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伝染病にかかった由美を治療するための薬を運ぶ輸送車が、凶悪犯・蛭田によって奪われた。さらにその蛭田を殺すため、ロボットが現れ輸送車に攻撃を始めた。街はメチャクチャ、由美には時間がない！　あきらめかけたその時、ジャンパーソンが現れた!!

ジャンパーソンを倒す計画をするギルドの首領・ベン藤波。ギルドは全ての人間をギルドのロボットにしようと考えていたのだ。街で拾った時計を使った透少年がビックリ。そんな時ジャンパーソンが現れ、通行人を撃ちはじめた……。

自衛隊の武器庫から弾薬が盗まれた。ジャンパーソンは盗んだ男たちを捕らえ、去ろうとしたとき「万能カードキー」を拾った。全ての電子ロックを開けられる夢のカード。これを使って男たちは武器庫のロックを解除していたのだ。この事件の黒幕は、帯刀龍三郎……。

小森警部たちはウソの情報を流し、加賀美博士の入院している病院に犯人をおびき寄せようとした。だが帯刀は、秘書を看護婦に変装させ病院に潜入させていた。大混乱の病院にジャンパーソンが登場する。実は帯刀の狙いはジャンパーソンだけだった……。

ジョージ真壁率いるネオギルドが作戦を開始。囚人ロボットを脱獄させ街を混乱に陥れる。すぐにジャンパーソンはロボットたちを倒したのだが、これは真壁がジャンパーソンの戦闘能力を調べる計略だった。そのデータが暗殺用ロボットにインプットされ……。

冷凍人間出現!!　男の名は工藤助三。冷凍倉庫で働いていた彼は、倉庫閉鎖の際に閉じ込められてしまったのだ。必死に脱出しようとし、倉庫の外に出たときには1年が過ぎていた。そのため彼には、の手に触れたものを一瞬にして凍らせてしまう超能力が身についていた……。

ミツル少年は下校途中ユリカにぶつかる。その夜からミツルは、自分がユリカになっていたずらをする夢を見るようになる。この不思議な夢には、帯刀の世界一のダイヤ・雪の女王を奪う計画が関係していた。ユリカはダイヤを持って記者会見をする予定だったのだ……。

SS-Nの科学者・西園寺におびき出されたジャンパーソンは、凶悪強盗・マシンガンジョーの顔そっくりにされてしまう。混乱の中、警察は二人のジョーを追う。本物のジョーは逃走中に負傷するが、雄太少年に助けられる。雄太の熱い心にふれたジョーは……。

トラックにはねられたパイロットの早見はネオギルドによってロボットにされ、核廃棄物の集められている島に飛行機ごと突っ込まされようとされていた。早見を追いかける息子の英夫とジャンパーソンは果たして間に合うのか？

大黒様の姿をした男が銀行に現れ、超音波で人に夢をみさせる小槌を振り、人々が笑っている隙に大金を奪った。ジャンパーソンは男を追いつめたが、恵比寿様の姿をした男に鯛型爆弾を投げつけられ逃げられる。この二人はSS-Nの科学者の泉谷兄弟だった……。

病死した兄・剛は人工知能のない、自分そっくりのロボットを残していた。妹のミサトはそのロボットを動かすためにロボットハンターとなり人工知能を集めていた。そんな時、ミサトはジャンパーソンを倒して欲しいという依頼を帯刀の秘書セーラから頼まれ……。

国立ロボット研究所の重松の家にお手伝いロボット、ケビンがやってきた。しかし、実はネオギルドのロボットで目がカメラになっており情報を真壁へ送っていた。この作戦に気づきはじめた重松は、カルーラ高島に殺されそうになるが、ジャンパーソンに救われる。

古代文明の遺跡を研究している大学の研究室がSS-Nに襲われた。救出に駆けつけたジャンパーソン。その時、超古代文明の神官メイリンは研究員のユカリの体をかりて現れ、ジャンパーソンは遺跡の中で眠っていた鉄鋼兵だと言うのだが……。

事故で記憶を失ったロボットU2。真壁は役に立たないU2を破壊するため、暗殺ロボット・ドールマンを送り込む。U2をかばう正彦少年を守って戦うジャンパーソン。その際、U2はどこかに時限爆弾を仕掛けたことを思い出すのだが……。

帯刀が注文した戦闘ロボット・エンジェルは町工場に拾われた。しかし、帯刀に脅されたエンジェルは町工場を壊す。そこへ現れたジャンパーソンだったが、エンジェルの体に隠された武器によって敗れてしまう……。

真壁の指令で精神注入棒を打たれたネオギルドのロボット・R3号は、ジャンパーソンにやられても立ち上がる根性を見せる。しかし、いろいろな性格が注入されており、自分が誰だか分からなくなってしまいR3号は爆発してしまう。怒ったジャンパーソンは……。

