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早朝のパン屋『桜井パン』の工房。忙しく働く従業員にまじって、藤島ハル（ユースケ・サンタマリア）と田代ミキ（榎本加奈子）が簡単な作業をしていた。

建部教授（益岡　徹）の研究室でハル（ユースケ・サンタマリア）の検査が始まった。「ハル君、これは何に見える？」。研究員の徳永（田口浩正）がロールシャッハテストの絵をハルに示した。

手術を終えたハル（ユースケ・サンタマリア）は病室で目覚めた。「無事終わったよ」「じゃ、ボクは頭が良くなっているのですね」。ハルは心配そうに見ているエリナ（菅野美穂）におかまいなく病室を飛び出した。

「やった！」。徳永（田口浩正）と留美子（石橋けい）は小躍りした。ついにハル（ユースケ・サンタマリア）が迷路競争で天才ネズミ、アルジャーノンに勝ったのだ。何度やってもハルは負けない。ハルの知能が高まっているのは間違いない。

ハル（ユースケ・サンタマリア）が母親の佐智代（いしだあゆみ）と暮らした生家は廃屋になっていた。「お母さんは迎えになんか来ないんだ！お母さんは僕を捨てたんだ！」。知能が増進したハルは冷酷な真実に気づいた。

桜井パンを後にしたハル（ユースケ・サンタマリア）はバスに乗って佐智代（いしだあゆみ）の家に向かった。研究室の書類からひそかに住所を控えていたのだ。

「お前が話せたらなあ」。深夜の研究室でハル（ユースケ・サンタマリア）は天才ネズミのアルジャーノンに優しく語りかけた。今のハルが直面している苦しみを一番理解してくれるのは、同じ体験をしたアルジャーノンをおいて他にいない。

「私が何をしたって言うんだ！」。控室に戻った建部教授（益岡徹）は怒りをぶちまけた。「落ちついて下さい」。徳永（田口浩正）と留美子（石橋けい）は別人になってしまった恩師の姿に絶句した。

「答えがわかったよ。知能の退化現象を止めることはできないのです」。夜明け前の研究室にハル（ユースケ・サンタマリア）の声が静かに響いた。

ハル（ユースケ・サンタマリア）は論文を完成させた。これで手術によってハルの知能に何が起こったかわかる。「役に立ちますよね」「もちろんだ」。ハルは建部教授（益岡　徹）に論文を手渡した。

ハル（ユースケ・サンタマリア）の知能低下がついに止まった。ただし手術前よりも低い水準で。「運動能力や言語障害には至らなかったようだ」。