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ラテラルタウンに向かうため、シュートシティ駅にやって来たサトシとゴウ。2人はとある仮面の少年が落とした切符を渡すため、何やら怪しげな”ゴースト列車”に乗車することに…。少年を探し車内を移動する最中、謎の石にぶつかってしまってからサトシの様子が何やらおかしいようで…！？

ゲンガーをキョダイマックスさせるため、ラテラルタウンにいるゴーストジムのジムリーダー・オニオンの元を訪れたサトシとゴウ。サトシのゲンガーをキョダイマックスさせるためには、ダイキノコで作ったダイスープを飲ませる必要があるという。個性的なゴーストタイプのポケモンがたくさん住む森から無事ダイキノコを集め、ゲンガーはキョダイマックスすることができるのか！？

サクラギ研究所の助手・レンジのポケモン、コイルのフランソワーズは、食へのこだわりが強く、レトロなものからしか電気を吸わない。その様子を見て、フランソワーズと出会ったばかりの頃を思い出すレンジ。一方その頃、クチバシティでは、コイルたちが狂暴化する事件が発生！フランソワーズにも危機が迫る！サトシ、ゴウはレンジと共にフランソワーズを守れるのか！？

サクラギパークの新入りドレディアにメロメロなヘラクロス。ヘラクロスのことが好きなカイロスは落ち込んでしまう。自分にもきれいな花がついていたなら…。サトシとゴウはカイロスを元気づけるため、コハルと一緒にタマムシシティのジムリーダー・エリカが開催する「ポケモン生け花教室」に連れていくことに！カイロスはヘラクロスを振り向かせることができるのか！？

活動資金のためにバイトバイトの毎日、さらには任務も失敗続きの日々に嫌気がさしたロケット団。任務失敗は、ロケットガチャットから強いポケモンが出ないせいだと、ロケットガチャットの担当に文句を言うため、ペリッパーの後を追うことに。しかしその道中、昔の団員であるヤマトとコサブロウに出会い、「ロケット団だけが人生じゃない」と考えはじめ…！？ロケット団の運命やいかに！？

マーマネに呼ばれ、ホウエン地方・トクサネ宇宙センターにやってきたサトシとゴウ。マーマネは小惑星探査機「ファイアロー2」の帰還プロジェクトにデンリュウと共に参加していて、デンリュウの光を目印に探査機は帰ってくるのだという。しかし、デンリュウは点灯に失敗してしまい、ショックで自信を無くしてしまった…。果たしてマーマネとデンリュウは無事プロジェクトを成功させられるのか！？

ヤドン達が住む「ヤドンの島」を再び訪れたサトシとゴウ。その島に「ガラルヤドンが住む浮島」が衝突し、ガラルヤドキング率いるガラルヤドンの群れが上陸！ガラルヤドン達がヤドン達と仲良くなるための手助けをすることにしたサトシとゴウだったが、再び二人に謎の変化が起こり…！？

ポケモンサーカスにやってきたサトシ、ゴウ、コハル。サーカスの団員で、ほのおタイプのポケモンが大好きなカレンと、でんきタイプのポケモンを愛するビリーに出会う。二人は、自分のイーブイをそれぞれブースターとサンダースに進化させてパフォーマンスに臨もうとするが、間違って逆に進化させてしまい…。サーカス開演まで時間はあとわずか。パフォーマンスを成功させることはできるのか！？

ポケモンワールドチャンピオンシップスで、ガラル地方のマリィと対戦することになったサトシ。しかし、マリィを不戦勝させようとするエール団から会場の嘘情報を伝えられ、スパイクタウンに来てしまう。そこで出会ったのは、マリィの兄でスパイクタウン・ジムリーダーのネズ！ネズのバイクで本当の会場であるシュートシティに向かう途中、ネズからマリィのチャンピオンシップスへの想いを聞いたサトシ。激闘のハイパークラス戦が今、はじまる！

ゴウと一緒にガラル地方でポケモン探索をする予定だったサトシだが、ひょんなことからダンデと一緒にトレーニングをすることに！トレーニングといいつつ、ポケモン達と触れ合い、遊ぶダンデに驚きつつ、親近感が沸くサトシ。一方ゴウは、ポケモン探索中にソニアと出会い、無敵のチャンピオン・ダンデの意外な一面を聞くことに！？

