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20歳の青年、ジャスティン・ウエキ・タイラー。そんなタイラーは「楽がしたいから…」と惑星連合宇宙軍に入隊志願をした。一方、敵対する神聖ラアルゴン帝国では、16歳の少女であるアザリンが新皇帝になっていた…。

年金課に配属となったタイラーは、支給漏れになっていた宇宙軍の英雄ハナー元提督に年金を届けに行き、ラアルゴン帝国スパイによる人質事件に巻き込まれてしまう。その無責任と調子の良さで無事(？)事件を解決…。

人質救出の功績で少佐に出世したタイラーは駆逐艦『そよかぜ』の艦長として赴任。しかしそこは宇宙軍のはみ出し者の吹き溜まり。タイラーは海兵隊員とパイロットのいざこざを「好きにすれば」の一言で火に油を注ぐのだった…。

今日も今日とて反乱状態の『そよかぜ』は、ランダムワープでラアルゴン偵察艦隊に接近遭遇。かなわないと見たタイラーは、いきなり降参。しかし敵艦艦長に渡したプレゼントによって、敵艦隊は勝手に大混乱して…。

ラアルゴン偵察艦隊を撃破した『そよかぜ』に、上層部からハルミという看護兵が送り込まれてきた。彼女の美しさに艦内の男たちは上を下への大騒ぎになる。しかし、ハルミには人には言えない秘密があった…。

タイラーのあまりの無責任さに呆れ果てたミフネとフジは、タイラー抹殺を計画した。そして『そよかぜ』もろともラアルゴン艦隊の標的になるように仕掛けた勲章をタイラーに授与することにしたのだ…。

今や巨大なゴミ溜めと化した『そよかぜ』の大掃除と24時間の規律厳守を賭けた腕相撲に勝ったユリコ。おかげで艦は見違えるようにピカピカになった。だが、目の前にはドムが率いる敵巡洋艦『ドローメ』が迫っていた…。

ドムからの指令で、タイラー暗殺に躍起になっているハルミ。一方、フジもタイラーを亡き者にせんと航行先に刺客を送る。しかし、そんなことをまったく知らない『そよかぜ』乗組員一同はミスコンテストで大いに盛り上がっていた…。

ついに左遷命令が下った『そよかぜ』。下命後48時間以内に行えば有効な、命令変更申請のためにタイラーはユリコ、ハルミと共に最寄りの惑星へ向かう。しかし、そこで偶然出会ったハナー元提督とタイラーが話し込んでしまい…。

左遷という事態にもかかわらず、日々の訓練を欠かさないコジロー。そんな彼の影響か、ユミとエミが戦闘機に乗りたいと言い出した。しかし2人のパイロット適正レベルは最低。当然のことながらヤマモトもユリコも猛反対して…。

左遷空域に航行する『そよかぜ』。規律を保ち、1日も早い左遷解除を上層部に求めようとするユリコ。だが、乗組員はこの時とばかりに羽根を伸ばして、やりたい放題。中でもキムの服装は日に日にハデになり…。

『そよかぜ』がかつて左遷された際、そのことに責任を感じて当時の艦長が自殺をした時刻、午後11時59分59秒になると、その艦長の亡霊が現れるという噂が流れる。そして、ついに11時59分59秒がやってきた…。

左遷解除に大喜びの『そよかぜ』乗組員。だが、なぜかタイラーだけは浮かぬ顔。すべてに勝るラアルゴン帝国と再び一戦交えることが憂うつなのだ。そのころ、タイラーへの復讐に燃えるドナンの艦隊が、刻々と『そよかぜ』に接近していた…。

またまたラアルゴン艦隊をやっつけた功労に、勲章を授かることになったタイラー。だが、ドナンの猛攻を受け、修理中の『そよかぜ』は航行もおぼつかない。しかたなくガリレオで空母『鳳凰』に向かったタイラーだったが…。