「悪を倒せ」という頭の声に悩むジャンパーソン。その頃、ロボット工学の天才、三枝かおるが帰国した。マフィアのジェフ権藤はかおるに新しい武器を作らせようと移動中にかおるを襲うが、ジャンパーソンが登場し、かおるを救う。それを見ていた帯刀は……。

かおるを帯刀から守ろうと駆けつけたジャンパーソンは爆発の炎に包まれ、意識がうすれていく。そして、自分が昔「悪を倒す」ために警視庁で作られたMX-A1というロボットだったことを思い出す。必要以上にロボットたちを攻撃するMX-A1は……。

SS-Nのパンサーレディは美術館からブルーダイヤを盗む。その正体は石黒小夜子。彼女が作ったブルーダイヤの力を使った電送装置を使えば自由に空間移動できるのだ。そのために彼女はブルーダイヤを盗み続ける。それに気づいたジャンパーソンは……。

猿飛佐助の子孫を探していたSS-Nの科学者・ドクター甲賀は登山家などを誘拐するが、探し出せない。最後の候補者である少年ユウの父がさらわれる。彼は忍者とは程遠い男だったが、忍者の遺伝子を持っていたためSS-Nの力でスーパー忍者になった……。

ネオギルドがロボット刑務所の犯罪ロボットを利用しているという情報をつかんだジャンパーソンは、犯罪ロボットに変装して刑務所に潜入する。しかし、刑務所のボス格で、ネオギルドの最新最強ロボ・ガンギブソンは、ジャンパーソンの正体を見抜いていた……。

ガンギブソンの仕業で、刑務所中のロボットが暴れ出した。ジャンパーソンは鎖から逃れ、この一大事に立ち向かう。そこへ現れたガンギブソンとキャロルがジャンパーソンに戦いを挑む。だが、氷室がメインコンピューターを使いロボットたちを操ることに……。

ネオギルドへの恨みから、良いロボットたちまでをも破壊し続けるガンギブソン。その時、機械に取りつき操る能力を持つ麗々虫をSS-Nが放つと、次々と自動車などの機械がガンギブソンを襲う。そして、麗々虫にとりつかれたジャンパーソンは……。

SS-Nの人工生命体・モドキは人間そっくりだが、人間ではないことに悩み、SS-Nを脱走する。そんな時、モドキは偶然出会った自殺志願の女性を助ける。そして、モドキを倒す決意をしたジャンパーソンの前に、その女性が立ちはだかった……。

兄・ジャンゴのかたきを討つために現れた殺し屋ガンマン・ルーゴ。セーラーに改造されたルーゴはジャンパーソンやガンギブソンよりも銃を早く打つことができる。ジャンパーソン、ガンギブソンと続けて拳銃勝負をするルーゴだが……。

帯刀に誘拐された天才科学者親子の二階堂晋太郎と正晴は、帯刀のニューバトルカーの完成を手伝わされる。ニューバトルカーが完成し、用の済んだ親子にマヤが銃を発射。弾は息子の正晴に命中したのだが、正晴はなんとロボットだった……。

ジョージ真壁の手がかりを知る少女、神野留美。真壁を探すガンギブソンは彼女のもとを訪れるが、そこへ真壁本人とジャンパーソンが現れ、戦闘が始まり、留美は負傷してしまう。しかし、生命の樹から光を受けた留美はたちまち回復するのだった……

空間ワープ装置の研究者、阿久津博士はSS-Nのオカルト科学者・軽部博士に狙われるが、本格派幽霊となり逃げる。捜査を開始したジャンパーソンにガンギブソンが加わるが、阿久津博士の幽霊を相手に苦戦する……。

ロボット工学の権威細川教授の息子、浩司と正志。二人は街に放たれたネオギルドのロボットを次々と撃ち倒す。彼らの父、細川教授は3か月前にネオギルドの仕業により行方不明になっていた。その頃、ガンギブソンはネオギルドの攻撃により倒れ……。

細川兄弟が研究するジーザスエンドの完成が近い。ジーザスエンドにはすべてのロボットを破壊する力があるのだ。その時、ネオギルトと手を組んだガンギブソンが登場し、ジーザスエンドを破壊しようとするが、ジョージ真壁とネオギルドがその前に立ちふさがる

偵察ロボ・アールジーコを完成させたかおる。だがその頃、帯刀は悪の魔王に変わろうとしていた。ロボット刑務所の元研究員、鳴海に呼び出されたかおるはMX-A1の立案者、時実小五郎が映っているフィルムを見る。そして、鳴海は誘拐されたことを知る……。

ビルゴルディはジャンパーソンになりすまし、悪の手助けをする。罠とわかりながらも出動するジャンパーソンだが、ビルゴルディの圧倒的なパワーの前に全く歯が立たない。ガンギブソンとアールジーコは時実のプライベートラボに向かうが……。

