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世界各地で、謎の破壊行為が相次ぐ。いずれも人間の力ではなし得ない不可解な手口で、犯罪の温床となる施設が狙われていた。犠牲者の中には、悪に手を染めた者たちのほか、犯罪に巻き込まれた数多くの子供も含まれていた。何者かに襲撃を受けている麻薬工場に駆けつけた009／島村ジョーは、一人の男に出くわす。悪も、その悪に利用される弱者も同罪だと語る男は、その場にいる人々を殺戮し、制止するジョーを「甘いな」と断じる。そして男は言う。「俺も009だ」と。

001／イワンの瞬間移動でネメシスの本拠地から脱出したゼロゼロナンバーサイボーグとギルモア博士。しかし超能力少女N001／ミュウの干渉により、別々の場所に着地させられてしまう。ネメシスの9人は、各地に散ったゼロゼロナンバーにそれぞれ闘いを挑む。新型の能力とネメシスの正義を証明し、旧型には引退してもらおうと襲い来るネメシス。その圧倒的なサイボーグ能力の前に苦戦を強いられるゼロゼロナンバー。互いの正義をかけたバトルが始まった！

ネメシスとは犯罪や暴力に巻き込まれ、社会を変えたいと強く願った者たちが結束した集団だった。生きるために犯罪に手を染めた者、正当防衛で人を殺した者、誰も信じられなくなり自分の中の正義にすがる者……。激闘の末、静かに対峙するジョーとグラビトン。そして二人を見守る仲間たちの姿があった。そのとき、003／フランソワーズとN003／クラックが異変を感知する。麻薬工場を破壊されたことを恨む戦争屋のイスパノが、サイボーグ戦士抹殺を目論んでいたのだった。