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時は寛永、太平の世。“慈尊院村”で腕を磨く忍び達の中に交じる、異彩を放つ少年と少女。甲賀八郎、伊賀響――実の兄妹にして契りを結ぶことを宿命づけられた若き棟梁達――響はその事実を受け入れているようだが、八郎は…。

賊に襲われた徳川忠長は精鋭“甲賀五宝連”に救われる。が、そこに棟梁である八郎の姿はない。八郎は村を密かに出て行こうとしていた。八郎と響の、お互いの瞳術が交錯することで生じた“何か”が再び発現するのを恐れて…。

突如現れた“成尋衆”なる者達の一人、孔雀啄。その人智を超えた絶技に蹂躙されていく甲賀五宝連の面々。最後に残された老獪なる甲賀忍者、七斗鯨飲は一計を案じ、死中に活路を見出さんとする。

精鋭“伊賀五花撰”の面々までもが、成尋衆によって軽々と葬られていく。忠長のもとには首魁“成尋”が現れ、時空を超越した“金剛楼閣”なる空間へと忠長をいざなう。そこで忠長は、家光と過ごした幼き日の記憶を見せられ…。

村を襲撃する成尋衆。二人の“血”を守るため、八郎と響をかくまいつつ応戦する若き忍び達だが、歯が立つはずもなく…。危機に駆けつけた八郎と響、二人の感情が高ぶったとき、それは起こってしまう――“桜花”が――

時は過ぎ――転寝、才蔵、式部、七弦、滑婆、蓮、涙、現、そして響――新五宝連、新五花撰となった若き忍びたちは成尋衆の再来に備え、それぞれの思いを胸に修行に励む。だがしかし、そこに八郎の姿はない…。

成尋衆と家光とのつながりを疑った滑婆は江戸城へと潜入、そこで意外な人物と出会う。一方、謀反の罪で蟄居となった忠長と邂逅する八郎。そこで、成尋衆をとりまく事態が終息していないどころか、風雲急を告げていると知った八郎は――

突如現れた巨大城郭“叢雲”。涙と現は密かに偵察を試み、叢雲へと近づく。一方、忠長の依頼を拒んだ八郎は、忠長の手勢と一戦交えることとなる。そこへ馳せ参じる新五宝連の面々。再会を喜ぶ五宝連に、八郎は…。

叢雲の守りは予想以上に堅く、敵勢をなんとかかいくぐり離脱する涙と現。傷ついた体を川で洗い流し、秘密の約束を交わす二人。涙と現の命がけの情報をもとに、才蔵は自らの眼を叢雲へ飛ばす。そこで眼が捉えた信じられぬ光景とは――

成尋の目的は織田上総介信長の復活、乱世の再来…そう聞いた滑婆は、かつて経験した凄惨な戦火での出来事を思い出す――悲嘆の念とともに。一方、叢雲討伐に乗り出した紀州藩は砲撃を開始せんとする。が、その時――

転寝が立てた叢雲爆破作戦の決行前、式部の命綱“犀防具”が不具合を起こす。犀防具の修繕中、成尋の手の者に強襲を掛けられ、洞窟に閉じ込められる式部と蓮。そこで、独り歩んできた自らの道を吐露する式部。

叢雲爆破作戦の実行中、足を撃たれてしまう七弦。廃屋に隠れ、涙に手当てを受ける七弦だが、傷は浅くない。熱にうなされながら、七弦は夢を見る。遠い昔の、優しかった母との旅路の夢を。

才蔵と行動を共にする現。才蔵の眼と現の幻術、二つの忍法を組み合わせ、敵襲を葬っていく二人。現の幻術を目の当たりにした才蔵だが、彼は知らない――現が“なぜ”地獄を見せられるようになったのかを――

作戦遂行を孔雀によって阻まれる才蔵達。逆転の一手、その機会を伺う才蔵だが…。一方、作戦の最中、再び相見える八郎と成尋。苦戦を強いられる八郎の危機に響が駆けつけた時、二人に向かって放たれる叢雲の砲弾――

叢雲は消失した。平穏を得たはずの面々だが、成尋衆が滅した保証はなく、どこか落ち着かない様子。眼を覚ました響は、八郎がすでにどこかへ出立したことを知り、寂しげに笑う。が、ある晩、響の部屋に八郎が密かに戻ってきて――

捕らわれた響。ついに姿を現した機動城郭となった叢雲。新五宝連の集結を待たずに叢雲へ侵入せんとする新五花撰達に、転寝はあるものを渡す。叢雲の機動停止に苦心する滑婆の前に皮膚坊が現れ、合力を申し出るが…。

響が捕らわれの身であることを成尋衆の一人、夜叉至から聞かされる八郎。一方、涙は現にある事実を打ち明ける。今だからこそ告げたいのだ、と言う涙。彼女の幼少期の経験が、今でなくては、そう思わせたのだった…。

皮膚坊の説得により、忠長の謀反への決心は再び揺らぐ。そんな忠長に成尋が告げる痛恨の事実…。一方、成尋衆の一人、涅哩底王に苦戦を強いられる八郎達。絶体絶命の状況で聞こえてくるこの駆動音は――

一人、叢雲へと招き入れられる八郎。残る者達はどこかにあるはずの侵入口を必死に探す。その最中、夜叉の術に掛けられてしまった才蔵は、絶望に満ちた過去を無理やりに思い出させられながら、自らの腹に刀を突き立てる…。

自らを“朧”だと信じ込んでいる響は、八郎を“弦之介”だと認識、愛憎を持って迫りゆく。一方、叢雲へ侵入した現達だが、罠によって式部の身動きが取れなくなってしまう。なんとか式部を救おうとする蓮だが――

響の眼を覚まさせるべく、一計を案じる八郎。一方、叢雲内部を進む涙と現は、涅哩底王と遭遇する。転寝の一撃によって力を失ったはずの涅哩底王が余裕の表情で言う。お前達の相手は後ろにいる、と…。

儀式の完成のため、八郎と響の血を欲する成尋。死闘の末、涙と現の命を賭した忍法、そして響の瞳術で成尋の本懐は潰えた、はずだった。成尋は死なず、余裕の笑みを浮かべる。と、成尋の血が掛かった髑髏にある変化が見え――

ついに甦った信長。しかし、復活は完全ではなく、獣のごとき獰猛さで八郎達に襲い掛かる。滑婆の放った炸薬が契機となったのか、ふいに足を止める信長。燃え盛る炎の中、混濁した意識の中で声色が変わり始め…。

成尋を葬るべく桜花を使う八郎と響。しかしそれは思わぬ大惨事を生む。転寝の幻に、桜花の“まことの姿”について語られた八郎と響だったが、響は桜花を捨てることを選ぶ。果たして桜花は、まこと潰えたのか――