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風見学園公式新聞部は、非公式新聞部に知名度、発行部数共に上回られていた。 その現状を打破するため、部長である立夏の提案で卒業パーティの特集号では“魔法”を扱うことに。 初音島で魔法と言えば、その昔一年中咲いていたという“桜”。 立夏、シャルル、姫乃、さら、葵、そして清隆の６人は、早速桜の巨木を調べることにする…。

20年ぶりに咲いた初音島の“枯れない桜”。 清隆たち風見学園公式新聞部は、卒業パーティ号の特集、 そして「どちらが面白く記事にできるか？」という非公式新聞部からの宣戦布告を受け、 早速桜の謎を追うことに。清隆、姫乃、さら、葵の４人は、街での聞き込みを開始。 いろいろと情報は集まったが、家の鍵を無くしてしまった葵の手助けをしたこともあり、 清隆の帰宅は夜になってしまう。 だが、その日はシャルルに夕食を作る約束をしていた……。

桜が咲き誇り、多くの人で賑わう休日の桜公園。 聞き込みを続けていた清隆は、高台でひとりの少女と出会う。 後日、図書室で過去の文献を調べることにした清隆は、 桜が枯れる直前に起こった原因不明の事故や事件などの記事を見つける。 そして、そこには事件現場で目撃される謎の少女がいたことも記されていた。 生きていれば30歳ぐらいになっているはずだが……。 どこか引っかかる部分があり、「謎の少女」のことも含め、聞き込みを続けることにする。

放課後部室に集まった風見学園公式新聞部の面々は、お互いに集めた情報を報告していた。 “枯れない桜”が咲いていた２度の時期に、不思議な現象や事件が多発していた 、 また桜に関して詳しかった人物が前学園長であり、 偶然にも名前が“芳乃さくら”ということが判明する。 姫乃から学園史を手渡された清隆は、そこに掲載されていた“芳乃さくら”の写真を見て、 先日出合った不思議な少女“さくら”のことが頭をよぎる。

体育の授業後、当番のためひとりで片付けをしているさらを見つけた清隆は、手伝いを買って出る。 一緒に体育倉庫内まで来たところ、中に誰もいないと思った教師に外から鍵を掛けられてしまう。 途方にくれる２人だったが、さらに緊急事態が!! ……なんとか危機を脱した２人は、放課後ソフトボール部に顔を出す。 部活後、誰もいなくなったグラウンドでひとりボール拾いをしていると、 「お兄ちゃんっ！」と声をかけられ、振り向いた先にいたのは……。

昼食の準備で生徒たちが賑わう中、清隆は立夏に 「お昼を食べながら打ち合わせをしよう」と誘われる。 しかも立夏の手作りサンドイッチ付き。 他の男子生徒から羨望の眼差しを受けつつ部室に向かうのだが……。 放課後、公式新聞部全員揃っての会議中に「“枯れない桜”の謎に関係があるか分からないが、 桜が咲き始めてからよく会うようになった女の子がいる」と告げる。 さらにその女の子はまだ子供だと聞くと、「そんな趣味が!?」と全員に衝撃が走る。

前学園長芳乃さくらの写真を見つめる公式新聞部の面々。 清隆曰く、最近よく出会うようになった少女“さくら”と前学園長が似ているというのだが……。 結局は年齢的なことを考えると偶然なのではないか？ という結論落ち着く。 そんな中清隆はいつも元気な葵がまったく会話に参加していないことに気付く。 自分の額を葵のおでこにくっ付けると、すごい熱が！ 無理はしないように諭し、一人暮らしをしている葵の部屋までおぶって送り届けることにする。。

夕飯の買い物を終えた清隆は商店街の福引会場にいた。 ガラガラと抽選器を回すと、なんと３等の「さくらパーク・温水プールの招待券」が当選！ と、そこに、さくらが駆け寄ってくる。 後日、園内には水着姿の清隆とさくらの姿があった。 「早く遊ぼうよー」と走り出す少女を見ながら、微笑む清隆だったが、 その後ろから「兄さん…」という声が。 振り返るとそこには水着姿の姫乃が立っており、 同じく水着を着たシャルルや立夏、葵やさらたちも現れたのだった。

生徒会役員室で親友の耕助と共に手首を縛られ、 絵里や巴、四季、立夏、シャルルなどに囲まれる清隆。 何故こんなことになったのかはイマイチ分からなかったが、 巴たちには、非公式新聞部の杉並と何かを企んでいるのでは？ と勘違いされているようだった。 と、そこに眩い光が！ 杉並の奇策（？）により助けられた清隆は、彼から謎のカプセルを渡される。 そして帰宅途中、明らかに待ち伏せしていた絵里に「偶然ね」と声を掛けられるのだが……。

杉並に教えられた天枷探偵事務所の扉を開くと、 そこには赤いマフラーをなびかせた所長の天枷美夏が立っていた。 自分はロボットだと自己紹介する美夏、そしてアシスタントの小日向ゆず、小鳥遊夕陽の ３人を前に、清隆は杉並からの紹介であることを告げる。 すると美夏は、調査依頼が枯れない桜であることを見抜き、 そして正真正銘の“魔法の桜”だときっぱりと言い切る。 唖然とする清隆だったが、その後語られる美夏の説得力ある証言は聞き逃せないものだった。

枯れない桜の前でさくらに出会った清隆と立夏。 立夏が彼女に触れた瞬間、立夏とさくらの脳裏にはある記憶がフラッシュバックする。 翌日、部室では取材内容を元に具体的な記事作成に入るための会議が開かれていた。 しかし立夏は心ここにあらずという状態で、清隆は心配そうに見つめていた。 帰り道、立夏に声を掛けると、枯れない桜に込められた記憶が、 自分に流れ込んで混乱しているということ、そしてそれは“さくら”も同じはずだと告げられる。

立夏に急に呼び出された公式新聞部のメンバーたち。 理由も聞かされぬまま彼女の後ろに付いて桜並木を歩いていると、一同の前にさくらが立っていた。 久々に見る彼女の姿に自然と笑顔になる清隆たちだったが、 さくらから、今日でここを離れることにしたので１日遊んでほしいとお願いされる。 突然のことに驚く面々だったが、ひとりそれを知っていた立夏は、 最後に楽しい思い出を皆で作ってあげようと提案する。 そして公式新聞部とさくらの長い一日が始まる――。

皆の前からさくらが去ったあと、全員の携帯に差出人不明のメールが届く。 翌日、公式新聞部では卒業パーティ号の特集を作り始めようとしたが、 さくらのことを考え、別の方向から記事を組むことに。 一方生徒会でも「卒業パーティ」について会議が行われ、 ３年生は卒業が現実のものとして近づいてきていることを実感していた。 そしてそれはシャルルたちに、「清隆は誰を選ぶのか？」ということを 卒業前にハッキリと聞きたい、という気持ちを抱かせてもいた。