートンたちが再び集まるが、そこにルーシーの姿は無く…
まだ巻物の謎を解くことができていないロンとジェーン。ロンの巻物には「真のニンジャであれ」と書かれており、答えを見つけるためには過去の自分と向き合う必要があると考えイーグルシティへ。ジェーンは、巻物に書かれていた「自分の道は自分で探せ」という言葉に思うところがあった。そんな中、イーグルシティに複数のモンスターが現れるが、それはルークたちの罠で！？
周りのみんなが巻物の謎を解いて秘伝の技を習得する中、未だ一人だけ解けていないエマは焦っていた。その矢先、フローラがいつものようにドジを踏む場面に遭遇。フローラのことを手伝い、話していると、エマはどこかで聞いた声を思い出す。さらにロンとジェーンがフローラを怪しんでいる会話を聞いてしまう。疑念を持ったエマはフローラを尾行することに…
ＷＮＡ本部はマスターレディと妖怪・ハングリーナーに襲撃されてしまう。あらゆるものを吸引し、御庭番衆すらも蹴散らしていくハングリーナーは、お腹を空かすと食糧庫に向かい、食材を次々に吸い込むのだった。そこへバートンらが到着し、ハングリーナーの動きを止めようと攻撃をしかけるが、その最中、バートンとマスターレディがハングリーナーに吸い込まれてしまい…
傷だらけでアカデミーに戻って来たフローラは治療を受けながら、エマを守れなかったことに落胆していた。エマがフローラの尾行をしていたことを知っていたルーシーは、フローラがマスターレディなのではと疑い医療室に乗り込むが、そこにフローラの姿は無かった。その矢先、シャドーニンジャたちがモンスターを引き連れＷＮＡ本部へ総攻撃を仕掛けてきて…
フローラとマスターレディがついに対峙する。フローラの口から、出生の秘密が明かされ、それを知り困惑するマスターレディ。その間にも、ボラードが暴れまわり、さらには巨大な妖怪サイロスが空からＷＮＡに迫っていた。やむを得ずその場から撤退をしようとするが、ボラードの攻撃で扉が封鎖されてしまう。その時、突如モニターに映ったルークが語る言葉に、マスターレディは愕然とするのだった…
５００年前のオエドでバートンとベレッカが戦った妖怪たちがガムニュウドウの力で再び現代に現れ、ＷＮＡ本部に襲い掛かる。妖怪の攻撃は激しさを増し、苦戦を強いられるバートンたち。その時、５００年前に妖怪と戦っていたバートンとベレッカは倒した時のことをヒントに、みんなに妖怪たちの弱点を伝える！そのおかげで妖怪を次々と撃破する中、ついにガムニュウドウが姿を現す…
ガムニュウドウとの激闘の末、シノビの力とニンジャガムを使い果たしたバートンたち。そこへ、とどめを刺そうとルークが刀を振り下ろす。危機一髪、駆け付けた源柳斎がその刀を受け止め、さらにレナードとエゼットが急いで生産したニンジャガムをもって現れる。最後の力を振り絞り、ニンジャガムを手にしたバートンたちは、ルークと決着をつけるため再び立ち上がる！
連日の猛暑が続くイーグルシティ。そんな中、アカデミーの空調機が壊れてしまう！あまりの暑さにぐったりする一同。そんな中、バートンだけはアジトにこもり、みんなのため瞬間空間冷却機を発明しようとしていた。さらにダンがそんなバートンの動きを察知して…はたして、バートンは瞬間空間冷却機を無事に完成させ、アカデミーを涼しくさせることはできるのか！？
課外授業で無人島脱出レースをすることになったバートンたち。それぞれパラシュートを背負い、ヘリコプターから無人島に上陸していく。レースは二人一組のチームで行われるため、まず散り散りになった面々は、自分のペアの相手を探すことに。それぞれのペアは無事合流を果たし、いかだなどを作成。無人島脱出に向けて動き出す！脱出レースを制するのは果たしてどのチームだ！？
