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花子くんの助手として怪異の噂を安全なものに戻していた寧々と光。 親友の葵から “七不思議が一番『三人の時計守』”の噂を聞いたその日、かもめ学園で生徒たちが急に年老いてしまう怪事件が起こる。 花子くんはその事件の裏に、『三人の時計守』が関わっていると踏み、寧々たちと共に時計守を探し始める。

七不思議が一番『三人の時計守』、そのうちのひとりは寧々も良く知るクラスメイトの蒼井 茜だった。 花子くんは事態を解決すべく、茜に協力しようと持ちかける。 だが、茜は過去の出来事から怪異を憎んでいて、花子くんにも不審感を抱いているようで……。

寧々はもうすぐ死んでしまう。思いも寄らない未来の話に、光は悩む。 何も知らない寧々は、いつもどおりに学校へ通うも、花子くんの姿が見えない。 寧々は花子くんの行きそうな場所をひとつひとつ尋ねていく。

ミツバのこと、寧々のこと……いくら考えてもいい解決策は思いつかない。 ひとり思い悩む光。そんな光に、もっけ運輸から荷物が届く。 それは寧々が悩む光を励ますべく送った夏祭りへのお誘いだった。 二人がお祭りに行くのが妬ましい花子くんは、寧々と光を怪異たちの夏祭りへ案内する。

誰もいない校舎、誰もいない実験室。 捕らわれていた怪異が——逃げ出した。 その怪異に噛まれてはいけない。見つかってはいけない。 ヤツらはただ求める……飴を。

初夏。むせかえるような暑さとセミの喧噪の中、寧々は登校する。 いつもよりちょっと寝坊した、だけどいつもどおりの朝。 ホームルームに間に合ってひと息ついたその時、後ろから声をかけられる。 振り向くと、そこにいたのはかもめ学園の制服を着た花子くんだった。

そこにいるはずのない、“柚木 普”と“三葉惣助”。 戸惑う寧々と光をよそに、すべてを受け入れている茜や葵たち。 友人が突然バラバラに砕けてしまう……そんな明らかな異常事態さえ笑って見ているだけのクラスメイト。 優しい土籠。土籠と親しげなヤコ。料理が得意な輝。 何もかもがおかしい世界で、光は真相を突き止めるべくミツバを追う。

シジマは言った。 「元の世界に戻りたければ“柚木 普”と“三葉惣助”を殺せ」と。 つかさは言った。 「あまねのこと上手く殺せるといいね」と。 頭が追いつかない寧々をよそに、普は無邪気に星を見るため寧々を屋上へ連れて行く。

寧々は普の手を取り学校を出る。この世界から逃げ出すために。 乗り気ではない普も、寧々を放っておくことはできずついていく。 夜の学校を抜けだし、自転車で街へ繰り出す二人。 それを阻むようにシジマは行く先々に現れる。 シジマから逃げていく先で、寧々と普は不思議な筆と出会う。

正体を現した花子くんは言った。 虚構の世界なら寧々の命は尽きることなく、ずっとずっと生きることができると。 その言葉に花子くんを止めようとしていた光の中で迷いが生じる。 寧々も自身の寿命のことを知り動揺を隠せない。 動揺と同時に、もうひとつふつふつと胸の内に滾る感情。 それは寧々のためにと何もかも隠してしまう花子くんへの怒りだった。

生前の四島メイと出会った寧々は彼女もまた、自身の寿命と向き合っていた少女だと知る。 それでもメイは挫けない。自分の死を否定して、前向きに筆を取る。 そんなメイの前に怪異のシジマが再び現れる。

花子くんの願い。ミツバの願い。シジマの願い。 怪異たちのどこか歪な願いを知った寧々は考える。 花子くんの本当の願いってなんなんだろう…… 寧々と光は怪異たちの想いを受け止めながら塔の屋上を目指す。 そこにいる花子くんと、もう一度話すために。

