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ホレイショとナタリアは、逃亡した連続殺人犯トラーに協力した男ランディに殺されかけるが危機一髪で助かる。ホレイショは負傷した体で逃亡者トラーとランディを追い、ランディは捕まえるが、トラーは所持していた100ドル札の原版を売って逃げ続け、また若い女性をさらった。既にランディが捕まっていることを知らないトラーは彼に執拗に電話をし続けていたがその理由はいったいなんなのか？ 次なる殺人を防ぐことはできるのか？

ホテルの客室で男性の変死体が発見された。被害者は客室の宿泊客デレク。ホテルの支配人ロメロによると、宿泊料が高額な客室を週単位で半年前から借りていた上客だ。頭蓋骨が陥没していたことから、デレクは何か重い物で殴殺されたと推測された。だが凶器らしきものは見当たらない。手掛かりを探すべくデルコとカリーは客室の鑑識を続けていた。自分たちの身に悲劇が迫っているとも知らずに……。

竜巻警報発令中のさなか、殺人事件の通報を受けたウルフとウォルターは現場のトレーラーハウスに到着。地域住民たちはすでに全員避難していたが、パジャマ姿の若い女性の死体が置き去りにされていた。2人が死体を運び出そうとした瞬間、巨大竜巻が直撃。クローゼットの中にいたウォルターが外へ出たときには、ウルフも死体もトレーラーごと吹っ飛んだ後だった。がれきの山から手掛かりを捜し出すところから捜査は始まる。

妹アンジェラが誘拐されたと、姉が警察署にやって来る。手掛かりを追い捜索すると、両目をくり抜かれ傷だらけの売春婦の死体が見つかる。死体の側にははだしのような独特な足跡が残されていた。死体から抗がん剤が検出され、無料診療所の記録から身元が判明、医師エステバン・ナヴァロは、売春婦仲間のアンジェラが付き添いで来たことがあると言う。売春婦を狙う連続殺人犯に監禁されていると思われるアンジェラの生存を信じて捜索が続く。

メキシコの町ラ・カンシオン。マラ・ノーチェが牛耳るこの町で、果敢にも彼らとの戦いに挑む女性保安官アニタ。彼女は、夫と弟が巻き添えにされないことを祈りながら、マラ・ノーチェを撲滅すべく次々と若い構成員を逮捕していく。その中には、あのメモ・フィエロの側近もおり、アニタは内心マラ・ノーチェの報復を恐れていた。そしてついに暗殺計画が始動する。ある朝いつものように出勤しようとするアニタを狙って爆弾が仕掛けられており……。

島の館に逆さづりにされたメイド、アンドレアの死体が……。首筋には吸血鬼に吸われたような刺し傷が二つあり、体内に血は残っていない。つるされた現場には血痕がなく、人体にあるべき大量の血がどこに消えたのか見つからない。死体にはドクニンジンが付着していることが分かるが、館の庭師ケニーは犯行を否定、シェフのローレンスも否認する。やがて島の所有者がヴァンパイア小説の作家マリリン・ミルナーと判明し……。

ホテルの高層階で高額の賭けポーカーに興じるセレブ3人と謎の主婦ひとり。そこへ突然、ワイヤーロープを装着した連続強盗犯が窓ガラスを破って突入し銃を乱射。賭け金は奪い去られ、後にはハリウッドの超大物プロデューサー、ベンジャミン・パクストンの射殺体が残った。乱射の犠牲者と思われるが、それにしては不自然な点が多い。また、強盗はなぜ高層ビルの分厚い強化ガラスを難なく突き破れたのだろうか、謎は深まる。

エステバン・ナヴァロこそが「マイアミの拷問魔」だとにらむ警察とCSIは、彼を24時間監視していた。だが、監視中に同じ手口で殺害された女性の遺体が発見される。死亡推定時刻は過去12時間の間。図らずも警察がエステバンのアリバイ証人となった。この鉄壁のアリバイを崩すことはできるのか？ 今回の被害者も売春経験者だが過去の2人とは違い、左耳のピアスを奪われていた。この違いが意味するものは……？

19年前、少年を残忍な方法で拷問し殺害した罪で収監されていた3人が、司法取引により有罪判決が破棄されて釈放される。3人の自由を祝うパーティーのさなか、釈放されたうちのひとりロッコが少年と同じ方法で全身に鋭器損傷を負い殺害される。遺体から女性のつけ爪が発見され3人の支援者であるケイラに話を聞くが、彼女は3人の中の別のひとりヴィクターに性的暴行されたと打ち明ける。釈放された3人は本当に冤罪だったのか……。