怪盗Ｘが博物館のお宝を盗みに来るという情報が入り、源柳斎から怪盗Ⅹを捕まえる忍務を言い渡されたバートンたち。各自が博物館内を見回り、怪しい人物を警戒する中。監視カメラをチェックしていたジェーンは、怪盗Ｘの潜伏場所と思しきホテルを発見！ルーシーとともにそこへ向かうが…その時、博物館の展示室に警報が鳴り響く！そして事件は予想外の展開に…！？
街外れの屋敷におばけが出るという報告があり、その真相を突き止めるよう忍務を受けたバートンたち。ビビりまくるバーンをよそに幽霊屋敷へ突入すると、突然テレビが点いたりと次々に不可解なことが発生。そうしているうち一同はある部屋にたどり着く。すると突然部屋のドアが勝手に開きポルターガイストが発生！さらにビビるバーンに悲劇が起きる…
ブルースから自由研究の課題を出されるアカデミー生徒たち。エマとルーシーは他のみんながどんなテーマで研究するかを聞いて回り、ある研究テーマを閃く。研究のため川沿いにやってきた二人は、ここちよい陽気についウトウト。気が付くと二人の体は縮み、その横をイチゴの妖精が通りすぎていった！二人はその妖精を追いかける冒険へ出ることに！！
ブルースの授業中、奥からあくびの声。生徒らが振り向くと、そこにいたのは、伝説のくノ一シェリルだった！シェリルは、源柳斎に用事があって来訪したが、源柳斎は不在。すると、ブルースの提案で生徒たちの特訓を見ることに。終始つまらなそうなシェリルは、「街へ行ってワシが鍛えてやる！」と、バートンらを連れて街へと繰り出すのだが、そこで事件に巻き込まれてしまい…
料理対決の時のマグロの解体ショーが楽しく、またやりたいからとバートンに「マグロ発見機作って」と詰め寄るルーシー。しかし、マグロは船で沖に出ないと釣れないとベレッカに指摘され、それならば、漁師に船に乗せてもらおうと漁港に向かったルーシー。そこで出会ったのはベテラン漁師のモビーだった。果たして２人はマグロを釣りあげられるのか！？
テレビドラマを見て探偵に憧れたガムッチは、バートンに用意してもらった探偵衣装を身にまとい、事件を探しアカデミーを調査していく。その時、中庭からエイミーの叫び声が聞こえた。ガムッチらが駆け付けると、エイミーが大切に育てたカボチャ畑が荒らされていた！事件の調査に乗り出すガムッチ、そこへ探偵に扮したベレッカも現れる。果たして事件の真相は！？
アカデミーでは、ニンジャラバリエーションマッチが開催されることに。生徒たちは張り切り、それぞれ大会に向けて思いを馳せる。しかし、バートンだけは大会に乗り気ではなかった。そこへ源柳斎が現れ、己の力を過小評価するバートンに、ある言葉を伝える。そして、ニンジャラバリエーションマッチ一回戦。ガムガチャでランダムに引いたガムウェポンを使った戦いだ！
バリエーションマッチ二回戦の舞台はゴーストタウン。その内容は、目隠しをした状態で気配を読んで相手を倒す気配斬り対決。聴力に優れたエマは序盤から調子よく生徒たちを倒していく。各所で激しいバトルが繰り広げられる中、バートンは三人の生徒らに追い詰められ、大ピンチ！その時、バートンの身に本人も戸惑う異変が起きて…
ニンジャラバリエーションマッチ三回戦のルールは、なんとトリックボールのビヨンド・ザ・ガムで相手を“うんち”にしたら勝利というものだった。戦いの舞台はＷＮＡアカデミー。選手以外も攻撃をくらえば“うんち”になってしまうから、アカデミーは大騒ぎ。そんな中、トリックボールを得意とするバーンが、カッペイに攻撃を仕掛ける。この奇想天外なバトルを制して決勝に進むのは誰なのか！？
