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光、海、風は東京へ還って来る事が出来た。しかし、その胸に去来するのはエメロードやセフィーロの事ばかりであった。ある日、3人は始まりの場所である東京タワーに集まり、後悔の思いをお互いに語り合う。「もう一度異世界に行きたい……」3人が強く願ったその時、周囲が光に包まれた!

オートザム、チゼータ、ファーレンという3国がセフィーロへ軍を進めていた。セフィーロのために出来る事をしたいという3人の熱意に負けたクレフは、彼女達に武器を授けるため、ある人物を呼んだ。それは、死んだはずのプレセアだった。思い掛けない再会に涙を流す光達だったが、再会を喜んでいられる時間は長くなかった。

イーグルの駆るFTOを退けた光達。3人が城に戻ると懐かしい顔触れが温かく迎えてくれた。再会を喜んでいると、一人の剣士が逃げ遅れた者を抱えて入って来た。見た事がないはずなのに、どこか聞き覚えのある声……。不思議に思う光達に、ラファーガが口を開いた。その剣士の名はランティス、あのザガートの弟なのだと。

海はクレフに、風はフェリオに、そして光はランティスにずっと悩んでいたものを打ち明ける。当事者や近しい者の心からの言葉を聞き、ようやく癒された3人だったが、事態は確実に動いていた。オートザム最強の戦艦NSXがセフィーロ上空にまで近づいていたのだ。光達はオートザムの戦う理由を問うため、NSXに向かう。

NSXに向かう3人に、魔物に乗ったアルシオーネが襲い掛かる。光はアルシオーネにもセフィーロを救ってほしいと説得するが、突如、彼女の背後に不気味な影が現れ、嘲笑とともに全ての滅びを予告をする。戸惑う光達を尻目に、アルシオーネは影と共に消えてしまう。その刹那に、光はノヴァと名乗る少女の声を聞く。

NSX上でセフィーロ侵攻の目的を問う光達に対し、戦う以外の道はないと断言するイーグル。一触即発の空気の中、大音響で迫るものがあった。それは巨大な龍の姿をしたファーレンの移動要塞『童夢』。セフィーロの姫にならんとする、ファーレンの第一皇女アスカがイーグルと魔法騎士達の会見に割り込んできたのだった。

ファーレン皇女・アスカの幻術を打ち破り、一心地ついた光達。しかし、"柱"を失ったセフィーロは急速に崩壊への道を辿っていた。セフィーロ消滅を防ぐため、一刻も早く新しい柱を見つけようと焦る光達は、クレフに"柱"の資格を問う。クレフは三人に「柱の秘密」を教えると告げ、王冠の安置されている部屋へと誘った。

新しい柱候補を探すため、光はランティスと共に城を出た。荒れ果てたセフィーロの大地や日々強力になっていく魔物に危機感を募らせる光達。そんな二人の前に突如、白いロボット・FTOに搭乗したイーグルが現れた。魔神レイアースで立ち向かう光だが、イーグルの圧倒的な強さに打ちのめされてしまう。

連れ去られた光を追おうとするランティスの前にアルシオーネが立ちはだかった。ランティスは彼女から、デボネアという存在を知らされる。一方、イーグルとの戦闘で気を失った光はオートザムの戦艦・NSXの中で目覚めた。そこで光は、イーグルが"柱"システムを求める理由とランティスとの繋がりを聞かされる。

突然、光の前に現れた謎の少女ノヴァ。ノヴァは戸惑う光に「私は光を殺しに来た」と告げ、戦いを仕掛けてきた。魔法で応戦する光だが、ノヴァは光と全く同じ魔法を打ち返してくる。更にノヴァは漆黒の魔神・レガリアを召喚し、光に襲いかかった。海と風が加勢に駆けつけるが、ノヴァは三人を異空間へと連れ去ってしまう。

剣を折られた為、魔神を召喚出来なくなった光。そんな最中、セフィーロを狙う第三の国・チゼータの移動要塞プラヴァーダが現れた。戦えない光を城に残し、海と風は魔神で応戦に向かう。柱の座を狙うチゼータの姫タータとタトラは、自らの守護精霊・ジンを呼び出し、魔神に立ち向かってきた。

チゼータの精霊・ジンの奇妙な踊りと強さに翻弄される海と風。しかし剣を失った光は、城で黙って見守ることしかできない。戦況が有利とみたタータはジンで魔法騎士達を捕獲しようとするが、その前に、アスカが幻術で作り出した巨大サンユンが立ちはだかった。ジンと巨大サンユンは、海たちの身柄を巡って戦い始める。

海はチゼータ、風はファーレンにそれぞれ連れ去られてしまった。光は救出に向かう為、レイアースを召喚させるのに必要な剣をプレセアと共に蘇らせようとする。しかし、伝説の剣を蘇らせるためには、所有者と創師双方の心の強さが試されるという。光とプレセアは、それぞれの想いを抱きながら復活の儀式を始める。

心の中に現れたノヴァのまやかしの言葉と、突如として現れた海と風に責められ、激しく揺さぶられる光。仲間を信じようと必死に持ちこたえようとする光を更に追い詰めるため、ノヴァはランティスの姿を呼び出した。一方、海と風はそれぞれ、チゼータとファーレンの船の中で目覚めていた。

