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ジョエルとエリーの旅から5年。2人はジャクソンの町の一員となって平穏に暮らしていたが、19歳になったエリーはジョエルを避けるようになっていた。そんなある日、エリーが「賢い感染者」に襲われる。

大量の感染者が雪の下に隠れている可能性があるとの報告を受け、ジャクソンの町は警戒態勢に。その頃、ある目的のためにジャクソンの近くに来ていたアビーは、雪山で見張りの最中に感染者と出くわしてしまう。

ジャクソンが感染者に襲撃されてから3ヵ月。ようやく回復したエリーは、アビーたちの名前と所属組織を知り、復讐を望む。トミーは正式な手順を踏むよう主張し、エリーは公聴会で町議会を説得しようとする。

シアトルに着いたエリーたちは、テレビ局の建物に「WLF」と書かれているのを発見する。夜を待って中に入ると、ショッキングな光景が広がっていた。そこに到着した応援部隊に見つかり、エリーたちは逃げ惑う。

アビーの居場所を聞き出すため、アビーの仲間のノラがいる病院に乗り込む計画を立てるエリーたち。なるべく銃を使わずに謎の大きな建物を通り抜けなければならないが、そこでは恐るべき敵が待っていた。

ジョエルはエリーの誕生日を毎年大切に祝い、2人は特別な時間を過ごす。エリーは心に何か引っかかるものを感じながら、成長していく。やがて自分の世界を持ち始めるエリー。そして19歳の誕生日がやってくる。

エリーはジェシーと一緒に、トミーとの合流地点に向かう。しかしアビーの居所が判明し、復讐に向かおうとしてジェシーと対立する。その頃ウルフたちは、悪天候に乗じて大規模な作戦を決行しようとしていた。