ニンジャラバリエーションマッチ決勝戦は、なんでもありの究極ニンジャラバトル！ガムウェポンだけでなく、あらゆるものをうまく利用して戦う。決勝まで残った強者たち10人の思惑がぶつかる中、いよいよバトルがスタート！ここまで、自分と向き合いながら戦ってきたバートンは、この決勝戦で答えを見つけることは出来るのか？そしていったい誰が、優勝を勝ち取るのか！？
ニンジャラバリエーションマッチで優勝したバートンは、校長から豪華賞品が並ぶ目録を受け取るが、特に欲しいものが無くて迷っていた。するとルーシーの「じゃあ、あたいにちょうだい！」の一言から豪華賞品をめぐる争奪戦が開始。しかし当のバートンは、決勝戦で使った「鬼神招来・改」の力の強さに困惑していた。一方、豪華賞品を手にするのはいったい誰だ！？
野外実習でビリになってしまったルーシーは、ブルースによる『ニンジャ心得特別講座』を受けるのが嫌で、移動中の小型機から飛び降りて逃走！それに気づいたベレッカは止めようとするが一緒に巻き込まれてしまう。アカデミーにはもう戻らないというルーシーは、ベレッカとともに近くの街へ。そこで研究員のロランと出会う。しかしロランは、とある研究をしたことから何者かに狙われていて…
ジェーンにからかわれたバーンとカッペイは、仕返しをすべく次々とイタズラを仕掛けるが、ことごとく返り討ちされてしまう。そこで、他のみんなにも協力を仰ぎ、過去にジェーンにからかわれた経験のあるロンにも作戦に加わってもらう。策をめぐらし、再びイタズラを試みるも、なかなか一筋縄ではいかない。はたして、３人はジェーンのウラをかいて仕返しができるのか！？
マレットとバケットが持ってきたお土産を見て盛り上がるバートンたち。猫の仮面を気に入ったエイミーはそれを貰うことに。しかし仮面を手にしてからエイミーの様子がおかしくなる。そんな中、猫探しを頼まれたバートンたちは、探していた猫を見つけるが、猫の集団に妨害されてしまう。それを見ていたゴローは、猫たちの夜の集会に参加。そこには現れたのはなんと…！？
友だちのマーサに連れられ、ダンスの練習にリバティパークにやって来たエマ。しかし、そこではバーンも参加するバスケチームと、エマが誘われたダンスチームが練習場所をめぐり揉めていた。それぞれのチームを仲良くさせようと、エマとバーンは「仲良し大作戦」を開始。それは、フェスティバルにて２チームが合同で出し物を披露するというもの。果たして作戦は成功するのか！？
ＷＮＡアカデミーの黒子たちがなぜか一斉に活動停止！レナードが修理を試みるも黒子たちは「博士を呼んでください！」と言うばかり。そこで、バートンとベレッカは黒子を発明したゴンザレス博士のもとへ。筋金入りの人嫌いであるゴンザレス博士をどうにか説得し、アカデミーまで来てもらう。しかし、黒子を見た博士は何かを思い出し、その場から逃走してしまう！
バートンが発明した姿も気配も消すスーツ「カクレカタビラ」。カッペイがそのスーツをこっそり試着すると、なんと透明人間に！アカデミーで、誰にも気づかれないのをいいことに、カッペイは次々にイタズラをして周囲を驚かせていくが、途中で故障してしまい、脱ぐことが出来なくなってしまった。さらに「カクレカタビラ」は着る人のエネルギーを使う仕組みで、カッペイの体力はみるみる奪われていき…
「絵画コンテスト」の作品募集ポスターを見つけ、久しぶりに絵を描こうと思い立つルーシー。なんと描き上げた絵は優秀作品に選ばれイーグルシティの美術館に展示されることに。そこで絵を気に入った美術愛好家のナラシュが画家としてルーシーを育てたいと、自分の豪邸へと招き入れる。しかし、ジェーンが調べたところ“美術愛好家”にナラシュという人物は存在しないことが分かり…
