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ローアに捕らわれてしまい絶体絶命のピカード、ジョーディ、トロイ。データは"感情"という新しい経験の虜になり、ローアにコントロールされていた。

文化交流でイヤール星に向かったピカードは惑星に墜落し、謎の女に介抱される。一方、エンタープライズに来た大使たちに乗組員は振り回されていた。

探査機を遠隔操作する新しい技術を使い、遭難した宇宙船の救助をするジョーディ。その最中に母の指揮する宇宙船が行方不明になったとの情報が...。

休暇中だったピカードが行方不明になり、死亡の可能性が伝えられる。足取りを追う最中にさらわれたライカ―の背後には、遺跡ばかりを狙う盗賊の影が。

ピカードとライカーは傭兵船の中で事態の真相を突き止めようとしていた。彼らは遺跡で破片を集め、何かを探しているようだ。一体それにはどんな目的が?

最近悪夢を見るようになったデータ。同じ頃、エンタープライズ号に装備した新しいワープ・コアに、原因不明の不具合が発生する。

言語を使わず意思疎通をするケイアン人が、エンタープライズを訪問する。通訳を務めるトロイの母はなぜか情緒不安定になり、ついには倒れてしまう。

連邦加盟をめぐり分裂する惑星の審査をするピカードとクラッシャー。派閥争いに巻き込まれた2人は拉致されるが、そこで互いの思いに気づくことに。

安全なはずの輸送船航路で連続事故。駆けつけたピカードらに、科学者の姉弟はワープ航法のせいで自分たちの惑星が危機にさらされていると訴える。

アトリアス4号星で、データは自分の生みの親であるスン博士の元妻、ジュリアナ・テイナー博士に遭遇する。彼女はデータに母親だと語りかけるが…。

バトラフ大会へ参加し、クリンゴン帝国から戻ったウォーフ。だがエンタープライズ号の乗組員の様子に、微妙な変化が起きていることに気づくのだった。

12年前に消滅したはずの宇宙船ペガサスの破片が見つかった。その回収のために派遣されてきたライカーの元上官。しかし元上官には別の思惑があった。

大気の状態が悪化し、間もなく生物が住めなくなる惑星。ウォーフの義兄はそこに住む原住民を危機から救うため、艦隊の誓いを破ってしまう。

祖母の死後、葬儀に参列したクラッシャー。遺品を整理していると祖母に若い恋人がいたことを知る。やがてその男の存在を彼女自身が感じるように…。

エンタープライズ号の査定時期となり、昇進がかかった少尉クラスの士官は落ち着かない。上官たちはあえて厳しい任務で彼らの資質を試すことにした。

墜落した探査機の放射性物質を回収するため、文明の発達していない惑星にひとり上陸したデータ。だが事故で記憶を失くしてしまった。

謎の彗星と遭遇したエンタープライズ。それは古代文明の記録保管所だった。直後から、船内に様々な現象が起き、データは人格を乗っ取られる。

ある中尉が宇宙艦内で自殺し、その調査を始めたトロイは奇妙な幻覚に襲われる。徐々に惹かれあうトロイとウォーフの関係が、事件と複雑に絡み合う。

体調不良を訴えるバークレーの治療後、乗組員に変化が起きる。任務から帰還したピカードとデータが目にしたのは、様々な症状を見せる乗組員たちだった。

放浪の末、民族がやっと見つけた安住の地がカーデシア領に。再び移住を強要される彼らにピカードは心を痛める。だが宇宙艦隊からの命令は絶対だった。

息子アレキサンダーの将来を心配するウォーフは、戦士の心を学ぶためにクリンゴンの祭りに連れていく。そこで親子を待ち受ける驚きの人物とは。

因縁を抱えるフェレンギ人から突然、自分に実は息子がいたことを知らされるピカード艦長。息子の命が狙われていると知ったピカードはすぐに捜索する。

エンタープライズ号のコンピューターがが奇妙な動きをしていることに気づいたデータたち。制御が効かず、自らの意志を持ち始めている様子だが…。

ゲリラ組織のマキに潜入する任務を与えられたロー・ラレン大尉。だが宇宙艦隊に忠誠を誓いながらも、次第にマキに共感を覚えていった。

ピカードが突然タイムスリップをし、25年後の未来、7年前の過去、現在、の3つの時間を行き来するようになる。そんな折、中立ゾーンのデブロン星系に巨大な時空の歪みが発生。そこにロミュランの艦隊も現れるという異常事態が起き、エンタープライズは早速調査に向かう。 デブロン星系を調査するピカードは、ディフレクターを改造してタキオン・パルスを発射し、それを使ってスキャンする方法を思いつく。タイムスリップした先の過去と未来でも同じ方法を取るが、未来においてデブロン星系はクリンゴンの領土で……。一方、現在のエンタープライズではクルーの体に異変が起きつつあった。