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地球圏連邦・独立治安維持部隊「アロウズ」は反政府勢力「カタロン」の鎮圧を行っていた。シーリンに建設途中のコロニー「プラウド」そのコロニーでは、技師となった沙慈が働いていた。

ライルがリビターの構成員だと知る刹那は、世界を変えたいという意思があるならソレスタルビーイングに来るようライルに告げる。一方、アロウズの軍本部もガンダムの再登場で慌しくなる。

反政府勢力収監施設に拘束されたアレルヤ。尋問に立ち会うピーリスに、アレルヤは「マリー」へと呼びかけるがその声は届かない。一方、刹那は、スメラギに救出プランを立案するよう求める。

アロウズは次の作戦を展開するため、リント少佐を招聘。カティは前回のプトレマイオスの作戦を分析し、何かを感じていた。カタロン幹部のクラウスたちはソレスタルビーイングとの接触を図る。

ソレスタルビーイングの出現を逆手にとり、アロウズの重要性を説く連邦政府。それはリボンズによる情報操作の指示でもあった。リボンズはイノベイターや、ある人物を使い、統合計画を推進する。

アロウズの攻撃に倒れるカタロンの兵士。スメラギは忌むべき過去を思い返し、気を失ってしまう。時を同じくして、リントから戦果報告を受けていたカティもまた、過剰な作戦に表情を曇らせる。

意識を取り戻したスメラギの作戦で、戦線から離脱したプトレマイオスだが、ピーリスのアヘッドと共に墜落したアリオスを補足できずにいた。一方、海岸線へと不時着したアレルヤとピーリスは…!?

自分と同じ容姿のリジェネの出現にティエリアは驚く。だが、リジェネから聞いたイノベイターの情報はさらに心を動かした。その後、アロウズの高官が集まるパーティの情報を得たCBメンバーは…!?

サーシェスの駆るアルケーガンダムと対峙した刹那とティエリア。ロックオンの仇と怒りを向けるティエリアだが、その攻撃力に圧倒される。ライルはサーシェスが兄・ニールの仇であることを知る。

連邦の強引な再生計画に反対する中東諸国の中でも最大の国力を持つスイール王国。スイールの蜂起とそれによる中東諸国の追随を懸念する連邦は、スイールへのアロウズ派遣を決定する。

ダブルオーの支援機オーライザーの調整が進む中、アロウズの新兵器の威力に笑みを浮かべるアロウズとリボンズ。彼らのやり方に憤りを覚えたティエリアは、イノベイターの存在をソレスタルビーイングのクルーに明かす。

アロウズの強襲にあい、急いで脱出を図るプトレマイオス。だがカティの戦略と新型のMSに苦戦を強いられるマイスターたち。そんな中、ダブルオーのツインドライヴが真の能力を発揮する。

衛星兵器「メメントモリ」へ攻撃を仕掛けるカタロンの宇宙艦隊に、なおもアロウズMS部隊が迫る。そして刹那に接近していくヒリングのMS。しかしそれは、オトリ役である刹那の誘導だった。

イノベイターからの猛攻を受け、破損しながらも、地球へと降下するプトレマイオス。地球へと向かいプトレマイオスを探す刹那だったが、そこにサーシェスの乗るアルケーガンダムが現れる。

カタロンの補給を受け、修理をしながら巡航するプトレマイオス。刹那が帰艦せず、防戦一方のプトレマイオスだが、そこに連邦内部でのクーデター勃発の情報が入ってくる。

アロウズの突然の撤退、それは連邦内部でのクーデター勃発を告げる情報によるものだった。刹那は、ダブルオーの進路をアフリカへと向ける。だがそこで刹那を待ち構えていたのは…

状況が逼迫する中、修理が不完全なまま現状を打開できずにいたプトレマイオス。そんな中、負傷した刹那は、今なすべきことをなすために、傷を負った体で立ち上がる。

沈黙していたソレスタルビーイングが活動を再開したという報告がホーマーたちのもとに届けられた。ティエリアはプトレマイオスクルーに、今こそヴェーダを取り戻す作戦を決行すべきと進言する。

混乱する戦況の中、ルイスの機体を探し求める沙慈。現れたヒリングとの交戦時、刹那はツインドライヴの力を解放させ、加速する粒子が戦闘宙域一帯に広がった。

プトレマイオスに軟禁されるも、余裕の笑みを浮かべ、スメラギらの問いかけにもはぐらかす返答を重ねるリヴァイヴ。そのとき、フェルトから、ミレイナが連れ去られたという通信が入る。

時間差があって届いた留美からの連絡は、ラグランジュ５のある宙域のポイントだけのものだった。不審に思うプトレマイオスクルー一同だが、刹那は進路を向けるよう提案する。

連邦軍も統合したアロウズの大艦隊が、ソレスタルビーイング殲滅のため集結しつつあった。プトレマイオスでは、戦いの決着をつけるべく、刹那たちが互いの決意を口にする。

リボンズにとうとう造反の意思を示したリジェネ。一方、カタロン、連邦軍をも巻き込んだ、アロウズとCBの戦いは熾烈を極めていた。そこに突如、巨大な光の帯が戦場を包み込む。

敵母艦内に侵入したティエリアはそこで驚愕の事実を知る。そして…。防戦に撤するプトレマイオスだったが、敵の休むことのない猛攻に劣勢を強いられ続け、次々と倒れていく仲間たち。

最後の決戦に身を投じる刹那。ライルの意思が、アレルヤの想いが、ティエリアの思念が漆黒の宇宙を翔けるとき、ダブルオーライザーから発せられた粒子が周囲一帯を包みこんだ。