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農大1年生、沢木惣右衛門直保は菌が見える特殊な能力をもっている。 収穫の季節を迎え、沢木は同級生の及川葉月、先輩の美里薫、川浜拓馬、ミス農大の武藤葵、そして院生の長谷川遥とともに樹ゼミの発酵蔵を運営することになった。 同じく1年の結城蛍は大学を休学し日吉酒店を手伝い始めるが、沢木たちと共に発酵蔵で念願の酒造りに参加することに。 樹教授の指導の下、初めての味噌作り、酒造りに没頭する樹ゼミメンバー。 そんな中、及川が発酵蔵に不思議な穴があることに気づく。

発酵蔵の穴に気づいた及川は、もしかしたら自分だけ知らされていないことがあるのでは？と沢木を問いつめる。 菌が見える能力を及川にだけは隠しているため、後ろめたさに焦る沢木。 ２人は穴の秘密を探るうちに、そこに樹教授の隠し事があるのではと考え始める。 そんな時、泊まり込みで発酵蔵の作業を続ける及川と武藤が自治寮の風呂を借りることになり、色めき立つ寮生たち。 沢木、美里、川浜がガードする中、寮生たちの覗き見作戦が決行されたとき、新たな事実が明らかになる。

穴の秘密を探ろうとしているのは自分だけだと思っていた及川は、 美里、川浜も賛同してくれたことに心を打たれ、仲間としての思いを強くする。 そんな中、長谷川は大学を辞めて結婚するようにと父親から説得され、ひとり思い悩んでいた。 一方で改装工事が終わり、蛍の理想を形にした日吉酒店が新装開店する。 店を仕切る蛍に触発された及川は、発酵蔵に戻り、長谷川に自分の考えをぶつける。 「食の研究者が最も望む研究」とは何なのか。 及川たちは、穴の秘密に決着を付けようとチームで行動を開始する。

発酵蔵の穴の真相を知り、予想外の展開に意気消沈する及川。 その姿を見た沢木は、隠し事をしてきたことを心苦しく思い、 自分の特殊な能力を告白する。真実を知った彼女の反応は…… 。 さらに、長谷川の酒癖が露呈して以降、美里、川浜と長谷川の間に不自然な壁を感じている沢木は、 ３人をつなぐきっかけを探していた。 そんなある日、長谷川の父が大学に現れ、武藤に封筒と白衣を手渡す。それは長谷川の退学届だった。

長谷川の退学届にショックをうける武藤と及川。 しかし、なんとかする、という樹の言葉を信じ、沢木と美里、川浜には打ち明けていなかった。 そんな中、収穫祭を目前にした発酵蔵は大忙し。長谷川も姿を見せず、 美里と川浜もほとんど連絡がとれなくなり沢木と及川は困惑するが……。

収穫祭が始まり、アイドル田中恭子ショーやたくさんの出店で盛り上がる農大。 「葵'sバー」も大盛況だが、美里と川浜がまたしても姿を消し残された沢木、武藤、及川は大混乱となる。

収穫祭最終日。長谷川のために使ってくれと、秘密のオークションで手に入れた金を差し出す美里と川浜。 誰もが長谷川を思い、行動していたことを知る樹ゼミのメンバー。 しかし美里と川浜の学則違反のため、あてにしていた出店賞を逃してしまい、資金が足りなくなってしまう。

フランスにやってきた沢木たちは、ワインの銘醸地・ブルゴーニュの玄関口なら長谷川は必ず通るはずという勘だけを頼りにボーヌへと降り立つ。 葡萄畑が連なる黄金丘陵で、長谷川を探す３人。そしてグラン＝クリュ街道に入ったところで蛍にそっくりな少女マリーに出会う。

長谷川のためのパーティを沢木たちにめちゃくちゃにされ激怒する龍太。 ドメーヌとしての誇りを忘れないマリーの発言に長谷川は詫びを言い退席する。 その後、美里・川浜から今回の旅行の目的が結婚式であることを聞かされた長谷川は思わずワインを飲み干し、ホテルの部屋で龍太と対峙する…… 。

長谷川を逃がすことに成功した美里と川浜。マリーの自宅に集合し、ブルゴーニュを代表するワイン、クロ＝パラントゥで乾杯する。 そんな中、ひとりだけ違うワインを飲むマリーの父の姿を見て、沢木はあることに気づいてしまう。

龍太に自分の本当の思いを打ち明けた長谷川は、また大学に戻ることを約束し、沢木たちと笑顔で別れる。 一方マリーも、沢木と菌たちのサポートで父親と対峙する。ようやく互いの気持ちを知る二人。翌朝マリーは、黄金丘陵で父にある提案をする。