アカデミーで演劇フェスティバルが開かれることに。エマは修道院の子供たちに見てもらいたいと「白雪姫」を提案し、主役に抜擢される。しかし、エマのそんな思いを知らないバートンたちは、各々がやりたい役を演じ始め、どんどんアレンジをしていく。真面目に「白雪姫」に取り組みたいエマは思い悩み、稽古から逃げ出してしまう。はたして、「白雪姫」は無事に上演されるのか！？
ホリデーに入ったアカデミー。バーンたちが帰省していく中、バートン、ベレッカ、ジェーン、ロンは帰省をせずに思い思いの休暇を過ごす。ジェーンは南の島でバカンス、バートンは「最高の夢を見る装置」の発明、ロンは究極のラーメン作り。しかし、そのどれもがトラブルに見舞われる。そんな中、ベレッカは父との思い出の料理を再現しようとするが…
ホリデー明け、ブルースの提案でクイズ大会が開かれる。優勝賞品が特上のコメリカンビーフだと知り、みんなやる気をみなぎらせる。バートンたちは４チームに分かれ、さまざまなクイズに挑んでいく。そんな中、エゼットが他を圧倒する勢いで正解を連発し、他のチームは、ビリビリイスに電流が流され大絶叫。はたして、勝利を掴むのはどのチームなのか…？
「バートンがアカデミーをやめた」そんな噂が生徒の間で広まる。ベレッカが確認すると、バートンは源柳斎に頼まれた忍務で留守にしていた。だが、一週間が過ぎてもバートンは戻らない。改めて源柳斎に確認すると、手違いがあって帰りが遅れているらしいとのこと。その言葉には裏があるのではと怪しんだベレッカたちは、バートンが不在の理由を探るべく動き出す！
ボロボロでアカデミーに帰還したバートンは、一週間に及んだ極秘忍務について語り始める。それは、源柳斎からの荷物をリヒトニア王国のガーベラへ届けることだった。しかし、目的地に着くとガーベラは旅に出ており、バートンはその行方を追うことに。すると、なぜかサングラスの男に追われていることに気付く。はたして、バートンは無事にガーベラへ荷物を届けられるのか…？
エイミーがカボチャ畑で襲われ、カボチャもすべて無くなるという事件が発生！その調査に乗り出したバートンたちは、マレットとバケットから同様の事件が街中あちこちで発生していることを聞かされる。やがて、バートンたちは畑で変異して狂暴化したカボチャやピーマン、キャベツ、さまざまな野菜に取り囲まれ、襲撃されてしまう。果たして野菜が凶暴化してしまった原因はなんなのか！？
カッペイが飛び入りで剣道大会に参加することに。順調に勝ち上がりいざ決勝戦！相手は強敵ムサシ。実力は拮抗し、一進一退の試合展開だったが、カッペイがムサシを撃破！見事優勝を飾る。しかしムサシはカッペイの一撃をうけ気を失ってしまう。さらにムサシの正体は大企業の社長だと判明。やむを得ずカッペイはバーンとともに社長に変装し、会議に出席することになるが…
街で占い師に「今日は人生最悪の日」と告げられたベレッカ。気にせずにその場を立ち去るが、帰り道で不運に見舞われる。アジトに戻ると、バーンとカッペイは占いにどハマりしていた。その占いによると二人はラッキーな１日。一方、ベレッカはアンラッキーな１日だった。ベレッカは「占いなんて信じない」と言い、みんなで街へ繰り出して同じ行動を取ることを提案するが、果たして！？
ルーシーは森で偶然、ヒナ鳥に遭遇。ヒナはルーシーのことを親だと思って懐いてしまい、アカデミーの寮でこっそり飼うことに。そのヒナに「シュリケン」と名付けたルーシーは、野生に戻っても生きていけるように特訓を開始。しだいにシュリケンは逞しく育ち、２人の絆も深まっていく。そんな中、街に巨大な鳥が出現し調査することに！すると、その巨大鳥は何かを探しているようで…