ガラル地方のワイルドエリアにやってきたサトシとゴウは、1匹のバチンキーに出会う。自分の進化形であるバチンキーに憧れを抱くゴウのサルノリ。しかし、このバチンキーは、本来2本あるはずのスティックを、なぜか1本しか持っていないようで…？そんな訳ありのバチンキーを前に、サトシとゴウ、そしてサルノリはいったいどうする！？

プロジェクト・ミュウの、次のトライアルミッションは「フリーザーとのレイドバトル」！ゴウは、サトシと共に、フリーザーがいると言われるふたご島に向かう。フリーザーを探す道中、ゴウの友達でセレビィを目標にする少年・トキオ、そして、サトシの幼馴染・シゲルと再会！ゴウと同じく、プロジェクト・ミュウのメンバー合格を目指すライバル2人と共に、伝説のポケモン・フリーザーとのレイドバトルに挑む！

『ポケモンワールドチャンピオンシップス』の次の対戦相手は、ハイパークラス12位のカロス四天王・ドラセナ！試合会場となるミアレシティを訪れたサトシは、かつて共に旅をしたシトロンとユリーカと再会。シトロンとポケモンバトルの特訓をするが…！？

カロス四天王・ドラセナとのバトルが幕を開ける！ドラゴンタイプ使いのドラセナに対し、サトシが繰り出すのはネギガナイトとウオノラゴン！強敵相手に、活路を見出せ！！

ホウエン地方・ミナモシティのコンテストで注目を集めるニンフィアがいると聞いたコハル。イーブイと一緒に、ミナモシティに向かうが、ひょんなことからコハルとイーブイもコンテストに参加することに…！一方サトシとゴウも、コハルと落ち合うためにコンテスト会場に向かうが、そこにジムリーダー・ミクリが現れて…！？

ロケット団の団員を世界中に増やせ―。ボス・サカキの命令を受け、団員募集のためにラジオ番組を始めるムサシ、コジロウ、ニャース、ソーナンス。「ロケット団の素晴らしさを世界中に伝えて、団員ゲットだぜ！」と意気込むが、視聴者はまさかのゼロ…。このままじゃ終われない！当初の目的も忘れ、面白いラジオ作りに熱中していくロケット団だが…！？

ワンパチは、サクラギパークのポケモン達の頼れる兄貴分！パーク内で起こるトラブルを、華麗に解決していくが、パークの川の水が汚れていることを発見！水辺で暮らすポケモン達のために、サトシ、ゴウ、コハルと共に、原因を突き止めようとする。ワンパチはサクラギパークの平和を守ることができるのか！？

マスターズエイト入りに向け、パワーアップのために、かつてカロス地方を共に旅したゲッコウガに会いに行くことにしたサトシとルカリオ。ゲッコウガにバトルを挑むルカリオだったが、全く歯が立たない…！そんなルカリオに、ゲッコウガが伝えようとする事とは…？ルカリオとゲッコウガ、２つの波導が今重なる―――！

マスターズエイト入りをかけて、ガラル地方で圧倒的な実力を誇るジムリーダー・キバナとの対戦に臨むサトシ。ドラゴンストームの異名を持つキバナの、天候を巧みに操るバトルスタイルに追い詰められていく！キバナにとっても打倒ダンデのため、絶対に譲れない一戦。ダンデが見守る中、サトシとキバナの意地と意地がぶつかり合う！！

「プロジェクト・ミュウ」の新たなミッションのため、ホウエン地方・シーキンセツにやってきたゴウとサトシ。今回のミッションはサバイバル！施設内の他のチャレンジャーとバトルをし、最後に残った者だけが勝者となる―。インテレオンと共に挑戦するゴウは、友達のトキオと再会するが…。策略と裏切りが渦巻くバトルロイヤル、勝ち残るのは誰だ！？

ガラル地方・カンムリ雪原で「不思議なポケモンを見た」との情報が入った。サトシ・ゴウ・コハルは、調査のためにカンムリ雪原へと向かう。時同じくして、サトシがアローラ地方で友達になったリーリエも、兄のグラジオ・母のルザミーネと一緒に、行方不明になった父・モーンを探してカンムリ雪原を訪れようとしていた…！

アローラ地方にやってきたサトシ・ゴウ・コハル。サトシはポケモンスクールの仲間たちと久しぶりの再会を果たす。そして、四組の選手が同時にぶつかるバトルロイヤルに参加することに！アローラリーグ初代チャンピオン・サトシの凱旋試合とあって会場は超満員！ククイ博士をはじめとする強敵たちとのバトルを勝ち抜けるのか！？

