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日本の東北地方に住む少女、市来久子が突如として失踪。彼女の両親から助けを求められたプロフェッサーXは、活動を休止していたX-MENを招集する。

調査を始めたX-MENは、事件の背後には狂信的な科学者集団、U-MENの存在があることを察知。敵のアジトに乗り込んだ一行は、恐るべき秘密を目撃する。

X-MENに襲い掛かる、U-MENのマッド・サイエンティスト、トッド。激しい戦いの中で、久子のミュータントとしての能力が覚醒する。

コウモリの姿をした怪物が、ブラックバードを襲撃。それは、二次変質の末にデイモン・ホール症候群を発症したミュータントの変わり果てた姿だった。

エマをX-MENのメンバーに加えることに異議を唱えるサイクロプス。誤解を解くため、エマはプロフェッサーXを自分の精神にダイブさせることを決意する。

東北で調査をしていると、ブラックバードが突如として操縦不能に。不時着したところへU-MENの残党が現れ、X-MENは大ピンチに陥ってしまう。

U-MENを退けたX-MENが出会ったのは、ミュータントの子供たちの施設を運営していた佐々木結衣。今では地下の施設で研究をしているというのだが...。

助手の理子と加賀はデイモン・ホール症候群を発症し、X-MENに襲い掛かる。戦闘中にダイヤモンド化したエマは、見慣れない男の姿を目にする。

結衣が、ある薬品を理子や加賀に投与していたことが判明。さらに、純の驚くべき正体が発覚。なんと彼は、X-MENの宿敵であるマスターマインドだった。

インナーサークルの四天王と壮絶な死闘を繰り広げるX-MEN。マスターマインドは、秘密裏に進めてきた恐るべき計画の全貌を明かす。

結衣の抵抗もむなしく、ついに解き放たれた健夫の力は大暴走を始める。そのすさまじい力は世界のすべてをねじ曲げ、あらゆるものを破壊してゆく。

X-MENは、プロフェッサーXの息子である健夫に総攻撃を開始。世界を救うため、そしてミュータントと人類の未来を守るため、最後の戦いが始まる!