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シークレットショアーズという町で邪悪な通信が検知された。フィービーとマックスは、ヒーロー連盟の会長の命令で潜入捜査に向かうことに。２人はクロエも連れて行くことにする。クロエの周りにはサンダーマンの知名度を目当てに近づいてくる子ばかりで、クロエに普通の子として暮らしてもらいたいという思いがあった。さらにドクター・コロッソもついて来る。どうやらコロッソは謎の人物と連絡をとりあっているようだが…。

フィービーとマックスがクロエをトレーニングしていたところ、アクシデントが起き、クロエが透明になってしまう。そこでフィービーが、自分がけがをしたときに試す治療をやってみたところ、姿は見えるようになったが、今度はクロエにサンダーマンファミリーのパワーが次々と現れてしまった！次にマックスが自己流の治療を試してみるが…。

クロエの学校で新しいスクールマスコットを決めるコンテストが行われることに。クロエはジンクスとコンブチャと一緒に参加を決める。３人は力を合わせてコスチュームを作り上げるが、それを置いて出かけている間に、フィービーとマックスが家でケンカをはじめてしまい、２人が勢いあまってコスチュームを壊してしまった！

クロエがジンクスとブッチを家に呼んで一緒に映画を見ることに。喜んだマックスはたくさんお菓子を用意して歓迎するが、３人が見ていたのはホラー映画だった…。次の日、ジンクスとブッチが砂糖の取りすぎとホラー映画の影響で興奮状態に！怒った２人の親が「クロエの両親と話がしたい」と家にやって来る。困ったフィービーとマックスは、変身マシンでママとパパに変身するが…。

サーフショップの店員のことが気になるフィービー。「たまには任務を忘れてデートを楽しんだらどうか」とクロエに言われる。フィービーは思いきって彼をデートに誘ってみるとＯＫの返事が！喜ぶフィービーを見たマックスは、デートが成功するかしないか、クロエと家の皿洗いの当番を賭けることに。果たしてお皿を洗うのはマックスか？クロエか？

フィービーの親友チェリーがシークレットショアーズに遊びに来る。２人は久しぶりの再会を喜ぶが、チェリーは以前手に入れたスーパーパワーを返していないことがわかる。一般人がパワーを持ったままだと危険なことが起こるかもしれないのだ。そんな中、フィービーとチェリーはクロエとコンブチャを誘ってハイテクなスパに行くが、そこで予想外のアクシデントが発生する！

マスターマインドの手下のヴィラン、キティクロウが町で悪さを繰り返していた。彼女の特徴は足の速さ。そこでフィービーとマックスは、キティクロウに対抗するために足の速いビリーを呼ぶことに。だがマックスが自分の用事でビリーを遠くまで行かせたところ、そのスピードでなだれを発生させてしまう。ビリーはショックを受け、もうヒーローは引退すると言いだす。

学校で保護者会が行われることに。フィービーとマックスは保護者にいいところを見せようと張り切るが、そこにやってきたのは人を解雇することが趣味のファーガソン教育長。２人は何とか気に入られようと奮闘するが…。一方、家ではクロエがジンクスとコンブチャを呼んで大はしゃぎ。だが、コンブチャはコロッソを見つけてしまい、ジンクスはエアラボを発見する。

クロエはどこに行くにもフィービーとマックスがくっついてきてうんざり。そこで２人に新しく友だちを作るように提案する。納得したフィービーとマックスはそれぞれ友だち探しをスタート。そして友だちになれそうな人を見つけたのだが…。一方、やっと家で１人の時間を楽しめると思ったクロエだったが、ペリカンが入り込んで居座ってしまう。

ノーラが留学してさみしいビリーは、チームに新しいメンバーを加えようと提案する。ビリーが連れてきたスティーブは物知りだが、マシュマロを出せるというかわいいパワーしか持っていない。これではチームに入れられないと考えたマックスたちは、ビリーを傷つけないように、チームには７人までしか入れないとウソをついてスティーブを帰そうとするが、スティーブがとった手段とは…？

フィービーたちが住むビーチハウスに「ハイタイド」と名乗るスーパーヒーローがやってくる。彼の話によると、ここに以前住んでいて町の番人をしていたが、ある日、任務中に巨大な貝に飲み込まれ、ずっと閉じ込められていたという。ハイタイドをかわいそうに思ったフィービーとマックスは、しばらく面倒を見ることにするが、少しずつハイタイドの様子がおかしくなっていく。

マックスは学校のクラブの予算を削って、そのお金で自分が欲しかった豪華なゴルフカートを手に入れる。生徒たちはクラブ活動のお金がなくて備品を買うこともできない。怒ったクロエは、マックスにないしょでイタズラを何度もしかける。いつもブラッドフォード校長にイタズラをしていたマックスは、自分がイタズラをされる立場になってショックを受ける。

クロエたちのクラブが、プラネタリウムに宇宙のジオードを見に行くことに。そんな中、スターダストというヴィランが悪事を働くという情報が届く。プラネタリウムに展示されているジオードをデバイスに組み込んで、ブラックホールを作り出すのが目的だ。フィービーとマックスはプラネタリウムに向かうが、そこで町がブラックホールにのみ込まれたくなければマスターマインドに従うよう、スターダストが脅してくる。

Chloe has been missing school by going on missions with her siblings. She now has to go to summer school to catch up on everything she has missed. Max, acting as the substitute for summer school, has a new student who agrees to tutor her.

B.C. invites Chloe to a launch party, and at the same time Jinx and Booch invite Chloe to protest outside the party. Not wanting to hurt anyone's feelings Chloe tries to do both. Phoebe is keeping her working with Captain Perfect a secret from Max.

Upset that Phoebe secretly partnered with Captain Perfect, Max decides to have a new superhero partner, his best friend Gideon. But things go wrong when Max tries to make Gideon a better superhero.

Captain Perfect's younger sister, Penny, is headed down the path of becoming a supervillain. Eager to impress Captain Perfect, Max takes it upon himself to guide her toward a better path.

Max flees from Phoebe and Captain Perfect to prove his innocence when he is wrongly accused of committing a crime.

Max pretends to turn evil to infiltrate Mastermind's henchmen and steal the Chip-Chucker, a device that previously turned him evil.

Max misses being famous and having fans, so he decides to break Booch's sandwich-stacking record to be famous again. Chloe rallies behind Bootch so that she can take back her record.

Mrs. Wong visits Secret Shores, and threatens to reveal the Thundermans' superhero identities to the town. But Max and Phoebe's plan to have Dr. Colosso keep her quiet backfires in ways they could not have imagined.

With Cherry working at Splat by Sea, Max gets her into a fake dating scheme to obtain discounts at the restaurant; Chloe faces a tough choice.

Chloe's birthday party is cancelled and Max and Phoebe compete to throw her a new one; Max's time-stopping birthday gift falls into the wrong hands.

Max and Phoebe discover that Lazlo Chance may be the evil Mastermind and enlist Chloe to help, but Chloe is torn between her head and her heart.

When The Mastermind forces Chloe to steal a magical amulet that grants him superhero powers, the Thundermans unite to stop his plan. Chloe must reveal her identity to save her friends.

Phoebe and Max tell holiday stories to compete in the Thundermans Story Slam, but it's Chloe's story that makes them understand the meaning of the holiday.