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新たな物語は塔の20階から幕を開ける……ここは塔に入る事を許された「選別者」たちがもう一度選別される特別な場所。血気盛んな若者「王野 成」もさらに上の階を目指すことを認められる「Ｅ級選別者」になるため、これまで以上に難関な試験に立ち向かう選別者の一人だった。彼は言う。「俺は塔の王になる男だ！」と。

第一次試験をクリアした王野、ビオレ、虎助、マナ、カナ、ホーンは控室で他の合格者の到着を待っていた。気掛かりなのは圧倒的な戦闘能力を持つビオレが、巨大犯罪組織「FUG」の一員であるらしいということだった。合格者が揃い、第二次試験が開始。だが、成績トップで合格したビオレに試験監督は妙な提案を持ちかけた。

FUGの一員であり、塔を支配するザハードの一族を殺す使命を担っていること明かしたビオレ。己以外の者は全員不合格にしろと試験監督・ラブに迫る。ラブは自分と一対一でゲームを行い勝てばその言い分を認めるという提案を出し、ビオレは受け入れる。一方、王野たちは頭脳戦とも言える試験「信じられる部屋」を受けることに。

ラブとビオレが激しい戦いを繰り広げている中、王野たちも「信じられる部屋」の試験に合格することに必死だった。第一次試験での対戦相手であり、そこで合格した王野たちが組んだチームと、悪徳金融会社社長子息・プリンスをリーダーとしたライフル配下の者で構成されたチームとの対決、勝利するのは!?

所変わって塔の25階。新たな仲間のスカウトを行っているクン・アゲロ・アグネスは、並外れた速さをもつスピーダーであるダンをチームに入れるためある賭けを持ちかける。クンが新たなチームを結成している理由とは…

王野たちは21階に辿り着き滞在していた。名家であるザハード十家門・蓮家の娘であり王野チームの一員でもある梨花は、ビオレがＦＵＧの仲間のファリョン、真田ユタカと落ち合う場面を見かけてしまう。その後、王野たちは試験会場へ向かうも相手チームが逃げてしまい、想定外の試験を受けることになってしまう……。

今回の試験は21階の神とあがめられている巨大な神海魚「チゲナ」の体内へ入って、そこに咲く「チゲナの花」を探して取ってくるというものだった。広い体内でチゲナの花をようやく探し出すも、王野らの前に謎の男が現れる。彼もまた別の理由でチゲナの花を求めている者だった。花を求めて謎の男とのゲームが始まった！

チゲナの花の試験から２年経ち王野たちも28階の試験を受けるまでになっていた。この試験も無事にクリア。一方、クンのチームは29階の試験を受けておりこちらも順調のようだ。どのチームも目指すは２ヶ月後に迫った30階で開催される「工房戦」。５年に１度開催されるアイテム争奪戦に向け各チーム進んでいく。

塔の28階に「右腕の悪魔」と呼ばれる人物が発見された情報がクンと王野たちにもたらされた。王野の仲間・虎助曰く「右腕の悪魔」の本名はベニアミノ・カサノ。虎助と同じく子供の頃に施設の過酷な状況の中生き残り、共に育ち数多の武器の中で最も強力な威力を誇る「生きる始動武器」として開発されたのだと言う。カサノを探し求めていた虎助の決断は—。

チームを離れカサノを探し求めて28階の「テント村」を訪れた虎助は情報屋・シアシアから居る場所を聞き出す。そこは巨大な手の石像「アルレンの手」。虎助はそこで同じく右腕の悪魔を倒す目的で来たクンのチームと鉢合ってしまう。一方、虎助を追ってビオレもまたテント村へ到着した—。

虎助がランとノビックとの戦闘の中、遂にカサノが姿を現すが、ランとノビックの前に虎助はやられてしまう。その光景を前にしたビオレは、静かに激昂し驚異の力を放つ。一方この一連のできごとは、チームの裏切りによる罠だったと知ったクンは混乱の中、ランとノビックの元へと急ぐ—。

FUGにより崩壊した「アルレンの手」に取り残されたクンを救い出した王野たち。クンは王野たちがFUGのスレイヤー候補ビオレの仲間である事を知る。夜の面影を感じた長髪の男…自身のチーム崩壊…これまでの一連のできごとに思索を巡らせているクンの前に現れたのは―。