ロンは、ドクター・モーに盗まれた、コメリカ政府が極秘開発したICチップ奪還の忍務を源柳斎から受ける。モーはロンが御庭番衆に所属していた際に捕まえようとしていた、国際指名手配犯だった。モーの行動パターンを熟知するロンは、洞窟の隠れ家にたどり着く。しかしそこに、謎の男も加わり、三つ巴の争奪戦に発展！ロンはICチップを奪還することができるのか！？
ＷＮＡへの帰還途中、ブルース、カッペイ、ジェーンの乗ったジープが崖から転落。気付くと、３人は自給自足の生活を送る村にいた。ケガを負ったブルースの治療の間、アデルという女性の家で世話になり、カッペイはアデルの妹・ノエルの仕事を手伝い、村に馴染み始める。しかしジェーンだけは、不穏な気配を感じていた。そんな中、カッペイとノエルの姿が、村から突如消えてしまった！
バートンたちは、ブルースが引っ越したシェアハウス「イカヅチ荘」を訪れる。そこは、UFOの目撃例が多発する場所だった。「イカヅチ荘」に着くと、不気味な肖像画や、床下から響く謎の轟音、怪しい隣人たちが、バートンたちを震え上がらせる。さらに天候の悪化でバートンたちは宿泊することになってしまった。一体このシェアハウスは何なのか！？ そして、住人たちの正体とは…？
バートンが開発した、被れば互いの考えが分かるようになる「テレパスカブト」の実験中、ガムッチとカッペイの中身が入れ替わってしまった！カッペイの体を手に入れたガムッチは、バートンらにバレないようにこっそり街へ繰り出す。一方、ガムッチの体になってしまったカッペイは、バーンたちと一緒にガムッチを探すことに。はたして、カッペイとガムッチの体は、無事元に戻るのか！？
バートンたちは書庫の大掃除中、偶然、オエドの古い宝の地図を発見。そこで、一同はオエドに向かいお宝を探すことに。地図に描かれた洞窟前に向かうと、一人の老人が倒れていた。老人は埋蔵金ハンターのカンスケであった。カンスケの話によれば、その洞窟は「人喰い洞窟」で、自分の仲間もいなくなってしまったとのこと。それでも洞窟の中へと入っていく一同。すると、次々に仲間が減っていき…
ある日マックスから突然連絡を受けるバーン。「特別な忍務」だと緊張しながら約束の場所へ向かう。しかし、マックスに連れられてやって来たのは遊園地で、ただの家族サービスだと分かり拍子抜けする。家族水入らずの時間を過ごしていると、御庭番衆が追っていた犯罪組織によって遊園地に爆弾が仕掛けられる大事件が発生！バーンとマックスは、この事態をどう解決するのか！？
ブルースの母が突然、アカデミーに来校！校内やイーグルシティを案内するが、ブルースのダメな部分が露呈してしまう。そんな様子を見た母が父への電話で「ブルースを連れ戻す」と話していたのを聞いてしまった生徒たちは大慌て。翌日、母がブルースの授業を見学することとなり、バートンたちは何としてでも授業を成功させようと、サポートするが空回り。果たしてブルースは教師を続けられるのか…？
バートンは、かつて助けた青年クラウスと再会する。クラウスは、おもちゃ会社で新しいおもちゃを開発する部署に勤めていた。そんなクラウスのおもちゃ開発を手伝うようになるバートンだったが、なかなかうまくいかない。ある時、ひょんなことからガムッチを目撃したクラウスは、人工知能をもつおもちゃだと勘違いして大興奮！バートンにガムッチを貸してほしいと迫るが…
バートンたちは極寒での過酷な訓練という名目の雪山合宿に来ていた。それぞれがスキーやスノボを楽しんでいると、ロン、バーン、カッペイは巨大な影を目撃する。山小屋のマスターによれば、ここのところ「雪男」の目撃情報が相次いでいるとの事。正体を暴くため、足跡をたどり、森の奥へと進んでいきそこで目にしたのはなんと…！？
