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江戸を火の海にして大もうけしようとする渡海屋の陰謀にはまる甲賀軍団。米公使ハリスの秘書ヒュースケンが反幕浪士に切られ、幕府と諸国は一触即発の危機。ハリスの娘ローラも重傷、半蔵らは危機を救うか?

笛の音とともに長州志士が奇怪な殺され方をした。舞子の代打でお座敷に出た牡丹が相合傘で帰る途中、相手の佐野屋が赤い傘の女に殺された。お蝶はその女が女忍者お桐と見破る。だがお蝶も敵の手に落ちた。お蝶の遺した「赤い石」から、一味は２００年前亡びた赤松藩の忍び、剣一族とわかる。彼らの狙いは半蔵の首。

新選組局長芹沢鴨一派が暴威をふるう京都。勝が天誅組生き残り河合と「吉田屋」で密会しているところを芹沢一派に踏み込まれた。女主人およしの内通だった。がま八捕まるの報は伝書鳩で半蔵のもとへ伝わった。半蔵以下、お蝶ら影が京へ急行。お嬢は鳥追い女になって芹沢に接近、半蔵は芹沢を斬るべく隠れ家へ。

英国大使館を焼き打ちした長州藩士・高杉晋作（本田博太郎）は火盗改の追及を受けるが、強敵は、甲賀忍者夢次郎。晋作に思いを寄せるおふじは晋作とお袖の仲をしっとし、夢次郎に晋作襲撃を依頼、隠れ家を教える。だが、晋作の本心を知ったおふじは晋作を守るためえ「べんり屋」に用心棒を頼む。半蔵ら影が２人を救う。

将軍上洛の間げきをぬい、御用盗が江戸をパニックに陥れた。薩摩藩江戸留守居役伊集院範正とその手先霧島党の陰謀だった。陸軍奉行小栗は伊集院に彼らのせん滅を宣言、また御用盗が“影”の仕業とする高札を立てた。牡丹は半蔵らに影狩りを命じ、みんなをあわてさせる。半蔵は小栗とひそかに会見する。

京の勤皇過激派の行動に幕府要人はおびえていた。“人斬り以蔵”こと岡田以蔵の背後には湖族を操る綾小路光房がいた。「べんり屋」の京都支店は勝から江戸送金の５００両を預かるが、それを湖族に襲われ、牡丹は善九らを京に派遣した。光房は以蔵に影のせん滅を命令。そのころ、半蔵は湖族の正体を見破る。

庄内藩は清河という浪士が現れ、薩摩と老中の両者に取り入り、勤皇なのか、佐幕なのか、奇怪な動きを見せた。老中筆頭安藤は過酷な浪士狩りを始めた。巻き添えを食う町人も増え、怒った半蔵はお蓮に探索を命じた。芸者に化けて料亭に潜入したお蓮に、清河が死んだ女房に似ているといっていい寄る。

勤皇か、佐幕かで揺れる武州・日沼藩。同志の裏切りで上意討ちにあった夫・藤木の復讐を妻・春野が次々に果たして逃走した。半蔵は道雪と日沼藩の関係を調べていた。勤皇佐幕抗争の間げきをぬい、藩主の弟・義信が羅門和上と組んで権力を握る。この羅門を操るのが道雪だった。

小栗上野介がフランスから購入した新式大砲の試射が羽田沖で行われ、多くの犠牲者が出た。漁場が奪われると公儀の漁船を出した漁師たち。その中の孫八は隠れ伊賀。父の仇を討とうと五朗太は上野介の命を狙う。上野介を激怒させれば伊賀は根絶されると半蔵らは心配するが、甲賀の刀斎が五郎太を利用。

善九は瓢斎そっくりの罪人勝蔵が護送されるのを見て驚く。1000両強奪犯の勝蔵を伊賀の玄阿弥が脱走させ、配下に京へ護送を命じていた、途中、配下は捕り方に殺され、勝蔵はべんり屋へ逃げ込むが牡丹と争ううちに頭を打って死亡。半蔵は毒粉を使う座枯らしの術にたけた玄阿弥らのせん滅を決意する。

威勢のいい江戸っ子芸者・花吉に対馬守が目をつけた。竜山の動静を探る密偵の恋人おりょうは実は影の血をひいていた。薩長同盟の詰めを急ぐ竜馬を蔵人ら甲賀の刺客が狙う。半蔵らがひそかに守る中、花吉が竜馬に接近する。

慶応２年６月、第二次長州征伐で幕府は大敗。そのころ江戸の町では幕吏によって下層民が捕えられ、越中島へ送り込まれていた。勘定奉行小栗は彼らを鍛え、江戸の守りにつかせようと考えていた。越中島に潜入した隼人は苦役にあえぐ男たちを、騒ぎに応じて逃がす。小栗は半蔵とその配下に憎悪を燃やす。

祝言をあげた竜馬とおりょうの部屋に時限爆弾が仕掛けられていた。甲賀者の仕業らしい。竜馬らが京へ旅立ったあと、半蔵は、べんり屋を引き払うことを決意、お蝶を竜馬の元へ走らす。道雪は岩鬼、銅鬼、盤鬼の甲賀３人衆を引き連れ、京都入りする。