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岩手県警から警視庁に研修でやって来た松岡優起夫は、恋人である宮原理江といるところを捜査一課・高坂係長からの電話で呼び出される。小指の爪が剥がされている遺体が発見される事件が相次いでおり、高坂に命じられて向かったビルの屋上で初めて沙粧妙子と出会う。犯人に捕まっているという男性から助けを求める通報があり、警察は犯人と目される部屋に突入する。確保はできたものの、犯人は搬送先の病院で死亡してしまう。一方、ビルの屋上で沙粧たちに保護された男性・谷口光二。連続していた猟奇殺人事件の最後の犠牲者で、唯一逃げ出すことに成功したようにみえた谷口は、事件のことは何も覚えていないという。沙粧は事件現場で服毒自殺を遂げた男は犯人ではないと断定。高坂と激しくぶつかりながらも自説を曲げようとはしない。犯人は20代、キレイ好き、初犯ではない。コンタクトレンズをしている。自身が分析したプロファイリングにより、沙粧は事件の真犯人は谷口だと確信していた。沙粧は、３年前に解散に追い込まれたプロファイリングチームで一緒だった池波の力を借りながら、事件の真相に迫ろうとする。

捜査一課は連続猟奇殺人事件の犯人は加山、そして加山の妻を殺した犯人は別にいる。その捜査方針に納得できない沙粧は、「犯人は谷口」だと反論するが、高坂は聞く耳を持たない。沙粧は爪を剥ぐという行為が殺害後に行なわれていることをあげ、なぜ谷口だけが生きたまま爪を剥がされていたのか？と疑問をぶつける。一方、沙粧のたったひとりの家族である妹の美代子は、その頃谷口と会っていた。ふたりは恋人同士として、沙粧の知らないところで付き合っていたのだ。谷口を追う沙粧は、単独で谷口のことを調べ始める。谷口の先輩から、２年前から別人のように谷口は変わり、ゲームが好きでコミュニケーションが上手く取れなかった人間が、人付き合いが良くなり、体を鍛え始め、渋谷でナンパまでするようになったと聞かされる。松岡の調べでも、谷口は２年前から大学にも行かず実家にも戻っていないことがわかった。

谷口はすでに沙粧家に到着していた。ナイフを片手に美代子を人質にとる谷口。一瞬の隙をついて反撃にでる沙粧。谷口は窓ガラスを破って外へと逃亡し…。走り去る車を見て、沙粧もまた車へと乗り込む。だが、車の中には谷口が待ち構えていた。もみ合う二人だったが、近づくサイレンの音に気づいた谷口は沙粧に一撃を与えた後に逃亡する。ホテルの一室に美代子を保護した沙粧は捜査へと戻る。谷口の実家を訪ねるが、そこには誰も住んでいない。谷口の姉・早苗が結婚後に住んでいる家を訪ねるが、早苗のようすがどこかおかしい。違和感を感じる沙粧。谷口にとって姉・早苗はどんな存在なのか？

谷口は死んだ。何のためにわざわざ沙粧の利用しているホテルまで行って死んだのか。他殺とは思えない状況でありながら、謎は残ったままだった。警察によって掘り起こされた白骨体は、解剖によって梶浦と断定された。だが、遺体を見た高坂は逆に「梶浦ではない」と直感する。では死体はいったい誰なのか？高坂たちは梶浦のデータを調べなおす必要に迫られる。自宅に戻った沙粧のもとに池波から電話が入る。掘り出された白骨の右手にあった痕跡から、プロファイリングチームのメンバーの遺体だと沙粧たちには見当がついたのだった。沙粧が右手だけを見て梶浦ではないと判断したことを思い出した松岡は、そのことを高坂に報告する。池波のもとを訪れた松岡は、白骨体が白石というメンバーだったことを知らされる。プロファイリングチームはリーダーの梶浦を中心に、高城京子、白石稔、沙粧妙子、池波宗一の５名で構成されていた。白石が過去に右手の大怪我を負っていることを突き止めた高坂たちは、ようやく白骨体が白石ではないかと調べ始める。

街中で死亡した男の解剖が始まった。手のひらに握られていたように見えた薔薇の花びらは、実は糊によって貼り付けられたものだったが、監察医の両角は偶然付いたものだと無造作に薔薇の花びらをゴミのように捨ててしまう。解剖結果を池波から知らされた沙粧は、大切な証拠品である薔薇の花びらがすでに捨てられてしまったことを知る。警察は爪を剥ぐという猟奇連続殺人事件の犯人を谷口と断定。マスコミに向け記者会見を開く。梶浦圭吾もまた自殺したと断定された。ひそかに高坂に接触していたプロファイリング設立の首謀者である卯木の動きも何か怪しい。男は何者に殺されたのか？

