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テロリストに銃で撃たれ、意識を失ったアキラ。目を覚ました時には約200年が経過し、目の前には信じられない光景が広がっていた。戦争によって荒廃した街。国はもはやなく、“OWEL”と呼ばれる統一機構によって人々が管理される世界になっていた。結婚とはまた違う新しい“エルシー”と呼ばれる制度。かつて生きていた世界から何もかもが変わってしまった未来に放り出され、愕然とするアキラ。時を同じくしてアキラの行動を監視するものが現れ……。

トワサとそっくりなアンドロイド・ユウグレから結婚を申し込まれたアキラ。その願いを拒否するも、トワサや世界に関する情報を知るユウグレと一緒に行動することに。2人は王真樹家があるトーキョーを目指して旅を始める。ハコダテから本州へ渡った2人が出会ったのは絵本作家になることを夢見る少女・アモル。オソレザンまでの道案内を申し出たアモルについて行くアキラとユウグレだったが！？

アキラたちを逃がした罰でOWELの独房に縛られるアモル。彼女を助けるためにアキラは単身、OWELの管理局に乗り込む。アモルを発見し、助け出すアキラ。管理局から脱出を図る2人だったが途中、OWELの衛兵たちに包囲され絶体絶命の危機に……。

お見合いパーティー「FICA」で出会ったマフィアの跡継ぎ候補・カルクラムから“エルシー”を申し込まれたユウグレ。翌日、カルクラムからデートの誘いを受ける。アキラとの比較対象として、カルクラムとデートへ出かけるユウグレ。一方、カルクラムの姉・フィーデスからも“エルシー”を申し込まれたアキラ。マフィアの跡目争いが生むWデートに巻き込まれるアキラとユウグレ、さらにアモルまで同行して……。

ユウグレを庇って狙撃され重傷を負うアキラ。怒りにマフィアを殲滅しようとするユウグレ。父でありファミリーのボスである冷酷なウルスと対峙するカルクラムとフィーデス。跡継ぎ争いによって引き裂かれた姉弟が出した答えとは！？一週間後、目を覚ましたアキラ。湯治にと温泉郷を薦められ、ニュートー温泉郷に立ち寄る事にする。温泉郷で、旧時代の歴史、さらにトワサのことまで知る元OWEL職員・ヨクラータと出会う。

怪我の治療と看病のお礼に、ユウグレとデートする事になったアキラ。アキラを意識してしまい、いつものように振る舞えないユウグレ。ぎこちない雰囲気のまま、定番のデートコースを巡るアキラとユウグレ。一方、2人と別行動をとるアモルは、ユウグレに頼まれ、アキラとユウグレの2人きりのデートを認めたものの、一緒ではない事に複雑な気持ちを抱いてしまう。

学術都市・センダイでトワサとAI戦争について記された禁書を探すことにしたアキラたち。しかし、着いて早々、ユウグレの姉妹機にして彼女を追跡するヨイヤミとハクボが網を張っている所を目撃する。ユウグレは、アキラ達に迷惑をかけないため、1人ヨイヤミとハクボを陽動する役を買って出る。残されたアキラとアモルは2人で禁書を探すことに。古書闇市を訪れ、「禁書はすべて図書館の閉架室にある」という情報を掴んだ2人は、ユウグレ不在のまま、警備のいる深夜の図書館へ危険な潜入を試みる事にする。

炎に包まれた図書館から脱出するアキラとアモルはヨクラータと合流。図書館から持ち出した禁書・「とくべつな血」を読む事にする。その内容は、とても子供向けの絵本とは思えないものだった！？　絵本から、ユウグレ、トワサとの繋がりを強く意識するアキラ。翌日、3人は、ユウグレと合流できないままだったが、寝台特急列車でトーキョーへ向けて出発する。特急列車内でヴァーレとキャスタという夫婦と、ルーヴとキャエロという双子の子供 の4人家族と出会う。旅は道連れと仲良くなるが！？

ユウグレがトワサの居場所を知っているとヨイヤミに教えられ、動揺するアキラ。ユウグレに事の真相を尋ねるアキラだったが彼女の考えを尊重し、深く追求することは避けると宣言。それと同時にアキラはユウグレに対して今までとは違う気持ちを抱いていることを自覚する。一方、ユウグレへの怒りを募らせていくヨイヤミ。列車がオーミヤに到着すると決着をつけるべく、ヨイヤミとユウグレは戦闘を開始して……。

自身が姫神アキラ本人ではなく、彼を模して作られたアンドロイドだと知り絶望するアキラ。ショックの大きさから周囲に心を閉ざしたアキラはスリープしてしまう。そんな彼の深層世界に入り、語りかけるユウグレ。オリジナルの姫神アキラと王真樹トワサに何があったのか。世界はなぜ滅びかけたのか。トワサの身に起きたことや彼女が研究していた『LC計画』について打ち明けることにして……。西暦2038年から始まった物語の全容がついに明らかに！！

約7年の眠りからアキラとユウグレが目覚め、2人のことを見守っていたアモルは安堵の涙を流す。3人の時間は再び動き出す。しかし再会を喜ぶアモルは、自分だけが大人になり、眠っている間にアキラとユウグレの関係性が変化したことに戸惑いを隠せない 。２人のようになりたいと願う彼女の心に、ある人物が静かに囁きかける 。やがてアキラたちが自身の過去と向き合う中、アモルもまた１つの決断を下す。

王真樹研究所へやって来たアキラとユウグレの前に立ちはだかるアモル＆ヨイヤミ。ヨイヤミの体にアモルとヨイヤミ、2人分の意識が融合した彼女は、アキラとユウグレに“エルシー”を迫り、ユウグレを捕獲するため、攻撃を仕掛けてくる。暴走する“彼女”を説得しようとするユウグレだったが……。アキラ、ユウグレ、アモル、それぞれの持つ“愛”の“価値観”がぶつかり合い、どのような“答え”へと辿り着くのか。