チゼータの要塞に囚われた海は檻に入れられ、二人の姫の前に引き出された。海とタータはすぐに口論となり、剣で勝負することになってしまう。辛くも勝利を収めた海は、タータとタトラからチゼータがセフィーロに進軍する理由を聞かされる。「"セフィーロの柱"に不可能はない」というタータの言葉に反発する海だが……。

風はファーレンの戦艦・童夢で目を覚ました。対面した皇女アスカは、風の魔神ウィンダムが欲しいと駄々をこねる。風は、アスカが勝てば魔神を渡し、風が勝てば自由の身にしてもらうという条件で、弓の勝負を申し込んだ。的はアスカが幻術で作り出したジンたち。不利な勝負でありながら、風は的確に的を射ぬいていく。

剣を復活させるため、自らの心と戦い続けていた光。しかし、心に入り込んできたノヴァの言葉と攻撃に、傷つき動揺してしまう。一度は諦めかけた光だったが、プレセアの言葉によって戦う理由を思い出し、剣はついに蘇える。一方、敵国の手を逃れ城へ戻ろうとする海と風の前にデボネアが現れた。

光は再び剣を手にし、海と風は城へ戻ることが出来、セフィーロは一時の休息を得た。だがその安らぎも束の間、オートザムの戦艦NSXが城に総攻撃を仕掛けてきた。イーグルとジェオは、それぞれの専用機FTOとGTOに乗り、城を攻め落とそうと向かってくる。光は、海・風と共に魔神を召喚し、迎撃に飛び出していく。

クレフの支えるバリアを突破した戦艦NSXは、更に城内への侵入を試みた。魔神で迎撃に向かう光達だが、イーグル・ジェオが駆るFTOとGTOの猛攻に風と海が負傷してしまう。光は傷ついた仲間を庇いながら、イーグル達の進攻を阻もうとする。一方、城内ではアルシオーネを入り口として、デボネアと魔物が進入を果たしていた。

王冠に残ったエメロード姫の想いで、魔物とデボネアを退けたセフィーロ。オートザムの司令官・イーグルを城内に捕らえたことによって、戦いは停戦に持ち込まれた。光たちは、魔物に襲撃された居住区の子ども達に会いに行き、ひとときの安らぎを得る。そんな中、ランティスは、イーグルの部屋を訪れていた。

再び城に姿を現したノヴァは、ランティスを殺すと宣言した。光はノヴァを止めるべく、ランティスの部屋へ走る。しかし、そこで光は驚愕の場面を見てしまう。一方、居住区に残った海と風は、黒い塊から次々と生まれる魔物から、子供たちを守るために必死に戦っていた。

セフィーロ城に乗り込んだイーグルと全く連絡がつかないことにじれたオートザム陣営は、城に強襲をかけようと試みる。しかし、ファーレン皇女アスカの放った幻術が、戦艦NSXの進攻を阻んだ。風の説得でセフィーロの柱が決して万能ではないと悟ったアスカは、柱を諦め、城を守るために戦うことを決めたのだった。

捕らわれていた部屋から脱出したイーグルは、王冠の部屋の鍵を得るため、ランティスに戦いを挑んだ。城内を捜索していた光は、ランティスとイーグルが戦っている中庭にたどり着く。その瞬間、ランティスの剣が輝き出し、三人は王冠の部屋の前へ飛ばされてしまった。イーグルと光は、揃って部屋に飛び込んだのだが……。

柱になれる者しか生きて出られないという王冠の部屋から、光とイーグルは二人とも生還した。果たしてどちらが柱になれるのか、セフィーロ城内は揺れる。そんな中、チゼータの姫・タータとタトラが、海に決闘を挑んできた。この戦いに海が勝てば、チゼータはセフィーロから手を引くという約束を信じ、海は真剣勝負に臨む。

チゼータ・ファーレンからの侵攻を防ぎ、事態は好転しているかに思われたその矢先、またしても城内にノヴァが現れた。ノヴァはデボネアから与えられた魔物を使い、光やランティスを追い詰める。しかし、ノヴァが光の心の一部だと知ったランティスは、光を傷つけることを恐れ、思うように戦うことができず……。

ノヴァは、深手を負わせたランティスを自らの城へと連れ去ってしまった。動揺を隠せない光は、ノヴァが自分が生み出した心の影だと知り、苦悩する。自らの心がランティスを傷つけたと思い詰めた光は一人、イーグルの部屋を訪れた。その間にも刻一刻とセフィーロの崩壊は進み、とうとう城を残すのみとなってしまった。

「もし自分が柱になれるのならば、セフィーロに留まる」という決意を明らかにしたイーグル。光もまた、自らが柱候補であることを、海と風に打ち明けた。ようやく、侵攻してきていた3つの国と、停戦を結ぶことに成功したセフィーロ。だが、ノヴァが再び魔神・レガリアと共に魔法騎士たちの前に現れた。

ノヴァは、魔法騎士たちとイーグルを、異空間へと連れ去った。光の愛するもの全てを殺そうとするノヴァに、必死に抵抗する4人。だが、ランティスがレガリアの内部に捕らわれているため、思うように攻撃することが出来ない。激しい戦いの中で、光はランティスを救い出すため、何度も彼の名を呼び続ける。

異空間から戻ることが出来た魔法騎士たち。光は自らの心と決着をつけるため、一人でノヴァと対峙し、ノヴァを心へと戻した。そして魔法騎士たちは、とうとう明らかになったデボネアの居城に乗り込む。デネボアとレガリアが融合した魔物との最終決戦。デボネアの正体が明かされた時、光の手の中に真の柱の証が現れる!