麻美に案内され梶浦がいるというマンションに着いた沙粧は、誰もいないことを確認し、梶浦の行方を麻美に問いただす。だが、麻美は答えず、沙粧を徐々に言葉で追い詰めていく。動揺した沙粧はいつものように薬に頼ろうとし、その隙を突かれ麻美の反撃にあう。両手を縛られた沙粧は、「梶浦はあなたのことなんて愛してない」と告げる。女性の連続殺人犯のデータが欲しかっただけと言い放つ沙粧に怒り狂った麻美は、自動爆破装置をセットし部屋を出ていくのだった。マンションが見渡せる公衆電話から、爆破のためのスイッチをいれる麻美。そのとき、松岡は間一髪、部屋から沙粧を救い出していた。爆発が起き、マンションの部屋は燃えさかる炎に包まれた。麻美は、それをうっとりと眺めていた。病院のベッドで目覚めた沙粧を、松岡や美代子、池波たちが見守っている。爆発騒ぎを起こした麻美は梶浦に捨てられると予想した沙粧は、松岡たちに過去の麻美の男性関係を調べるようにと伝える。

北村麻美の事件資料を卯木から渡された高坂は、矢田と田辺にそれらを見せる。そこには一切梶浦については書かれていなかった。高坂は梶浦の存在を隠そうとする力が動いていることを察し、自分たち３人だけで梶浦を追いかけようとする。たったひとり、黙々と武器を作り、その感触を確かめている日置武夫。見た目にはわからないように、袖の下にナイフを仕込みマネキンの頭に打ち込むことを繰り返している。彼の持つ手帳には、ある高校の教頭の行動が詳細に書かれていた。沙粧、池波、松岡が麻美の事件を分析している。人間を簡単に操ることができる。そのことが信じられない松岡は、自分は絶対に騙されないと言い切る。だが、プロファイリングによって人間を観察し続けてきた沙粧の考えは違った。「人間の本質を変えるのは、林檎の品種改良より簡単」だというのだ。一緒に食事をしようと自宅に池波を誘った松岡。理江の手料理を食べながら会話もはずんでいる。途中、じっと手を止めて理江を見つめる池波を不審に思った松岡だが、上手く誤魔化されてしまう。「吊り橋効果」の話で二人の気をそらす池波だった。沙粧は相変わらず梶浦の幻想から逃れられていない。一方、日置は狙っていた教頭の前に突然現れる。何度もシュミレーションをしたように、冷静に教頭の頭にナイフを叩き込んだ。

取り調べを受ける日置は何ひとつまともに答えようとはしない。やっと生きたまま逮捕できた犯人だ。何とか真相に近づきたいと高坂たちはやっきになるが、沙粧は日置をポリグラフにかけることを提案する。質問にもいっさい反応しない日置だったが、密告者のテープを聞かされ、初めて過剰な反応をしめす。さらに、直美の写真を見せると、日置はなぜか激しく反応をした。松岡が自宅に戻ると、理江の父・安一が寿司を手土産に待っていた。知り合いの刑事が実際にあった逆恨みの話をしながら、安一は松岡と娘・理江が結婚することへの不安を口にする。理江を絶対に危ない目にはあわせない。そう約束する松岡だったが。日置の身元がようやく判明する。

直美との再会によって日置の中で何かが変わった。日置が向山の関与を認める供述を始めたことから、向山は逃走をはかる。だが、刑事たちの目をかいくぐって何者かの手によって焼死させられてしまう。手詰まりとなった高坂たちは、もう一度手がかりを洗いなおす。沙粧は向山の友人だというインテリアデザイナーの村川に注目する。仕事上の接点もなく、なのに頻繁に一緒に食事に行く関係。沙粧はふたりが恋人同士だったのではないかと考え、村川のもとを訪れる。すると、自分にもしものことがあればこれを沙粧に渡してほしい。そう頼まれていたといって、村川は２本の鍵を沙粧に手渡した。貸金庫の中には複数の人間の適性分析、対応マニュアル、そして１枚のフロッピーディスクが入っていた。自宅に資料を持ち帰った沙粧は、フロッピーディスクに書き込まれた作成者の名前を見て驚く。

池波の手によって無惨にも殺されてしまった理江。松岡は理江の遺体を抱きしめ号泣する。とっさに自殺をはかる松岡を必死に押し留める沙粧。怒りにかられた松岡は、池波を殺すのだといって姿を消してしまった。自分が理江を殺したと松岡に告げた池波は、自分に会いたければ生贄を用意しろと条件を出した。池波の言う生贄とは…美代子だ。一方、公安の卯木は高坂を呼び出し池波の捜査を中止するように命じた。卯木はプロファイリングチームの再結成をもくろんでおり、そのためには池波の犯罪を隠ぺいしようと画策していたのだ。自分勝手な卯木の言い分に反発する高坂だが、やがて卯木の圧力に屈してしまう。

池波は収監された施設を脱走した。それは、かつての梶浦のやり方とまったく同じだった。池波はプロファイリングチームが働いていたかつての職場へと沙粧を呼び出した。必死に止める美代子を振り切り、沙粧は池波との最後の対決に向かう。