レジエレキ・レジドラゴをゲットせよ―。「プロジェクト・ミュウ」最後のトライアルミッションが届いたゴウは、一人でカンムリせつげん・定めの遺跡に向かう。そこにはライバルのシゲルもやってきていた。ゴウはミッションをクリアできるのか！？そして、ミュウ探索の正式メンバーに選ばれるのは一体…。夢を掴むため、最後の挑戦が始まる―！！

マスターズトーナメントに向けた特訓中、オーキド研究所に呼ばれたサトシとゴウ。研究所にいるサトシのポケモン達にエールをもらい、俄然気合の入る、ピカチュウ、ルカリオ、ゲンガー、カイリュー、ネギガナイト、ウオノラゴン。そして、なんと研究所にはサトシがシンオウ地方を旅していた頃のライバル、シンジの姿も！シンジとの再会で、サトシが得たものとは！？

ポケモンバトルの頂点を決める戦い、マスターズトーナメントがいよいよ開幕！サトシは決戦の地となるガラル地方・シュートスタジアムにやってきた。ダンデとのバトルを目指すサトシは、トーナメントを勝ち上がることはできるのか！？史上最大の挑戦が、今始まる―！！そして１回戦第1試合、ダンデVSアランのバトル、スタート！

マスターズトーナメント１回戦の第２試合は、カントー・ジョウト新チャンピオンのワタルと、カロスチャンピオンのカルネ！実力が拮抗した両チャンピオンのバトルは、一進一退の大激戦に！！共に譲れぬチャンピオンの誇り―。鍛え上げられた力とわざの応酬を制するのは、果たして…！？

マスターズトーナメント1回戦の第3試合は、シンオウチャンピオン・シロナVSイッシュチャンピオン・アイリス！アイリスにとって、シロナはかつて教えを受けた尊敬すべき先輩であり、超えるべき目標の一人。攻め立てるアイリスだが、シロナは冷戦沈着で…。勢いVS経験―。セミファイナルに進めるのはどちらか一人！！

マスターズトーナメント１回戦の第４試合。いよいよサトシのバトルが始まる！対戦相手はホウエンチャンピオン・ダイゴ。サトシは、ダイゴが繰り出す強力なポケモンたちを相手に、追い込まれ…。自分を応援してくれた仲間たち、ポケモンたちのためにも勝利を―！立ちはだかるダイゴを破り、初戦を突破できるのか！？

サクラギ研究所の七不思議を解明するため、バリヤードが『バリちゃんねる』を立ち上げた！今回解明するのは、進化しないコハルのイーブイ！？果たして不思議なイーブイの謎は解明できるのか！ 他、ラジオ番組「あんたがスピードスターラジオ」では、みんなのお悩み大募集！？

様々な進化形との出会いを経験したコハルとイーブイ。イーブイが何に進化したいのか、ポケモンの進化とは…？コハルは思い悩んでしまう。そんなコハルを見て、サクラギ博士はコハルをキャンプに誘う。そこで、父・サクラギ博士の幼少期のポケモンとの出会い、別れ、進化の話を聞くことに…。可能性は無限大。コハルが、イーブイが、選ぶ未来はいったい―。

間もなくポケモンワールドチャンピオンシップス・セミファイナルがスタート！ セミファイナル前に、PWCSニュースがどこよりも早く徹底的にマスターズトーナメントを大解剖！ 選手の分析やマル秘情報まで盛りだくさんでお届け！ ラジオ番組「キミのこころにドラゴンダイブ」では、みんなのお便りを紹介！

マスターズトーナメント・セミファイナル当日。試合を控えたサトシは、ポケモンたちとの特訓中に対戦相手のシンオウチャンピオン・シロナと出会う。同じく試合前の最終調整をしていたシロナから、相棒・ガブリアスとの出会いを聞くサトシ。一方、シュートスタジアムでは第一試合のダンデVSカルネのバトルが始まろうとしていた…。激闘のセミファイナルが、今、幕を開ける―！！

マスターズトーナメント・セミファイナル第二試合。サトシはファイナル進出をかけ、シロナとの対戦に挑むが、巧みな戦略に翻弄され、序盤から大ピンチ！悪い流れを断ち切り、チャンスに繋げたいが…。シンオウチャンピオン・シロナと強力なポケモンたちが、サトシの前に立ちふさがる！！