SS-Nの洞田に操られた人間で構成されたダベ星人が街で超能力攻撃を仕掛ける。ダベ星人のうちの一人、倉田が突然かおるに結婚を申し込んだ。彼は超能力でかおるを誘惑する。しかし、その裏にはジャンパーソンの秘密を探る麗子の存在が……。

記憶を失った少年・リオは不思議な力を持つ。帯刀はその力を利用しジャンパーソンを倒そうと計画し、リオに両親を殺したのはジャンパーソンだという記憶を植えつける。一方、ジャンパーソンはリオが宇宙人であり地球の環境に適応できず弱っていることを知る……。

ネオギルドの処刑場を訪れたジャンパーソンとガンギブソン。その頃、お手伝いロボのトコは生みの親、山上を連れ真壁からの脱走をはかるが失敗。山上は真壁からトコの処刑を命じられ、電気イスのスイッチに手を伸ばす。その時、ジャンパーソンが……。

人間と全く見分けのつかないシャドウ・ロボットを開発した竹内博士を殺したネオギルド。しかし、関係資料は竹内博士自身の手により処分されていた。子どものシャドウ・ロボットが1体だけ残っていることを知ったネオギルドは……。

恋人のジェルソミーナを破壊された復讐に燃える深海作業用ロボット・サイレントがジャンパーソンを襲った。しかし、これはビルゴルディの仕業によるものだった。同じく復讐を誓う者としてガンギブソンは必死にサイレントの説得を試みるが……。

ガンギブソンに1対1の勝負を挑む真壁。罠と知りつつも対決場所へ向かうガンギブソン。案の定、ネオギルドのロボットたちが待ち構えており、苦戦するガンギブソン。駆けつけるジャンパーソン。人間爆弾・純の爆発に巻き込まれガンギブソンは……

帯刀の秘書セーラーがクローン再生し、超能力を持つ赤ん坊となった。急激に成長するセーラーはその超能力でジャンパーソンを攻撃するが、成長をするごとにその力が弱っていく。そんなセーラーにジャンパーソンは普通の人間になれと説得する……。

ネオギルドはジャンパーソン基地を探すため、ガンギブソンを尾行する。そんな時に現れた、ガンギブソンをボディーガードにと考える人材コンサルタントの田崎は真壁とそっくり。それを知った真壁は田崎になりすまし……。

SS-Nとネオギルドはお互いを攻撃し合い、壮絶な戦いを始めた。これは帯刀が二つの組織の共倒れを狙った作戦だった。秘密基地のあるという魔神島へ向かう二つの組織。そして、魔神島でジャンパーソンが見たものは……。

ネオギルドの暗殺ロボット・マチェックの罠により、殺人未遂の指名手配にされたガンギブソン。そしてジョージ真壁と間違えて市民ロボットを撃ってしまったガンギブソンはロボット刑務所へ送られる。刑務所でガンギブソンは暴行を受ける……

SS-Nが作り出したバイオモンスター、超獣神は人間を液体肥料に変えてしまう。そしてジャンパーソンはこれが地球の自然を取り戻すための麗子の人類絶滅作戦であることを知る……。

超獣神はワープ移動し、多くの人間を襲っている。ジャンパーソンはSS-Nの本拠地に潜入するが、捕まってしまう。地球の自然を守るためには人間が犠牲になるしかないと考える麗子を説得するジャンパーソンだが……。

ロボットと人間が共存する町・ブラボータウンにたどりついたガンギブソンは恐るべき光景を見た。次々と処刑されるロボットたち……。ネオギルドが最終で最大の作戦をしかけてきたのだった。ジョージ真壁の究極の作戦とは……。

ネオギルドの最終作戦の前に揺れ動く処刑都市。ジョージ真壁の正体とは人間なのか？　ロボットなのか？　燃えさかる炎の奥に隠されたジョージ真壁の恐るべき過去とは？　ジャンパーソンが立ち向かう……。

子どもたちの反乱、世界中で起こる奇怪な事件……。世紀末魔王、究極のバイオボーグ・ビルゴルディが動きだしたのだ。一方、かおるは新たな決心をする。その決心とは仲間を裏切ることなのだろうか？　激動の最終章が今、始まる。

魔王ビルゴルディのファイナルプロジェクトの幕が切って落とされた。不可解な行動をとる、かおる。彼女は本当に裏切ったのか？　そして、突然現れた死んだはずのキャロル……。相次ぐ衝撃の出来事の中、ついにジャンパーソン基地が……。

突然現れたブラックキャロルを追うガンギブソン。そこで彼は恐るべき最終作戦を目にする。魔王ビルゴルディが世界に向けて放つ、破滅への究極の作戦。ジャンパーソン、ガンギブソン、ビルゴルディ。激動の最終決戦が……。

魔王ビルゴルディの恐るべき最終作戦。はたしてジャンパーソンはそれを阻止することができるのか？　ついにジャンパーソンとビルゴルディの最終決戦が始まった。ロボットと人間の共存。その理想のためにジャンパーソンは……。