源柳斎から世界的ミュージシャン、モーリス・ジョンソンのライブツアーでの護衛を任されたロン。モーリスはかなりの偏屈者で、マネージャーたちも彼のわがままに振り回され、ロンも迷惑顔を浮かべるが、彼のファンを思う気持ちにふれると考えを改める。そんな中、ライブ終演後のモーリスが黒ずくめの男たちにつかまってしまい…
アカデミーの黒子たちが突然生徒たちにアンケートを取り始め、いつもの様子から一変。バートンたちが不審がっていると、黒子は生徒に行動や食事を強制し始め、アカデミーは大混乱！そんな中、サーバールームで一人、居眠りをしていたジェーンは目を覚ます。モニターを見ると、自らプログラムを組んだAIの「ロコ」に異常が起きていた…
福引きを当てたバートンたちは、古代文明の国コシャプトへ！観光を楽しむ中、エマが“助けを呼ぶ声”を耳にする。声の方へ向かうと、考古学者のパトラと実業家のドイルが、シャドーニンジャに襲われていた！2人を救出して話を聞くと、彼らは、ある古文書を持っているため、悪者から狙われていた。そこで、バートンらは護衛として2人の調査に同行することになった…
バートンたちは、パトラと共にコシャプトにある遺跡へ訪れていた。「光の皇子の墓」の場所を示すヒントとなる古代の鏡を求め、その内部へと進むことに。その一方で発掘をやめるように促す少年「メネス」と出会ったバーン、カッペイ。2人は気になりながらも、みんなとさまざまな罠をなんとか突破し一行は壁画の謎を解いて、古代の鏡を手に入れる。しかし、そこにお宝を狙うスコーピオンが襲来！バートンたちは縄で拘束され、絶体絶命のピンチに…！
考古学者のパトラと共に「光の皇子の墓」を探すバートンたち。しかしその場所はなかなか見つからない。その晩、再びカッペイとバーンの前にメネスが現れ、改めて遺跡に誰も近づけさせないように忠告をする。一方、スコーピオンは奪ったパピルスから「光の皇子の墓」がある真の遺跡の場所をつきとめていた。動向を探っていたロン、カッペイ、バーンはスコーピオンを追跡する…
スコーピオンの狙いは「光の皇子の墓」の宝ではなく、そこに封印されていた魔人の力だった！魔人の力を取り込み巨大化したスコーピオン。バートンたちはスコーピオンを止めるためニンジャガムで応戦するが、スコーピオンが作り出した結界に阻まれ、攻撃ははじき返されてしまう。果たしてバートンたちは復活した魔人を止めることはできるのか！？そして光の皇子の正体とは…？
コシャプトの旅を終え、バートンたちはフンドルケットルで帰路についていた。すると、突如フンドルケットルの操縦が効かなくなり、魔の海域「バミューデストライアングル」に突っ込んでしまった。そこでは、レーダーには映らない飛行機が現れたり、空飛ぶ帆船が見えたりと、不思議な現象が次々と発生。そして、フンドルケットルは超巨大な雷雲に飲み込まれてしまい、謎の島へ不時着してしまう…
長期休暇が明け久しぶりにアカデミーに戻ってきたメイの姿にみんなが驚く。なんとメイは、ド派手なギャルにイメチェン！性格も変わってしまっていた。かつての凛々しさを失ったメイの姿に愕然とするダンは、どうしても前のようなメイに戻って欲しいと、バートンに相談を持ち掛ける。そこでバートンは、メイの闘争心を呼び覚ますための「偽の忍務」を計画。しかし事態は思わぬ方向に転がり…
ベレッカが部屋の片づけをしていると、差出人が分からない古い手紙を発見。その手紙には、「謎を解いて贈り物を受け取って」との文面が書いてあった。ベレッカはロンと一緒に、アカデミーに入学する前の思い出の地を巡りながら、さまざまな謎を解いて、徐々に真相へと近づいていく。はたして、手紙の差出人は誰なのか!?そして、贈り物とは一体…？
