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少女暴行殺人犯オズワルドの死刑が、米国ケンタッキー州で執行される。しかし、彼はなぜか死なない。一方、CIAには「トーチウッド」と書かれた謎のメールが送られてきた。局員のエスターらが調査を開始するが、その直後、全てのデータから「トーチウッド」という言葉が消えてしまい…。

CIAのレックスは、ジャックとグウェンを英国で捕まえ、飛行機で米国へ移送するが、その最中、ジャックが飲み物に毒を盛られた。また、オズワルドは釈放後、後悔している姿をTVの画面で見せる。一方、人が死ななくなったため、病院には急患が大勢運ばれてきて…。

レックスは裏切られたCIAのフリードキンの家に侵入し、黒幕の正体を突き止めようとするが、フリードキンは何者なのかは知らないと言う。フリードキンは、ある倉庫の存在を隠していて、一同はその現場を訪れる。そこには製薬会社ファイコープから運び込まれた…。

ファイコープ社を探るために、ジャック、グウェン、レックス、エスターの4人はロサンゼルスに向かう。出発前、エスターは姉が精神不安定になっていたので、子供たちの安全を考え、ソーシャルワーカーに通報した。一方、患者の隔離を支持する女性市長エリス・ハートレー・モンローが「死者は死者」というスローガンを提唱して…。

“カテゴリー1”は「ほぼ死亡」、“カテゴリー2”は「生きているがけがや病気を抱えている」、“カテゴリー3”は「健康」の“生”と“死”に代わる命の分類方法が発表された。ヴェラは人の命を政府が判定することに危機感を抱き、ジャックやレックスらと一緒に戦う決意を固め…。

ファイコープの重役であるスチュアート・オーウェンズは、社が買った上海の土地について調べさせる。一方、オーバーフロー・キャンプに潜入したレックスは、カテゴリー1の患者はモジュールに移され焼却される事実を知る。また、グウェンが父のカテゴリー分けの見直しを担当医師に迫る…。

1927年のニューヨーク。ジャックはイタリアからの移民アンジェロ・コラサントの入国に手を貸す。そして、互いに惹かれあい、一緒に暮らしはじめる。一方、現代では、グウェンが家族を人質に取られ、ジャックを代わりに引き渡すように指示されていた。グウェンはジャックを拉致し、指定の場所へ車を走らせるが…。

アンジェロ・コラサントの孫オリヴィアが、ジャックをアンジェロの家に連れて行く。ジャックと離れてから、彼は不死の研究を続け、ジャックをずっと見守っていたという。一方、CIAがレックスの電話を傍受してアンジェロの家を突き止め、迫ってきた…。

2ヶ月経過、奇跡のせいで世界経済が破綻。英国政府は閉鎖したオーバーフロー・キャンプを再開した。そして、カテゴリー1の患者は全てそこに収容されることに。一方、ケガをしたジャックはエスターと一緒にスコットランドに隠れていた。CIAに復帰したレックスは調査を続け、古い小説を発見した。そこには…。

ジャックの血はある方角に向かって進み、その先には「祝福」があるに違いないと一同は踏んだ。上海とブエノスアイレスでそれぞれ追跡を始める。レックスはアルゼンチンの軍に出動を要請。グウェンは上海で「祝福」の場所を発見。そして、ジャックとオズワルドも合流する…。