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リックからバーチャルリアリティデバイスをもらったモーティは、一度に複数の宇宙シミュレーションを行い、ある少女に恋をする。一方、リックは謎に満ちた装置を持っているために銀河連邦から追われており...。

リックが異世界を移動したことで次元カオスが起きてしまい、最終的に彼がたどりついたのはモーティがまだ赤ちゃんの宇宙だった。そこで反物質爆弾を作った別のリック、マレット・リックと遭遇する。

再びバーチャルリアリティのシミュレーションを行っていたモーティは、反物質爆弾を作ったマレット・リックと再会。別の宇宙では、モーティの孫であるスペース・モーティがほかの惑星を銀河連邦の攻撃から守る。

反物質爆弾を作ったマレット・リックがいる宇宙を去った後、マルチバースで別のリックとして生活し身動きが取れなくなっていることに気づいたリック。そして、この件にエルが関わっているのではないかと考え始める。

ジェリーがガレージに置かれていた剣を持って姿を消したことが発覚。その剣は闇の力や惑星の住民の闘志を封じていて、過去には日本の暴力団の手に渡ったこともあった。ジェリーは剣を取り戻し派閥争いを終わらせる。

無事に再会を果たしたモーティとエル。エルはスミス家で暮らし、モーティと同じ学校に通学する。しかし、スペース・ベスとリックはエルに関する秘密を隠していた。スペース・ベスは過去にエルと対決しており...。

マレット・リックがいる宇宙では、スペース・ベスがバードパーソンの救出に失敗し、銀河連邦の刑務所に収容されていた。マレット・リックはスペース・モーティとエイリアン・エルと一緒に全ての囚人を逃がすが...。

銀河連邦との戦いに備えるスミス家。ジェリーはサマーが操縦できる巨大な戦闘ロボットを連れてくる。ベスは銃を装備し、スペース・ベスとエルは、嘘の降伏宣言をした後に奇襲する作戦を立てていた。

リックは次元間のジレンマを解消する方法を考えるが、モーティはどの方法も受け入れられない。一方、スペース・ベスに率いられ、スミス家、エル、反逆軍は銀河連邦と戦い、連邦軍の大半を倒すことに成功するが...。

モーティはリックから勧められて渋々新しいバーチャルリアリティのシミュレーションを行う。どうやら考えられる最高の人生が送れるらしい。その世界でモーティはエルと出会い、幸せを手に入れたが...。