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ソニックたちの星に新たな強敵、メタレックスが現れた。7つのカオスエメラルドは散り散りになり、この星の生命の源であるプラネットエッグが奪われてしまった。そんな時、18歳のクリスがワープしてこの星に来た。

コスモは星々のプラネットエッグをメタレックスから取り戻すため、ソニックを捜してこの星にやってきた。それを聞いたソニックたちは宇宙に旅立つ。しかし宇宙船の建造中、再びメタレックスが襲ってきた。

ソニックたちの乗った宇宙船・ブルータイフーン号が着いた所は、プラネットエッグを奪われて水の星になった惑星ハイドーだった。クリスとソニックは上陸艇に乗るが、ソニックがメタレックスにさらわれてしまう。

メタレックスを倒して惑星ハイドーの人々に感謝された直後、エッグマンがナックルズをだましてカオスエメラルドを手に入れようとする。だが、カエル型メタレックスが現れ、カオスエメラルドが飲み込まれてしまった。

吹雪の星であるブリーザーに着いたソニックたちは早速カオスエメラルドを探し始め、やがてメタレックスたちのいる「アイスパレス」にたどり着いた。そこでは何かの研究をしているようなのだが…。

ソニックたちはジャングルの星にたどり着いた。メタレックスの攻撃をソニックドライバーで撃破したが、ソニックはその勢いでどこかに飛ばされてしまい、残ったエミーらの前にメタレックス・キングエイプが現れる。

カオティクス探偵事務所にクリームの母から依頼が来た。ワープマシンを通じてクリスの世界から多くの物が送られてきているので、ブルータイフーン号に届けてほしいと言う。カオティックスたちは宇宙船で向かうが…。

ブルータイフーン号はすでに死の星となったホビドンに到着。そこにはコロニーの残骸と廃虚があり、ソニックたちはカオスエメラルドを求めて廃虚に来たが、そこは変形自在のメタレックス・ディザードそのものだった。

かつてコスモの移民船を攻撃したメタレックス・ヘルシップが、クリムゾンエッグを攻撃。次の標的はソニックたちの乗るブルータイフーン号だ。シャドウすらも窮地に追い込んだその脅威がソニックたちに迫る。

惑星アラバスタでソニックたちとはぐれてしまったテイルスとコスモ。2人は洞窟の中を進み、ある施設を見つけた。何と、そこではメタレックスによってカオスエメラルドのコピーが作られていたのだ。

残るふたつのカオスエメラルドがメタレックスの要塞の中にあることを知ったソニックたちとエッグマンが、互いに手を組んで要塞への侵入を試みる。そして、カオスエメラルドとプラネットエッグを発見するが…。

ダークオーク率いるメタレックス軍団がソニックたちを待っていた。わなに落ちて要塞の周囲をメタレックス軍団に囲まれてしまう。ソニックは脱出を試みるが、カオスエメラルドをめぐってシャドウと戦うこととなる。

ブルータイフーン号にカオティクス探偵団の3人組が現れた。仲良く談笑するテイルスとコスモを見たベクターは、テイルスがコスモに惚れていると確信。ベクターは奥手のテイルスを後押ししようと珍作戦を発動させる。

ついにブルータイフーン号が銀河回廊に突入するが、植物の根のように吹き溜まった宇宙の塵が邪魔をして立ち往生してしまう。そこへ、メタレックス四天王一番のパワーを誇るイエローゼルコヴァが襲いかかる。

ブルータイフーン号は大量のカオスエメラルド反応があった小惑星に来て、古びた工場を発見。中には何とカオスエメラルド生産プラントがあった。そこにメタレックス四天王の1人、ブラックナルキッソスが現れる。

惑星カスケードの少女・モリーは星を元に戻すべくメタレックスと戦っていた。彼女は強いシャドウに興味を示す。シャドウ、ルージュとモリーは、カオスエメラルドの反応を追ってカスケードの採掘場へ向かうが…。

クリスの乗ったブルータイフーン号は、カオスエメラルドを持つマルモリン人のモモ、ルー、リリンと遭遇。ソニックたちは、カオスエメラルドを譲ってもらう代わりに彼らの船を母星に帰すことになるが…。

メタレックスに追われる謎の宇宙船を救出したソニック。その宇宙船のパイロットはデコーだった。その時、メタレックスの艦隊がワープアウトしてくる。何とメタレックスはエッグマンと手を組んでいたのだ。

謎の機械生命体・メタレックスと戦うソニックたち。そんななか、カオティクス探偵団はメタレックス宇宙のある星でカフェを営んでいた。今日やってきた客は、四天王に就任したばかりのエッグマンだった。

メタレックスに追われていたブルータイフーン号は、イエローゼルコヴァの奇襲に遭って惑星サンダーボルトに不時着。イエローゼルコヴァにはあらゆる攻撃が通じず、クリスとソニックは遠くへ弾き飛ばされてしまう。

メタレックスの野望を阻止すべく宇宙を進むブルータイフーン号に、何者かが侵入。その正体はコスモの命を狙うシャドウだった。テイルスはコスモを連れて懸命に逃げるが、シャドウは2人を追い詰めていく。

コスモがダークオークの手によって、見たもの、聞いたものを転送する「生きたスパイ道具」にされていたことを知ったソニックたち。衝撃を受けるが、去ろうするコスモを引き留め「共に戦おう」と誓いあう。

ブルータイフーン号は惑星グリーンゲイトを飛び立ち、ダブルトリプルOへと向かう。そこにはカオスエメラルドと巨大プラネットエッグを要する惑星アクリウスがあり、ついにメタレックス艦隊との最終決戦に突入する。

起死回生をマスターエメラルドに懸けるクリスたち。ソニックドライバーの機構で、マスターエメラルドのエネルギーをカオスエメラルドに叩きつける算段だ。ファイナルムーバの攻撃を押し返しながら懸命の作業が進む。

巨大な果実となったファイナルムーバ。コスモの祈りに応えるようにカオスエメラルドは力を蘇らせ、黄金に輝くスーパーソニックとスーパーシャドウが並び立つ。そして2人の攻撃が果実の外郭を破り爆発させたが…。

長い戦いが終わった。マスターエメラルド復活のめどが立たず、地球帰還を諦めていたクリスのもとへエッグマンから封筒が届く。中から出てきたのは「地球行・片道」と書かれた1枚のチケットだった。