マスターズトーナメント・セミファイナル第二試合。まさかのピカチュウダウンで、シンオウチャンピオン・シロナに大苦戦のサトシ。シロナの経験・戦略の前にじりじりと追い詰められていく…。圧倒的ピンチを前に、ウオノラゴンとネギガナイトで突破口を切り開こうとするが―！！そして、サトシに牙を剥く、シロナの切り札とは一体！？

マスターズトーナメント・セミファイナル第二試合も、いよいよクライマックス！サトシのポケモンは、ルカリオ1体を残すのみ…。絶体絶命の状況でも諦めないサトシの想いに呼応したルカリオが見せる凄まじい波導の力。それを正面からねじ伏せようとするシロナ。 熱戦を制し、ファイナルへの切符を手に入れるのは、果たして―！？

ガラル地方・シュートシティ。サトシとゴウが宿泊するホテルの一室で、ゴウのスマホロトムに忍び寄る怪しい影…。スマホロトムに入っているゴウのポケモンたちの情報や、プロジェクト・ミュウの極秘資料が明るみに！？ラジオ番組「放課後ブレイズキック」では、幼馴染特集をお届け！！

二人が初めて出会ったガラル地方のスコーン屋を訪れたゴウとエースバーン。エースバーンは、ヒバニーの頃に一緒に過ごしていたクスネたちと再会する。クスネたちは悪さをやめて、すっかり街の人気者になっていた！久しぶりの再会を喜ぶエースバーンたちだが、ニャイキング率いるガラルニャース軍団、そしてロケット団の影が忍び寄り…？

世界最強を決めるマスターズトーナメント・ファイナル。世界中が待ち望む決戦を、PWCSニュースがどこよりも詳しく大特集！サトシとダンデのバトルの見どころはもちろん、2人の出会いにも迫る徹底取材！そして、番組独自で入手したマル秘情報も、世界最速でお届け！？

いよいよマスターズトーナメント・ファイナルが始まる。ずっと目標の存在だったダンデとの公式戦に意気込むサトシ。絶対王者ダンデと、下馬評を覆し勝ち上がってきたサトシの対戦に観客の熱気は最高潮！そんな中、ダンデからある提案があり…。かつての仲間・ライバルたちも見守る中、頂上決戦の火蓋が切られる―！！

マスターズトーナメント・ファイナル、サトシVSダンデ。序盤から一進一退の攻防を繰り広げる両者だったが、ダンデのポケモンや戦略に、サトシは徐々に翻弄されていき…！？ポケモンを交代しながらダンデに喰らいつくサトシだったが、それすらも、ダンデの作戦の内だった…！？

ダンデとのマスターズトーナメント・ファイナル。サトシのポケモンたちは皆、ボロボロの状態に…。それでも臆することなく向かってくるサトシとポケモンたちの姿に、笑みをこぼすダンデ。「最強の王者」と「最強の挑戦者」―。呼応するようにより強く、より激しくなる、最強を懸けたバトルの行方は―！？

シュートスタジアムに突如現れたムゲンダイナの目的は一体…！？そして、サトシとダンデのバトルもクライマックスへ！ダンデのエース・リザードンに対し、サトシとピカチュウは最後の力を振り絞り立ち向かう。これまでの出会いを、バトルを、冒険の全てを―！最高の相棒と共に、サトシは栄冠をつかむことはできるのか―！？

サトシのファイナルと時同じくして、ゴウはミュウ探索のため「さいはてのことう」に向かっていた。島に上陸したゴウ・シゲル・トキオ・ツルギ・アサヒ達だったが、ラボにいるホダカ博士との通信が途絶え、モンスターボールも起動しなくなってしまう…。絶体絶命のピンチの中、ミュウと出会うために探索を続けるゴウ達の運命は…！？

ミュウ探索の途中、トラブルで二手に分かれてしまったチェイサー一行。 ゴウ・トキオ・アサヒはカイオーガ、ツルギとシゲルはグラードンにそれぞれ遭遇する！伝説のポケモンが、なぜここに―？更にテーブルマウンテンの奥へと進むゴウ達が、そこで目にしたものとは…。そして、ゴウはミュウにたどり着き、夢を叶えることはできるのか―！？

