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宇宙世紀0079。ジオン公国の独立戦争で劣勢に陥った連邦軍は新鋭モビルスーツの開発を“サイド７”で行っていた。戦火に巻きこまれたアムロは、モビルスーツ“ガンダム”に乗りこむ！

ホワイトベースでは、大半の正規軍人たちが死傷し、生き残った少年少女が協力してコロニー脱出の準備を進めていた。シャア少佐は、連邦側モビルスーツの機密を求めて自らサイド７内部へ潜入。

新型モビルスーツの入手を諦めないシャアは、パプア補給艦から増援物資を受け取ろうとしていた。だが、ホワイトベースの士官候補生ブライト・ノアは、その瞬間こそが反撃のチャンスと判断する。

ルナツー内へ到着したホワイトベース。だが、ブライトやアムロたちを待っていたのは、ワッケイン司令による厳罰措置。少年たちは牢獄へと幽閉され、ガンダムや他の新兵器も封印されてしまう。

ホワイトベースは地球への大気圏突入を敢行しようとしていた。そんなホワイトベースに、シャア少佐が攻撃を仕掛けてきた。戦闘は長引き、敵味方ともに帰還不能なポイントへと追いこんでいく。

大気圏を突破したホワイトベースにザビ家の末子ガルマ・ザビが指揮するガウ攻撃空母と戦闘機ドップの編隊が襲いかかってきた。地上からは戦車マゼラアタックが砲撃を仕掛けてくる。

ホワイトベースは、コア・ファイターを弾道軌道に乗せて射出し、敵陣を飛び越すことで連邦軍本部との直接連絡を取ろうとしていた。そんな中、避難民が暴動を起こすが、アムロは格納庫へ向かう。

避難民が地上に降りたいと願い出た。それを理由にブライトはジオン公国軍へ休戦を申し出る。避難民を乗せたガンペリーは、密かにアムロのガンダムを地上へと降ろす。

戦闘を拒絶するアムロ。ブライトはアムロに活を入れようとするが、アムロを逆上させ激しい口論となってしまう。だが、ブライトの捨てゼリフのシャアという名前に反応したアムロは出撃を決意。

イセリナとの恋を育むガルマを、シャアは冷たい目で見る。そんな中、市内にホワイトベースが潜伏したと報告を受け、出撃するガルマ。地上攻撃を申し出るシャアの裏には陰謀があった。

ガルマの復讐を誓うイセリナは、ホワイトベース追撃に同道した。ガンダムとガンキャノンがガウの翼に飛び乗って攻撃を開始するも、シャアによる爆撃でホワイトベースは推力を失ってしまう。

猛将ランバ・ラルがホワイトベース討伐の任を帯びて戦艦ザンジバルで降下してきた。追撃を振り切ることができなかったブライトは、ひどい虚脱状態のアムロをガンダムで出撃させる。

母との再会を果たしたアムロは、ジオン兵をやり過ごすため病人になりすます。だが、緊急コールが兵の注意を引きつけてしまう。自己防衛のため銃撃したアムロは、その行為を母に叱責される。

輸送機を脱出させることに成功したガンダム。それは敵のクワラン曹長たちの計略であった。ワッパでガンダムに接近し、爆弾を取りつける兵士たち。アムロは爆弾を解除すべく孤軍奮闘する。

緊急信号を受け、アムロはコア・ファイターで近くの島に向かった。不時着した戦闘機を発見し瀕死のパイロットに応急手当を施すアムロ。そんな彼に、敵意を抱く子供たちが近づき…。

ホワイトベースに、カスピ海を渡れという伝令が届く。だが塩が乏しくなったホワイトベースは、塩水湖へ迂回することに。それを狙い、ラル隊が接近し、ガンダムで無断出撃しようとする。

アムロにガンダム出撃が命じられたが、慢心したアムロは独断で乗機をガンタンクに変更。アムロの前にラルのグフが出現し、後退を余儀なくされる。ガンダムで戦いを試みたアムロは!?

脱走したアムロは、ジオン軍の鉱山基地を発見した。これこそオデッサ・デーの目標と思いこんだアムロは、ガンダムによる攻撃を独断で開始した。奇襲を受けたキシリアは、マ・クベと出撃する。

レストランに、ランバ・ラルが入ってきた。ラルがアムロに好感を持ち始めたとき、フラウが歩哨に捕らえられてしまう。アムロはフラウが後をつけられたと気づき、ホワイトベースに急行。

ホワイトベースに戻ったアムロは、独房に入れられた。滞る補給に見切りをつけたラルは、ゲリラ屋本来のやり方に戻って小型戦車キュイに乗り白兵戦を挑んできた。

ラル亡き後、ハモンは出撃を決意し、乏しい兵力で一点突破する「錐の戦法」を開始。接近するカーゴの自爆を察知して阻止を試みるアムロ。そして、ガンダムの背中にハモンは砲口の狙いを定めた！

過労に倒れたブライト。ミノフスキー粒子射出口とECM発信機を爆破され、無防備になったホワイトベース。ブライトに代わって指揮をとるミライたが、状況把握と経験不足から、大混乱を招く。

マ・クベの罠にかかりホワイトベースは不時着。ミライに対し、ブライトは艦長代理を正式依頼する。レビル将軍は、エンジン修理と“Gファイター”を届けることをマチルダに指示するが…!?

