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最強のケンカ屋をめざす、凪宗一郎と相棒ボブ牧原。 その二人が挑む新たな戦いの場は文武両道を誇る、統道学園。 一気に学園をシメに掛かる二人だが、謎の変身女とモヤシヤローからのキツイあいさつに、 気合だの根性だのではどうしょうもない強い奴らが、この学園に存在する事を知る。 ツワモノ共との戦いの予感に心躍る二人に、はたしてこの強大な学園が見せるものとは・・・・・・・。

ケンカ中のアクシデントで出会った、亜夜に求婚を迫られる宗一郎。 調子狂う中で、雅孝に闘いに挑むが、想像を超えたチカラの前に宗一郎は敗北する。 その頃、学園での宗一郎とボブの2人の騒ぎに制裁を加えるため執行部が動き出した・・・。

執行部の竜崎にボブの彼女、千秋が襲われた。そこへ駆けつけた宗一郎とボブだが、なす術なく敗れてしまう。 助けに向かった亜夜も、竜崎の驚異に立ち尽くすだけだった。 ケンカに連敗した宗一郎たちは、今まで以上に強くなることを誓い、真夜のもと柔剣部に入部する。

柔剣部にて修行に励む宗一郎たちだが、なかなか真夜の指導どおりに力を発揮できない宗一郎。 しかし真夜は、少しずつ宗一郎の資質に気付きはじめる。 そんな二人を見ている亜夜は、真夜に嫉妬心を抱いていく。 その頃、会長の光臣を取巻く執行部が着々と活動を始めていた....。

宿でボーリング大会になぜか励む柔剣部一同。その中で亜夜だけは、 宗一郎と真夜の二人きりの空白の一夜の修行が気になっていた。 その思いに駆られる亜夜は、自らがもつ能力に目覚めていく。 その最中、執行部が集結し、宗一郎たち柔剣部の制裁に動きだす。

執行部との闘いが始まった。棍使いの田上との闘いで、宗一郎への不信感から集中力を欠き、苦戦を強いられる亜夜。 その宗一郎はサーガマスクとの勝負から、自身に秘めた力が表れだした。一方、執行部の地位を賭けた五十鈴が、真夜に容赦ない攻撃を仕掛けてくる!

圧倒的な数で一揆に勝負を決めに掛かる、執行部本隊。 迎え撃つ、雅孝とボブ、同様に真夜・亜夜・宗一郎達にも恐るべき力を持つ執行人達が襲い掛かる、苦境に立たされながらも柔剣部一同が反撃に転ずる。

亜夜の力(龍眼)の発動と共に、執行部の刺客を退けた一行ではあったが、それもつかの間、ついに生徒会執行部会長・高柳光臣が柔剣部に立ちはだかる。 そのあまりにも巨大な力の前になすすべもなく、蹂躙されてしまう柔剣部だが。

真夜は自分達と光臣とのあまりにも大きい力の差を感じながらも宗一郎の秘めた力を確信する。絶対のピンチを文七の機転?で回避したが、傷ついた柔剣部一行に、それぞれの思いが交錯する。

柔剣部と生徒会執行部との戦いは終わりを告げたが、真夜以外の者達には、光臣が戦いのさなか放った言葉が理解できないで居た。双方の確執の源、それを話さねばならない真夜、苦く悲しい記憶の物語が始まりを告げる。

文七の調べにより“KATANA狩り”の犯人が判明した。その事実を巡りメンバーの思惑が交錯する中、光臣は真魚から渡されたメモリースティックの中身を文七と一緒に見て、その内容に愕然とする・・・。

慎は真夜を守るため、“KATANA狩り”の犯人に気付いた“KATANA”メンバーを打ちのめす。その場へと駆け付けた文七は、自分の考えが裏目に出たことを悔やみ、ケジメをつける為に慎の元へ行くことを決意する。

高柳家の妨害にあうも、なんとか慎のもとへ到着した文七。だが、そこにいたのは、 “龍眼”と“式刀”零毀の持つ魔力に取り付かれた慎だった。ついに激突する二人だったが、力に取り付かれた慎の前に、文七は為す術もなく追い込まれていく・・・。

慎の圧倒的な力の前に倒れる文七。しかし、それは慎を油断させるための罠だった。勝利を確信し、一瞬の隙を見せた慎に対して、文七は一気に反撃に出る。激しい攻防の末、二人の激闘は決着を迎える・・・。

一連の騒動で、事実上消滅状態となった賊(チーム)“KATANA”。慎はその解散式を行うことを光臣へと告げる。だが、己の内に芽生えた慎への恐怖に打ち克てずにいた光臣は、解散式へ出席する決心を出来ずにいた・・・。

真夜が語る、過去のいまわしい話を聞いた柔剣部一同は、それぞれ思いを胸に更なる結束力を高める。翌日、学園内では柔剣部が執行部との一件で全校で狙われる存在にとなっていたが、一方、真夜には、藤堂師範より厳しい宣告を受ける事に・・・。

真夜の退学を聞いた、宗一郎＆ボブは執行部に退学届を提出し真夜の退学撤回を懇願する。 執行部内で自らの思いを明かす宗一郎。また同じ思いの亜夜も執行部に直談判に乗り込もうとするが、その時、亜夜は龍眼と弐刀零毀(ちょくとうれいき)の力によってその一部始終を見てしまう。

“式刀”零毀(ちょくとうれいき)を持ったまま行方をくらます亜夜。その刀の恐るべき力を懸念する真夜は、光臣をともに行方を追う。その頃、亜夜は雅孝の家に泊まり込んでいた。 病に倒れ、眠りつく中で、実兄である棗 慎の幻想と対面する。

退学届を却下された宗一郎とボブ。文七は二人が気にかける過去の話しの続きを語りだした。それは柔剣部創設までに遡る・・・。 棗 慎のもと光臣は、部員を集めるため真夜を入部させる勧誘に懸命になるが、承諾を得られない。そこで、入部を賭けた勝負を真夜に挑む。

遂に天覧武會が始まった。光臣と真夜の冴え渡るコンビネーションにより、順調に予備戦を勝ち上がっていく柔剣部。 しかし、その統道学園の1年に1度の祭典の裏では “真の武”人の誕生を目指す、高柳道現の計画が秘密裏に進行していた・・・。

天覧武會予備戦の中、高柳道現とフー・チェインの謀略にはめられた真夜。その光景を目の当たりにした慎は、怒りを抑えきれず暴走しはじめる。 その鉾先は、フー達だけではもの足りず、慎は新たな獲物を求め始める。そこへ、慎の暴走を止めるべく光臣が現れた。

慎・真夜・光臣の不在をよそに文七達は天覧武會決勝戦に駒を進める そして決勝時刻、突如現れた光臣は異様な気を纏いつつ対戦相手をいともあっさりと壊滅させる。 その後、自らの運命(さだめ)を悟った光臣は、ある決意を秘めて慎・真夜の元へ・・・。

慎は、龍眼によって繰り返し見せられてきた己の運命にケリをつける為、光臣と試合うことを決意する。 一方、光臣も、慎の呪縛から真夜を解き放つ為、慎と戦う決意を固めていた。 真夜、文七、真魚など多くの者が見守る中、2人の戦いが今始まろうとしていた・・・。

棗 慎の死から光臣の全てが変わった。父、道現を強制的に退かせ、高柳家の実権を握った光臣。　そして現代(いま)に至る.......。 弐刀零毀(ちょくとうれいき)を持ち、行方をくらます亜夜を捜索する執行部。忌わしい過去に振り回される光臣に対し、宗一郎の怒りが爆発する!