それぞれの挑戦を終えて、サクラギパークで再会を果たすサトシとゴウ。コハルを交えてキャンプに出掛けることに！見回す限りポケモンだらけの自然に囲まれて、幼い頃のポケモンとの思い出話に花を咲かせる三人だったが、ゴウにはサトシに言い出せずにいる“とある想い”があって…？

サトシとゴウは、ちょっとした気持ちのすれ違いからギクシャクしてしまう。そんな2人の前に、なんと伝説のポケモン・ルギアが現れた！2人が初めて出会った日にも、姿を見せたルギア。一緒に冒険をし、成長してきたサトシとゴウ。再会したルギアに2人で挑む。ルギア！レイドバトルだ！！

風の吹くまま、気の向くまま、冒険を続けるサトシとピカチュウ。道行く先で出会う野生のポケモンとの触れ合い―。ピカチュウを奪おうと画策するロケット団―。変わらぬ冒険の日々を過ごすサトシとピカチュウだったが、とある森の中、傷ついた伝説のポケモン・ラティアスと遭遇することになる…！

旅を続けるサトシとピカチュウは海にやってきていた。海辺で野生のウデッポウに出会い、ゲットしようとするサトシ。そこに待ったをかけたのは、かつての旅の仲間・カスミだった！「ウデッポウをゲットするのは自分だ！」と互いに譲らないサトシとカスミは、釣りで決着をつけようとするが…！？

カスミも一緒に旅をすることになったサトシとピカチュウ。かつての旅の仲間である、タケシとデントと再会する。しかし、タケシは失恋したばかりでひどく落ち込んでいるようで…。すると突然野生のブリムオンが、タケシを連れ去ってしまう…！その理由は！？サトシ・カスミ・デントはタケシを取り戻すことができるのか！？

旅を続けるサトシとピカチュウたちは、世にも珍しいと言われる「コイキングのたきのぼり」を見るため、とある山を訪れる。そこで、1匹のツンベアーと出会うことに。強力な氷のパワーで周りのものを全て凍らせるツンベアーを見て、興奮するサトシ。しかし、ツンベアーは何やら悩みを抱えている様子で…？

港町にやってきたサトシとピカチュウたち。人だかりを覗いてみると、かつて共に旅をしたゼニガメ率いる、ゼニガメ消防団のショーが行われていた！今やゼニガメ消防団はたくさんの人に愛される人気者になっていたのだ！！ショーを楽しむサトシたち。一方、ロケット団はゼニガメ消防団のマネージャーになって何やら企んでいるみたい…！？

旅の途中、のどかな自然の中でまどろんでいたサトシたちをロケット団が襲う。何とか撃退したものの、ロケット団と一緒にピカチュウまで空の彼方に飛んで行ってしまった！離れ離れになったサトシとピカチュウは合流しようと、お互いを捜すが…。離れていても心は１つ―。ふたりは再会することはできるのか…！？

サトシとピカチュウは、かつて一緒に旅をしたラプラスと再会する。ラプラスは何やら助けを求めている様子…。ラプラスに案内されてやってきた島には、なんと洞窟の穴にはまって抜けられなくなったホエルコがいた！あの手この手でホエルコを穴から出そうとするが、果たして救い出すことができるのか！？

ある街にやってきたサトシとピカチュウたち。街では最近、あちこちの家で怪奇現象が起きているという。事件解決のために、サトシたちも事件現場の家を捜索するが、そこで目撃したのは1匹のジュペッタだった…！侵入した家から色んな物を持ち出していたジュペッタの目的は一体！？

ムサシ・コジロウ・ニャース・ソーナンスの元に、ロケット団本部からデリバードがやってくる。デリバードが届けに来たのは、ロケット団が各地方でゲットしたポケモンたちだった！懐かしい仲間達との再会を喜ぶロケット団。そして、ロケット団のこれまでの全てを懸けたピカチュウゲット作戦が、今、始まる―！？

サトシとピカチュウの前に、再びラティアスが姿を現す。ラティアスの「ゆめうつし」でサトシたちが見たのは、ラティオスに襲いかかるポケモンハンター！ラティオスを救うため、ラティアスとともに向かうサトシとピカチュウたち。果たしてラティオスを救い出すことはできるのか！？

チャンピオンになったキミは、どこまでポケモンマスターに近づけたのかな―。マサラタウンに帰ってきたサトシとピカチュウは、再会したシゲルに問いかけられる。ピカチュウと旅に出た時から、ずっとめざしてきた夢、ポケモンマスター。その答えを、サトシは見つけることができるのか―！？