中尉が少年たちに大人気となり、記念写真が撮影されるほどだった。そんな中、三連星の乗るドムがホワイトベースに迫る。パイロットに指名されたセイラは、戸惑いながらもガンダムと出撃する。

アムロは連邦軍機がジオン軍から離陸する光景を目撃し、移動司令部ビッグ・トレーのエルラン中将にスパイの存在を告げる。裏切者の本性を現したエルランはアムロに銃を向けたが、身柄を拘束。

ベルファストで修理を受けるホワイトベース。スパイの少女からその情報を受けたのは、赤い彗星のシャアであった。一方、潜水艦ユーコンからゴッグが発進、連邦軍の地上部隊と交戦を開始した。

艦を降りることを決意したカイは、前に基地で声をかけてきた少女ミハルの家に招かれた。ミハルを見て、彼女の事情を察知したカイは、それとなく情報を流す。

カイはミハルを発見し自室にかくまう。カイがミハルに情報を教えた後、フラナガン・ブーンがミハルと接触、撤収していってしまう。子供が巻き添えとなっていると知ったミハルは…!?

南米ジャブローの地球連邦軍本部へ着いたホワイトベースだが、敵マッド・アングラー隊に追跡されていた。第一次攻撃隊を発進させるシャア大佐。さらにジオン公国軍がジャブロー上空に接近!!

軍へ編入される、カツ、レツ、キッカの処遇が問題となった。脱走したカツたちは、ジムの工場に逃げるが、そこを爆破しようとしていたジオン軍工作員たちと鉢合わせし縛りあげられてしまう

戦隊から敵の注意をそらすため、オトリのコースへ先発するホワイトベース。同時に補充要員としてスレッガー・ロウ中尉が加わった。シャア大佐はすかさず戦艦ザンジバルで宇宙へと追う。

ドレン大尉にホワイトベース迎撃を依頼したシャア大佐。スレッガー中尉もGファイターで出撃し、リック・ドム編隊との交戦が始まった。ドレンはガンダムを見失ったとの報告を聞き不安に陥る。

入国査察を担当するカムランはミライの元婚約者だったが、彼女はカムランの歓待に冷淡な反応を示す。一方、アムロは、行方不明だった父・テムと再会するが、その様子にショックを受ける。

湖のコテージで白鳥を見つめる不思議な少女と遭遇したアムロ。父に別れを告げて戻る途中、悪路にバギーを立ち往生させてしまったアムロを救ったのは、サイド６に入港していたシャア大佐だった。

ついに連邦軍がソロモン攻略戦を開始。太陽光を反射して焦点を形成し、ソロモンを焼きつくす。それは連邦軍の切り札ソーラー・システムの威力だった。

ソロモン攻略戦の中、ミライはGファイター被弾のため帰投したスレッガーを出迎える。彼女の涙を悟ったスレッガーは母の指輪を託し、唇を重ねた。その後、ドズルはビグ・ザムで特攻を開始する。

ホワイトベースはテキサス・ゾーンの暗礁空域に向かった。マ・クベはキシリアに報いようと行動を始めていた。そこにはララァとモビルアーマー“エルメス”の実験を行おうとするシャアもいた。

行動不能に陥ったガンダムの捜索に出たホワイトベース。そんな中、再会するシャアとセイラ。シャアの本名はキャスバル、セイラの本名はアルテイシア。

ニュータイプと認定されたシャリア・ブルは、ギレン総帥の命を受け、キシリアのもとに向かった。モビルアーマー“ブラウ・ブロ”を受領し、出撃するシャリア・ブルだったが…!?

アムロの反射神経に追いつけなくなるガンダム。モスク博士は、ガンダムの関節に新技術マグネット・コーティングを施し、応答速度の向上を試みていた。一方、シャアはエルメスを実戦に投入する。

相対するララァとアムロ。サイコミュ誘導されたビットはオールレンジ攻撃でガンダムを包囲するが、アムロはコントロール系を読んで次々に撃破していく。

コロニーレーザー兵器ソーラ・レイの光は、デギン公王とレビル将軍ともども連邦軍主力艦隊の約半数を蒸発させた。混乱する連邦軍艦隊だが、残存戦力を結集し、ア・バオア・クー進撃を開始する。

相打ちになり、大破したガンダムとジオング。機体を捨てて真に倒すべき敵を認識するアムロの前に、シャアが生身で立ちはだかる。妹のセイラに別れを告げたシャアは…。