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39歳、伝説の殺し屋・⼤狼⼗三は、あるとき、謎の蜂型⽣物兵器に刺され、気を失ってしまう。所属する暗殺組織 Z.O.O.の研究室で⽬を覚ました彼は、⾃分が中学⽣の姿になっていると知り驚愕。そんな⼗三に組織が与えた任務――それは、中学校の内部調査だった。渋々中学に通う⼗三だったが、意外にも勉強の楽しさに⽬覚めていく。そんなある⽇、学校に不審者が乱⼊する……!

十三を刺した蜂はミツオカ製薬が作ったもので、十三と同じクラスに同社トップの娘・蜜岡ノレンが通っていることが判明する。容姿端麗・頭脳明晰・スポーツ万能で近寄りがたい雰囲気を漂わせるノレン。彼女との接点ができれば元の体に戻る情報が得られるかもしれないと考えた十三は、ノレンがラーメン屋でバイトをしていることを知り、ほんの少し彼女との距離を縮めることに成功する。だがその矢先、ノレンが何者かにさらわれてしまい…。

学校の勉強に置いていかれ気味の十三は、同じクラスの白石遼と知り合い、勉強を教えてもらうことに。 さらに遼の姉・千里が部長を務める家庭科部に入部。時を同じくしてノレンもラーメン作りの役に立てばと家庭科部に入部。 そんななか、驚きのニュースが飛び込んでくる。なんとミツオカ製薬がノレンの婚約者に会社を継がせると発表したのだ。 男子生徒たちに次々と言い寄られ困惑したノレンは、まさかの発言をする...!!

レンと付き合っているフリをすることになり、戸惑い気味の十三。そんななか、ミツオカ製薬の研究と新薬を狙って、暗殺業界2番手の中華系組織ユイガンが動き出す。中学生暗殺者・古波鮫シンがノレンの婚約者になるべく転校してきたのだ。ノレンの「彼氏」である十三に決闘を申し込むシン。十三とシンの戦いの火蓋が切られる!

十三たちは家庭科部の活動で野球部におにぎりを差し入れることになり、エリートが集まる幻獣組ユニコーンの天童天馬と出会う。野球、サッカー、バスケ、その全てでエースとして活躍し、「三刀流の超人」になると宣言する不敵な天馬。彼は「目障りだから」という理由で十三にフットサル勝負を挑んでくる。家庭科部を「あってもなくてもいいようなお遊び部」とバカにされた十三は、天馬の勝負を受けて立つことに...。

十三と天馬のフットサル対決が始まった。 驚異の身体能力で十三、シン、鬼頭の家庭科部チームを圧倒する天馬。 十三をただ者ではないと見破った天馬はハンデをやめて本気を出す。 天馬の圧倒的なプレーに十三たちはくらいつこうとするのだがーー。 果たして、勝負の行方は...!?

十三＆ノレンは、千里＆天馬とWデートをすることに。 4人はショッピングにランチに、と楽しいひとときを過ごすが、映画館で映画を観始めた途端、なぜか十三の体が大人に戻ってしまう! 急いでトイレに駆け込む十三。だがその隙にまたしてもノレンが誘拐されてしまい...!? 犯人の車を追って競技場へと足を踏み入れた十三と天馬。 そこで2人を待ち受けていたのは、暗殺業界最大手ハルディンの暗殺者兄弟・竜胆カズマ＆エイジだった。

強力な催眠術を操るカズマと、爆弾ゴルフボールで猛攻を仕掛けるエイジ。彼らもまた、ミツオカ製薬の秘密を追う暗殺者だった。 催眠術で一般人を操り攻撃してくるカズマに苦戦する十三。 さらに カズマは、ノレンにある催眠術をかけてしまう。ノレンを救出すべく十三はノレンの元へと急ぐのだが…。

ノレンの元へと急ぐ十三。一方、天馬とエイジは、サッカーVS爆弾ゴルフの超絶バトルを繰り広げていた。天馬は練習中に編み出した技でエイジとの戦いに終止符を打たんとする！そしてカズマ＆エイジとの死闘の末、気絶していたノレンが目を覚ます。その瞳に映ったのは...。

催眠術で十三のことを好きになったノレンは十三に猛アタック。 しかし十三がやんわり断ると、彼女は屋上から飛び降りようとする。 カズマ曰く「目を覚ましたとき、最初に見た者を好きになる」、しかも「重めに」という催眠術をかけていたのだ。 なんとしてでも術を解いてもらおうと、カズマとの待ち合わせ場所である遊園地に向かった十三は、ノレンと一緒に観覧車に乗ることに。 すると2人はなんだかいいムードに……!?

平穏な学園生活を満喫していた十三だが、カズマとエイジが転校してきて同じ中学に暗殺者が4人も潜入している異常事態に。一方、家庭科部では本格ラーメンづくり選手権が開催されることに。ノレンと同じチームになった十三は、ラーメン調査の道中、トラックに轢かれそうになった少女を助ける。その少女の正体とは…!?

マリンスポーツ全般に才能を発揮、専門家顔負けの海洋知識をもつ幻獣組ユニコーン・乙姫舞。 彼女の目的もまた、ミツオカ決闘だった。しかし舞が狙うのは十三。 そんな彼女にノレンは決闘を申し込む。一方で決闘準備の中、三者面談を迎えた十三たち。 それぞれが自身の将来について悩む中で十三もまたこれまでの学園生活や仲間との出会いを経て心境に変化が訪れるーー。