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幼い頃、父を亡くし母と病気の弟の面倒をみるユニだが、家に来た借金取りに金を返せなかったら、お前が身代わりになれと脅される。ユニは悩んだ末、男装して科挙試験の代筆で金を返そうと決心する。試験当日ユニは代筆の依頼人と間違え、ソンジュンに声をかけてしまう。不正が大嫌いなソンジュンは試験官を呼ぶため手を挙げると、ユニは見逃してくれと懇願するが…。

ユニはソンジュンから言われ、弟の名前で試験を受ける。答案用紙を見た正祖（チョンジョ）は怒り、ユニに説明を命じる。ユニは代理試験のことを告白し謝罪すると、ソンジュンは貧しいから世に出る資格がないと思っているユニのために、自分が代理受験を依頼したと正祖に明かす。正祖が２人に成均館の入学を命ずると、思ってもみない展開に当惑するユニ。母とも相談し、男として成均館に入ることを決意する！

ユニとソンジュンはルームメイトになる。その夜、インスたちは新入生に課題を与え、達成できなかったら罰を下すと言う。ユニはチョソンの下着を持ってくるという課題を見事に達成し最優秀賞をもらうが、ソンジュンは達成できずに終わる。するとユニは最優秀者に与えられる権限でソンジュンの罰を見逃してもらうが、ソンジュンを擁護したことでユニはインスから目をつけられることに…。

成均館での最初の授業が始まる。その夜、酒を飲まされ泥酔したソンジュンの介抱をしていたユニは、門限までに帰れずインスに閉め出されるが、ヨンハによって窮地を脱する。そしてある日、成均館では“大射礼（テサレ）”の開催が告知される。弓を引いたことのないユニはソンジュンに教えてもらい練習していると、インスが現れ自分が教えてやるとユニの頭にリンゴを載せ標的にする！

危機一髪でインスの矢から救われたユニは気絶してしまう。チョン博士（パクサ）のところに運ばれたユニは女であることがばれると謝罪するが聞き入れてもらえない。一方、ソンジュンはインスに大射礼（テサレ）で優勝し派閥にとらわれない考え方を見せてやると宣言する。その後、何者かの陰謀で右肩を負傷させられたソンジュンは、弓の練習に弱音を吐くユニに奇跡を起こしてみせると左手で練習を始める。

ユニはチョン博士（パクサ）に成均館で学ぶチャンスをくれと懇願する。自分の師匠の娘だと知った博士は大射礼（テサレ）での優勝が条件だと言う。なんとしてでも優勝しなければいけなくなったユニはソンジュンから猛特訓を受ける。一方、ジェシンは覆面の賊に扮し“金縢之詞（クムドゥンジサ）”の存在を世間に訴えるが、官軍から追われ怪我を負ってしまう。

大射礼（テサレ）の当日、負傷しているジェシンは会場に行く途中、昨夜の不審者の件で巡回中の官軍に見つかり疑われるが、ヨンハの助けで難を逃れ無事会場に到着する。ユニたちのチームとインスたちのチームは順調に勝ち上がり決勝戦まで進む。そんな折、チョソンがインスの前でユニに忠誠を誓うと、インスは屈辱に身を震わせる。ついに決勝戦が始まり、ユニはインスと直接対決するくじを引き当てる！

ジェシンは女の姿で入浴しているユニを見て動揺する。ユニの正体を暴こうとするヨンハと、ユニを探しに来たソンジュンに遭遇すると、ジェシンはユニをかばおうと何とかして２人を帰らせようとする。次の日、成均館の生徒たちは休暇で帰省する。ヒョウンはソンジュンに会いに家まで行くと、そこにいた父に見つかってしまう。ソンジュンに助けられ感極まったヒョウンはソンジュンの頬にキスをして…。

ジェシンは父から「ユニの父親は“金縢之詞（クムドゥンジサ）”を守るため、お前の兄と一緒に殺された人物だ」と言われると驚きを隠せない。休暇後、生徒たちが戻ってきた成均館だが、金品や薬が盗まれたと大騒ぎになる。物品が盗まれた現場からユニの身分証が見つかると、ユニに嫌疑がかかる。すると正祖（チョンジョ）は、それぞれユニの有罪と無罪を主張するグループに分かれ、それを証明せよという課題を与える。

真犯人を見つけるため倉庫に帳簿を探しに行ったソンジュン。それを見て怪しんだインスは官軍を呼ぶと、ユニはソンジュンを助けようと妓生（キーセン）の格好をして忍び込む。そんなユニを目の当たりにしたソンジュンは、その後ユニを見るたびにドキドキするようになる。次の日、ユニたちは郊外の村で犯人を見つけ真実を告白してほしいと頼むが、逆に彼の辛い境遇を聞かされ、ユニは自分の境遇を重ね合わせると…。