タイラー捕獲を命じられ、ハルミは作戦通り病原菌を艦内に散布したものの、自分に信頼を寄せるクルーを見て心が揺れる。乗り込んできたシアハスは反抗するハルミを処分。が、「だったら譲ってくれ」とタイラーはハルミを庇い単身捕虜となるのだった…。

捕虜となってもじっとしてないタイラーは牢獄を抜け出す。厨房へ盗み食いにきたアザリンと、互いにそれと知らす遭遇。アザリンの思い出の世界で遊ぶ2人。翌日アザリンは皇帝としてタイラーのペット化を宣言！ ここにパコパコの誕生である。

愛玩用洗脳手術を施されたパコパコはすっかりふぬけ状態に。一方『そよかぜ』乗組員は菌の拡散防止を名目に連合宇宙軍で隔離監禁されていた。タイラーの身を案する乗組員たちは脱出劇を展開。反乱軍の汚名を負いつつ『そよかぜ』でラアルゴンに向けて発進した…。

『そよかぜ』は連合宇宙軍の追撃をふり切りラアルゴン艦隊に奇襲を掛ける。避難場所でタイラーに気持ちを打ち明けようとするアザリン。この機に乗じてワングはアザリン暗殺を実行する。盾となって瀕死のタイラーに寄り添い、アザリンは1人『そよかぜ』へ…。

タイラーの洗脳を解くべく、最後の賭けとしてユリコとアザリンがタイラーの意識の中に危険なダイブを試みる。混迷する深層意識にシンクロして眠りに落ちて行くアザリン。もはや絶望？ しかしユリコに直接脳で怒鳴られて、ついにタイラーが蘇り…。

『そよかぜ』では盛大なタイラー全快祝いを開催。艦長室には次々と女性クルーが訪れ愛の告白大会が。しかしタイラーは野郎共から強制レンタルされた秘蔵AVの誤作動を止めようと必死だった。先にベッドの影に隠れていたアザリンは出るに出られず…。

アザリンがタイラーのベッドに!? 加えてアザリンの妊娠発言まで飛び出して、艦内の空気は大揺れ。折悪く皇帝救出に現れたドム艦隊に包囲されてしまう。ユリコに論され立場を自覚したアザリンは嘘を撤回、感謝の言葉を残し笑顔で帰還して行き…。

敵皇帝を勝手に釈放した角でタイラーの銃殺刑が決まる。一方アザリンはワングに押し切られ苦渋の総攻撃を発令。処刑の直前、ラアルゴン主力艦隊の急接近に狼狽するミフネら。「僕に任せて下さい」と豪語するタイラーに一転、特別指揮権が与えられた…。

タイラーとドムを双方の指揮官に対峙する大艦隊。緊迫の中、ひたすら前進する両軍はついに放電を起こすまでに接近。策や如何に？ 2人は互いを肉眼で確認しつつ敬礼を交わし擦れ違う。ハナーから両軍勝利の祝電を受け、史上最大の無血戦争は終了した！

凱旋した乗組員にハナーの死が伝えられ、タイラーは大きなショックを受ける。軍のパーティでは奇行三昧、アザリンとドムが秘かに参列した葬式にも終了間際に巨大な花束を持ってやっと現れたタイラー。その夜ユリコに何ごとかを告げ、闇に姿を消した…。

『そよかぜ』クルーの分散を狙い、ユリコだけに特進と地上勤務の辞令が下る。辞職を告げて去るタイラーとの間で苦悩するユリコ。人間的なタイラーの必要性に気付いたユリコは乗組員らと捜索を開始。1人急行した『そよかぜ』の解体現場にタイラーが現れて…。

タイラーの「好きな様に」との言葉を伝えに皆の元へ戻るユリコ。1ヶ月後、新造巡洋艦『阿蘇』の艦長に就いたヤマモトは、各々の道を歩む元乗組員を招集。進水式当日、発進したのは何と『そよかぜ』。艦長席にはタイラー。その初指令は「ユリコさん回収」だった…。