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友引警部は無免許医のブラック・ジャックを逮捕すると言って病院に連行し、1人の患者を手術するように指示。患者を治せたら医師免許を申請するという。その患者とは顔が腫れ上がった獅子面病の青年。ブラック・ジャックは他の医師が聞いた事がない脳手術を行い、3か月が経過する。2人は病院できれいな顔に治った患者と対面。この後、ブラック・ジャックは医師会へ。だが、友引の話とは違い、医師会の会長は国家試験を受けるよう忠告する・・・

ブラック・ジャックを黒男と呼ぶ男から留守電に仕事の依頼が入り、男が待つ高級ホテルの一室へと向かう。行動は紅蜥蜴という美女に監視されていた。ホテルで待っていた電話の主は、ブラック・ジャックの父親の影三だった。その影三が診察を依頼したのは、ブラック・ジャックと母親と別れた後に再婚した妻の蓮花。影三は顔にひどい火傷を負った蓮花を世界一の美女にして欲しいと依頼するが・・・

ブラック・ジャック邸が大爆発を起こし、泣き叫ぶピノコ。数日後、友引警部はマスターに、ブラック・ジャックが死んだ事を告げる。だが、ピノコは生きていると信じ、1人で捜索を続ける。友引はブラック・ジャックの頼みを進めるべきだとマスターを促す。それはブラック・ジャックを忘れさせるため、ピノコを養女に出す事。そして、ピノコは病院の院長、佐伯の養女として新しい生活をスタートさせる。そんな折、ピノコはブラック・ジャックに似た人を見かけるが・・・

ブラック・ジャックは本間先生の知り合いのクロイツェル博士から話を聞くため、ピノコと共に北欧の小国へ。クロイツェルは休暇に出ているという話だったが、デブン副理事から連絡を受け、病院の地下にある特別病室に行くと、そこにはクロイツェルの姿。彼は交通事故に遭って植物人間になったという。彼が再起不能とわかれば後継者争いになるため、デブンはクロイツェルに変装して翌日行われる公開手術に執刀して欲しいとブラック・ジャックに依頼するが・・・

クロイツェルに変装したブラック・ジャックに「ノワール・プロジェクト」とシュタインは口にした。ブラック・ジャックはドイツへ行き彼の病院へ乗り込む。そこで、桑田このみと再会。一方、ブラック・ジャックを待つピノコはリハビリルームでオルガンを弾く少年と知り合う。天才的なピアノの才能を持つ彼はこのみが受け持つ患者のトリトン。3日後にシュタインが彼の右腕にロボットアームをつける手術を行うと聞いたブラック・ジャックは・・・

イギリスへ渡ったシュタインを追うも、出国許可が下りずに足止めを食うブラック・ジャックだったが、知り合いの西川医師の誘いで、最新の医療機能を持ち白拍子医師が開発したスカイ・ホスピタルという飛行機に案内され、お披露目でイギリスに行くという西川、白拍子と共に搭乗する。だが、飛行機は離陸して間もなく、テロリスト3人に占拠されてしまう・・・

シュタインのいるイギリスを目指すブラック・ジャックは、スカイ・ホスピタルが不時着した中東の小国にいた。ブラック・ジャックは暴行殺人の容疑で逮捕されてしまうが、レストランで知り合った日本人の蟻谷が犯行時刻に一緒にいたと証言。釈放されたブラック・ジャックはお礼の代わりにケガした時は必ず助けると約束する。この後、蟻谷が重傷を負ったと知ると金に糸目を付けず一目散に駆け付ける・・・

ブラック・ジャックは貨物船でイギリスへ入国する。その頃、古い炭鉱町の病院では、モリーンから安楽死の依頼を受けたドクター・キリコが患者の少年を診察。少年はモリーンの叔父のヒューで、年齢は80歳。65年前の爆発事故から意識が戻らず、年も取らないという。翌日、シュタイン博士らがヒューを研究したいとモリーンを説得。断られると医師団の1人、西川医師は手術して意識を戻す事を提案。西川はブラック・ジャックに患者を診察してもらうが・・・

ニューヨークに降り立ったブラック・ジャックとピノコは、セントラルパークで見かけた車椅子に乗るキャサリンとバート総合病院のナースにドクター・ジョルジュの事を訊ねる。彼は病院を辞めたらしく、キャサリンの息子でバート院長なら行方を知っているかもしれないという。病院へ向かうと、バートは彼の居場所を教える代わりに患者を治療して欲しいと条件を出す。そして、その患者が本間血腫だと教えられたブラック・ジャックは・・・

