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西暦２０５２年、繁栄を極める地球に接近する１個の巨大な人口惑星があった。母星を失い、第２の故郷を求めるゴドムである。その力は、地球の科学力をはるかに凌駕し、瞬く間に地球を制圧する。理工化学を学ぶ学生・日下真はゴドムの猛攻で父を失い、仲間たちとともに逃げ延びるが…。

太陽系より数十光年以上離れた宇宙にあった惑星ゴドムは、消滅の危機を迎えた。人工惑星に乗り込み、理想の惑星を求め３０年以上宇宙を彷徨っていたゴドム人たちは、遂に地球を発見し、現在の文明を滅ぼそうと目論む。一方、父の遺言に従って仲間たちとともにポイントＮ１へ急行した真たちは、そこで建造されていた戦略空母ブルーノアを見つける。

航海に出たブルーノアに乗り土門艦長と出会った真は、理工科学院の学友たちや戦火の中で出会った少女ケイとともに仲間ブルーノアのクルーになることを認められる。彼らは対コドムの戦いに身を投じることになった。

ブルーノアに合体収容されている潜水艦シイラを任された真たちは、ゴドムからの魚雷攻撃の危機に陥る。真は魚雷を避けるため、ブルーノアから海中へ出て、危険な作業に挑む。そしてブルーノアは次々と猛襲を仕掛けられ…。

ゴドムの捕虜運搬船を発見した土門艦長は、シイラに追尾を命令。だがポナペ島の湾内に入ったシイラは、突然海底に張り付いたように動けなくなってしまう…。

真の偵察の結果、ポナペ島はゴドムの捕虜収容所であることが判明。ブルーノアの捕虜救出作戦が開始された。

ブルーノアは海底散乱層の下にも潜り込み、ユルゲンスの追撃をかわすが、クエリゼン島の地震を感知して急行する。

ゴドムが地球の重力をコントロールし、海水を蒸発させ環境を変えてしまおうと企んでいることを知ったブルーノアは、侵略者を追放する決意を深める。

クエリゼン島を復興しようと決意していたカピラとタラは、土門に島への帰還を許され、艦内で結婚式を挙げた。だが一方、新たな戦いの予兆が…。

ブルーノアの南下を見破ったユルゲンスは、自ら作り上げた大艦隊を差し向け、赤道直下のギルバート諸島付近で保捉、交戦状態に入る。

ブルーノアは、赤道直下にそびえ立つゴドムの軌道エレベーター破壊を決意する。一方、クエゼリン島のカピラとタラに帰還途中のユルゲンス隊の魔手が迫った。

カピラからのＳＯＳを感知したブルーノアは、早速、真やドメニコたちを救助隊として送った。真たちは、ふたりを間一髪で助け、敵のゴドム兵を捕虜にすることに成功した。

ブルーノアに太平洋方面軍の新司令官となったウスリーから捕虜交換の提案が入った。だが当の場所に赴いたブルーノアは、ウスリー艦隊の猛攻にさらされる。

ニュージーランド付近でブルーノアは、氷山をくり抜き、即席のドッグとして修理作業に入った。束の間の休息を満喫した後、修理を終えたブルーノアは、再びバミューダを目指して出撃していった。

再び海上に出たブルーノアは、オーストラリアに偵察隊を派遣する。そこには有袋類の遺伝子保存に打ち込む女性学者ファラの姿があった。

真たち乗組員の大半が、原因不明の食中毒に倒れた。桜町医師とファラは、ブルーノアを包むおびただしい赤潮を発見する。すべてはウスリーの作戦によるものだったのだ。

ウスリーの仕掛けた防潜網に引っ掛かったブルーノア、ケイの提案で、沈没していたタンカーをブルーノアのダミーに仕立てることに、シイラの援護で出口に進むダミーに、ウスリーの攻撃が火を噴いた。

旧パナマ運河へあとわずかに迫ったブルーノアに、バミューダのポイントＮ９から反重力エンジンがまもなく完成するという通信が入り、艦内は沸き立つ。

土門はバミューダへ行く前に南北両極の重力コントロール基地をたたくことを決意した。南極にはブルーノアが北極にはシイラがそれぞれ急行する。

度重なる危機に見舞われるシイラ。真に後を託した清水は、水中小型戦闘機に乗って防潜網に突入するが…。

清水の死はブルーノア艦内を重苦しく包み込んだ。だがその悲しみを乗り越え、土門は改めてバミューダに進路を向けた。そして最も突破が困難と予想されるアメリカ海峡のゴドム要塞へ艦を進める。

地底にできた水脈トンネルを経たブルーノアが浮上したのは、アマゾンのジャングル内にある湖であった。だがアマゾン川の河口にはウスリーの艦隊が…。

ブルーノアはついにバミューダのポイントＮ９に入った。早速、反重力エンジンの装着が行われる。だがそのＮ９にユルゲンスの潜水艦が接近してきた。

ブルーノアは宇宙空母に生まれ変わり、真たちは本艦乗務となる。宇宙への出撃を前に、地球のゴドム軍を葬り去ったブルーノアは、いよいよ大宇宙へ向けて飛び立った…。

地球を飛び立ったブルーノアに、ザイテルは宇宙艦隊を差し向ける。一方のゴドム本星では、惑星内の５億の民の生存が確認できないという大事件が起こっていた。

ゴドムの崩壊を目の当たりにしながらも、なおもユルゲンスはブルーノアと雌雄を決するために最後の出撃を果たす。その一方で、ゴドムはついに地球の衛星軌道を離れ、制動を失って暴走を開始する。

ブルーノアとの戦いに臨んだユルゲンスは必死の戦いも空しく、宇宙へ散った。地球激突の軌道を描き始めたゴドムもまた、太陽へと引きずりこまれていく…。