ある住宅街の家から家族がこつぜんと消えた。朝食の支度途中に拉致されたらしい。現場から見つかった折れた歯は、ひとり暮らしをしている娘オリヴィアの恋人トムの歯と判明した。トムの犯行が疑われるが、オリヴィアの父親に同棲の許可を申し出て殴られただけだと言う。拉致の時刻にはアリバイもあった。証拠が少なく捜査は行き詰まるが、一家のエアコンのフィルターからコカインが検出される。郊外の一家に何が起きたのか？

スザンヌは、6歳の娘メルローズを美少女コンテストで優勝させるのが生きがい。今回も、あらゆる手段を用いて娘を優勝させようと必死だった。だが2次審査の朝、スザンヌは遺体となって発見される。その顔面には、メルローズが以前に優勝して与えられたティアラが突き刺さっていた。それは、娘を鼓舞するためにスザンヌが持参していたものだ。彼女の命を奪ったのは、メルローズの優勝に納得しないライバルの母親なのか？

携帯電話会社ソラマージのCEOストーンが射殺された。世界的に影響力のある人物だが末期がんに冒されていた。余命わずかな彼はなぜ殺されたのか？ 敵は多く、格差反対運動の女性や代理CEO、ストーンの恋人らが容疑者として挙がる。銃弾を調べると最先端技術のスマート・ブレット(知性化弾)のもの。プログラム可能で方向を変えられ、以前は実現不可能と思われていた。そんな高度な技術を使うことのできる人物は何者なのか……？

スカイダイビング中の事故で道路にたたきつけられたケヴィン。しかし、パラシュートの損傷は仕込まれた硝酸によるもので、高度計も3000フィート高く表示されていた。パイロットは、燃料節約のために高度計に誤った設定をしたと認めるが、殺意は否定。怪しいのはケヴィンの車を壊した人物だと供述する。その車には皮膚片が残っており、DNA鑑定でケヴィンの息子のものと判明するが、ケヴィンと妻の間に子どもはいない。

大学の学生クラブの会長だったキャシディが乗馬中に殺される。彼女は、学生クラブの役員だったレイチェルの夫と浮気をしていた。そのため、レイチェルとその夫に容疑がかかるが、くらから出た馬房掃除用のあくから厩舎オーナーの娘エルも捜査線上に浮かぶ。エルもまた学生クラブメンバーだったのだ。だがその後、レイチェルが日焼けサロンでマシンに閉じ込められて殺され、学生クラブを象徴するギリシャ文字が遺体に残されていた。

何事にも生真面目な会計士ヘンリーが殺された。細かな規則を重んじる彼はあちこちであつれきを起こしており、反抗的な息子ショーン、隣人、同僚などが次々と疑われる。職場で何か不正があってヘンリーが悩んでいたことが分かり、そのせいで殺されたかとも思われたが決め手はない。さらにはヘンリーの携帯電話の留守電から「昨日会った」という少年からの「助けて」という伝言が見つかった。CSIはヘンリーの行動をたどるが、謎はさらに深まる。

ナヴァロ家のプライベートビーチに生き埋めにされたカークが、自力で脱出し保護された。襲われたときには恋人のチェルシーも一緒だったが、彼女は遺体となって同じビーチに埋められていた。両眼が失われ、エステバン・ナヴァロの仕業と思われた。犯人の顔を覚えていたカークは面通しに応じる。一方、ビーチではウォルターとローマンが人の指骨を発見するが、チェルシーのものではない。このビーチには驚愕の秘密が隠されていた。

有名なテニスコーチ、ホッパーがロッカールームに野犬とともに閉じ込められて殺されかけ、職員ロスが野犬に殺された。高額のレッスン料に不満を持った親などが容疑者として挙がるが、捜査を進めるうちに、10年前ホッパーが生徒への性的虐待で訴えられていたことが分かる。その時の生徒が容疑者である可能性が出てきた。さらには彼のテニススクールに、カリーに縁のある少年オースティンが通っていることが分かる。

クラブのフロアをふらつくデニース。泥酔している様子だ。ウエーターに勧められて彼女は新鮮な空気を吸いに外へ出る。その直後、急ブレーキの音が響く。デニースは路上で死亡するが、死因は轢死ではなかった。彼女の瞳孔収縮は神経ガスによる毒殺を物語る。駐車係によると、さらにもうひとり、嘔吐して気分が悪そうだった女性がタクシーでクラブを離れたという。手掛かりを求めるCSIの前に、宿敵ヴォーゲルが立ちふさがる。

意識を回復したウルフの脳裏に断片的によみがえる記憶。証拠操作疑惑の真相を問い詰めるため、ウルフはエイヴリーのアパートを訪ねたのだった。だが部屋を見回すとエイヴリーが倒れており、駆け寄って脈を確認したウルフはがくぜんとする。