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マンダロアで、サビーヌはレン一族やフェン・ラウを従え、帝国に捕らわれている父アルリックの救出作戦を実行する。ヘラがモン・モスマに進言してくれたおかげで、エズラ、ケイナン、チョッパーも同行することができた。アルリックは前哨基地にいるとの情報だったが、これはサビーヌをおびき出すための罠で、タイバー・サクソン総督の手下たちに迎え撃たれる。罠だと知ったサビーヌの母ウルサに頼まれて、援軍に現れたのは…。

タイバー・サクソンが使ったのは、マンダロリアン・アーマーをエネルギー・パルスで狙い撃ちする恐ろしい武器だった。サビーヌはマンダロリアンの命を奪う武器を作ってしまったことを、強く後悔していた。サビーヌの警告のおかげで助かったウルサ、トリスタンと共に、一同はボ＝カターンの拠点へ。マンダロリアンの戦士たちはサビーヌを裏切り者と呼び、彼女に武器を向ける。サビーヌは自分がしたことの責任は取る、と言い…。

反乱組織の拠点であるヤヴィン4の基地にやってきた、エズラやサビーヌたち。ゼブやレックスに出迎えられるが、そこへ、物資調達任務に出ていたヘラの飛行中隊が損傷を負って戻ってくる。任務失敗の原因を探るため、モン・モスマを中心にブリーフィングが行われ、ベイル・オーガナ議員から帝国がジャリンディに通信中継基地を新設したことを聞かされる。そのため、帝国軍は反乱者の動きにすぐ対処できるようになっていたのだ。

ソウ・ゲレラに救出されたエズラとサビーヌ。ソウは2人とチョッパーに、力を貸してほしいと言う。帝国が秘密裏に作っているらしき武器を探し続けているソウは、あるステーションで帝国の秘密の貨物が民間船に積み込まれる、との情報を得ていた。ソウとエズラたちはステーションでコンテナに忍び込み、こっそりその貨物船に潜入。トルーパーによって守られていたコンテナを見つけて扉を開ける。中には捕虜が数名いたのだが…。

ヤヴィン4の反乱基地に戻ったエズラたちは、ロザルのライダー・アザディから届いたメッセージを見せられる。帝国が新型タイ・ディフェンダーのテストを行うという内容だ。モン・モスマはその情報を得るためにゴースト・チームを送ることにするが、ロザルは帝国の占領下にあって、潜入後、無事に戻れる保証はない。帝国による封鎖を突破するため、エズラはヴィザーゴの力を借りる。彼はロザルに出入りできる許可を得ていたからだ。

ロザルの帝国軍飛行場へ、新型タイ・ディフェンダーの偵察に来たエズラたち。超高速で飛来したタイ・ディフェンダー・エリートは、ヴァルト・スケリスが操縦していた。サビーヌは、より詳しい情報を得るため新型機に忍び込んでフライト・データ・レコーダーを入手することを提案し、エズラと2人で飛行場へ。だが、サビーヌがレコーダーを取り外そうとしていると、テスト飛行を見るために、スローン大提督とプライス総督が現れる。

反乱者たちを追い詰めるべく、スローン大提督は暗殺者ルクをプライス総督の援護に差し向ける。新型タイ・ディフェンダーの墜落地点近くで、ラサットのニオイを嗅ぎ取るルク。隠していたハイパードライブを取りに来ていたゼブ、エズラ、ジャイが見つかってしまう。エズラとジャイはスピーダーバイクで逃げてルクを遠ざけ、その間にゼブが帝国の輸送車を奪って、ベースキャンプにドライブを持ち帰る。エズラたちも、ルクを振り切る。

ロザルに潜伏中のエズラたち。ヤヴィンの反乱司令部へ向かったヘラと連絡を取るべく、通信機を探し求める。すると、長距離通信設備をそなえたマイニング・ギルドの採鉱クローラーを近くで発見。その設備なら帝国の妨害電波もクリアできると考え、クローラーに潜入する。エズラたちに襲われたクローラーの船長はすぐに警報を発し、ギルド管制室から通信が入る。船長を捕らえ、代わりにエズラが船長のフリをして応答するが…。

ついに反乱組織によるロザル襲撃が始まる。ヘラ率いる戦闘機隊は、Xウイングで帝国による封鎖の突破を試みる。帝国側も、タイ・ディフェンダー・エリートに乗るスケリス率いる戦闘機隊で応戦。激しい闘いが続き、反乱側は劣勢ながらも封鎖をくぐり抜けることに成功。だがスローン大提督が第二次攻撃を指示し、反乱側の戦闘機はロザル上空で次々と撃墜されていく。ケイナンは地上からヘラに無線で呼びかけるが応答はなく…。

プライス総督に捕らわれたヘラを救い出すにあたって、ケイナンはエズラに作戦の指揮を任せる。ヘラがプライスのオフィスにいることが分かると、エズラはロスバットに紛れて、ローテクのグライダーで潜入する策を思いつく。何かを悟ったようなケイナンは、髪を切り、髭を剃って作戦に臨む。手作りのグライダーでたどり着いたエズラたちは、ここで二手に分かれる。エズラとサビーヌは脱出用のフネを入手しに、ケイナンはヘラの元へ。

燃料補給所の破壊により、タイ・ディフェンダーの製造ラインが止まることになってしまった。プライス総督はこの失態をできるだけ表沙汰にしないよう、反乱分子を倒したとして祝賀パレードを催すことに。だが、スローン大提督はすべてお見通しだった。ケイナンを失ってしまい、仲間たちの元へ戻ったエズラ、サビーヌ、ヘラ。ヘラはショックのあまり、言葉もない。サビーヌとゼブは、せめてパレードの妨害をと考え、首都へと向かう。

エズラはジェダイ寺院を帝国から守るため、仲間たちと向かう。かなり遠いのだが、ロスウルフたちの先導で異時空をくぐり抜け、あっという間に到着。寺院は岩山のようになっていたが、帝国によって掘り起こされ、発掘作業が行われていた。エズラとサビーヌは斥候に変装して潜入して、帝国の狙いを探ろうとする。発掘調査の指揮をとるのはハイダンという人物で、発掘された遺物のシンボルや絵を調べ、寺院内に入る方法を探していた。

ジェダイ寺院の入り口が開き、ゲートウェイと呼ばれる謎の時空へ入り込んだエズラ。そこはすべての時と空間をつなぐ、世界の狭間にある世界だった。ヨーダやオビ＝ワンなどエズラと面識のある人たちだけでなく、まだこの世に生まれていない人たちの声も聞こえる。そこでエズラはある環の上に、アソーカゆかりのフクロウを発見。その環の中にアソーカとベイダーの決闘の様子が見える。一方、ハイダンに捕まったサビーヌは…。

反乱司令部の支援なしで帝国と戦うことになった、エズラたちロザルの反乱分子。ヘラは味方を増やすため、以前レックスが暮らしていたシーロスへ飛ぶ。レックスと同じクローンのウォルフとグレガー、そしてホンドー・オナカーが仲間に加わり、ロザルへ取って返す。ヘラの留守中にエズラは、皇帝がじきスローンをロザルに戻すというヴィジョンを見る。そして帝国から首都を取り戻すために、今すぐ行動に出ることを提案するが…。

エズラはロスウルフを使ってプライスに協力させ、捕虜にした反乱者を連行する、と帝国の司令センターへ嘘の連絡をさせる・・・。

Ezra and the Ghost crew look to complete their ultimate mission: to liberate Lothal from the clutches of the Empire.