犯人が正祖（チョンジョ）の前で罪を告白するとユニの疑いは晴れる。正祖は既存の市場制度を廃止し、新しい制度を遂行すると言うと老論勢力は慌てる。また、この時初めてユニは父が成均館の博士（パクサ）であったことを正祖から聞かされる。一方、ソンジュンはユニのことが頭から離れなくなり、どんなときでも自分の側にいてくれと告白する。そして、ヨンハから煽られたソンジュンはユニを誘い無人島に行くのだが…。

ソンジュンは水にぬれて熱を出した自分を夜通し看病してくれたユニの姿を見て、ユニにキスをしようとするが直前で我に返る。一方、ソンジュンのことが心配で迎えに来たヒョウンは、ソンジュンに会えると嬉しくなり抱きつくが、その姿を見たユニは複雑な気持ちになる。また、一晩中ユニの事を心配していたジェシンは、ユニが帰ってくると俺から離れるなと言う。

泥酔してジェシンに介抱されているユニを見たソンジュンは急に冷たくなる。今までどおりに接してくれないかと頼むユニに、もう戻れないというソンジュン。杖打(チャンチギ)大会でインスからユニをかばったソンジュンは意識を失ってしまう。ユニが心配をしていると、ソンジュンは寄り添ってくれていたヒョウンにわざとプロポーズをする。そんな中、偶然ユニは怪我をした紅壁書（ホンビョクソ）がジェシンだと知るが…。

ジェシンの傷の手当てをするユニの姿を見たソンジュンは誤解してしまう。ヨンハの助けでインスたちの紅壁書（ホンビョクソ）探しから逃れることができたジェシンだが、次の日、成均館内でユニとジェシンが男色ではないかという噂が広がる。これに目をつけたインスは斎会（チェフェ）を開き、それが事実なら２人を追放するとし、その現場をみたというソンジュンを証人として立たせることにする。

斎会（チェフェ）でソンジュンはインスが初めからユニとジェシンは無実だと知りながら、紅壁書（ホンビョクソ）を捕まえるためにこの場を利用したのではないかと問いただし、無実であることを認めさせる。その後、ソンジュンが成均館を退学したという噂を聞いたユニは、様子をうかがいに行く。自分に嘘をつけないソンジュンは、ヒョウンとの縁談を直前で破談にし、ユニに自分の正直な気持ちを告白し姿を消す。

川に落ちたユニを助けたソンジュンはユニが女であることを知ると衝撃を隠せない。その夜、ユニはソンジュンに男装することになった経緯を全て話すことに。数日後、ソンジュンが成均館に戻ってくると、ユニに女であることがばれないように成均館を辞めさせてやると言うが、ユニはまだここに残りたいと言い張る。一方、正祖（チョンジョ）はソンジュン、ユニ、ジェシン、ヨンハに密命を下すため４人を１つの部屋に集めるが…。

正祖（チョンジョ）は新しい朝鮮の構想計画をソンジュンたち４人に話すと、ユニの父の遺言書を解読し、思悼世子（サドセジャ）の死について書かれた金縢之詞（クムドゥンジサ）を探してほしいと頼む。後日、ソンジュンはユニに指輪をプレゼントするが、ちょうどその時10年前のユニの父とジェシンの兄が殺された事件の背後に、ソンジュンの父が関わっていた疑いがあることをヨンハとジェシンが話すのを聞いてしまう！

ユニは亡き父親の自分への想いをユンシクから聞かされると涙を流す。一方、ソンジュンは父から反対されるも、10年前の事件について調べることにする。ユニの父たちの死に関係のあるユン・ヒョングを見つけると、殺しを命じた人物について白状させる。その頃、ユニは宗廟に金縢之詞（クムドゥンジサ）が隠されているのではないかと考え、そこに向かうが、インスはこれを阻止しようと官軍を送る。

ユニを助けるため官軍と闘ったジェシンは傷を負ってしまう。インスは逃げた紅壁書（ホンビョクソ）を捕まえるため成均館の中に官軍を入れ捜索を始めると、ソンジュンはジェシンの代わりに自分が紅壁書だと名乗り出る。ユニたちは牢屋に入れられたソンジュンを助けるため、ソンジュンの無実とインスが成均館内への官軍立ち入りを許可したことに対し、成均館の学生を引き連れて正祖の元へ直訴しに行く。

ユニが金縢之詞（クムドゥンジサ）を正祖（チョンジョ）に差し出すと、正祖は長い間抱き続けた夢が叶ったと感謝する。また、ユニたちの訴えが認められソンジュンが釈放されると、ソンジュンの父はユニに礼を言う。次の日、インスの父からユニが女だということを聞いたソンジュンの父は正祖にその事実を述べ、国の王が自ら国法を犯したと進言する。その事実を確認するため正祖はユニを捕らえ、チョン博士（パクサ）を呼び出す！