ファリョンから全てを聞かされたクンは王野たちのチームと共に工房戦へ出場を決意。一方「アルレンの手」でクンとやっと再会できた夜だったが未だFUGに縛られたままビオレとしてＦＵＧチーム担うに残ることになる。シビスチームは打倒FUGを掲げ、ラークもまた自身の信じる道の中、それぞれの想いが交差する工房戦が遂に「アルキメデス」にて開幕する―！

アルキメデス搭乗2日前。30階は賑わいを見せている中、工房戦進行役「イオ」から参加者たちに搭乗券をかけたゲームの開始が告げられる。それぞれのチームがゲーム開始に向け動く中、ビオレは路地裏でパトロールに追われていた「旅人」を助け出す。

旅人とともにパトロールと対峙していたビオレの元に現れたエンドロシ・ザハード。ビオレが夜である事を知らない彼女はビオレを捕えようとする。一方シビスチームはFUGチームの待機ホテルへ奇襲、王野、クンチームはチャン、クエトロと相対し、それぞれのゲームが動き出していた。

アナクとランの激闘に割って入ったビオレ。2人を転送させるも、シビスチームのメンバーがFUGチームの元へと到着。かつての仲間であるシビスたちに自分が二十五日の夜である事を悟られないようビオレは相対する事となる。

搭乗券を手にした一行にアルキメデス内で一時の休息が訪れる。その中でクンはラークと再会し、ビオレと名乗っている二十五日の夜をFUGから取り戻すことを誓う。それぞれの思いが交錯する中、遂に工房戦が開幕する。

工房戦個人戦第1試合を戦うことになった王野、アークラプター、マナ、プリンスだが、ゲーム開始早々にベルディの力によってマナが暴走してしまう。マナと戦うことになった王野、アークラプター、プリンスはマナの正気を取り戻すことができるのか。

個人戦最終試合は圧倒的な力を持つアナクとランに特別ルールが適用され、２人のタイマンバトルがスタートする。双方全力で死闘を繰り広げる中、ギャンブラーたちの熱も入り、遂に決着の時が訪れる。その最中、工房により生み出されたベータがビオレの前に現れる。

個人戦とギャンブルの結果を受け、狂犬チームとFUGチームが決勝トーナメントへ駒を進める。一方、脱落した残りの8チームは成長型トーナメントへと進む。それぞれの戦いが始まり、クンは王野ともに召喚所で仲間の召喚を進めていく。

ベータにより“トゲ”が鎮座する底へ落されたビオレ。その巨大なトゲの前に現れたリップルレッゾがビオレに真相を告げる。同刻、シビスらと再会したクンたちもこの工房戦に隠されていたFUGの真の目的を知ることに。

ビオレが窮地に立たされている事を知ったクン一同は、彼を救出するために召喚所へ。その頃、ベータはFUGから送り込まれたギャンブラーから彼のチームメイトである選別者・メディナを受領。ベータはメディナを己の体内に寄生させ、その宿主となることで試合の正規参加者となり、ビオレの仲間を全員抹殺すべく動き出す！

遂にエンリュウの「トゲ」を手にしたビオレ。工房戦全体を巻き込んでビオレごとトゲをFUGが手に入れようと動いていたリップルレッゾは彼の脱出を必死に阻む。だがその裏をかき今はアイテムでもあるビオレを商店の召喚所から召喚しようとするが……！

一時は死に別れたと思い込んでいた仲間、ビオレ（夜）、クン、ラークが感動の再開を果たした。FUGと工房を敵に回したクン一同は、ビオレ救出のため暗躍していた元塔２階試験監督官レロ・ローの提案で脱落者たちと共に決勝戦開始前に会場から脱出することに。そこへリップルレッゾがビオレに対し瀕死の状態のファリョンを人質に最終決戦を迫ってきた！

リップルレッゾとビオレ（夜）、クン、ラークが最終決戦を繰り広げている最中、FUGと工房はそこへ何でも溶かしてしまう溶解液を流し込もうとしていた……。レロ・ローやエンドロシは３人を救出するため彼らのもとへ急ぐ。だが、その前にFUGのランカーや狂犬チームが立ちはだかる！　果たしてビオレたちは無事に脱出できるのか!?

解放されたトゲの力を用いてリップルレッゾを瀕死の状態に追い込むも最後の最後で窮地に陥れられるビオレ（夜）。だがクン、ラークの機転とボンボンを発動させたエンドロシのおかげで彼らは脱出に成功した。脱出した先にはシビスや梨花など彼らの仲間が続々集結し、月下翼松の浮遊船で全員会場を離れ、波乱を呼んだ工房戦もついに終わりを告げた……。