休日に、ウォーレンの故郷へ遊びに行くことになったエマとルーシー。しかし先に帰省したはずのウォーレンと連絡が取れなくなってしまい、心配した２人は彼女の故郷を目指すことに。唯一の手掛かりであったドライブインに立ち寄ると、そこでウォーレンが事故に遭い、記憶を失くしてしまったということを知る。一方、記憶喪失のウォーレンは家族に違和感を覚えていて…
伝説の忍者・ハンゾウの手紙が出品されると聞き、その手紙が欲しいバートンたちはニンジャファンが集まるイベントへ！手紙の持ち主に、源柳斎から授かった「光る五色米」との交換を試みるも失敗。あきらめきれないバートンたちは物々交換の末、優勝すればすごいニンジャグッズが手に入るというクイズ大会への出場権を獲得。果たして、バートンたちは手紙を交換してもらえるのか！？
事故でチャンスを逃した伝説のボクサー・ヘリングのタイトル戦が決定。そのことを知ったジェーンは、得意のデータ分析を使ったサポートをすることに。バートンたちも加わり、特訓に精を出すへリング。しかし勝利にこだわるジェーンは普段からは想像つかないぐらい感情をあらわにする。はたしてその理由とは…？そしてついに、試合のゴングが鳴る！
最近アカデミーでは、夜に「あなたはニンジャ？」と聞いてくる謎の少女の噂が広まっている。その少女に遭遇したのに、誰にも信じてもらえないガムッチとゴローは真相を確かめるべく夜の調査を開始。すると、噂の正体に心当たりがあり、真相を確かめようとしていたバートンに遭遇。すると突然、謎の少女が目の前に！そして「あなたはニンジャ？」と問いかけてくる。はたして彼女の正体は？
海水浴中に遭遇したクラゲの大群から逃げるバーン、カッペイ、ジェーン。逃げた先の辿り着いた海岸で、仰向けで動けなくなっているカメを発見する。そのカメを助けると、お礼に３人を「竜宮城」へ案内するという。煌びやかな竜宮城で、３人は魚人や人魚たちに迎え入れられ楽しいひと時を過ごすことに。そんな中、「浦島太郎」のような結末を恐れるカッペイは一人疑心暗鬼になっていて…？
アカデミーでは特別授業として、１日１回いいことを行うという「一日一善キャンペーン」がスタート。バーンとカッペイは街でいい行いをしようとするも空回り。そんな中、ひょんなことから農家のドミニクと出会い、彼の手伝いをすることに。そこにエマやルーシーも加わり、４人は毎日畑仕事に励む。ある日、４人だけで畑仕事をしていると怪しい人影が忍び寄ってきて…
ニャックルクローを使うベレッカはレベルアップのため、猫の動きを徹底的に観察。そうしているうちに猫の気持ちが分かるようになったと豪語する。そんな矢先、様子がおかしいゴローの話をベレッカが聞くが、ゴローは悩みを打ち明けなかった。ゴローが抱える悩みを探るべく、ベレッカたちはゴローの後をこっそり追いかけるため街へ。そこで出会った様々な猫にゴローの様子を聞いていくと…
バートンがついに大人に戻るスムージーの開発に成功し大人の姿に戻った。しかし今度は、子どもの姿のブルースが授業に現れ、さらにエイミーや源柳斎など大人たちも子どもになっていた！バートンが飲んだスムージーを飲めば大人に戻れるのではと、源柳斎がスムージーを飲むと、今度はなんと赤ん坊に！？そんな中、先生たちが子どもの姿ならニンジャガムが使えるのではと気づき…
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シーズン1は全248話
一部の情報はTheTVDBから提供されています。
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