自身の寿命が残り1年と知ってしまった寧々。 それでも寧々は現実世界で生きることを選んだ。 そんな寧々に目下迫るは——期末試験。 同じく赤点ギリギリの光と共に、寧々は試験に向けて勉強に励む。 一方、輝は茜に試験での勝負を提案する。

六番目の七不思議『シニガミ様』にさらわれた葵。 葵を助けたい寧々と茜の前に現れる、少女の霊。 霊に導かれるまま、二人は謎のエレベーターに乗り込み閉じ込められてしまう。 花子くんに助けを求める寧々。 だが、花子くんは他の七不思議たちに足止めを食らっていた。

葵を探す寧々。そして寧々の寿命、ミツバとの約束。 やるべきことはあるのに自分に出来ることの少なさ、その無力感に悩む光。 そんな光の前に、夏彦が現れる。 夏彦は言う。"寧々が長生きする秘訣"を教えようか、と。

シニガミ様のしもべとなった葵。葵に絡め取られ、花子くんと寧々は奈落へと突き落とされた。 目を覚ました寧々の眼前に広がる、どこともしれぬ古い村。 花子くんと寧々は村人たちに物の怪と恐れられ、殺されかける。 そんな二人を助けたのはカンナギである少女、スミレだった。 明日は彼女の結婚式。その相手は葵をさらったシニガミ様

スミレの代わりに生贄にされそうになる寧々。 花子くんの抵抗もむなしく、二人はやがて崖へと追い詰められる。 その様子を、ただ見つめるスミレ。 いつもと状況の違う生贄の儀式。それでも、シニガミ様はスミレの元にはやってこない。 スミレは落胆し、崖から身を投げ出す。

本心を打ち明ける茜と葵。 初めて心を通わす二人。けれど、もう茜の前に葵はいない。 花子くんもいる現実世界で生きたいと願う寧々。 その想いとは裏腹にどこか様子がおかしい花子くん。 どこまでも人と怪異は混じり合わない。混じり合えない。 それを証明するように『断絶』が始まる。

怪異の消えた断絶の世界。 寧々と茜は、花子くんと葵に会うべく再び立ち上がる。 手がかりは、七不思議たち。彼らと縁のあるものを捜し始める。 手分けして捜索する中、寧々と光は七不思議三番目『カガミジゴク』となったミツバの生前を追う。

赤い家に迷い込んでしまった寧々と光。 二人はそこで、花子くんにそっくりな子どもと出会う。 花子くんとの繋がりを求めて子どもを保護しようとする寧々たち。 だが、それを拒むように家の中で異変が起こりはじめる。

寧々たちが赤い家に迷い込んでいたその頃、 輝と茜は境界へ渡る手がかりを見つけるべく、源家と縁のある神社を訪ねる。 不遜な態度で輝たちを出迎えたのは、宮司である渚 國重。 一触即発の雰囲気の中、茜に一本の電話が…… その声を聞いた渚は青ざめ、ある子どもの話を始める。 それは、かつて神隠しにあった柚木家の子どもの話だった。

カタクリに送られ、赤い家に戻ってきた寧々。 寧々は目の前の子どもが幼い頃のつかさだと知ると、つかさから生前のあまねの話を聞く。 つかさが語る、あまねの過去。赤い家に潜む、妖しい存在。 寧々と光は知る。幼いつかさが何故、赤い家に居続けるのか、その意味を。

赤い家から無事に脱出した寧々と光。 その間に、輝は境界へと渡る手がかりを手に入れていた。 境界へ向かう前日、輝たちは決起集会のようにピザパーティーを開く。 花子くんと葵に再会する時を夢見て、密かに心躍らせる寧々。 だが、輝が葵を助け、花子くんを殺すという計画を光と茜に打ち明けているのを聞いてしまい——

寧々は走る。花子くんを連れて。 光は構える。二人を守る為、兄の前で。 花子くん（怪異）と寧々（人）、光（弟）と輝（兄)…… 交わることのなかった想いが、此岸と彼岸を繋ぐ境界でぶつかり合う。