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横浜ベイゴールズのスカウト・郷原眼力（ムロツヨシ）は、毒舌で自信家だが選手の才能を見抜く確かな目を持っている。郷原が次なる獲得候補として推すのは、育成選手の菊地原（藤田智大）。4年前、岩手で出会った当時はコントロールに難があったものの、地元大学の名監督・千葉（片岡鶴太郎）に預け、その成長を見守り続けた逸材だ。しかし、福岡ブラックホークスのスカウト・中溝聖治（三浦貴大）が郷原の前に立ちはだかり……。

ドラフト会議で菊地原を獲得したのはなんと福岡ブラックホークスだった。宿敵のベテランスカウト・毒島竜二（伊武雅刀）は、獲得に動かなかった郷原をこきおろし、郷原に裏切られたと感じた菊地原は憤る。その後、病から復帰した千葉の指導の下、変貌した菊地原は真価を発揮し始める。菊地原を引き留めようとする中溝と、満を持して獲得をもくろむ郷原。ドラフト会議で両者の思惑が激突する。果たして菊地原が下した決断とは？

横浜ベイゴールズの2軍選手・佐藤翔太（武田航平）はけがを繰り返し、戦力外通告を受ける。翔太の才能を見抜き、獲得に踏み切ったのは、実は郷原だった。一度は野球を辞めようかとも考えた翔太だが、郷原の言葉で奮起。妻のサチエ（宮内ひとみ）と娘に励まされながら、信頼を寄せる大津（上地雄輔）の力を借りてトライアウトに挑戦することを決意する。例年、トライアウトから契約を勝ち取る選手はごくわずかだが、果たして――。

郷原が期待を寄せていた北畠翔（木戸大聖）が神奈川の名門高校を辞めていた……。フリーライターの美嶋（藤間爽子）は、取材を重ね、監督との関係悪化が原因ではないかと推測。横浜ベイゴールズの若手スカウト・神木良輔（宮沢氷魚）に情報を提供する。一方、大阪に赴いた郷原は、本心を確かめるため北畠と対峙する。やがて、郷原の前に宿敵スカウト・毒島（伊武雅刀）が現われ、北畠を野球の世界に連れ戻せ、と迫る。

自分の身に起きた出来事と、本心を郷原に語った北畠。郷原は、一度はドロップアウトした北畠の球が通用するかどうか、実際にその目で見極めるべくキャッチボールに臨む。高校野球というレールを一度外れた者に残されているのはいばらの道しかない。北畠のポテンシャルや、シングルマザーとして北畠を育ててきた花代（仙道敦子）の覚悟を確認した郷原は、プロを目指すための道を北畠に提示する。北畠が導き出した答えとは？

「パーフェクトマッスルズ」への入団を決意し、期待を胸に東京にやって来た北畠。練習からその才能を発揮する一方で、チーム随一の実力者・柳川大也（佐藤寛太）に特大ホームランを打たれてしまう。天才・柳川でさえも日の目を見ないという現実に、北畠はさらにショックを受け、「この場所は、野球界の最底辺」と語った郷原の言葉を重く受け止める。そんな北畠に、監督の足立（宇梶剛士）は柳川の知られざる過去を語り始める――。

社会人野球の花形、都市対抗野球――。「パーフェクトマッスルズ」が東京ドームで開催される本戦に駒を進めるには、クラブチーム同士で争う1次予選と、企業チームとの2次予選を勝ち上がる必要がある。柳川や北畠の活躍で1次予選を順当に勝ち進んだ「パーフェクトマッスルズ」は、続く2次予選の初戦で天才外野手・阿比留一成（木村達成）率いる強豪「万田自動車」と激突することに。そんな中、郷原が怪しい動きを見せ始め……。

試合開始早々、圧倒的な実力差を見せつけられる「パーフェクトマッスルズ」。阿比留だけでなく、速水や沖本といった実力者たちが猛威を振るう一方で、期待の柳川は見せ場を作れない。神木や飯塚（平山祐介）とともに試合を見守る郷原にも、いつになく焦りの色が……。コールド負けもちらつく中、満を持して北畠が登板。重圧にさらされながらも、西浦の一言でその顔つきが変わる。どん底の男たちの反撃なるか――。

柳川の驚異の走力と鮮やかな盗塁がスタジアムに衝撃を与え、「パーフェクトマッスルズ」と「万田自動車」の激戦の幕が閉じる。活躍が認められた柳川に思いも寄らぬ声がかかる。それと同時にノーマークだったはずの柳川の争奪戦が勃発。中溝だけでなく毒島までもが名乗りを上げ、三つどもえの獲得競争が巻き起こる。神木も選手の獲得を狙い、ついにドラフト会議に向けた指名候補の絞り込みが始まる。

大阪ホワイトタイガースが柳川をまさかの2位指名。三つどもえの争奪戦が激化する中、渦中の柳川は「自分を拾ってくれた郷原に獲ってもらいたい」と西浦に本音を漏らす。しかし、一方の郷原は、下辺（でんでん）や神木の前で衝撃の敗北宣言。その真意を胸に秘めながら、GMの筒井（阪田マサノブ）に直談判する郷原だが…。運命のドラフト会議当日、どんなサプライズが待ち受けるのか？　ドラフトキングをつかみ取るのは誰だ――。