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雨降る森でムーの石版を発見したホリィとモッチーだったが、ワルモン・ゲルたちに石版を奪われてしまう。邪悪な魂の復活を試みるゲルたち。この危機を受け、ゲンキは再びモンスターファームの世界へ向かう。

トーブルの町にやってきたゲンキたち。この町では今、モンスターバトルの最高峰であるレジェンド杯が行われていた。その優勝賞品を知ったことで、ゲンキたちはホリィの父を蘇らせるヒントを得る。

ゲンキたちは、ルーキー杯の行われるホラートの町にやってきた。順調に大会を勝ち進み、ついにライガーの封じられた円盤石を懸けた決勝戦に進出。しかし一同の前に、あるモンスターが立ちはだかる。

タマの果樹園でゲンキたちはハムと再会。だがハムはゲンキたちに同行せず、果樹園に残る道を選んだ。ハムはゲンキたちの旅立ちを見送ったが、ゲンキたちに迫るワルモンの姿を見て、思わず後を追う。

マンディー杯が開催されるマンディーの町へ向かう途中、ゲンキたちはカラコルム兄弟に遭遇。ゲンキたちがマンディー杯のライバルと知ったカラコルム兄は、ゲンキたちを足止めするべくムーの円盤石を隠してしまう。

マンディー杯に参加するゲンキたち。順調に勝ち進んでいく一方で、プライドの高いライガーはゲンキの作戦を聞こうとしない。だが、決勝で大苦戦を強いられたライガーは、ついにある行動を起こす。

ハムが再会したかつての盗賊仲間、ヴァージニアハピは孤児院を営んでいた。さらに、もう1人の仲間だったトルクレンチとも出会う。そこでハムたちは、孤児たちのためにワルモンの倉庫から食料を奪おうとするが...。

ゲンキたちはワルモンに襲われ、黒い円盤石を海に落としてしまう。潮の流れが激しい海底は生身では潜れない。取り戻すためには、財宝発掘に熱中するゴーディッシュ博士の潜水艇に乗せてもらう必要があった。

いじめられっ子のガンバを助けたスエゾー。「痛いし負けると格好悪いから戦いは嫌い」と言うガンバに、スエゾーは過去を思い出す。喧嘩で負傷したスエゾーだが、仲間たちのために無理をして試合に出場したのだ。

広大な沼を越えるため、サンドラのホバータクシーに乗ったゲンキたち。サンドラは途中で料金をつり上げる悪質な運転手だったが、「父を救うために旅をしている」と話すホリィの言葉がサンドラの心を動かした。

ゲンキは、「今以上に勝利を重ねるには、どんな指示であろうと自分の言うとおり戦うように」と主張し、身勝手な作戦を考え始める。だが、かつて一緒に戦ったアランとのバトルで惨敗してしまう。

好意を寄せる少女・ミッシェルの病気が手術をすれば治ると知ったゴーレムは、その費用を得るため、ウィナーズ杯での優勝を誓う。順調に勝ち進むゴーレムだが、苦手なゲル族のモンスター相手に決勝戦で苦戦する。

ワルモンの仕事を続けていくことに自信をなくしたピンクジャムは、悪事をやめようと決意したが、堅気の仕事はうまくいかない。そんななか、ピンクジャムはワルモンに襲われているゲンキたちに遭遇するが...。

ゲンキたちが次の試合会場に行くには、海を越えなければならない。一行はある寂れた港に到着し、偶然再会した海賊のツノマルの船に乗せてもらおうとするが、船は何者かに奪われてしまったと言うのだ。

ワールドモンスターズ杯に出場するゲンキたちは登録をしようとするが、規定のモンスターがモッチー以外いないことが判明。そんななか、ゲンキは町で偶然、あのワルモン四天王のナーガと再会する。

いよいよレジェンド杯に挑むことになったゲンキたち。これに優勝すれば、ホリィの父が封じ込められている魔法石「ガイア」を手に入れることができるのだ。しかし、試合の相手は強敵ばかりだった。

ママニャーが間違って目覚めさせてしまった最強の戦士・ショーグンには、若い女が大好きという弱点があった。ゲンキたちとの戦いに向かう途中、ショーグンは偶然ゲンキたち一行と出会い、ホリィに一目惚れする。

グレイテスト4杯に出場するため、トーブルにやってきたゲンキたちは、あのライガーの弟・ギンギライガーと遭遇。円盤石になっていたギンギライガーは少女・ニナに拾われ、今は人間と共に暮らしているのだった。

デュラハンが送り出した刺客・ニャーの奇襲を受けたゲンキたちだが、あっけなく撃退。だが、その最中にゴーレムが放った竜巻アタックで、通りかかった老婆・ロゼッタをぎっくり腰にしてしまい、家まで送り届ける。

旅をしていたゲンキたちはあのビーナスと再会。一同は喜び、一緒に夜を過ごす。だがそこに、デュラハンからの最強の刺客・メタルナーが現れ、小さくなってビーナスに取りつき、心を支配してしまった。

デュラハンに手紙を残して出ていったママニャー。度重なる失敗に反省し、自らゲンキたちの持つ黒い円盤石を奪いにいくと手紙にあった。一方、ゲンキたちは最後のモンスターバトルに向け、順調に旅を続けていた。

レジェンド杯に向けて特訓するモッチーの前に、次の対戦相手の1人・ポリトカが現れ、「貴様ごときに私のしっぽアタックは破れない」と言う。ゲンキたちは悔しがり、腹を立てたスエゾーがポリトカの屋敷に忍び込む。

レジェンド杯の第2試合はモッチーとモストの戦いだ。試合に向けてトレーニングを重ねるモッチー。そして試合当日、控え室にいるモッチーたちの前に対戦相手のモストが現れ、「試合を棄権しないか」と持ちかける。

モストとの戦いに敗れたモッチーは気を取り直し、次のレジェンド杯に挑戦することを決意。一方、ママニャーとゴビはデュラハンの指示で、モストの滞在するアイアンバードに忍び込み、ガイアを盗み出そうとする。

蘇ったホリィの父は記憶を失っていた。黒い円盤石の中にはまだ邪悪な魂が残っており、ゲンキたちはこれをどうするか迷う。そこに、デュラハンたちが現れて円盤石とガイアを奪い去り、ゲンキたちが追いかける。