紐育（ニューヨーク）の奇跡 銃弾が母の形見のペンダントにめり込み、死なずに済んだブラック・ジャックは病院へ行き、バートと共にキャサリンの手術を行う。彼女の心臓は高性能な人工心臓で、表面には蛇の刻印と「ヒュドラ－KH0202」の文字。本間血腫は人工心臓に起因する虚血性疾患だったのだ。ブラック・ジャックはペンダントからマイクロフィルムがはみ出ている事に気付く。そして解析を頼むと信じられない事実が明らかに・・・

バート院長からジョルジュの自宅を聞いたブラック・ジャックはピノコとカナダのレイジ・レイク湖畔へ向かう。するとジョルジュの娘、ユリがブラック・ジャックらに発砲して威嚇。兄・キリコと勘違いしたらしい。兄は父を殺そうとしているという。ユリはブラック・ジャックに病気の父を助けて欲しいとお願いする。気管の穴を塞げば簡単に治る縦隔気胸と診断する。だが、ユリの兄も医者で、縦隔気胸と診断した彼が何度か手術しても穴は見つからなかったという・・・

ブラック・ジャックとピノコは北極圏に近い山にあるジョルジュの研究施設へ向かう。追って来る紅蜥蜴らをまいて町に到着したものの、スノーモービルで追いかけられ紅蜥蜴に見つかり執拗な襲撃を受ける。しかしブラック・ジャックの反撃で紅蜥蜴はスノーモービルごと大木に激突してケガを負う。ブラック・ジャックは彼女を放っておけず、背負って山小屋に運び傷の手当てをするのだった・・・

紅蜥蜴から聞いた集合写真の1人、クーマを訪ね、アフリカのガボン共和国に来た。そこで、父、剣持の元に遊びに来ている写楽と再会。ブラック・ジャックは剣持にピノコを日本へ連れ帰って欲しいと頼む。一方、ピノコは食料品を配達するアルという少年と仲良くなる。翌日ピノコは街でアルにそっくりの少年を見かけ、話をするとアルは双子の弟、ニコだと告白。10年前に両親を亡くし、2人は別々の生活を余儀なくされたというが・・・

アーノル村にやってきたブラック・ジャックとピノコは村人にドクター・クーマの事を訊ねるが、誰も何も語ろうとしない。だが、村に来る途中で知り合ったマリーがクーマの所へ案内をしてくれる。その直後、マリーの兄、ジルが姿を現し、母親が苦しみ出したと助けを求める。母親は動脈血栓症で腸管壊死を起こしていた。ブラック・ジャックは家の中で緊急手術を行うが、終える寸前にめまいに襲われて倒れてしまう・・・。

影三が危篤と知ったブラック・ジャックはマカオにいた。彼の屋敷に行くと蓮花が迎え、一緒に暮らしてほしいと言う。ブラック・ジャックを利用しようと目論む、金満徳の差し金だった。影三は脳卒中で3日前から意識がないという。ブラック・ジャックが手術準備のため、一旦ホテルに戻ると、ピノコが誘拐されていた。ピノコを探しに出たブラック・ジャックは男たちに取り囲まれ、マイクロフィルムを渡せと要求されるのであった・・・。

マカオの空港で日本への便を待つブラック・ジャックは警備員に空港ビルへ案内される。待っていたのは白拍子医師と西川医師。2人はフェニックス病の患者を診て欲しいという。スカイ・ホスピタルの機内へ案内され患者を見て愕然とする。なんと患者は全満徳だった。付き添いの蓮花はブラック・ジャックと白拍子が満徳の治療と病気の研究をする事を依頼する。満徳を憎むブラック・ジャックは一度拒否するが、100億の報酬を条件に依頼を受ける事に・・・

フェニックス病のウイルスを蔓延させたまま、飛行を続けるスカイ・ホスピタル。ブラック・ジャックは犠牲者が増えないよう、行き先を東京から北極へ変更させる。クーマから送られたデータを分析し、フェニックス病の原因であるBOPの発電特性をなくせば、病状が治まるという考えに達するが、ついに彼自身にもフェニックス病の症状があらわれ、倒れてしまう。その時、防護服を着た蓮花と蒼龍がスカイ・ホスピタルに現れ、ブラック・ジャックと白拍子に銃口を向ける・・・・・・